大村纯忠此时也知道大势已去了，他找到了耶稣会的传教士，请求他们带领自己离开长崎。
可是让大村纯忠没想到的是，这些传教士竟然直接绑了大村纯忠，然后将他献给了丰臣秀吉。
丰臣秀吉进城以后，立刻命令投降的军队和自己的军队参与到救火之中，不过因为长崎大量的木质房屋，整个火灾蔓延了半个城市，大量的市民流离失所。
丰臣秀吉忙着指挥灭火，镇压城内的乘火打劫行为，平定城市内的争端。
等到他疲惫的返回自己的军营，那些等待多日的耶稣会教士们，已经在门口恭敬的等着他了。
丰臣秀吉难掩心中的厌恶之情，但是对方毕竟是本次攻打长崎的“功臣”，所以丰臣秀吉还是让他们进了军营。
耶稣会修士首领阿济格对着丰臣秀吉恭敬的行礼，接着用流利的日语说道：
“尊敬的将军，我们只是西洋来的传教士，本无意于掺和贵国内部的争端。”
丰臣秀吉立刻打断他说道：
“如果是只是商人，就应该老老实实的经商，而不是在城市内建造教堂，随意传播信仰！”
“我曾经在中原的大都督麾下效力，当年大都督在澳门驱逐教士，捣毁教堂的时候，我还有些不理解，如今才知道大都督的英明之处！”
听说了丰臣秀吉还曾经在东南那位大都督麾下效力过，这些教士们立刻惶恐起来。
阿济格连忙说道：“我们耶稣会只是合法的宗教组织，我们保护的也是自己的信徒，并没有干涉政治的目的。”
丰臣秀吉已经弄清楚了长崎的矛盾，他厌恶的说道：
“你们这帮教士，内部道德沦丧，讲的都是一些蛊惑人心的道理。在基层建立教会，蛊惑教民随你们一起败坏，也难怪大都督要坚决清除你们。”
“织田家督崇尚佛法，厌恶你们这些外来的和尚。”
阿济格露出绝望的表情，却听到丰臣秀吉说道：
“我决定仿效东南的政令，如果你们葡萄牙人想要留在长期，必须要遵守这些命令！”
听说了还能继续留在葡萄牙，诸多耶稣会的修士们又抬起头。
“首先，你们这些外国人只能在港口区活动，想要进入长崎市区，必须要等到许可，你们的商铺和教堂，也同样只能建造在港口区，城内的教堂全部捣毁！”
“无论是教徒还是非教徒的犯罪行为，都只能交给官府审理，教堂无权审判并且处罚任何人，而你们传教士的犯罪行为，也必须要由官府审理。”
说完这些，几个武士上前，将几个藏污纳垢的传教士押下去，阿济格等传教士脸色惨白。
“你们耶稣会无权征税！之前所收的什一税，必须在半年内退还！”
阿济格脸色惨白，但是丰臣秀吉根本不给他讨价还价的机会。
同样的事情，也发生在朝鲜的港口，有了苏泽提供的模板，这几招可以说是针对了这些西方传教士的命门。
占领长崎后，丰臣秀吉一边向织田信长报捷，一边派遣船队联络东南和朝鲜，请求通商！