张献忠心情极舒畅，道：“你到底与众不同，能见其大。只是历书虽然重要，可惜蜀中无人能制。”
严锡命说：“制历书乃西洋人之长，此地恰有两个洋人可用。”便将利类思与安文思的情况，作了简略介绍。
张献忠高兴地说：”咱要登基当皇帝，连外国洋人也隔山隔海赶来帮忙。这是啥？这就是天意啊！”马上吩咐魏佶带人前去北山脚下恭请两位洋人出山，并说，“咱明日便要启程回省，你把他俩径直接到成都，咱抽时间接见他们。”
不过，也并非全都是令张献忠高兴的消息。就在他前往绵阳指挥战事时，重庆却落到了前明川东兵备道马乾和曾英、李占春、余大海等人手中。他留在重庆担任守备任务的刘廷举被逐出重庆后，听说张献忠到绵阳御驾亲征，便径直跑到绵阳请兵。张献忠当然知道重庆的重要，立即派刘文秀率大军日夜兼程，前去收复。
刘文秀率三万大西军，向着重庆星夜疾进，恨不得一战便将重庆从南明军手中夺将回来。由于张献忠一听重庆失陷，便马上命刘文秀部出兵前去收复，所以重庆的情况，刘文秀并不清楚，直到师行途中，才从刘廷举口中得已了解详细。
原来，张献忠入川之初，所占川东州县，除重庆留刘廷举率一万兵马镇守外，余皆只委官吏未派驻军。等到大西军西上成都后，便有明朝川东兵备道马乾，纠合民兵袭取重庆。川东各州县也群起响应，逐杀张献忠派去的官吏。
马乾系云南昆明举人，算得一个有胆有识的干员。由广安县令升任奉节知府时，正逢崇祯十三年（1640年）张献忠第二次入蜀。他布置城守，井井有条，张献忠围城十余日，始终攻他不下。后秦良玉率白杆兵赶到，张献忠尝到了大名鼎鼎的白杆兵的厉害，吃了败仗只得仓皇遁去。杨嗣昌嘉其有功，擢升马乾为川东兵备道。
张献忠这次入蜀，马乾正督率川东各县民兵在大竹、渠县一带堵御摇黄，未与大西军交战。其后赵荣贵在湖滩被击败，放弃梁平逃往渠县。马乾勒兵堵住去路，逼迫赵荣贵回军抵御。赵荣贵见张献忠军势盛大，不敢回军厮杀，另取小路逃向阆中、绵阳方向。马乾也被随之而来的大西军击败，退往大竹一带坚持。重庆被围时，马乾曾率渠、竹一带民兵前往增援，行到邻水，忽闻重庆已经失守。只得潜师返回渠、竹，保境自固，以待大军会剿。
不料时事日非，成都被陷，李定国率师前来征伐，川北州县，自广安、渠县以北，尽皆降附。马乾退守渠县南山一带，依林结寨匿而不出。他并派人和退守涪陵、武隆等处的曾英、李占春、余大海以及从重庆退到南川的刘麟长等人联络，试图收复失地。惜乎北京沦陷后，久无朝命可资遵依，众人又分散各处难聚，恢复之计，久之无从说起。
这年八月，有新从湖广逃回渠县之人，说北京沦陷后，福王世子由崧，从洛阳逃到凤阳，经巡抚马士英拥至南京，立为弘光皇帝。新朝廷封武昌的左良玉为宁南侯，并派兵部侍郎杨鹗为湖广总督入川督师，以图恢复。
马乾闻讯心喜，对渠县民兵领袖李含乙说：“我等为大明支柱，现在总算有个出头的日子了！今闻闯献两军相持于剑阁、阆中一带，我等宜率军民袭取重庆，以作恢复根据地。”
含乙等甚以为然。马乾遂飞檄涪陵、武隆、南川等地，邀刘麟长、曾英、秦良玉等共同出兵。檄到南川，刘麟长前往涪陵去会曾英，说：“昔日重庆一座兵山，有陈巡抚驻守，不过四日，便被献贼攻破。如今我等正当不惜一死前去攻取，不知将军意下如何？”
曾英道：“我等兵力薄弱，不能攻取重庆这样的大城。闻参将王祥，现在遵义府驻扎休养兵马，颇为强盛。须得他出兵由江津、綦江去攻重庆上游。我联合石柱秦良玉之白杆兵去攻下游，请马乾将军率兵向重庆北面攻去。如此三路并进，或能取胜。”
刘麟长赞同，便派人前往遵义去联络王祥，曾英也派人往石柱去搬白杆兵。
此时的蜀中名将秦良玉已过花甲之年。曾经名震天下的石柱白杆兵，经数十年频繁远征，死亡众多，已不复昔日英勇。秦良玉环顾国事日非，川局敝败，诸将凋零，而自己年事已高更无挽救之力，每于料理军政事务之余，只有望空长叹。等到北京沦陷和崇祯皇帝殉国的消息传来，遂召境内大小头目、族中耆老，为崇祯皇帝举哀。秦良玉登台对众说道：“石柱弹丸之地，户口不过三万。从万历年间征讨遵义土司杨应龙叛乱起，白杆兵受调出师，远至北京、辽东，血战四十余年。战死者之子孙，又已战死。我的两个哥哥、两个儿子和一个媳妇，皆死王事。这是为了什么？无非为了国家安宁，人民享受太平幸福。不料我们的血肉性命，竟丝毫无补于国家。徒见朝官越来越腐败，满清越打越强盛，流贼越剿越滋蔓。弄到现在，连整个四川与北京都被流贼李自成和张献忠夺去。深愧我志大才疏，枉自牺牲石柱许多壮士与我一家骨肉。现在我无力救国家，亦要救桑梓之地的老百姓。良玉当与诸君闭关休整，自创桃源世界。我们断不能让石柱有一人出境投降，玷辱了历年苦战的声名；也不让外人入境，侵凌了石柱这方神圣水土。”
于是下令采石伐木，将进出石柱的所有通道全部封闭，禁止土民外出与外人入境。百姓自耕自织，自冶自铸。举凡一切养生送死之具，皆自营自造，不容外求。仍照常练兵习武，设哨守栅，以防敌兵来袭。
因此之故，曾英派去之人无法入境，被截在木栅外，喊了许久才有人应声。但曾英派遣之人说了半天，守军总不肯放入。求他禀报秦夫人他也不肯，道：“老夫人有令，非得崇祯皇帝诏书，其他都不接受！”曾英派遣之人在栅栏外喊了几日，毫无结果，只得转来报与曾英。
曾英也无办法，只好单独进军。为要联络遵义王祥，经由南川进兵。到了南川仍然无王祥出兵消息。为怕马乾孤军失败，只好与李占春、余大海二将一同杀向重庆南岸。
敦料刚到涂山，探马却传来喜讯：马乾之兵，已经光复了重庆！
原来马乾派出邀请曾英、刘麟长等出兵的信使后，便率渠、竹一带民兵，与其部下军士共约5000人，由邻水攻向重庆。马军沿途号召集众五万余，当然大多是民兵。浩浩****到了重庆江北后山，未见曾英、刘麟长之兵到来。许多人便害怕了，多有主张放弃进攻重庆沿原路退回。
马乾好不容易才凑集起这样大一股力量，怎舍得无功而返？于是将众头目召集拢来鼓励道：“老话说连鹰不飞。联军要打重庆，仍得其中一股先带头出力才行。其余不过摇旗呐喊，助助威，鼓舞一下士气罢了。此次攻打重庆，自然该我等舍出命去出力。若得诸君胆壮志强，则曾、刘两路声援原是多余之物。若因他们不来我们便退回去，便是我们自己承认我们不中用，没有曾、刘两军相助便不能作战了。况且我等已到重庆城外，为贼军所发觉。这就犹如刺虎，挺刀怒目与虎相拼，未必非死不可；弃剑反奔，也不一定就能保住性命。今日之计，只可上前，决不能后退！”
李含乙也道：“将军说得对，此刻我们纵然退回渠竹，贼寇又岂容我等安居？”
马乾说：“贼寇残暴，重庆城内人心思叛。我早已派有数十人入城联络义民作为内应。待我军攻城，城中必乱。流寇只长于攻而不长于守，加以内应，重庆必可得也！”
马乾这一席话将众头目勇气鼓起，便从山中呼啸杀出。马军到了江边抢得一批民船，从水土场与沙坪坝渡过嘉陵江，向着重庆临江门奔杀而来。
刘廷举在城墙上望见来军服装不整军器不一，认为定是乌合之众，于是开门杀出迎敌，在灯竿坡一场大战。不料民兵勇敢异常，死战不退。便有城内潜伏之明军，四处放火并袭杀零星之兵。
马乾望见城中起火，纵马挥剑大呼：“我军已入重庆城也！”
民兵闻之，更是士气大振。
刘廷举一见城中起火，守军乱窜，急忙鸣金收兵，撤回城去。
大西军沿途被马军追杀，死伤惨重。
刘廷举眼看就要到达重庆城下，不料曾英之军突然从南山出现，喊杀助威。城内外明军狂呼大喊格外奋勇，不满之人乘势鼓噪，城中一片混乱。
刘廷举见大势已去，只得弃了城区，扭头逃向佛图关。
马乾于8月24日率军进了通远门，搜杀溃散兵丁，并出榜安民。
这时曾英之军也赶到了重庆。李占春见马乾独力光复了重庆，便自请率军擒杀刘廷举，曾英许了。李占春连夜挥军向佛图关猛攻，彻夜大战。未待天明，刘廷举忽然向西突围，往璧山、永川方向逃去。李占春追杀数十里，方凯旋归来。
于是全城军民，在较场坝举行大庆，共推马乾为四川巡抚。马乾也拜曾英为四川总兵，李占春、余大海、张天相为参将，并草就收复重庆公告，传示川东各州县，重奉大明王朝为正朔。