然而，《明史》虽然下了这样的结论，实际上，“靖难之役”爆发后，朱允炆却没拿徐辉祖当亲信，虽然也让他参与作战，却一直没让他当主帅，所以在整个“靖难之役”过程中，徐辉祖虽然出了全力，对他这个姐夫毫不客气，却始终未得到指挥大部队作战的机会。
朱允炆之所以这样，是因为他对徐辉祖的信任是有保留的——他毕竟是朱棣的舅子，若让他当主帅，把军队的指挥权交给他，谁能保证关键时刻他不反水呢？
所以，他宁愿重用李景隆那个草包，也不敢重用徐辉祖。
朱允炆的心思，徐辉祖岂能不明白，但尽管如此，当建文帝令他参战，他二话不说，毫不犹豫地赶赴前线。
据《明通鉴》记载，徐辉祖第一次赴前线参战，是建文三年四月（有史料说是建文二年四月），建文帝派大将军李景隆率军六十万进抵白沟河，准备攻打朱棣官邸所在地北平，朱棣率领的燕军先是遭到伏击，死伤惨重，第二天又被官军前后夹击，朱棣三易其马，差点被瞿能活捉，一场骤然而起的大风救了朱棣，使朱棣反败为胜，大败官军。
“白沟河之战”官军虽然最终惨败，但徐辉祖却率军掩护主帅李景隆成功撤退，使他得以逃到济南。
“白沟河之战”虽然败了，而且败得很惨，但接下来的“齐眉山之战”，官军却大获全胜，而且徐辉祖的表现相当亮眼。
04 虽成孤军仍坚持抵抗
这一次战役的指挥官，不再是李景隆那个草包，而是总兵何福。
在今安徽睢水，总兵何福与副总兵平安率军先是赢了一场，朱棣损失了王真、陈文、韩贵等几员将领，徐辉祖率援军赶到后，又在今安徽灵璧西南的齐眉山大败燕军，燕将李斌等被斩首。
据悉，由于徐辉祖作战勇猛，把燕军打怕了，燕军一听到他的名字，就吓得脸色发白。
然而，徐辉祖正欲乘胜扩大战果，朝廷却讹传燕军败了，既然这样，徐辉祖就没必要待在前线了，赶快回南京吧，南京也需要良将。
徐辉祖刚率部撤走，得到消息的朱棣就趁机反攻，击败官军两万多护粮兵，官军的粮饷尽落朱棣之手，总兵何福不得不率余部退守灵璧。
徐辉祖奉命撤走后，淮北的官军孤立无援，被燕军围着打，不败才怪。
其他官军败了，徐辉祖的军队成了孤军，但他始终未放弃抵抗，当燕军渡江攻打南京时，他依然率军力战——及燕兵渡江，辉祖犹引兵力战（《明史·卷一百二十五》）。
而李景隆那个草包，丧师数十万，他自己又当了逃兵，被召回南京后竟然屁事没有，当御史大夫练子宁、宗人府经历（宗人府属官）宋征、御史叶希贤等人纷纷上疏，以李景隆“失律丧师，怀二心”为由，请求诛杀以谢天下时，建文帝却不予理睬。
李景隆是他最信任的心腹，朱允炆怎么舍得杀他呢？然而，他做梦也没想到，当燕军渡过长江兵至南京金川门，这个他最信任的心腹，竟然与谷王朱橞一起开门投降！
05 心里只有“忠义”二字
南京失陷，大势已去，皇上生死不明，文武百官“识时务者为俊杰”，纷纷前去迎接朱棣，对他俯首称臣，唯独徐辉祖不理睬他，待在父亲徐达的祠堂里。
燕军把他关进监狱，朱棣亲自来“招降”，徐辉祖却把脸别过一边，看都不看他。
我是你姐夫啊，好歹给个面子吧，之前你一直与我作对，搞得我脑壳比南瓜还大，我不跟你算账就不错了，如今你的主子完蛋了，其他人都识时务了，你也该识时务了吧，若从了我，你就是国舅爷，今后有享不尽的荣华富贵，否则，小舅子又怎么样，照样可以杀你！
徐辉祖的心里，却只有忠义二字，什么荣华富贵，过眼云烟而已。
毕竟是小舅子，朱棣虽然杀起人来不眨眼，但得顾及他姐的感受，把他交给法官去定罪吧！
法官给他纸笔，你犯了什么罪行，自己写下来吧，徐辉祖写了，写的却是他爹是开国功臣，当初太祖赐有免死铁券，上面写得明明白白，“子孙免死”。
言外之意是，朱棣你敢杀我吗？杀了我，就是违背太祖的遗愿，就是大逆不道！
不知是不是他这“供词”起了作用，朱棣真的没杀他，只是削了他的爵位，革了他的俸禄，把他禁锢在家里。
永乐五年，徐辉祖去世，年仅四十岁。