使用童工与掺假糖浆
瓶装厂以尽可能低廉的成本雇用员工，其通常的做法就是雇用童工。1902年，托马斯也帮他的瓶装厂找了一个有责任心且廉价的助手，他是一名“黑人男孩”，每周只要4美元薪水。尽管未来的工资会稍微上涨一点，但是在可口可乐瓶装厂里从事单调乏味的手工活的劳工从来就没有拿到过体面的薪水。后来几年，由于工厂的噪音和手工活的极度枯燥，很多工厂都开始以低得不能再低的工资雇用聋哑工人。
托马斯修改与可口可乐公司的合作协议后，继续和往常一样寻找各种生意场上的捷径。他开始在自己的糖浆里掺假，这是所有品性端庄的可口可乐人都嗤之以鼻的行为。1901年9月，托马斯匆匆忙忙从默克公司订购了10英镑糖精做实验。次年1月的时候，托马斯给他的瓶装厂送了一份加密的“简易糖浆”秘方。由于加入了适当比例的焦糖色、磷酸和糖浆，瓶装厂可以用1加仑的糖浆生产出144瓶可口可乐。在紧接着的几个月里，托马斯致力于研究这个新糖浆混合物的比例，因为它与正宗的可口可乐在颜色、酸度和甜度等方面只有很微小的差异。托马斯在致匹兹堡瓶装厂的信中说：“我认为，把你的可口可乐变得甜了一点并没有什么错……我保证变甜后的可口可乐味道会更好。”他还继续说，由于酸度不同，“口味也会改变”。
托马斯在他的辩护词中解释说，他加糖精不仅仅是因为糖精比蔗糖要便宜很多，更因为糖精具有防腐剂的功效。很早的时候，他就为不清澈的饮料而烦恼——饮料中总是有一些不讨人喜欢的沉淀物。刚开始，他还把这些归咎于哈钦森瓶塞，以为是哈钦森瓶塞惹的祸。但他后来发现，使用皇冠木塞之后仍然存在同样的问题。他意识到，水源被污染才是真正的罪魁祸首。只是个业余药剂师的托马斯对可口可乐胡乱地使用了加热杀菌法，结果却败坏了可口可乐的风味。最后，他想到了用明矾来净化水质，并建议在使用前先过滤糖浆。