但证明心学出于禅学，正如证明象数之学出于道士，也是清学的一个大问题。后来颜李学派在这一点上出了不少的力；戴震的《孟子字义疏证》也是要证明这一点。
三、考证的精神
清学所以真能迥然超绝前代，一小半在于他的成绩，一大半在于他的基本方法与精神。他们自称为考证之学，或考据之学，或考核之学。总而言之，这是一种实证主义的精神与方法。他的要点只是“拿证据来！”（无证则不信。）实证主义有两方面，一是破坏的疑古，二是积极的考信。
在疑古的方面，顾氏也是一个开山前辈：他不信《书序》，不信《古文尚书》，不信先天象数之学，开后来阎若璩、姚际恒一班人的先路。
在积极的方面，他的功劳更大，因为考证的方法到他手里才正式成立。他的《音学五书》，尤其是其中的《唐韵正》，字字是站在证据之上的。他考证一个字的古音，往往要举出一百几十个或二百多个证据来。这是从古以来不曾有过的！
从这个方法出世以后，中国的学术史上才开一个新纪元。清学便是建筑在这个考证方法之上的！无论是攻击伪书，是考证古音，是考证古训诂，是考据古制度，是考究金石器物，……总少不了这一个“拿证据来”的法宝。
四、历史的研究
清代的学术思想有一个极重要之点，往往为人忽略了的，就是他的历史的方法。不懂的人叫他做“复古”。但我们试问，汉学家为什么要回到汉儒呢？他们说：“因为汉儒去古未远”。这“去古未远”的见解就是一种历史的见解。
试问今文家为什么要推翻东汉而回到西汉呢？他们说，因为西汉更古于东汉。这也是一种历史的见解。顾炎武对于这一点的见解最明白，他说：
经学自有源流。自汉而六朝，而唐，而宋，必一一考究，而后及于近儒之所著，然后可以知其异同离合之指。如论字必本于《说文》，未有据隶楷而论古文者也。（《与人四书》）
这个寻源溯流的方法，就是历史的方法。当日认汉为最古，故有迷信汉儒的风气。但王念孙、王引之诸人觉得先秦诸子的书更多参证的价值，所以就遍校诸子了。
后来吴大徵以后，便可以用金文来补正《说文》了；后来罗振玉们出来，又可以用甲骨文字来补正《说文》了。又如古音之学，宋人没有历史的观念，故有叶音之说；汉儒知道古来声音有变迁，然后有古音之学。这就是历史的方法。
有了历史的观念，对于历史之学的兴趣自然也跟着发达。顾氏著有许多种金石舆地的书，《日知录》里也有无数历史的研究。后来清代学者对于史学的成绩，比前代都大：
1。校勘古史，如钱大昕、赵翼、梁玉绳等。
2。作局部的专史，如各家补的《元史》。
3。怀疑古史，如阎若璩、姚际恒、崔述、刘逢禄、康有为、崔适等。
4。增添史料：A、方志的注重。（章学诚等）
B、古书的保存。（《四库》及私家）
5。史学的附属科学的发达。
（1）文字学
（2）金石学
（3）钱币学
（4）地理学，等等。
清代的思想史，约可分三个时期：
第一期顺治、康熙两朝（1640～1730）
第二期乾隆、嘉庆两朝（1730～1820）
第三期道光以后（1820～1910）
上章所说四个趋势，三个时期都有，不过注重之点稍有不同，遂形成了三个时代。
第一个时期重在实用主义与反玄学的运动，而考证的方法与历史的眼光都还在开始萌芽的时期。
第二期里，玄学已成末路，而实用的时机很少，故此时期偏重考证之学；历史之学也很发达。一般代表的学者都不谈实用，都趋向为学问而做学问，故学术之盛超越前古。
思想方向似稍寂寞，但戴震、章学诚、袁枚、焦循、崔述都出于此时，不过建设多而破坏少，表面上不如第一期的热闹罢了。
第三期为多事之秋，实用的需要又起来了，于是实用主义与考证的方法，历史的见解，合婚而成为今文学的运动。
第一个时期的代表人物：
孙奇逢吕留良
黄宗羲颜元
顾炎武阎若璩
王夫之张尔岐
陆世仪黄宗炎
张履祥应谦