政府军被打得晕头转向，丢盔弃甲。一方面是因为准备不足，匆匆上阵；另一方面与东汉的军事制度有直接的关系。
与西汉相比，东汉的军事制度存在明显的缺陷。
光武帝刘秀自开国以来，便大力裁撤地方武装力量，诏罢各郡、封国的都尉官，后来又诏罢轻车、骑士、材官、楼船士及军假吏。这两道诏令，令东汉一朝地方武装十分薄弱。东汉的武装力量大都集中在边疆地带以及京都一带，其余郡县、封国的兵力严重不足。相比之下，西汉时代的地方武装则十分强大，因此西汉两百多年历史，并没有出现大规模的国内叛乱。
一时间，全国暴动四起，到处都是头裹黄巾的起义军，连京师洛阳都岌岌可危。
一向自以为天下太平的汉灵帝不免心惊胆战，赶紧任命何进（何皇后的哥哥）为大将军，屯兵都亭，镇守京师。在战略要地函谷、太谷、广成、伊阙、旋门、孟津、小平津、轘辕等八大关口屯兵固守。
要派谁去镇压黄巾军呢？
别看东汉的皇帝昏君多，在任用军事将领上倒都中规中矩。
汉灵帝想到的第一个人选，便是时任北地郡守的皇甫嵩。
皇甫嵩出生于将门之家，伯父是一代名将皇甫规，皇甫规与段颎、张奂并称为桓帝时代三大名将，在与西羌的战争中立下赫赫战功。皇甫嵩自幼好学，在兵法上深得伯父皇甫规的真传，如今国家动**，正是用人之时，皇帝自然就想到他了。
皇甫嵩晋见皇帝，没有提什么具体的军事主张，只说了两点：第一，朝廷必须解除党锢，释放被捕的清流党人，恢复他们的政治权利。若是清流党士人集团与黄巾起义军合流，那么局势就失控了。第二，皇帝应该拿出私人钱财与马匹，赏赐给军队，以鼓舞士气。
皇甫嵩的确是非常优秀的将领，他一眼就能看出，黄巾暴动的原因乃是由于朝廷太腐败。十八年的党锢之狱，正直的官员要么被杀，要么被捕，要么被流放，若不为他们平反，难平天下人之心。
在皇甫嵩的争取下，清流党人总算获得自由，帝国黑暗的天空终于露出一丝光亮，这对平定叛乱起到了积极的作用。
为了剿灭黄巾军，汉灵帝不惜动员全国兵力，委派皇甫嵩为左中郎将，朱儁（jùn）为右中郎将，卢植为北中郎将，各率一支精兵，讨伐黄巾军。
在平乱中，皇甫嵩的表现最为抢眼。
皇甫嵩与朱儁各率两万人马，进攻黄巾军所盘踞的颍川。根据预定计划，两路人马分进合击，对敌人实施合围。但计划赶不上变化，朱儁这一路人马遭遇黄巾将领波才的伏击，行到半路就吃了一个大败仗，不得不退出战斗。黄巾军得手后，转而进攻皇甫嵩。
由于朱儁退出战斗，皇甫嵩这一路人马已成孤军，人数上又远不及黄巾军，不免十分被动。黄巾将领波才仗着人多势众，把皇甫嵩军包围在一个名为长社的地方。在他看来，汉军已是瓮中之鳖了。
然而，波才错了，因为他面对的是一名伟大的将军。虽然皇甫嵩被团团围困，恐慌情绪在士兵中不断蔓延，再加上黄巾军穿着古怪，还不时装神弄鬼，搞得人心惶惶，但皇甫嵩并没有乱了分寸。他心知，长社虽然只是小城，但城墙坚固，想攻破却非易事。
只是，要如何挫败敌人呢？
皇甫嵩登上城墙，细细观察黄巾军的营地。突然间，他的脸上浮起一丝微笑，破敌之计已了然在胸。
夜幕降临，风声四起，皇甫嵩组织了一支敢死队，命将士们手持火把，突袭敌营。原来，黄巾军的成员都是贫穷的农民，人数虽多，对行军作战毕竟颇为生疏。他们简陋的帐篷是用茅草所搭，又驻扎在草木丛生的地带，一旦遭遇火攻，就会轻而易举地被烧毁。
黄巾将领波才自以为优势在手，哪能料到敌人竟敢前来偷袭呢？他还未做好迎战准备，官兵们就冲到营前，纷纷把火把掷出，扔到茅草堆上。很快，黄巾兵营内火光冲天，乱成一片。
皇甫嵩抓住良机，一面派一小部分人在城头上擂鼓呐喊，一面集结主力部队，打开城门，猛攻敌营。黄巾军既要灭火，又要分兵抵挡皇甫嵩的进攻，顾此失彼，狼狈不堪。俗话说，福无双至，祸不单行。就在这个时候，黄巾军军营后侧杀声四起，汉军的一支奇兵不知从哪冒出来，加入这场混战。霎时间，黄巾军的心理防线土崩瓦解，四处逃窜，溃不成军。
别说黄巾军被打懵了，皇甫嵩心里也直纳闷，怎么突然来了援兵呢？
来者何人？
正是我们三国故事的主角之一：曹操。
关于曹操早年的故事，我们且放在后文中叙述，这里说说他怎么跑到了长社。此时曹操的军职是骑都尉，也就是骑兵指挥官，他的任务是协助清剿颍川的黄巾军。他率领的人马既不隶属于皇甫嵩，也不隶属于朱儁，而是一支独立的武装。我估计曹操的军队应该不是正规军，而是招募来的游击队。古代的游击队，与我党领导下的平原游击队、敌后武工队是有所不同的，它指的是流动性强、机动性强的部队，用于奇袭、侧击、救援等任务。
曹操的这支部队并非主力部队，但他志大才雄，渴望参加战斗——这样既能锻炼自己的军事才能，又可以博取功名。当他得知朱儁的主力被击败后，料想皇甫嵩势必陷入困境，便匆匆来援。只是皇甫嵩智谋过人，在曹操到来之前，已经牢牢控制战场的主动权了。
不管怎么说，曹操是立了一大功。
长社解围后，朱儁率着残兵前来与皇甫嵩、曹操会合。经过短暂的休整，三人各率自己的部队，对黄巾军穷追猛打。在精锐的汉军面前，黄巾军全然不是对手，前后被杀数万人之多。
这是黄巾起义爆发以来，政府军取得的第一场大胜仗。
惴惴不安的汉灵帝终于可以喘一口气了，他龙颜大悦，封皇甫嵩为“都乡侯”，曹操迁“济南相”，朱儁功过相抵，既无迁赏，也无责罚。