“这是真的吗？你知道胡克先生说他早已算出，不过不愿公布罢了。亲爱的牛顿先生，快将你的证明给我，我要向皇家学会汇报，这是一件天大的事情啊。”
这年12月，在哈雷的鼓动下，牛顿的《论运动》送到皇家学会，两年后，有关万有引力的巨著《自然哲学的数学原理》第一编也送到皇家学会。在审查这些论文的会上，牛顿与他的冤家不得不再次相见。胡克这次不是得意地嘲讽，而是暴跳如雷了，他指着牛顿说：“你这是剽窃我的成果，我早已解决了的问题，你又来著书立说，真是一种无耻的行径。”
牛顿拍案而起，这个本来很温和的教授，今天也控制不住自己：“你自己一事无成，却好意思指责别人。我倒真想剽窃一点儿东西，可是你那计算的手稿到如今也不敢拿出来，以至于我真不知该到哪里去剽窃。我不知一个只知道吹牛撒谎的人，怎样会混到这样的身份。”
哈雷见事情已弄得很僵，慌忙起来圆场，他在伦敦与剑桥之间已穿梭多次做“红娘”，今天能有这部书稿摆在案头，已是成绩不小了。他提议说：“我们还是讨论一下这部书的出版问题吧。请学会能考虑拨一笔出版费，使这个《原理》尽快问世。”
胡克一听火冒三丈：“对不起，皇家学会现在经费困难，拿不出一个先令来印什么原理。”说完夹起皮包转身出门，临到门口，又补了一句：“我宣布，以后拒不参加任何一次这样的会议！”
牛顿也早已气得发抖，他将手中的笔往桌上一摔，说：“算了！后面几编我看也没有必要再写了。”
正是：
莫道政界仇难消，学界恨火却更高。
本是一致对自然，偏要你我见分晓。
几个月后，哈雷又来到了剑桥大学牛顿那间杂乱的房间里。一进门，他就大声说：“牛顿先生，请您加快写作，您的书可以出版了。”
“怎么，皇家学会又有钱了？”
“不，用不着它的钱，我已借到一笔钱，以个人名义来出版这本书！”
牛顿看着这个比自己小14岁的青年天文学家，一时不知说什么才好。他从小孤苦伶仃，顿觉面前的哈雷就像自己的小兄弟一般，忙喊仆人快去拿酒，又搂着哈雷的肩膀在沙发上坐下。哈雷也赶快取出特地为他带来的资料，说：“牛顿先生，你看，这是格林尼治天文台新测的月球与地球距离的数据，这是巴黎天文台最新测得的地球子午线数据……”
“啊，好极了，好极了。有了这些，我们的推导、计算就可以更精确了。”
牛顿将这些资料捧在怀里，也不问问哈雷一路是否辛苦，就像饿汉抢着面包一样地翻阅起来。哈雷也不介意，他接过仆人送来的酒杯，斜靠在沙发上，慢慢地呷着。忽然，他的目光停在门下角的两个一大一小的洞口上，再一看对面通向卧室的那扇门上也有两个。他用手碰碰牛顿问道：“牛顿先生，为什么每扇门下都要开两个一大一小的洞呢？”
牛顿将目光从资料堆里移过来看了看门，很认真地解释道：“噢，哈雷先生，你知道我有一只漂亮的大花猫。为了能让它自由出入，我在门上开了一个大一点的洞，可是最近它又生下一窝小猫，于是，我又让仆人在旁边开了一个小洞。”
哈雷一听，立时笑得前仰后合，杯子里的酒也差一点洒到地上。牛顿很诧异，忙问为何发笑。哈雷说：“尊敬的牛顿教授，苹果和月亮都能同享一个你发现的万有引力，难道你开的那个大一点的洞，就只许大猫走，而不许小猫走吗？”
牛顿听了，自己也哈哈大笑起来，随即将资料放到桌上说：“先吃饭，吃饭。”两人手挽着手向餐厅走去。
1687年夏天，这部科学史上划时代的巨著《自然哲学的数学原理》终于在哈雷的资助下出版了。牛顿对哈雷的帮助非常感激，他在书的前言中特别写了一段话：
埃德蒙·哈雷，是目光敏锐、博学多才的学者，为本书的出版付出了艰辛的劳动。他不仅为勘误和制版操劳，而且从根本上来说，他也是鼓动我撰写本书的人。因为正是他要我论证天体轨道的形状，正是他要我把这项论证呈报皇家学会。
《自然哲学的数学原理》刚刚出版就被抢购一空，以后又接连再版三次（但是牛顿的《光学》一书硬是等到胡克死后的第二年，即1704年才正式出版），这本书的问世可以与欧几里得的《几何》、伽利略的《对话》媲美。许多人争相购买，有人买不到书，竟将这500页的巨著亲手抄了一遍。人们狂热地希望弄懂牛顿提出的新道理。有一位贵族问牛顿：“要读懂这本书，是不是一定要懂数学？”牛顿答：“除此之外，别无他法。”这位贵族立即花钱雇了一位数学教师。《自然哲学的数学原理》热一时遍及欧洲。
哈雷出版这本书，原本是出于一种对科学事业的正义感。但是他万万没有想到书会这样畅销，因此，作为发行人的他也赚了一大笔钱。到底赚了多少，这自然是他的一个不便公布的秘密。