13晋国汝南王司马遵之犯事，被处死。司马遵之，是司马亮的五世孙。
慕容云夺位建立北燕，后燕灭亡
14七月二十六日，后燕王慕容熙葬其后苻氏于徽平陵，丧车高大，无法通过城门，拆毁北门而出，慕容熙披头散发，光着脚，步行跟着丧车二十余里。
七月二十七日，后燕大赦。
当初，中卫将军冯跋及弟弟、侍御郎冯素弗皆得罪于慕容熙，慕容熙要杀他们，冯跋兄弟亡命山泽。慕容熙赋役繁重，人民不堪忍受；冯跋、冯素弗与堂弟冯万泥密谋说：“我们已经没有活路，不如利用人民的怨恨，共举大事，可以建公侯之业。事情不成，再死也不晚。”于是一起乘车，让妇人驾驶，潜入龙城，藏匿于北部司马孙护家中。等慕容熙出城送葬，冯跋等与左卫将军张兴及苻进余党作乱。
冯跋一向与慕容云友善，于是推举慕容云为盟主。慕容云称病推辞，冯跋说：“慕容熙**虐，人神共怒，这正是天要亡他之时。您是高氏名家，为什么要给人做养子（慕容云本姓高，为慕容宝养子），而放弃这难得的气运呢？”扶之而出。
冯跋的弟弟冯乳陈等率众攻打宫城弘光门，鼓噪而进，禁卫军都逃散而走；于是入宫，打开军械库，取出武器盔甲，闭门拒守。中黄门赵洛生逃走，告诉慕容熙，慕容熙说：“鼠盗能干得了什么！朕当回去诛杀他们。”于是将苻后灵柩暂放在南苑，束起头发，穿上盔甲，驰还赴难。当夜，抵达龙城，攻北门，不能攻克，宿于门外。
七月二十八日，慕容云即天王位，大赦，改年号为正始。
慕容熙退入龙腾苑，尚方兵褚头翻出城墙，投奔慕容熙，称营兵仍然同心效忠慕容熙，就等他率军回来。慕容熙听闻，惊走而出，左右不敢跟随。慕容熙从沟下秘密逃遁，过了很久，左右奇怪他怎么还没回来，一起去找寻，只找得他的衣冠，人已经不知去向。中领军慕容拔对中常侍郭仲说：“大事将要成功，而皇帝无故自惊，实在是奇怪。但是城内我们的人正在期待，我们即刻赶到，必定成功，不可稽留。我先回城，你留在这里等皇帝，接到皇帝，速来；如果皇帝未回，我平定安抚城中，再慢慢找寻迎接他也不晚。”于是分别率壮士二千余人登北城。将士们以为慕容熙回来了，都放下武器请降。既而慕容熙很久都没到，慕容拔的军队也没有后继，众心疑惧，又放弃攻城回龙腾苑，于是都崩溃散去。慕容拔被城中人所杀。
七月二十九日，慕容熙微服藏匿于林中，被人抓获，送给慕容云，慕容云数落他的罪状，把他和他的儿子们一起诛杀。慕容云恢复高姓。
后燕幽州刺史、上庸公慕容懿献出令支城，投降北魏，北魏任命慕容懿为平州牧、昌黎王。慕容懿，是慕容评的孙子。
【华杉讲透】
谁也不知道慕容熙为什么突然逃走，慕容拔说“深可怪也”，其实也没什么奇怪，在那种压力和高度紧张之下，他的意志力崩溃了，失去了正常思考和行动的能力，是一种严重的抑郁或焦虑症状。胡三省注解说：“慕容熙**虐，天夺其魄”，他这就是所谓魂飞魄散了。慕容熙时年二十三岁，后燕灭亡，从慕容垂到慕容熙一共贯穿了四代，立国二十四年。高云的新燕国，史称北燕。
15北魏主拓跋珪从濡源西巡，抵达参合陂，然后回平城。
16秃发傉檀再次背叛后秦，遣使游说乞伏炽磐，乞伏炽磐斩了他的使者，将人头送到长安。
17南燕王慕容超的母亲和妻子仍在后秦，慕容超派御史中丞封恺出使后秦，请求送还她们。后秦王姚兴说：“当年苻氏之败，皇家乐团都被带到燕国。燕国如今称藩，送还皇家乐团，或者送来东吴人一千人，我才能送还他的母亲和妻子。”
慕容超与群臣商议，左仆射段晖说：“陛下嗣守社稷，不宜因为私人亲情的缘故而自降尊号；况且太乐是先代遗音，也不能给他们，不如抢掠东吴人口给他。”尚书张华说：“侵掠邻国，兵连祸结，我既能往，他也能来，不是国家之福。陛下慈亲在人掌握，岂可爱惜虚名，不为之委曲求全！中书令韩范曾经与秦王同为苻氏太子舍人，如果派他去，一定能把这事办成。”慕容超听从，派韩范出使后秦，奉上奏表，自称藩属。
慕容凝对姚兴说：“燕王得到他的母亲和妻子，就不能再让他称臣了，应该让他先送还太乐。”姚兴于是对韩范说：“朕一定会归还燕王家属，但是现在天气尚热，等秋凉再走。”八月，后秦派员外散骑常侍韦宗出使南燕。慕容超与群臣商议接见韦宗的礼节，张华说：“陛下之前既然奉表，如今就应该北面受诏。”封逞说：“大燕七代圣君，光耀天地，为何一朝之间，为竖子屈节！”慕容超说：“我为太后屈节，希望诸君不要再说！”于是北面受诏。
18晋国龙骧将军毛修之与汉嘉太守冯迁合兵攻击杨承祖，斩杨承祖。毛修之想要进军征讨谯纵，益州刺史鲍陋认为时机还不成熟。毛修之上表说：“人之所以爱惜自己的生命，是因为生命可贵，而臣的情况呢，生命对于我，已经没有意义（父亲毛瑾，伯父毛璩，都被谯纵叛军所杀），之所以还苟活于世，就是希望能凭借天威，诛夷仇逆。如今屡有可乘之机，而鲍陋每次都破坏约定，不肯会师，臣虽愿意直捣匪巢，以死效命，而后援断绝，怎么能成功！”刘裕于是表举襄城太守刘敬宣率众五千人伐蜀，任命刘道规为征蜀都督。
20北燕王高云命冯跋都督中外诸军事、开府仪同三司、录尚书事，冯万泥为尚书令，冯素弗为昌黎尹，冯弘为征东大将军，孙护为尚书左仆射，张兴为辅国大将军。冯弘，是冯跋的弟弟。
谯纵称藩于后秦
21九月，谯纵称藩于后秦。
22秃发傉檀率五万余人讨伐沮渠蒙逊，沮渠蒙逊在均石迎战，大破秃发傉檀军。
沮渠蒙逊进攻西郡太守杨统于日勒，杨统投降。
23冬，十月，后秦河州刺史彭奚念叛变，投降秃发傉檀，后秦任命乞伏炽磐代理河州刺史。
24南燕主慕容超派左仆射张华、给事中宗正元献太乐伎一百二十人于后秦，后秦王姚兴才备以厚重的礼品遣还慕容超的母亲和妻子，慕容超亲率六宫到马耳关迎接。
25夏王刘勃勃击破鲜卑薛千等三部，投降的人数以万计，又进攻后秦三城以北各边防要塞，斩后秦将领杨丕、姚石生等。诸将都说：“陛下欲经营关中，宜先固根本，让人心有所凭系。高平山川险固，土田肥沃，可以定都。”刘勃勃说：“卿等只知其一，不知其二。我大业还在草创时期，士众不多。姚兴也是一时之雄，诸将用命，关中还不可图谋。如果我今天专固一城，他必定并力攻打，我军还不是他的对手，灭亡就在眼前。不如以骁骑风驰，出其不意，救前则击后，救后则击前。让他疲于奔命，我则游食自若。不到十年，岭北、河东尽为我有。等姚兴一死，嗣子暗弱，再慢慢夺取长安，都在我的计划之中。”于是侵掠岭北，岭北诸城大白天都紧闭城门。姚兴叹息说：“我后悔没有听姚邕的话，以至于此！”
刘勃勃向秃发傉檀请求联姻，秃发傉檀不许。十一月，刘勃勃率骑兵二万攻击秃发傉檀，一路打到支阳，杀伤一万余人，驱掠二万七千余人、牛羊数十万头而还。秃发傉檀率众追击，焦朗说：“刘勃勃天资雄健，御军严整，不可轻视。不如从温围渡河向北，抵达万斛堆，在河岸结营，扼其咽喉，这是百战百胜之术。”秃发傉檀部将贺连怒道：“刘勃勃败亡之余，乌合之众，为什么要躲避他，向他示弱！应该急追！”秃发傉檀听从了贺连的意见。
刘勃勃于阳武下峡凿取冰块，堆积车辆，以阻塞道路，勒兵逆击秃发傉檀，大破敌军，追奔八十余里，杀伤数以万计，名臣勇将死了十之六七。秃发傉檀与数骑逃奔南山，几乎被追兵抓获。刘勃勃将尸体堆积起来，用土掩埋，号称髑髅台。
刘勃勃又击败后秦将领张佛生于青石原，俘虏斩首五千余人。
秃发傉檀惧怕刘勃勃的威逼，将都城三百里内的居民全部迁入姑臧；国人惊骇怨愤，屠各部落酋长成七儿乘机作乱，一夜之间，就聚众至数千人。殿中都尉张猛大声对众人说：“主上阳武之败，是因为仗恃人多而轻敌之故。他已经自责悔过，这无损于他的英明，而你们为什么要跟从这个小人，做出不义之事！殿中兵马上就到，你们祸在眼前！”众人听闻，一哄而散；成七儿逃奔晏然，被追上斩首。军咨祭酒梁裒、辅国司马边宪等谋反，都被秃发傉檀诛杀。
27十二月二十三日，晋国武冈文恭侯王谧去世。
28这一年，西凉公李暠因为以前的奏表没有得到回复，再次派和尚法泉走小路奉表到建康谒见朝廷。
义熙四年（公元408年）
1春，正月九日，任命琅邪王司马德文兼领司徒。
刘毅等不希望刘裕入朝辅政，提议任命中领军谢混为扬州刺史（扬州刺史在东晋时期实际上相当于掌握了京畿地区军权，王谧去世，需要补缺），或者让刘裕留驻丹徒，遥领扬州，由孟昶负实际责任。特派尚书右丞皮沈带着这两个方案，去咨询刘裕的意见。
皮沈先见了刘裕的记室录事参军刘穆之，说明了朝议情况。刘穆之假意起身如厕，秘密写一个纸条给刘裕说：“皮沈之言不可从。”刘裕见了皮沈，寒暄后送他出去，叫刘穆之过来问话。刘穆之说：“晋朝失去政权已经很久，天命已经转移。您兴复皇祚，勋高位重，今日形势，岂能谦让，接受一个守藩之将的地位呢！刘、孟诸公，与您同样起于布衣，共立大义以取富贵，举事有前后，所以之前暂时推举您为盟主，并非委体心服，确定了臣主之分。如今势均力敌，终究要相互吞噬。扬州是国家根本所系，不可交给别人。之前授给王谧，本身就是权宜之计；今天如果再让出去，就会受制于人。一朝失去权柄，再要夺回就难了，将来的危难，现在就能看到。现在朝议如此，必须应对，如果说一定要您担任，措辞又难，可以回答说：‘神州治理之根本，宰辅地位之尊崇，这是大事，不能隔这么远讨论，等我入朝，与公等当面商议。’您到了京师，他们必定不敢越过您把权柄授给别人。”刘裕听从。
朝廷于是征召刘裕为侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐州、兖州二州刺史职位照常保留。刘裕上表，辞去兖州刺史职务，任命诸葛长民为青州刺史，镇守丹徒，刘道怜为并州刺史，戍防石头。