负责所有管辖港口的建设、维护，仓储管理，货物装卸。
码头上的力夫、港口的消防治安，都归其管辖。
下设营造科、仓储科、作业科、港巡科。
这是一个看起来油水最足，也最接地气的部门。
其四，舟师清吏司。
此乃镇海司的利刃。负责建造、维护、指挥镇海司直属的护航舰队。
其职能简单而霸道：打击海盗，稽查走私，保障航道安全。
下设舰船科、侦缉科、巡防科、武备科。
从战船的龙骨铺设，到火炮的铸造，再到水手的操练，皆由其一手包办。
这是陆明渊手中最硬的底牌，也是朝堂诸公最为忌惮的力量。
除了这四大清吏司，为防其权力过大，尾大不掉。
章程中还特设了四大监督部门，直接向镇海使与左右辅政负责。
设经历司，负责公文往来、档案管理、印章保管，是镇海司的“大管家”。
设稽核司，负责审计钱粮账目、核查公文，防止贪腐和差错。
设司狱司，负责关押在执法中捕获的海盗、走私犯、不法商人，拥有独立的审讯与关押之权。
设仓廪司，管理镇海司收缴上来的银库与物资仓库，是镇海司的后勤中枢。
这一整套架构，环环相扣，权责分明，既赋予了镇海司前所未有的巨大权力，又在内部和外部设下了重重枷锁。
经过严党和清流斗法，最终镇海司左辅政由吏部举荐太原王氏嫡系子弟，礼部左侍郎王哲远担任左辅政。
右辅政则由如今的温州监军，裕王府佥事谭伦出任！
下辖四大清吏司主官郎中由陆明渊举荐，副官员外郎则由吏部举荐！
在嘉靖的主导下，一个独立于六部之外，直属皇权领导的镇海司，在深秋之季建立。
陆明渊这个有史以来最年轻的状元郎，也打破了大乾王朝数百年历史，成为了最年轻的主官，同样也是大乾王朝最年轻的正四品官员！
十三岁之龄，位列冠文伯，温州知府，兼正四品镇海使，统筹镇海司及温州府所有事物！
这番权势，震古烁今，千年未见！