“现在的情形是，不可为就不能为，我们不能不放弃此行的目的。我们完不成任务，无非丢的是脸面；真如黎副总统在电文中所说，瓜分之祸即在眼前，那我们的罪过可就大了。”
蔡元培叹息道：“要论玩弄权术，我们都不是袁慰廷的对手，就连孙先生、黎副总统、黄总长在内，都不是对手。自从与袁慰廷交手以来，南方一直在退让，共和国体，我们是形胜而实败，最后当上大总统的是袁慰廷；为了限制袁慰廷，孙先生想出了南下就职的办法，如今不得不再次退让；定都的争议，也不得不让步北京。”
“形势如此，不得不让。说到根本上，不是我们权术不及袁总统，实在是实力不如人。如果实力够，孙先生的北伐就不会虎头蛇尾。”
蔡元培召集欢迎团全体人员开会讨论办法，大家都认为再坚持袁世凯南下就职已经没有意义。于是再次向南方发电，这次提出了明确的建议：取消让袁世凯南下就职的要求；将临时政府设于北京。袁世凯在北京就职，派内阁总理到南京组织政府，然后与参议院一起迁往北京。
孙中山不得不再次让步，参议院经过议决，同意袁世凯在京就职，决定了五条办法。一是参议院电知袁大总统，允其在北京受职；二是袁大总统接电后，即电参议院宣誓；三是参议院接到宣誓之电后，即覆电认为受职，并通告全国；四是袁大总统受职后，即将拟派之国务总理及国务员姓名，电知参议院，征求同意；五是国务总理及国务员任定后，即在南京接收临时政府交代事宜。孙大总统于交代之日，始行辞职。
袁世凯回道：“我当然遵从临时约法。不过，以我个人之见，我担任此职系属临时，可以五年为限。至于将来别人接手，则当以十年为宜，不可过短。不然，还不等为国民办事，又到了应付选举的时间，徒生纷扰之弊。我承蒙诸公推举，本当为同胞效微劳，无奈年力就衰，五年已属不支，五年以后，必当退职，以免久尸重任，贻误大局。愿蔡先生向国民宣布，以表明袁某心迹。”
“大总统的心迹培等明白。大总统以为，是否应当设立内阁？”
“内阁必须设立，但应格外详慎，才能组织妥善。”
1912年3月10日，石大人胡同的迎宾馆内外装点一新，披红挂彩，从早晨就人来人往，非常热闹。今天是袁世凯宣誓就任临时大总统的日子。
仪式定于下午三时举行，两点多后各方人士就陆续到来。与会者百余人，迎宾馆的大堂容不下这么多客人，就连外面的廊道上也挤满了人。人群中最显眼的是着洋装拄文明杖的洋人公使，以英国公使朱尔典为首；也有着军服的将领，前陆军大臣荫昌，北洋袍泽段祺瑞、冯国璋、段芝贵等；也有脑后挂着长辫的满蒙亲贵代表，还有着红衣的喇嘛。
下午三时，袁世凯进入会场，一时间军乐大作。他身着新设计的大元帅军服，佩长剑，那身军服很气派，但因为袁世凯个头矮胖，脖子又短，军帽有些略大，他走路的姿势又有些摇摆，大总统的威仪因之逊色不少。他走到台上居中站立，面南正立。蔡元培站在一边，代表参议院接受袁世凯的宣誓。
袁世凯举起右手，用他略带河南口音的“官话”宣誓道：“民国建设造端，百凡待治。世凯深愿竭其能力，发扬共和之精神，涤**专制之瑕秽，谨守宪法，依国民之愿望，蕲达国家于安全强固之域，俾五大民族，同臻乐利。凡兹志愿，率履勿渝！俟召集国会，选定第一期大总统，世凯即行解职。谨掬诚悃，誓告同胞。大中华民国元年三月八日，袁世凯。”
众人一齐鼓掌。
蔡元培代表孙中山致祝词后，袁世凯致答谢词：“世凯衰朽，不能胜总统之任，猥承孙大总统推荐，五大族推戴，重以参议院公举，固辞不获，勉承斯乏。愿竭心力，为五大民族造幸福，使中华民国成强大之国家。”
接下来，由工作人员宣读《大赦令》，除真正人命案和强盗外，无论轻罪重罪，已发觉未发觉，皆除免之；又宣读《免除民国以前地丁钱粮漕粮》“所有中华民国元年以前应完地丁、正杂钱粮、漕粮实欠在民者，皆予除免”；再宣读《告内外文武各官令》《告海陆军人令》，这两个令，均强调“破除私见，服从中央命令，以期实行统一”。
袁克定回道：“美中不足，实行内阁制，大总统的权力要被分去不少。”
袁世凯挥挥手道：“那要看什么人当这个大总统。我已经推荐唐少川当国务总理，孙逸仙已表同意。少川是我一手提携，他能跟我争权力？他敢跟我争权力？谅他不会。”
第二天，参议院给袁世凯发来贺电，不过，这份贺电让袁世凯很不悦。这份电报礼节性的祝贺后，强调要袁世凯遵守《临时约法》：“本院代表国民尤不得不拳拳敦勉者：临时约法七章五十六条，伦比宪法，其守之唯谨，勿逆舆论，勿邻专断，勿押非德，勿登非才，凡我共和国五大民族，有不至诚爱戴。”
这哪里是贺电，简直是警告电嘛！与这份贺电同时，还发来了《中华民国临时约法》，请袁世凯以临时大总统名义发布。这部临时约法共七章五十六条，首先规定了中华民国的性质，由中华人民组织之，主权属于国民全体，领土为二十二行省、内外蒙古、西藏、青海；以参议院、临时大总统、国务员、法院行使其统治权。尤其是体现了民主精神，强调帝制非法、民主合法，规定中华民国人民一律平等，无种族、阶级、宗教之区别，人民享有人身、居住、财产、言论、出版、集会、结社、通信和信教的自由，人民有请愿、诉讼、考试、选举及被选举等权利。不过，在袁世凯看来，这部临时约法纯粹是为了对付他。
他向梁士诒抱拳道：“孙文真是岂有此理！当初他回国就任临时大总统，制定的《临时政府组织大纲》完全学习美国，采用的是总统制，总统有至高无上的权力。据说当时反对的人也不少，比如宋教仁等人就主张实行内阁制，可是他说：‘现在百端待理，我不能当了总统，还要受诸多掣肘，以致无法施政。’可是，一看他这临时大总统当不成了，这个大总统非我不行了，他又授意参议院，制定的约法完全采用法兰西的内阁制。你倒看看我这个大总统，简直就是参议院的跟班嘛！”
根据临时约法的规定，参议院权力计13条又12款，集立法、行政、司法于一身，中国的议员摇身一变，俨然如无法无天的美国议员一样。大总统虽然总揽政务、公布法律、制定官制官规、任免文武官员的大权，但都不得独立行使，须由国务总理及各部部长附署，且咨送参议院审议批准。
梁士诒解释道：“我听杨五爷说，参与制定临时约法的四十余名参议员中，同盟会会员三十余人，立宪派仅八人，我们北洋没有一个代表。所以这个临时约法，对大总统当然不利。”
“孙逸仙几十年来一直在外国游**，他对外国人的了解比对中国人还深，他只能算半个中国人，他照搬洋人的东西，怎能合中国的水土？”
袁世凯鼻子里哼了一声道：“我这个人不怕有人算计，不怕有人与我争高低，好啊，是骡子是马拉出来遛遛，我就不信，活人能被这样几页纸困死！走着瞧好了！”
第二天，袁世凯找唐绍仪详谈。国务总理已经决定由他出任，这个问题不必再谈，需要谈的是内阁阁员。袁世凯最关注陆军、内务、财政三个总长，他建议分别由段祺瑞任陆军总长，赵秉钧任内务总长、熊希龄任财政总长。唐绍仪则认为，黄兴在军界影响颇大，是南方二号人物，恐怕南方会谋求让他出任陆军总长一职。袁世凯连连摇头：“少川，其他各部总长都可商量，唯有陆军总长一职，非由芝泉出任不可。”
最后两人确定十二部的总长人选，外交陆征祥或伍廷芳、内务赵秉钧、财政熊希龄或陈锦涛、陆军段祺瑞、海军蓝天蔚或刘冠雄、司法王宠惠、农林徐根先、工业陈幌、商业刘炳炎、交通詹天佑、邮传梁士诒。
次日，袁世凯发电孙中山，正式举荐唐绍仪为国务总理，“现国务总长拟派唐君绍仪。国基初定，万国具瞻，必须华洋信服，阅历中外者，始足膺斯艰巨。唐君此其选也。公如同意，请将此电送交参议院，求其同意”。
然而，在参议院议决时遇到了阻力。参议院议员以同盟会会员占多数，他们认为首届国务总理必须是同盟会员，如果这样，袁世凯肯定不会同意。这时有人提议，首届总理人选必定是新旧总统都能信任的人。唐绍仪为新旧两位总统所信任，唯一遗憾的他不是同盟会员，那就让唐绍仪加入同盟会好了。这个提议一提出，立即响起热烈掌声。方案报孙中山，他认为劝说唐绍仪入同盟会当无问题。于是回电袁世凯，同意任命唐绍仪为国务总理。
于是袁世凯发布临时大总统令，任命唐绍仪为国务总理，并让他尽快南下组建临时政府。
唐绍仪于3月24日到达南京，次日在参议院演讲，发布施政纲领，他儒雅、开明的形象受到好评。但接下来在讨论内阁人选时却遇到很大困难，正如所料，南方坚持黄兴出任陆军总长，而且坚持宋教仁、陈其美必须入阁。双方争执不下，数天没有结果。
报纸舆论，对双方争执不下也多有指责。于是双方各让一步，袁世凯所力争的陆军、内务、财政三席完全如愿，孙中山所关注的宋教仁出任农林总长，陈其美出任工商总长。黄兴没能入阁，最后袁世凯任命他为南京留守，让他负责统辖聚于南京的革命军。调整后的内阁设十个部，而不是袁世凯所计划的十二部，实力部门被袁系人马占据，作为妥协，唐绍仪许诺将来直隶总督一职由广西副都督驻南京第三军军长、原广西布政使王芝祥担任。交通总长袁世凯提议的梁士诒未获通过，南方提出的人选袁世凯又不同意，最后由唐绍仪兼任。
3月30日，双方终于在阁员上达成一致，总理兼交通总长唐绍仪，外长陆征祥，内务总长赵秉钧，海军总长刘冠雄，财政总长熊希龄，司法总长王宠惠，教育总长蔡元培，农林总长宋教仁，工商总长陈其美。十个总长，王宠惠、蔡元培、宋教仁、陈其美是同盟会员，赵秉钧、段祺瑞、刘冠雄是老北洋，熊希龄是立宪派，陆征祥在策动外交官配合袁世凯逼退清帝中立了功劳，虽是职业外交家，也算半个北洋人，唐绍仪是老北洋、新同盟会员。这样看来，南北双方势均力敌。不过，参议院中同盟会会员占据绝对优势，因此形势对袁世凯很不乐观。
袁世凯发布总统令，任命各部总长。孙中山也于4月1日在参议院举行解职仪式，正式辞去临时大总统职务。袁世凯立即发电给孙中山，“闻公宣布解职，国事代以世凯自荷综览，深虑陨越。公为民国第一华盛领，功成自迟，万众倾心，此后建设事宜，多待雅教，乞即日北上，惠我方针”。
同时袁世凯还有一电给唐绍仪，让他代转参议院，要求临时政府及参议院移至北京，“现在各国务员已经发表，统一政府，完全成立。前承贵院议决，允本大总统在北京受职，此后本大总统所发表命令，须要国务总理及各总长附署，总理及各总长对于进行事项，亦须随时商承。若南北暌隔，政务无由执行，请贵院与临时政府移北京至要”。
参议院经过商议，自4月8日起参议院休会十五天，限于4月21日各议员齐集北京。唐绍仪与参议院议员及各部总次长共80余人，自4月15日乘汽船北上，直驶天津，如期到达北京，4月底，参议院在原资政院旧址，举行开院仪式。自此，南北政府合而为一，中国名义上也获得了统一。