大抵一说到自然，人便追溯到已往去，认为自然状态在先，不在后。此因不知有自然之演进，并不知有人文的自然，不知有自然之极致。庄、老、清谈、禅宗，即宋学家中或多或少，都犯此病。他们总想在避免一切人力和智巧的情况下来窥探人生自然之本来状态。他们不知由人文境界言，自然也有差谬。必求自然之极致，始可无差谬。而此自然之极致，也决非违逆自然。
东原又谓：
古人多言命，后人多言理，异名而同实。命者非他，就性之自然，察之精，明之尽，归于必然，为一定之限制，是乃自然之极则。若任其自然而流于失，转丧其自然，而非自然也。故归于必然，适完其自然。（《绪言》卷上）
理只是指的自然中许多条理。到达此条理，不可逾越，此即自然之限制，故古人称之为“命”。但有看似限制而并非限制，看似不可逾越而仍可逾越者，若遽在此处看似止步，此是穷理未尽，此依然是一种不知命。仍未到达自然之极限，此即于性有未尽。未尽其性，亦即是不知天，不知命。要尽性，便该对自然“察之精，明之尽”，此是尽心。故孟子说“尽心可以知性，尽性可以知天”。只孟子仅从情之推扩处说，而此种推扩，则有赖人之智慧对外面自然之真了解。故东原说：
躬行而知未尽，曰仁曰诚，未易几也。此乃程朱胜陆王处。（《绪言》卷中）
故理义非他，所照所察者之当否也。何以得其当否，心之神明也。（《緒言》卷中）
东原根据此基本观点来衡量各派思想之异同得失。他说：
孔、孟之异于老聃、庄周、告子、释氏者，见乎天地人物事为有不易之则之为必然，而博文约礼以渐致其功。荀子见于礼义为必然，见于不可徒任自然，而不知礼义即自然之极则。宋儒亦见于理为必然，而以理为太极，为生阳生阴之本，盖以必然非自然之极则，一似理亦同乎老聃、庄周、告子、释氏之所指。老聃、庄周、告子、释氏，以自然为宗去其情欲之能害是者，即以为已足。周子濂溪。论学圣人，主于无欲。王文成阳明。论致知，主于良知之体。皆以老、释废学之意论学，害之大者也。濂溪志伊尹之所志，学颜子之所学，实无此病。阳明之拔本塞源论，亦可无此病。惟陆王末流，实有废学之意。（《绪言》卷下）
以上是东原《绪言》书中的大义。直到东原第三部著作《孟子字义疏证》，始对“理”字再提出一新见解。他说：
理也者，情之不爽失也。未有情不得而理得者也。天理云者，言乎自然之分理也。自然之分理，以我之情絜人之情而无不得其平是也。（《孟子·字义疏证》卷上）
自然既可有物理的与人文的之别，则自然之理亦可有物理与情理之别。人生即是一自然，而人生一切主要动机，皆属于人之性情与欲望。则研穷自然之理，如何能蔑弃人之情欲于不顾。宋儒把天理、人欲过分严格划分，终是一大偏陷。东原始正式对此大肆抨击。他说：
理者存乎欲者也。（《孟子·字义疏证》卷上）
凡事为皆有于欲，无欲则无为矣。有欲而后有为，有为而归于至当之谓理。无欲无为，又焉有理。（《孟子·字义巯证》卷下）
就物理的自然言，无器则无道，无气则理无处挂搭。就人文自然言，则无欲即亦无理。但深一层言之，东原亦把理的范围看狭窄了，其病亦从陆王来。但陆王言“心即理”，东原却说“欲即理”，流弊会更大。东原又说：
通天下之情，遂天下之欲，权之而分理不爽是谓理。（《孟子·字义疏证》卷下）
东原之意，情欲是一切人文真理之本原。若人无情欲，则根本将无人文之理。一切只剩“物理”而止。但在人群中分别理、欲，亦是人文真理。东原之言，终不免于偏激。东原又本此而力辨古今言理之大别。他说：
古之言理也，就人之情欲求之，使之无疵之为理。今之言理也，离人之情欲求之，使之忍而不顾之为理。（《孟子·字义疏证》卷下）
苟舍情求理，其所谓理，无非意见也。未有任其意见而不祸斯民者。（《孟子·字义疏证》卷上）
求物理可以舍情求之，求人事之理，绝不该舍情而求之。然情与欲亦究当有辨。东原又曰：
理欲之辨，谓不出于理则出于欲，不出于欲则出于理。其言理也，如有物焉，得于天而具于心，于是未有不以意见为理之君子。理欲之辨，适成忍而残杀之具。（《孟子·字义疏证》卷下）
视人之饥寒号呼，男女哀怨，以至垂死冀生，无非人欲。空指一绝情欲之感者为天理之本然，存之于心。及其应事，幸而偶中，非曲体事情，求如此以安之也。不幸而事情未明，执其意见，方自信天理非人欲，而小之一人受其祸，大之天下国家受其祸。徒以不出于欲，遂莫之或寤也。（《孟子·字义跋证》卷下）
故今之治人者，视古贤圣体民之情，遂民之欲，多出于鄙细隐曲，不措诸意。而及其责以理也，不难举旷世之高节，着于义而罪之。下之人不能以天下之同情，天下所同欲，达之于上，上以理责其下，而在下之罪，人人不胜指数。人死于法，犹有怜之者。死于理，其谁怜之！呜呼！杂乎老、释之言以为言，其祸甚于申、韩如是。（《孟子·字义疏证》卷上）
东原此番议论，可谓沉痛已极。人类思想界，往往喜欢凭空就其个人聪明思辨之所至，来孤立一理，回头再把此理绳限一切实际之事象。不悟彼之所谓理者，不过其一人之意见。此种意见，若仅在其门人弟子间讲授，社会私家传述，为祸尚浅。若一时蔚成风气，并为在上之政治势力所援用，则为祸之烈，不可想象。此种例证，就西方思想史言，尤为显著。宇宙由一至善之上帝创造，此一信仰，据近代人类智识平心估量，依然只能说是一种意见，但西方历史上因宗教信仰之不容忍而杀人流血的惨烈，是何等地可怕呀！近代所谓天赋人权说，显然由宗教信仰作根柢。谓国家政权由社会公约所转付，此何尝有历史的客观证明？显然仍不过是一种意见，然而法兰西大革命因此激起。法国乃及欧洲，为此流了几多血，杀了几多人，其数量之钜，还不可骇么？黑格尔的历史哲学，雅利安血统的先天优异，人类历史文化之命定的前程，何尝不是一种意见呢？然而激动了近代德意志民族之狂妄幻想，由威廉直到希特勒，杀人流血，较之法国大革命，数量之钜，更又远过。马克思的历史哲学，是只沿袭黑格尔的历史哲学之形式而略加变更，遂有他的唯物辨证法与阶级斗争论。直到列宁、史太林掀起俄国革命，继续领导世界革命，为此杀人流血，其数量之钜，又超过了法、德两国之所演，而至今仍未见其所届。在他们说是指导世界人类历史文化演进的唯一真理，其实还不是一个意见吗？古希腊哲人柏拉图的《理想国》，幸而仅是一私人理想，若果演成事实，岂不也要杀许多人，流许多血？可见戴东原所谓“自信天理”而其流变为“意见杀人”，在西方思想界觅例证，是最为深切著明的。只有中国思想，其一向的道路与西方不同。尤其是儒家思想，总喜欢体民之情、遂民之欲，只就眼前可见的人情、人欲，抱一种深透博大的同情敏感，此即孔子之所谓“仁”。来切近立说，此所谓“道不远人”。平易教人。此所谓“以人治人，其则不远”。因此若把西方思想界的格套来看中国，容易感到中国思想界，既没有西方人的那种宗教热忱，又没有西方哲学家般的那种深微的思辨，又没有西方科学家般的那种严刻的证成。总像没有一种超越现实的高远想象，又没有各是其是的独特创见。所有只像是平庸、浅近、软弱与雷同。不知这些正是中国思想在世界人类思想中最超越、最独特、最灵动的智慧，与最细密的观察之具体的表现。中国所以能抟成如此广大的民族，绵历如此久长的历史，卓然创成了现世界人类中最有价值的一种和平文化之种种成绩，应该从其思想史上来体认。佛教入中国，才始在中国思想史里放了一异彩，然佛教思想，大体说来，实是近于西方性的，非中国性的。说理甚玄，而中间羼进了许多不近人情处。换言之，是哲学、宗教味重，人情常识味浅。较之孔孟说理之浅易平庸，远不相类。然试问涅槃究竟到底是人生的真理呢？还是像戴东原所说的依然是一种意见呢？若还不脱是一种意见，则何如孔孟般，老老实实以人人的意见作为意见之更近人生真理呢？我们最可注意的，禅宗之把佛学思想中国化，这应该是一种宗教革命，然在中国，不杀人，不流血，和平完成了，这岂不是人类历史一大异迹？宋儒思想，亦不免还带许多佛学成分。朱子之所谓理，朱子只说到“理先于气”。是最富西方般的哲学气味的，遂引起戴东原深刻的驳难。其实朱子思想，并未闯出如上述西方般的“意见杀人”之大祸。只因满洲政权对当时思想界之高压，文字惨狱，焚书酷案，不断兴起。尤其如吕留良、曾静案，雍正颁发《大义觉迷录》于天下学宫，要中国读书人人人阅读。东原有感于此，遂有他《孟子字义疏证》的大声疾呼。而且戴东原之反朱子，亦是反清廷之推尊朱学，奉以为科举考试的标准。若使东原复生于今日，他应该有更沉痛、更可发人深省的呼吁的。可惜东原在当时，是一位最受人崇敬的考据学家，那时经学考据学风正如日方中，而东原言义理三书，即上述原善、绪言与孟子字义疏证。较经学大传统所言，究是太过偏激了，因此并未为其同时及后学所看重。东原在思想史上，也是及身而止，并无传人。