所有事物都是流动的
帕梅尼德斯的时代另有一位哲学家叫做赫拉克里特斯（约公元前五四〇年～公元前四八〇年）。当时他从以弗所来到小亚细亚。他认为恒常变化（或流动）事实上正是大自然的最基本特征。我们也许可以说，赫拉克里特斯对于自己眼见的事物要比帕梅尼德斯更有信心。
赫拉克里特斯说：“所有事物都是流动的。”每一件事物都在不停变化、移动，没有任何事物是静止不变的，因此我们不可能“在同一条河流中涉水两次”。当我第二次涉水时，无论是我还是河流都已经与从前不同了。
赫拉克里特斯指出，世间的事物都是相对的。如果我们从未生病，就不会知道健康的滋味。如果我们从未尝过饥饿的痛苦，我们在饱足时就不会感到愉悦。如果世上从未有过战争，我们就不会珍惜和平。如果没有冬天，春天也不会来临。
赫拉克里特斯相信，在事物的秩序中，好与坏、善与恶都是不可或缺的。如果好坏善恶两极之间没有不停的交互作用，则世界将不再存在。
他说：“神是白天也是黑夜，是冬天也是夏天，是战争也是和平，是饥饿也是饱足。”这里他提到的“神”所指的显然不是神话中的神。对于赫拉克里特斯而言，神是涵盖整个世界的事物。的确，在大自然不停的变化与对比中，我们可以很清楚地看见神的存在。
赫拉克里特斯经常用logos（意为“理性”）这个希腊字来替代“神”一词。他相信，人类虽然思想不见得永远一致，理性也不一定同样发达，但世上一定有一种“普遍的理性”指导大自然所发生的每一件事。
“普遍的理性”或“普遍法则”是所有人都具备，而且以之作为行事准则的。不过，赫拉克里特斯认为，大多数人还是依照个人的理性来生活。总而言之，他瞧不起其他的人。他说：“大多数人的意见就像儿戏一般。”
所以，赫拉克里特斯在大自然不断地变迁与对比的现象中看出了一个“一致性”。他认为这就是万物之源，他称之为“上帝”或“理性”。