李泰国的计划，其实就是完全由英国人控制这支舰队，而舰队的费用则由大清来承担。李泰国花银二十八万两从英国购买了七艘退役军舰，而且自作主张与英国海军上校阿思本签订协议，任命他为舰队司令。还把阿思本的年俸定为三千英镑，少校军官的年俸为七百英镑，同时招募皇家海军官兵六百余人，组成了阿思本舰队。在和大清的谈判中，其价格则被虚报为一百多万两。
李泰国先于舰队一个多月回到中国，把他与阿思本签订的合同交给总理衙门。总理衙门一看便傻了眼，本来只是要委托李泰国购军舰，怎么一下成了英中联合舰队？而且这支舰队的调动权、指挥权、人事权以至于海洋利权，都归了李泰国和阿思本。这个合同一公开，舆论为之哗然，就是署理总税务司赫德也觉得不可思议。如果这一合同成立，英国无疑将独霸中国，所以美、法、俄等国也纷纷反对。曾国藩、曾国荃、李鸿章都上奏反对组建这样的舰队。
朝野上下都对李泰国和阿思本不满，总理衙门不能不重新考虑。这时候李泰国反而不耐烦了，他发出最后通牒，二十天内必须给予答复。总理衙门只好托美国驻华公使蒲安臣出面协调，李泰国仍然毫不松口，还威胁说如果不满足他的要求，就把舰队解散。曾国藩愤而上奏说道：“以中国之大，区区一百七十万之船价，视之直如秋毫，了不介意。或竟将此船分赏各国，不索原价，亦足使李泰国失其所恃而折其骄气。”总理衙门最后下定决心，照会英国政府购舰计划取消，军舰由阿思本驶回伦敦变卖。
阿思本舰队的七艘军舰全部在吴淞口停泊，舰队中有一名副管驾是马格里的老乡，马格里好几次请他吃饭，两个人关系很好。所以当听到朝廷决定让阿思本把军舰卖掉的消息后，马格里的老乡立即给他出主意，说随舰队有一整套制造枪炮的机器，完全可以买下来。马格里一听非常兴奋，让老乡带他偷偷登舰去参观。他一看真是大喜过望，车床、镗床、铣床、空气锤及配套的蒸汽机一样不缺。他立即向李鸿章报告，极力鼓动把这套机器买下来。李鸿章对李泰国印象非常不好，回绝道：“我这一辈子，绝不同这个人打交道。”
马格里又劝道：“李泰国这人的确可恶，但舰队的机器却是好东西。大人不愿和他打交道，那由我想办法出面买下来如何？”
李鸿章想了想道：“这件事我完全拜托你来办理，但不能以官方的名义，那样你的同乡们免不了狮子大张口。咱们两人办事可不能像李泰国那样，朝廷托他一，他却办成了三。”
“大人尽可放心，我是想干一番事业，不想从大人手中骗笔银子走人。”
这事办得还算顺利，三万多两银子买下了大大小小十几样机器。上海城外一个废弃的粮仓，作了马格里兵工厂的新址。十几天后，李鸿章及淮军数名统领、新任海关道郭嵩焘等人被邀请过来参加开工仪式。十几人被带进工厂，库房改造的车间里静悄悄的，新购置的蒸汽机、铣床、蒸汽锤及原有的旧车床已经安装完成。这些东西能替人造枪造炮弹？大家正在疑惑，马格里一声命令：“启动！”
突然之间，车间里响起轰轰的声音，蒸汽机转起来，蒸汽锤咣咣地响了起来。大家都吓了一跳，回过神来后立即发出一片惊叹声。马格里带着工匠们进来了，他一件件向大家介绍这些机器的名称及用途。铁匠夹起一块铁片，放到机器锤下，只需上下左右翻动，锻打的工作就由机器完成了，那块方钢很快被打成薄片。然后再到一台机器剪刀上，按图样剪好，然后两个熟练的工匠一阵锤打，一个炮弹壳就完成了。李鸿章津津有味地看着这些奇妙无比的机器，连连赞叹：“真神奇也！真神器也！”
郭嵩焘是李鸿章的同年，翰林院散馆后，入曾国藩幕府八年，两年前回京入值上书房。李鸿章很欣赏这位同年的见识，奏调他到上海来任职。郭嵩焘向来主张要学习洋人的长技，所以对李鸿章此举也是由衷地称赞：“京中那帮都老爷一提起洋人就嗤之以鼻，真该让他们来瞧瞧。”
李鸿章笑着回应道：“我出身翰林，可对翰林实在不敢恭维。我朝缺的是实干的人才，最多余的就是科道翰。”
所谓科道翰，是指御史言官和翰林。都察院设吏、户、礼、兵、刑、工六科给事中，对应负责监察六部，又设十三道监督御史，分别监督十三个行省。再加翰林院的翰林们，都属于清要言官范围，少有实事可干，最大的权力就是可参劾官员。
李鸿章等人参观完炸弹局，临上轿前对郭嵩焘道：“林文忠公提出师夷长技以制夷，夷之长技实在太多，我现在是搭紧鞋袢还怕撵不上，自造炸弹这只是第一步。我要上奏朝廷，要鼓励各地雇请洋人技师，赶紧学习洋人。学习洋人技术，现在是为了平内乱，长远是为了御外侮。筱仙你看现在的局势，长毛败亡不过是早晚的事，将来对我大清威胁最大的是谁？还是洋人！长毛已成肘腋之患，而洋人才是心腹大患！现在趁着剿灭长毛这个由头，洋人还肯教我们。所以要学习洋人的枪炮技术，现在是最好的时机！”
“现在看来，我到上海来这一步走对了，在京中与那帮只讲空话的人熬日头有什么意思！”郭嵩焘也是自视甚高的人，现在也不得不佩服李鸿章，他的眼光和境界，自己的确无法相比。
“就是嘛！”李鸿章重重拍了一下郭嵩焘的手背，又向军械局的丁日昌招了招手说，“雨生，咱们全指着洋人也不行。你拉起一帮人来，就照着马格里的路数也弄个炸弹局，万一有一天洋人和咱闹别扭了，离了张屠夫，咱照样不吃带毛猪！”
丁日昌应道：“属下早就有这想法，只是觉得银子太紧张，没向大人开口。”
李鸿章痛快地说道：“银子的事你不用管，我来想办法。”
同治二年九月（1863年10月），李鸿章的淮军主力直薄苏州城下。
半年前，李鸿章上《分路规取苏州折》，兵分三路进攻苏州：中路由昆山自东而西直接进攻苏州，由程学启率部担任；北路由常熟进攻江阴、无锡，目标是截断常州与苏州的联系，由刘铭传、李昭庆率部实施；南路由李朝斌带太湖水师进击吴江、太湖，目标是截断浙江与苏州太平军的联系。三路而外，尚有黄翼升率淮扬水师，往来调度，取得水上优势；以常胜军驻于昆山为各路接应；潘鼎新部驻金山卫、刘秉璋部驻洙泾、郭松林部驻朱家角，以防太平军突袭吴淞后路威胁上海。
经过不到半年的攻守，南路太湖枢纽花泾港、吴江县和震泽县城全部被淮军攻克，淮军水师可直下太湖，浙江嘉兴与苏州的联系被割断。北路刘铭传、郭松林、李昭庆、黄翼升等联合攻克江阴，太平军十万大军被击溃，伤亡两万余人。江阴抚常州、无锡之背，是太平军南北往来的咽喉，江阴一失，常州、无锡、苏州的太平军都大受震动。
十月，李鸿章亲临前线。按惯例，这预示着苏州决战就要到了。
苏州是江南重镇，清代是江苏省城。太平军占领苏州后，把这里作为太平天国苏福省省会，李秀成精心经营，想建成第二个天京。而攻占苏州，当然是李鸿章梦寐以求之事，把他的巡抚衙门迁进苏州，他这个江苏巡抚才算得上名副其实。
然而，要攻克苏州绝非易事。苏州建城于公元前514年，吴王夫差的父亲阖闾命伍子胥建阖闾城，并作为吴国的都城。到了隋开皇九年（589年）始称苏州，沿用至今。因为历史久远，苏州又有众多别称，吴都、吴会、吴门、东吴、吴中、吴下、姑苏、长洲、茂苑等。苏州城又以规模大而著称，大约有十五平方公里。苏州又是有名的水城，城内城外，水网纵横。城外则是四面环水，太平军凭河筑长墙，无异于城外之城，长墙内建有石垒、土营数十座，南自盘门，北至齐门，联为一体。墙内多挖地穴，堆土覆板其上，开花大炮也无可奈何。
苏州既然是水城，那么水上的优势至关重要。淮军有太湖水师和淮杨水师，而李秀成的水师主力早就调到天京城下，苏州水师力量极其薄弱，所以淮军水陆并进，攻势凌厉。数十天的时间，太平军城外的长墙、营垒，多处被踏破，宝带桥、五龙桥、蠡口、黄埭、浒磁、王瓜泾、观音庙、十里亭、虎丘以及附城石垒，全部落入淮军手中，白齐文献给太平军的小火轮被烧毁，支持太平军的洋人也多伤亡。
就在这关键时刻，江北局势出现问题。安徽土豪苗沛霖是个反复无常的小人，数次投太平军，又复投官军，如今又投向太平军，并扬言要带兵南下。如果他真带兵出安徽，那湘军就有后路被抄的危险，因此曾国藩急调淮扬水师北上。
周馥为李鸿章考虑，也建议调淮扬水师北上：“调走水师，苏州若万一不保，无论朝廷还是曾帅，都不能责备大帅；可是，如果苗沛霖真冲出安徽，金陵局势崩溃，那大帅可真就成为众矢之的。为大帅自保计，还是遵令调军的好。”
“兰溪所说全是为我好，可是我不能为了自保而坏苏州大局。”李鸿章摇了摇头，“苏州城下的战局到了最关键的时候，好比两个人掰手腕，正在僵持。此时一只苍蝇在手上一挠痒，可能就决定胜负。此时我稍微有自保卸责的心思，就好比是那只坏大事的苍蝇。为了淮军数万儿郎的性命，我就把这个风险担起来。”
李鸿章勇于任事，最关键的时候坚持不动摇，这一点是一般人做不到的。周馥的一番好心被辞，却没有“好心当了驴肝肺”的苦闷，他为李鸿章的态度所折服。
“我还有个判断，苗贼不可能冲出安徽。苗沛霖自起事以来，一直在凤台一带称王称霸，从未离开老巢。他的乌合之众也多是本地人，拖家带口，苗沛霖就是想出安徽，他的部众未必跟着他走。他有自知之明，真要离开他的一亩三分地，恐怕也没那个胆量。他不过是个反复小人，占据了地利的优势，其实连个枭雄也算不上。”
“老师是最擅长相人的，肯定也看穿了苗贼的秉性。可是他用兵向来最重一个稳字，不像我有时候像个红了眼的赌徒，敢豁出去赌一把。”李鸿章连连摇头，然后抿起嘴唇喝了口茶，最终下了决心，“就这样，再扛上一个月。不过，苏州的局势不能久拖不决，如果浙江长毛大举来援，局势就真有崩溃的可能。兰溪，你着人把程方忠叫来，我与他商量一下。”
围攻苏州的是程学启的部众，虽然李鸿章也在前敌，但实际指挥要由程学启来执行。所以李鸿章有什么部署，先要与程学启商量。程学启一到，李鸿章把朝廷的上谕和两份参折递过去，想起他根本不识字，就扔到案上说道：“方忠，有人参劾我不让淮扬水师北上，是拥兵自卫，不顾大局。”
“贼娘的，这是站着说话不腰疼！”程学启是粗人，一着急自然没有好话，“苏州现在的局势，求援还来不及，再调走淮扬水师，是要老子好看！”
“急也没用，朝廷只督促而无一字责备，也是给我淮军留着脸面。只是苏州的战局不能再拖下去，你可有什么好办法能尽快拿下来？”李鸿章其实是希望从程学启口中听出个具体日期来，或一月，或半月，他心里才有底。
“攻克坚城，只有拿命去搏，有什么好办法！”程学启拿烟袋杆指着奏折说，“这些上折子的人在屋里喝着大茶说三道四，哪里知道我们枪林弹雨是什么滋味？”
“别人怎么想咱们没办法，只有自己想法子尽快破城。”李鸿章摇了摇手，像忽然想起来什么，“方忠，你的手下有没有与苏州长毛相熟的？如果能说动他们投诚，岂不事半功倍？”
“还真有这么个人！”程学启闻言，一拍大腿道。
程学启手下有名叫郑国魁的参将，当年也是家徒四壁，做过盐枭，当过团练，后来投奔了太平军。再后来随程学启一起投降湘军，又一起随李鸿章来到上海。他当年追随太平军时有个好兄弟，如今在纳王郜永宽手下做了个小小的巡检。如今见太平军大势已去，就想投奔淮军，所以悄悄混出城见过郑国魁一次，说明投诚之意。郑国魁将这事报告过程学启，程学启觉得一个小小巡检，做盐不咸，做醋不酸，如果是诈降做内应，反而会坏大事，所以不感兴趣，而且告诫郑国魁不可私下与太平军来往。
李鸿章嘬着嘴唇说道：“方忠，这事我不这么看。他是个巡检不假，但未必仅仅是他的意思。”
程学启吐出一口烟问道：“大帅的意思，是他上面的人放他来试探？”
过了两天，程学启跑到李鸿章大营来高兴地说道：“大帅，真让你说着了，你想都想不到，这个小巡检竟然是替郜永宽来打探的！”