直到唐宋时期，人们对始皇的私生子身份还深信不疑。
司马光主持编写的《资治通鉴》是这样记述的：
吕不韦娶邯郸诸姬绝美者与居，知其有娠，异人从不韦饮，见而请之。不韦佯怒，既而献之，孕期年而生子政。《资治通鉴》的说法，既不同于司马迁，也异乎张匡：异人遇见赵姬，为她的美貌所倾倒，向吕不韦索要。这点与司马迁的《史记》相同。但司马迁说，吕不韦不知赵姬有了身孕，开始还很生气，后来才忍痛割爱。而《资治通鉴》却说吕不韦已知道赵姬怀孕，异人一开口，他就来了个顺水推舟，只是把戏演得很逼真：先装作生气的样子，不想割爱，后来又极不情愿地让出。也就是说，吕不韦玩了一个诡计。从这一点上看，与张匡的说法接近，只是把吕不韦写得更加阴险。
《资治通鉴》中的这段文字，可以算作继司马迁、张匡之后的第三种“版本”。
司马光等人编写《资治通鉴》是极为严谨的，从搜集史料到全书定稿，分为编写丛目、长编和定稿几个步骤。丛目，就是长编的提纲。长编，就是《资治通鉴》的草稿，依照丛目顺序，把同一事项下的资料全部检出，相互参照比较，错综铨次，修饰文字，用大字写成正文；至于歧异不同的记载，则用小字附注于正文之下，并说明所以取舍的原因。长编要求宁繁勿略，要充分占有史料。最后对长编删削繁冗，考订异同，锤炼文字，写成定稿。
对于秦始皇是吕不韦私生子这件事，《资治通鉴》既没有照抄司马迁的说法，也没有照搬张匡的观点，写出了“新意”。这种“新意”不可能是司马光等人杜撰的，想必是他们总结了前人的记述，采用了一种他们认为更接近史实的写法。王世贞说，吕不韦编造了一个弥天大谎。
到了明代，有人对《史记》的记载发生了怀疑。
第一个持怀疑论者，是王世贞。
王世贞，字元美，号风洲，又号龠州山人，太仓（今属江苏）人。年方19岁，就金榜题名，考中进士，官至南京刑部尚书。王世贞才学过人，是继李攀龙之后的文坛盟主，名盖海内，谁人若能得到他片言褒奖，便身价百倍。王世贞一生勤于笔耕，著作等身。在《读史后辨》一文中，他认为吕不韦为嬴政生父之说，是伪造的。造伪者，第一个可能是吕不韦本人，他编造这个谎言，目的是想长保富贵；第二个可能是吕不韦的门客，他们编造这个弥天大谎，目的是欲侮辱嬴政。
要理解王氏此说，吕不韦与嬴政的那一段恩怨，需交待一下。
秦昭襄王在他君临秦国第五十六年（公元前251年）病死，太子蠃柱即位，是为孝文王。蠃柱仅仅做了3天秦王，王位还没坐热，就一命归天了。异人接过大好河山，是为庄襄王。按照从前的约定，异人登基后颁布的第一道诏令，就是以吕不韦为丞相，封文信侯，以兰田（今属陕西）12个县为食邑。异人也是个短命的国王，做了3年秦王就病死了。嬴政继承大位，年方13岁。吕不韦以“仲父”（即叔父）的身份，继续辅政。
岁月如梭。转眼间，嬴政长大成人，要举行冠礼了。
冠礼，就是成人礼。按照当时的礼制，男子到了20岁，举行冠礼。从此以后，他就是个成人了。作为国王，加冠之后就要亲领国政。吕不韦不愿交出权柄，嬴政的冠礼一拖再拖，过了21岁，还没举行，朝野议论纷纷。吕不韦怕惹起众怒，只好宣布第二年为嬴政加冠。
之所以定在第二年，是因为有几桩事，吕不韦要抢在嬴政加冠前办完。
最重要的一桩，是公布《吕氏春秋》一书。
这部由161篇论文构成的皇皇巨著，是吕不韦主编、他的门客分头编写的。这年的一天，吕不韦让人把《吕氏春秋》悬挂在咸阳的市门上，宣布：有能增、损一字者，赏千金。谁知，挂了多日，竟无人能挑出一个错，指出一点不妥。这倒不是秦国没有才士，更不是《吕氏春秋》完美无瑕，东汉末的大学者高诱注释《吕氏春秋》，就指出11处错误。之所以没人敢去领那一堆黄澄澄的金子，主要还是慑于吕不韦的权势，没人敢出头。
吕不韦在向年轻的国王示威。他要告诉嬴政，他的权位是多么稳固、强大。
但是，这一手能否吓倒嬴政，他心中也没数。
正因为如此，他又炮制了他是嬴政生父的谎言，以便进一步稳定他的权位——如果王世贞之说成立的话。
第二年四月，嬴政加冠，亲政。
嬴政才能过人，权力欲极强，他要做一个名副其实的国王，要把属于他的权力收回来。
吕不韦最担心的事终于发生了。他没有什么表示，采取以静制动的策略，坐以待变。因为他知道，另一个人肯定会有大的动作。
这个人就是“大阴人”嫪毐。
自从异人死后，赵姬就独守空房。她还年轻，人又**，耐不住寂寞，就与吕不韦重续前缘。吕不韦担心让嬴政发现，就找了“大阴人”嫪毐，拔去他的胡子，谎言已将他的外**割了，把他送进宫中，侍奉赵姬。嫪毐**功夫高，深得赵姬欢心。嫪毐这个假太监胆子忒大，竟让赵姬给他生了两个儿子！
嬴政加冠，亲政，嫪毐寝食不安，担心嬴政找他算账，思前想后，终于横下一条心，铤而走险，先下手除掉嬴政，立他和赵姬生的儿子为王。
参与叛乱的，有嫪毐的心腹20多人。他们当中，有朝廷重臣卫尉、内史等。
嬴政毅然发兵镇压，嫪毐兵败被杀，他的势力被全部剪除。
在嫪毐叛乱过程中，吕不韦的行止是一个谜。
郭沫若说，奉嬴政之命统兵镇压叛乱的昌平君、昌文君中的“昌文君”就是吕不韦。在金文中，“吕不韦”与“昌文君”写法相近，“昌文君”是“吕不韦”三字的讹误。但是，1975年12月在湖北云梦睡虎地一座编号为M11的秦墓出土的竹简《编年纪》上，在秦始皇二十三年（公元前224年）下记有：“四月，□文君死。”竹简整理者认为，被时光磨损了的那个字，应是“昌”。此时，吕不韦已死13年，断不会死而复活，再死一次。
很有可能，吕不韦在坐山观虎斗。
大概也正因为如此，嬴政彻底剪除了嫪毐的势力后，就回头收拾吕不韦。第二年，嬴政下令褫夺吕不韦的相国官位。不久，又把他流放蜀地。吕不韦知道，自己的人生旅途已到了终点，饮鸩自杀。
吕不韦的门客不是被免爵流放，就是被驱逐出秦国。
为了发泄怒气，门客们编造了吕不韦为嬴政生父的故事——这是王世贞第二个推测的背景。
王世贞乃学界巨擘，一言九鼎，他的观点一亮出来，从者如流。
在王世贞的“怀疑论”影响下，又出现了一些新的观点。
洪亮吉提出，赵姬不是嬴政生母。
这位出生于阳湖（今江苏常州）的乾隆朝进士，一生官位不显，但著作等身，尤精于中国历史与地理沿革。他认为，异人在赵国做人质时，有一位明媒正娶的夫人，后来看上了吕不韦的妾，讨了过来。《史记》说的赵姬，是异人的原配夫人，不是吕不韦转手送给异人的那个女人。