俄人拓境日广，由西向东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂。徙薪宜远，曲突宜先，尤不可不豫为绸缪者也。若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺。为划久安长治之策，纾朝廷西顾之忧，则设行省、改郡县，事有不容己者。
朝廷见左宗棠态度如此坚决，而且新疆军事又是如此顺利，此时停止西征实在心有不甘，所以下旨给左宗棠——
关外军情顺利，吐鲁番收复后，南八城门户洞开，自当乘胜底定回疆，歼除丑类，以竟全功。该大臣亲总师干，自以灭此朝食为念。着左宗裳统筹全局，精心谋划，为朝廷抒西顾之忧。
光绪三年秋天，军粮到齐，天气凉爽，左宗棠命刘锦棠率部西进，开始了收复南疆八城的战役。
所谓南疆八城，是乾隆二十四年平定南路后，建立的八座城池。天山脚下围绕塔克拉玛干沙漠的喀喇沙尔、库车、乌什、阿克苏，此为东四城，因为较穷而称“穷四城”；继续往西往南，则是喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田，这里物产较为丰富，商业发达，被称为“富四城”。
刘锦棠自八月二十五日从托克逊出发，十月已逼近喀喇沙尔、库尔勒。敌军为了迟滞官军行动，引开都河水灌注，使这一带成为一片泽国，深的地方可以没顶。
当地百姓踊跃当向导，带领大军渡泽国，跨洪流，于十月七日到达喀喇沙尔。此时城内已水深数尺，一无所有。九日之后，大军又抵达库尔勒，这里本是阿古柏三子亲自驻守的地方，现在竟也变成一座空城。清军过沼泽时将粮食辎重大部分丢弃，此时军粮严重不足，一时陷人困境，急求后方抢运。
左宗棠焦急万分，一面督促从托克逊等地抢运，一面提醒刘锦棠向民众求援。官军因纪律严明，深得百姓拥戴，在当地百姓的帮助下，大军掘出窖藏粮食十余万斤，解了燃眉之急。三天后军粮源源运到，大军无断粮之忧，继续西进，六天急行军九百余里，一路之上数次杀溃敌军，救出被胁迫民众十万余人，歼灭敌军数千，收复了库车。在库车城，大军又缴获大批军粮，羊一万二千只，西瓜近万斤。
左宗棠得到捷报，十分高兴，新疆是肥腴之地，不可轻弃，这就是最好证明。于是他将刘锦棠的南疆见闻上奏朝廷，慈禧看了也是十分高兴，感慨道：“当初有人说新疆是数千里之荒地，真是大谬不然。”
左宗棠又复信给刘锦棠，让他一定要做好善后，在各城设赈局，督促百姓耕种放牧。随后还要修筑道路，添造船只，修设驿站，便利军民客商。
西征军紧紧追敌不放，一路上敌军虽数次摆阵接仗，但都是一触即溃，官军越战越勇，敌军胆气日寒。官军每到一城，都受到当地百姓的热烈欢迎。而阿古柏三子再施诱骗胁迫的伎俩已不管用，阿克苏等城民众已关闭城门，不许他进城，原先附敌的清军及地方武装也纷纷倒戈。这样到十一月中旬，官军就收复了喀什噶尔，继而又收复叶尔羌、英吉沙尔、和田。至此，南疆全境收复，阿古柏的三子仅率少数亲信逃到了俄国境内。
沦陷十三年之久，面积一百六十余万平方公里的新疆，除了伊犁外，大部被收复了。这样大的战役，从光绪二年六月初一到九月二十一日，收复北疆历时不到四个月；从光绪三年三月初一日到十三日，收复南疆门户，历时不到半个月；从七月十七日到十月二十九日，收复南疆，也只用了四个多月。在中国几千年的历史上，从敌军手中收复沦丧十几年的大片国土，用兵如此神速，史所罕见。
天还没亮，急促的马蹄声便打破了京师的安静。
养心殿内，早朝未散，两宫皇太后正在听政。李莲英擎着明黄的盒子走进大殿，跪倒在地道：“启禀太后，新疆六百里急报到。”
慈禧的心一下提到了嗓子眼上，慈安也紧张得脸色有些难看。这样的情形有过前例，那次是曾国荃有捷报进京，当时战事凶险，还以为是败报，把大家吓得胆战心惊。恭亲王估计十有八九是捷报，但又不能妄猜，只盼着慈禧快些拆开。
慈禧有意慢吞吞地拆开密折，看着看着眉头就渐渐舒展了，到了最后竟然爽朗地笑了起来，道：“姐姐，左宗棠收复新疆了！”
大家立即跪倒在地，齐声高呼道：“贺喜太后！”
李莲英把折子递给众人看，大家顾不得礼仪，凑在一堆争着传看。
慈禧一脸喜色笑道：“左宗棠从光绪元年六月钦差督办新疆军务，至今年彻底击败贼军匪众，不过两年半的时间。西征军好像是从去年六月份开始发动进攻吧？算起来真正征战不过一年半的时间，真是大出意料。姐姐，你说咱们该怎么赏赐左宗棠？”
“奴才以为收复新疆，左宗棠功劳极大，可按照道光年间长龄平定叛匪张格尔封公的例子，封左宗棠为一等公爵。”文祥兴致勃勃提议。
恭亲王则不赞同，摇摇头道：“封公爵恐怕不合适。曾国藩克复金陵，只封了一等侯。左宗棠是曾国藩推荐的，他所率最得力的老湘营原是曾国藩的部属，将领刘松山也是曾国藩所举荐，如果左宗棠封公，那么从前赐封曾国藩未免就太薄了。”
“有道理，汉人封爵，不能超过曾国藩。”慈禧点了点头道。
一直保持沉默的慈安则问道：“左宗棠现在是什么爵位呀？”
“是一等伯。”恭亲王代为回答。
“那就升他为二等侯怎样？”慈禧以征求意见的口吻问道。
慈安自然不反对，于是朝廷当日明发谕旨：
新疆沦陷，十有余年，朝廷恭行天讨，特命左宗裳以钦差大臣督办新疆军务。该大臣剿抚兼筹，议定先规北路，首复乌鲁木齐以扼其总要，旋克玛纳斯，数道并进，规复吐鲁番等城，力争南路要隘，然后整旗西行，势如破竹。现在南疆八城一律收复，此皆仰赖昊天眷佑、列圣垂休，两宫皇太后宵旰焦劳，知人善任。又能内外一心，将士用命，成此大功，上慰穆宗毅皇帝在天之灵，下符海内臣民之望，实深欣幸。领兵大臣等栉风沐雨，艰苦备尝。钦差大臣大学士陕甘总督左宗裳筹兵筹饷，备历艰辛，卒能谋出万全，迅奏伟功，着加恩晋为二等侯。钦此。
此后又陆续下旨，对西征大军论功行赏。就是英俄等国人，对左宗棠收复新疆，也是大为惊奇。
驻英公使郭嵩焘从英国人的报纸上得到了新疆收复的消息。英国人评论道：
中国人克复新疆，毫无疑问，这是五十年来在中亚发生的最值得注意的事件。同时，这是自从一个多世纪以前，乾隆征服这个地区以来，一支由中国领导的军队所曾取得的最光辉的成就。中国人的所有军事行动都有他们的非凡的深谋远虑特点，这些行动表明中国将军和他的副手的非凡才干，也表明他的士兵有服从、勇敢和忍耐力。平时欧洲人轻视中国人不能用兵，今天看来，我们必须清醒过来……