在重大民族悲剧中被糅入了一抹喜剧色彩的是，5月6日，南京福王政权与北京大清政权，这两个如同水火的敌对国家，竟然同时为崇祯皇帝朱由检举行国葬。多尔衮为明思宗在帝王庙中设立牌位，让明朝遗臣哭灵三天，并赠谥号为“端”，庙号为“怀宗”，即怀宗端皇帝；同时定追随明思宗殉节的周皇后为烈皇后，也安奉神主于帝王庙；将思宗皇帝和周皇后、田贵妃共葬于一处陵园，明思宗居中，周皇后居左，田贵妃居右，名为思陵。
8月28日，多尔衮又于明十三陵设司香官及陵户，以保护明陵，并给以香火地亩，“禁止樵牧”。
多尔衮又让大学士冯铨作《祭故明太祖及诸帝文》，祭文曰：
兹有流寇李自成颠覆明室，明祚已终。予驱逐逆寇，定鼎燕都。唯明乘一代之运，以有天下，历数转移如四时递禅，非独有明为然，乃天地之定数也。至于宗庙之主，迁置别所，自古以来厥有成例，第念曾为一代天下主，罔宜轻亵。兹以移置之故，遣官祀告，迁于别所。（《清世祖实录》卷十一）
这意思是说，以前李自成亡了你大明王朝，大清为了给尔等报仇雪恨才定鼎燕京，如此兴亡交替如同四时更换一样，不是你大明独有的，自古以来这样的例子很多。这段话明显否定了大明的存在，而一直竭力鼓吹的所谓“匡护明室”，也就成了一句口惠而实不至的空话。
多尔衮还有一个大得人心之举，那就是最大限度地招抚故明遗臣，委以官职，既施抚慰又补充官员紧缺之需。
入关之前，大学士范文程即上书多尔衮，建议清军“申严纪律，安抚百姓。每得一地官仍其职，民复其业录其贤能，恤其密迩绥辑逖听者”。
清军入关后，即听取了范文程的主张，每占一地，必授任官职，且多有提升。如吴三桂降清后，即晋爵平西王，并赐玉带、蟒袍、貂裘、宝马等物。
且多次谕令故明降官举荐人才，甫进京城，多尔衮打出“为明复仇”的旗号，大张旗鼓地为崇祯帝发丧，并把前明大臣陈名夏、冯铨等人招致幕下效力，大肆笼络汉族士人，表示要把被农民军侵夺的土地“归还原主”。
清军入关不久，便成功笼络了大批故明遗臣，充任各级官吏为大清服务。这一举措既解决了官员缺乏的问题，又抚慰笼络了人心，可谓一举多得。而且，作为胜利者的多尔衮并未依靠武力对汉官汉人一味高压。他也知道妥协，懂得随机应变，这就实在难得。
不久，由于多尔衮宣布北京士民要在为崇祯帝戴孝三日后剃发引起极大反感，在京汉官纷纷上疏竭力反对。深知自己立足未稳，多尔衮于是暂时收敛怒气，一个多月后下令“姑依明式速制本品冠服”，让各级汉官尽快办公视事，为清朝新政权服务。
但是，多尔衮暂时的收敛，为日后“留发不留头”埋下了伏笔。剃发这种民族歧视之举，后来更掀起血雨腥风。
京畿民心既定，接下来便是迁都了。
六岁的顺治帝一行8月25日始由沈阳出发，9月19日抵京。顺治进入紫禁城后，休息十余天，于10月1日正式颁诏登极。
至此，北京这座古都又正式迎来了一个新的朝代，成为中国历史上最后一个封建王朝——大清帝国的都城。
1644年（大西大顺元年）5月8日，当张献忠带着60万大西军，跋涉于长江三峡中时，多罗武英郡王阿济格等清军骁将与吴三桂的关宁铁骑，已于河北望都（笔者注：时名庆都）大破李自成的大顺军。接着继续追至河北正定（笔者注：时名真定），再次大败大顺军。至六月中旬，自大同以西、黄河以北尽皆被清军拿下。燕京以南，顺德以北俱已来归。燕京迤北，居庸关内外各城皆降。至此，京畿地区全为清军控制。
大顺的灭亡只是早晚的事情。用“兴也勃焉，亡也忽焉”来形容李自成，再恰当不过。
随着军事上连遭败绩，大顺政权处境日益恶化，特别是在这一关键时期，大顺军领导集团内部又出现了裂痕。大顺政权败回关中同时，河南等地的情况也在变化，睢归参将丁启光、归德知府桑开第合力谋反，诱捕大顺商丘、鹿邑、考城、柘城、夏邑诸县县令，押往南京弘光朝廷报功，并盛言河南全境皆反。在这紧要关头，制将军李岩主动请战，愿带兵两万前往河南扫平叛乱。但他的请求不但没有得到李自成的赞同，反而招致李自成疑心，怀疑他想趁机携兵叛逃回籍，与自己分道扬镳另立门户。牛金星素与李岩不合，乘机大进谗言，怂恿李自成杀了李岩，使大顺将士多怀不平，宋献策、刘宗敏等大骂牛金星。从此文武不合，将相解体，不仅大大影响了内部团结，也严重削弱了大顺军的战斗力。
同年12月15日到次年的1月4日，决定李自成政权命运的一场重大战役在潼关打响。
潼关位于关中平原东部，雄踞秦、晋、豫三省要冲之地，地势非常险要，南有秦岭，东南有禁谷，谷南又有12连城；北有渭、洛二川会黄河抱关而下，西近华岳。周围山连山，峰连峰，谷深崖绝，山高路狭，成“关门扼九州岛，飞鸟不能逾”之势。
元人在《山坡羊潼关怀古》中写道：
峰峦如聚，波涛如怒，山河表里潼关路，望西都，意踌蹰。伤心秦汉经行处，宫阙万间都做了土。兴，百姓苦，亡，百姓苦。
张先生说的是华山的山峰好像从四面八方聚集而来，黄河的波涛汹涌澎湃好像在发怒，潼关外有黄河，内有华山，山河雄伟，地势险要。我遥望古都长安一带，内心浮想联翩。令人伤心的是经过秦汉宫殿的故地，当年那无数间宫殿早已经都变成了泥土。世世代代以来，无论哪朝哪代，王朝兴旺，百姓受苦；王朝灭亡，百姓终归还是一个苦字当头。
而眼刻下，马上要在潼关饱受其苦的，当是大顺皇帝李自成。
12月15日，新封和硕豫亲王、定国大将军多铎部前锋兵抵三秦门户潼关城下，在城外20里安营扎寨。
李自成在十月份得知清廷和硕英亲王阿济格，率大军进攻陕北的消息后，担心陕北不保，因此亲率大将刘宗敏、刘芳亮等精锐部队数万北上，增援驻守榆林、绥德地区的李过和高一功部，准备在陕北与阿济格大军决一雌雄。当兵至洛川时，忽闻报南下征讨南明的多铎大军，突然改道西进，并已攻占怀庆地区，转向潼关扑来，大骇不已，急令部队停止前进，就地待命。
进入十月，李自成又得知多铎部已过黄河，深感事态危急，大顺军已经处在清军的两面夹击之中。好在此时阿济格部为征集良马，逗留于蒙古大草原，北方暂无危险。于是李自成急率所部，日夜兼程，驰援潼关，差不多与多铎部同时到达。多尔衮接到多铎部进攻潼关的消息后，希望清军能尽快攻破潼关，进入陕西，与西路清军左右夹击，一举歼灭李自成部，以除后患，于是又派固山额真职山、马喇希等率所部由山西蒲州，火速增援潼关，并紧急调派威力巨大的新式武器红夷大炮以助攻城之用。
12月29日，潼关战役打响，刘宗敏请令出战，担任大顺军前敌总指挥，但不多时便大败而回。第二天，即是农历新年，这个新年，虽然双方不约而同，均息兵止战，却都是在剑拔弩张的紧张对峙中度过的。
正月初四日，多铎急不可耐下令出兵攻城，李自成撤了首战遭挫的刘宗敏，改任刘芳亮为前敌总指挥，与清军奋战半日后，刘芳亮同样被杀得大败而归。接下来的日子里李自成亲自出城迎战，也都是无功而返。打到9日，清军中红夷大炮运到，多铎闻报大喜，命速推至关前架炮猛轰。这洋玩意儿果然厉害无比，立时将潼关城墙打出无数个大洞。李自成只好指挥所部“凿重壕，立坚壁”，拼命阻击清兵攻城。
这时，北路清军阿济格已由山西保德州渡过黄河，进入陕北，飞兵南下。占领米脂后，将李自成家乡李继迁寨的居民不分男女老幼全部屠戮一空，紧接着便向西安飞快扑来。
11日，多铎指挥清军发起了总攻，以红夷大炮轰城，打开缺口，使马、步相继向潼关城池发起冲击，李自成急派500精骑从侧面横冲清兵阵地，以期乱其阵营后再出城掩杀，结果被贝勒尼勘、怀庆王耿仲明、贝子尚善等击败。李自成又派兵袭击清军后路，企图对清军前后夹击，结果又被蒙古固山额真恩格图率军击退。李自成在两路大清铁骑夹攻的形势下，看到潼关陷落已成定局，留下巫山伯马世耀死守潼关，自己则带着主力向西安退去。
12日，以马世耀为首7000名守城官兵献城投降，清军占领潼关。
当晚，马世耀即派使者送密信给李自成，表示愿为内应，杀死多铎，收复潼关，却被伏路清兵截获。次日，多铎假称打猎，在潼关城西南十里的金盆坡口埋伏军队，旋又声言举行宴会，把马世耀所部军队的马匹器械全部解除。然后一声号令，伏兵四起，7000名大顺军将士被就地斩尽杀绝，无一人逃脱。
此时的李自成面临着极为严峻的形势，他深知在多铎、阿济格两路重兵压境的情况下，陕西无论如何也是保不住的，如果向西撤退，势必被清军切断同河南、湖北大顺军的联系，且僻处荒凉的西北一隅，没有多大前途；南面呢？是张献忠控制下的四川。由于1644年秋冬间，大顺军同大西军在绵阳、广元一带拼杀得你死我活，李自成入据四川的想法也不太现实。因此向河南、湖广转移，去夺取弘光朝廷控制下的南方，凭借江南地区雄厚的人力物力继续进行斗争，便成了李自成唯一的出路。
放弃西安时李自成令权将军、泽侯田见秀殿后，让他“坚壁清野”，把带不走的粮食等库存物资和官府衙门、官员府宅全部烧毁。田见秀却以“秦人饥，留此米活百姓”为由，对李自成的指示阳奉阴违，只把东门城楼和南城月楼点燃，便赶来报告李自成，说已经遵命办理。李自成远望西安城烟雾腾腾，烈焰冲天，信以为实，紧跟着入城的清军因此在西安得到了大量补给，士饱马腾，很快就追杀上来。大顺军在转移过程中得不到休整时间，连遭追歼，被杀得落花流水，尸横遍野，与田见秀的“忠厚善良”、“宋襄公之仁”，有着紧密关系。
李自成虽然亲率主力13万，由商州退入襄阳，又把原先部署在襄阳、钟祥、安陆、荆州四府驻防的七万兵马调集到襄阳，直接由他指挥——此举实际上也反映出他对主持军事工作的刘宗敏与军师宋献策的不信任——合计20万众，“声言水陆并进，直取南京。”
可是李自成却遇上了两个难以解决的重大问题：粮饷不足，与人心涣散。