李莲英城府颇深，在帝后关系调和上下了不少功夫，无奈何如今闹成这般局面，看看皇帝可怜的样子，禁不住心生怜悯。他帮着光绪铺开上谕专用的黄纸，又拿镇纸压在上面。光绪看那份上谕，一边抄，一边眼泪就下来了。
现在国事艰难，庶务待理，朕勤劳宵旰，日综万机，兢业之余，时虞从脞。恭溯同治年间以来，慈禧端佑康颐昭豫庄诚奉恭钦献崇熙皇太后两次垂帘听政，办理朝政，宏济时艰，无不尽美尽善。因念宗社为重，再三吁恳慈恩训政，仰蒙俯如所请，此乃天下臣民之福。由今日始，在便殿办事。本月初八日，朕率诸王大臣在勤政殿行礼，一切应行礼仪，著各衙门敬谨预备。
光绪抬头泪眼汪汪：“李谙达，请你尽力保全他们，都是苦命人。”
李莲英也是太监，也是苦命人出身，对光绪这番拜托十分感动：“万岁爷放心，奴才一定尽心尽力。”
出了涵元殿，李莲英对候在外面的二十个新太监道：“你们留在瀛台侍候万岁爷，小心当差。”又对跟随光绪过来的太监说，“你们立即去慎刑司报到，不要耍小聪明，当心聪明反被聪明误。”
到了瀛台北面的桥头，他对两个守桥的太监道：“从今往后，非奉慈谕任何人不得出入瀛台。”
光绪从即日起，就被软禁了。
荣禄和袁世凯及随行人等一下火车，就有奕劻派来的几辆马车过来，领头的正是庆王府的总管，他给荣禄请了个安道：“中堂，王爷让小的在此等候，接您直接去西苑。”
到了西苑，早有太监在昌德门等候，引领着荣禄和袁世凯去仪鸾殿（今怀仁堂），那里是太后的寝宫。奕劻正在恭候，见面便道：“太后今日训政了。”
“不出所料。”荣禄丝毫不感惊讶。
奕劻引着荣禄到了东配殿，听荣禄要言不烦地讲了袁世凯所出首的情况后问道：“仲华，不知道是否会牵连到皇上？”
“好在没有朱谕，总算还有开脱余地。王爷，我有两句话请您鉴纳，一是不可谋废立，二是不可广株连。”荣禄认为无论光绪是否会被牵连进围园密谋中，都不可被废，因为内忧外患之际，国本动摇，将有不测之祸；人心思定，支持变法的人不少，但不能大肆株连，只办首恶就可，不然有可能激出大变。
奕劻回道：“我正是此意！只是如今有人巴不得乱中渔利，废立之心颇炽，仲华务必在太后面前直谏，千万不可兴大狱，更防有人兴风作浪。”
慈禧一进完午膳就立即传荣禄见起。荣禄把密折呈上，慈禧只看了前面一页，原来康党的阴谋不仅要杀荣禄，还要兵围颐和园，真是丧心病狂，便问：“到底怎么回事，你说吧。”
荣禄把事情的来龙去脉一口气说下来，慈禧听了便道：“袁世凯知道康党的阴谋后竟然拖延一天多不肯出首，他分明是首鼠两端。此人比康党还可恶，万不可留！”
荣禄连忙磕头道：“太后，袁世凯不能杀，亲痛仇快的事情不能做。”
慈禧一想也是，告密的人先被砍了头，最高兴的岂不是康党？她点了点头道：“不能杀，那就要大用，你能拿得住他？”
“拿得住。”荣禄连忙打保票，“袁世凯之所以拖延一天多，一则是要向皇上请训，二则是在京中没有合适的人，怕事机不密反而误事，因此一出宫就回到天津。”
“太后放心，袁世凯人才难得，而且忠心可嘉。”荣禄最担心的就是保不下袁世凯，如今有惊无险，极力为他铺陈，“他在小站练兵，首要是的就是培养士兵忠孝思想。他编的《劝兵歌》开头就说：谕尔兵，仔细听，为子当尽孝，为臣当尽忠。朝廷出利借国债，不惜重饷来养兵。如再不为国出力，天地鬼神必不容。”
“好吧，我饶了他。可是，你可得好好管住他。”
接下来，荣禄力陈不废立、不株连的建议，慈禧没有明确答应，但显然是听进去了。
当天崇礼去捉康有为，但康有为那时早就从天津乘重庆轮南下上海了，只捉住了康广仁还有两个仆从。梁启超则逃进日本使馆，在日本人的帮助下逃亡日本。谭嗣同本来有机会与梁启超一起逃走，但他却道：“各国变法无不以流血而成，今日中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，则自嗣同始。”
王照和毕永年都辗转逃到了日本，但因政治见解不同，对康有为人品不满，与之分道扬镳。王照在日本专门发文，揭露康有为伪造密诏之事。此后他埋头创制“官话字母”（汉语拼音），1901年后回国向朝廷自首，被清廷开复原衔。毕永年不满于康有为的“保皇”立场，后来投奔孙中山，加入兴中会。
军机四卿则是在搜查南海会馆中发现杨锐带出的密诏抄件，四人皆名列其中而被下令逮捕。户部侍郎张荫桓、礼部侍郎徐致靖因为连上奏折、支持变法也被刑部捉拿。徐致靖在变法期间最为活跃，与康梁联系十分密切，但他父亲与李鸿章是同年，李鸿章出手相救，竟然把他救下来了。军机四卿外加康有为的胞弟康广仁无人敢救，另外还有御史杨深秀竟然上折责问太后为什么要软禁光绪，惹恼了慈禧，结果与康广仁及军机四卿未经审讯，拉到菜市口问斩。这就是为变法而牺牲的戊戌六君子。
之后的政局，可用“以旧换新”来概括。军机处有变法倾向的钱应溥、廖寿恒退出军机，新进入军机四人：载漪是满口祖宗家法，荣禄自然不用说，启秀则是以孝闻名、以礼仪为甲胄的顽固大臣，还有一个赵舒翘是刚毅引入军机，唯刚毅马首是瞻。所以整个军机处，成了守旧派的天下。总理衙门大臣徐荫桓是出使过日本，有外交经验的人才，但因为支持变法被发配新疆，李鸿章没有恢复总理衙门大臣的职务，而是被派去山东治理黄河，新入署的大臣中，除许景澄、联元、裕庚等人曾任驻外使节外，其他如桂春、瑞洵、吴廷芬、赵舒翘等人全无外交经验。更不可思议的，各省的督抚将军竟然全部兼任总理衙门大臣，总理衙门大臣一下增加到三四十人，而且遍及全国十几个行省，外交怎么办？意见如何统一？这样只是便于太后将来操纵外交而已。
现当时事艰难，以练兵为第一要务，是以特简荣禄为钦差大臣，所有提督宋庆所部毅军，候补侍郎袁世凯所部新建陆军以及北洋各军，悉归荣禄节制，以一事权。该大臣务当统率有方，认真督练，随时稽复，毋稍疏懈，俾各军悉成劲旅，用副朝廷整饬戎行之至意。
不任直隶总督而掌直隶军权，荣禄是集军政大权于一身。
袁世凯也是获利者。荣禄内调军机大臣，朝廷令袁世凯署理直隶总督，虽然只有十几天，但他为朝廷所信任已经毋庸置疑。随后袁世凯又上奏，认为驻直隶的各军互不统属，不能联络一气，建议合编为武卫军，由荣禄统领，并由荣禄另募万人作为亲兵。当然，这个建议必定是他与荣禄事先沟通过的。朝廷很快旨准，将直隶军队编为武卫军，驻天津芦台的直隶提督聂士成所部编为武卫前军，驻扎蓟州的甘肃提督董福祥部甘军编为武卫后军，驻扎山海关的四川提督宋庆统率的毅军编为武卫左军，袁世凯的新建陆军编为武卫右军。荣禄另募旗丁一万人作为武卫中军，驻扎南苑。武卫军的军饷全部由户部核拨，成为朝廷依赖的柱石，而这五支武卫军中，袁世凯的右军最为精锐。
武卫右军编成不久，十一月二十五日，在荣禄的极力推荐下，太后召见袁世凯。到了十二月初一，慈禧又恩赏福字荷包、银钱、银锞、食物等项。过了年，内阁又奉上谕：
荣禄奏，新建陆军，训练三年，著有成效，请将出力员弁，择优保奖一折。新建陆军，经候补侍郎袁世凯悉心擘画，照泰西操法，训练精勤，现已历三年，确著有成效，该侍郎勤明果毅，办事认真，深堪嘉尚。袁世凯著交部从优议叙。所有该军得力员弁，著荣禄传知该侍郎，准其择尤酌保，毋许冒滥。钦此。
只是光绪对袁世凯恨之入骨。他经常在纸上画一只王八，大写一个“袁”字，以小弓箭射之，射中则开心一笑。逃过一劫的变法支持者也深恨袁世凯，编成童谣在京津传唱——
六君子，头颅送。
袁项城，顶子红。
卖同党，邀奇功。
康与梁，在梦中。
不知他，是枭雄。