8 十二月初十，陈敬王刘羡薨逝。
9 十二月十六日，南宫宣室发生火灾。
10 护羌校尉贯友去世，以汉阳太守史充接任。史充到任之后，征发湟中羌族、胡人出塞攻打迷唐。迷唐迎击，击败史充，杀数百人。史充因罪被召回，任命代郡太守吴祉接任。
永元九年（丁酉，公元97年）
1 春，三月初十，陇西地震。
2 三月二十三日，济南安王刘康薨逝。
3 西域长史王林攻打车师后王，将他斩首。
4 夏，四月二十八日，封乐成王刘党的儿子刘巡为乐成王。
5 五月，封皇后父亲、屯骑校尉阴纲为吴房侯，以特进身份返回家宅。
6 六月，旱灾、蝗灾并发。
7 秋，八月，鲜卑进攻肥如，辽东太守祭参因怯懦无能，作战失利，被下狱处死。
8 闰八月十四日，皇太后窦氏崩逝。当初，梁贵人死后，宫廷事情机密，没有人知道皇帝是梁贵人生的。舞阴公主的儿子梁扈，派他的堂兄梁?（舞阴公主嫁给梁松，梁贵人是梁松的弟弟梁竦的女儿。梁贵人小时候母亲去世，由伯母舞阴公主抚养长大。窦太后在世，他们不敢揭露真相，窦太后一死，就没有禁忌了），分别向三府（司徒府、司空府、太尉府）奏报说：“汉家旧典，崇贵母氏，而梁贵人亲育圣躬，不蒙尊号，请求申议!”太尉张酺把事情告诉皇帝，皇帝感怀伤恸良久，说：“您的意思是怎么办？”张酺请求为梁贵人追上尊号，并尊崇在世的诸位舅舅。皇帝听从。这时，梁贵人的姐姐，嫁给南阳人樊调的梁嫕上书说：“我的父亲梁竦冤死牢狱，骨骸至今不能掩埋。母亲年逾七十，与弟弟梁棠等被流放，远在绝域，不知死生。请求能将父亲朽骨收葬，并让母亲、弟弟能够回到故乡。”皇帝引见梁嫕，才知道了梁贵人当年冤死的真相。三公上奏，说：“请依照光武帝罢黜吕太后的先例，贬黜窦太后尊号，并且，不宜让她与先帝合葬。”百官也多有上言附议的。皇帝手诏说：“窦氏虽然不尊法度，但太后却时常自己克制减损，我侍奉太后十年，深知大义，按礼制，臣子没有贬黜尊上的规矩，于恩不忍分离，于义不忍亏待。按前世案例，上官太后也没有被降黜，你们不要再说了!”闰八月二十九日，安葬窦太后，谥号章德皇后。
9 烧当羌迷唐率众八千人进攻陇西，胁迫塞内诸羌族部落合步骑兵三万人击破陇西兵，杀死大夏县县令。皇帝下诏，派征西将军刘尚为将，越骑校尉赵世为副将，率领汉兵和羌、胡兵共三万人征讨。刘尚屯驻狄道，赵世屯驻枹罕。刘尚派司马寇盱征调各郡部队，四面向战区集结。迷唐恐惧，抛弃老弱，逃窜进入临洮南山。刘尚等人追击到高山，大破迷唐军，斩首俘虏一千余人。迷唐逃走，汉兵死伤也很多，不能再追，于是回师。
10 九月二十四日，司徒刘方被免职，自杀。
11 九月二十八日，追尊梁贵人为皇太后，谥号恭怀皇后，为她补行丧事。冬，十月十九日，改葬梁太后和她的姐姐梁大贵人于西陵。擢升樊调为羽林左监。追封梁太后父亲梁竦为褒亲愍侯，派使者迎接他的尸骨，葬于恭怀皇后陵墓旁。征召梁竦妻子儿女回来，封他的儿子梁棠为乐平侯，梁棠的弟弟梁雍为乘氏侯，梁雍的弟弟梁翟为单父侯，都加位特进，赏赐以巨万计，宠遇光于当世，梁氏家族，自此兴盛。
清河王刘庆，这时候才敢上书请求到母亲宋贵人的陵墓祭奠，皇帝允许，下诏太官供给四季祭祀的祭具。刘庆流泪说：“母亲在世的时候，虽然不能供养，死后终于能够供奉祭祀，我的心愿也足矣!”又想为母亲修建祠堂，但是担心有自比梁太后的嫌疑，于是不敢再说，时常向左右哭泣，认为这是终身之憾。后来他上书说：“外祖母王氏年老，请求能回到洛阳治病。”于是皇帝下诏，允许宋氏家族全部回到京师，任命刘庆的舅舅们，宋衍、宋俊、宋盖、宋暹，都做郎官（宫廷禁卫）。
【华杉讲透】
皇帝不知道他的身世，养母死后，才知道自己生母是谁，以及生母家族遭遇的家破人亡的迫害。皇帝给梁贵人平反，梁氏家族兴起，以后又成为国家一大祸害。借着平反昭雪的春风，废太子刘庆才敢请求去给与他有同样遭遇的母亲宋贵人扫墓，宋氏家族重新回到统治阶层的政治生活中。刘庆的儿子后来做了皇帝，宋贵人也追封为皇后。这些人遭遇人生的悲剧，虽然处于最高统治阶层，也都是可怜人。
中国历史上的权力斗争，总是零和博弈，一家兴，必有一家亡，始终没有建立起一个和平共处的安全机制。所以，免祸就成了人生智慧，平安落地就是成功人士。基于免祸的需求，克制就成了最重要的美德，自己克制减损，克己复礼。窦太后不是皇帝的生母，她夺了梁贵人的儿子，又害死梁贵人，养育了皇帝。皇帝不过是她谋求自己权势的工具。但是，她能克制自己，没有其他什么恶行，皇帝被他养育长大，这种恩遇，也形成了一种斯德哥尔摩综合征，杀母之仇，反而恨不起来了。
12 十一月初八，任命光禄勋、河南人吕盖为司徒。
13 十二月初一，司空张奋被免职。初七，任命太仆韩稜为司空。
14 西域都护、定远侯班超派他的掾（副官）甘英出使大秦、条支，抵达西海，都是前代之人所没有到达过的地方。甘英考察他们的风土人情，取得他们的奇珍异物。到了安息西边边界，遇到大海，他想渡海继续前行。船夫对甘英说：“海水广大，遇到顺风，也要三个月才能渡过去。如果遇到逆风，也有耗时两年的。所以，要渡海的，须准备三年粮食。在大海里，容易让人犯思乡病，经常有人死亡。”甘英这才作罢。
【柏杨曰】
大秦，是罗马帝国；条支，是叙利亚；安息，在伊朗。有人认为“西海”是波斯湾，但波斯湾即令有强大的顺风，三个月也到不了罗马，因为那时还没有苏伊士运河，要绕道好望角，而好望角当时还没有发现。西海应该是地中海较为合理，而西海之滨就是巴勒斯坦。如果这个判断正确，那甘英的报告并不可靠，巴勒斯坦和罗马之间，交通频繁，甘英绝不会躲在旅馆里，只听船夫一面之词，自己到码头去看一看，看见繁忙的码头，就会知道去大秦并不困难。班超似乎是选错了人。
1 夏，五月，京师大水。
2 秋，七月己巳日（七月无此日），司空韩稜薨逝。八月十五日，任命太常、太山人巢堪为司空。
3 冬，十月，五个州雨水不止。
4 代理征西将军刘尚、越骑校尉赵世被控畏敌懦弱，被召回，下狱免职。谒者王信接管刘尚的部队，屯驻在枹罕，谒者耿谭接管赵世的部队，屯驻在白石。耿谭悬赏招降，诸羌族部落很多都来归附。迷唐恐惧，于是请降。王信、耿谭接受投降，撤军。十二月，迷唐等率领族人到洛阳朝见进贡。
5 十二月十九日，梁节王刘畅薨逝。
6 当初，居巢侯刘般薨逝，儿子刘恺应当嗣位。但刘恺自称父亲的遗愿是让他的弟弟刘宪嗣位，于是自己遁逃。有司奏请撤销刘恺的封国。汉章帝赞赏这种义行，特别优待宽限日期，但刘恺还是不出面。过了十几年，有司再次上奏此事。侍中贾逵上书说：“孔子说：‘能以礼让为国乎？何有？’（能以礼让精神来治国吗？如果能以礼让精神来治国，那还有什么困难呢？）有司不能推究刘恺为善之心，反而要绳之以循常之法，这样做，不能鼓励礼让的风气，形成恢宏宽厚的教化。”皇帝采纳他的意见，下诏说：“王法崇善，成人之美，就让刘宪嗣爵吧!事属特殊，下不为例!”于是征召刘恺，任命为郎官。
7 南匈奴单于师子死，前单于长的儿子檀即位，为万氏尸逐鞮单于。
永元十一年（己亥，公元99年）
1 夏，四月初九，赦天下。
2 皇帝在朝会的时候，召见诸儒，让中大夫鲁丕和侍中大夫贾逵、尚书令黄香等相互辩论经义，皇帝赞赏鲁丕的学说，罢朝之后，特别赏赐给他衣冠。鲁丕上书说：“臣听说，讲说经义，不过都是转述自己老师教的道理，不是自己的发明，所以不能相让。如果相互谦让，那道理就不能辨明，就像方矩、圆规、秤锤、尺子的标准，不能随意改变。提出疑问的人，必须说明其依据；答复疑问的，也要说明他的立场，浮华无用的话，就不要说，所以不会越说越糊涂，而道理越来越彰明。观点不一致的人，不过是各自阐述他的老师教给他的东西（汉儒重视学术门第，各自执守自己老师的学问），陛下能遍览各方观点就行了，如果唯独让我这个乡野村夫说的话得到陛下的重视，那反而是我的罪了，因为这会让其他人幽远深刻的道理被遗漏啊。”
永元十二年（庚子，公元100年）
1 夏，四月十六日，秭归发生山崩。
2 秋，七月初一，日食。