光绪廿一年（1895），乙未，七十三岁。
正月五日（1。30）日军陷威海卫南帮炮台。李电示丁汝昌：“万一刘岛不保，能挟数舰冲出，或烟台，或吴淞，勿被倭全灭，稍赎重愆。否则事急时，将船击沉，亦不贻后患，务相机办理。”六日，威海卫北炮台守军逃散，翌日北洋海军大炮轰毁炮台、弹药库。
正月七日（2。1）张荫恒、邵友濂与伊藤博文、陆奥宗光会于广岛，日方代表以张等全权不足，拒与谈判。
正月十八日（2。12）丁汝昌、张文宣等自杀，威海卫海军及刘公岛守军降，北洋舰队覆灭。
正月十九日（2。13）清廷派李鸿章为头等全权大臣与日本商议和约。
正月廿四日（2。18）李致电张荫桓，请代筹聘熟悉公法条约，智略文笔者襄助。张回电举荐李经方。
正月廿七日（2。21）李到京。次日，光绪召见李，讨论议和原则。
二月十六日（3。12）裁撤海军衙门及海军内外学堂。
二月十八日（3。14）李鸿章乘德轮离津赴日，随员有参议李经方、参赞罗丰禄、马建忠、伍廷芳等三十三人。廿三日（3。19）李鸿章一行抵日本马关。廿四日，李与伊藤博文举行第一次会议，请乞停战。廿五日，伊藤提出休战条件，要求中国交出大沽、天津、山海关及铁路、军需，限三日即复。
二月廿八日（3。24）李与伊藤第三次会议，不提休战，但商媾和条件。伊藤允诺明日交阅和款。散会后李遇刺，伤左颊骨。李以和议重要，恐稽延时日，拒医生开刀取弹之请。而日本朝野震悚，日政府旋；决定无条件休战。黄遵宪马关纪事诗五首，其二日：“卅载安危系，中兴郭子仪。屈迎回纥马，羞引汉龙旗。正劳司宾馆，翻惊力士椎，存亡家国泪，凄绝病床时。”
二月廿九日（3。25）日军陷澎湖。
三月五日（3。30）中日停战条约成立，二十一日内，中日在奉天、直隶、山东境内暂停战斗行动。
三月七日（4。1）伊藤提出和议条款：朝鲜自主，割辽东、台湾、澎湖，赔款三亿，重订商约等。
三月十四日（4。8）因奉旨让地以一处为断，赔费以万万为断，李复电谓不敢轻允割弃台湾，让地限一处，不知将来能否办到？敌所已据处，争回一分是一分，未据处丝毫不放松。赔费一层，伊藤复函谓中国自家为难之处，不在应议之列。
三月十六日（4。10）李、伊第四次会谈。伊略让步，割地划出辽阳，赔款减为两亿，限三日内答复。
三月廿一日（4。15）李、伊第五次会谈，承诺日本条件。
三月廿三日，（本日适为甲午日）中日马关条约签字。廿四日，李离日返国。廿六日，抵天津，奏报和约已成。奏折中有云：“伏维皇上灼知时局，许息战争，简界微臣，任以专使。臣何暇为一身之计，以重九重之忧，惟是汉刘敬之赴朔北，当时本属从权；宋寇准之盟澶渊，同朝或以为辱。臣适当事机棘手之际，力争于骄悍不屈之廷，既不免毁伤残年之遗体，复不能稍戢强敌之贪心。中夜以思，愧悚交集。所最疚心者，赔款虽减，尚有二万万两；奉天迤南虽退出多处，而营口至金、复一带不肯稍让。台湾兵争所未及，而彼垂涎已久，必欲强占。……臣昏耋，实无能为。深盼皇上振励于上，内外臣工齐心协力，及早变法求才，自强克敌，天下幸甚。”
四月八日（5。2）清廷批准中日条约。同日，御史易顺鼎奏劾李鸿章父子权奸误国，不可姑容，请罢和议，建迁都、拒守二策。
四月廿四日（5。18）李接总署来电，告台民决留唐抚（景崧）仍理台事，刘永福镇守合南，死守拒日。
五月二日（5。25）台湾民主国宣布成立，推唐景崧为总统。国旗蓝地黄虎，年号定为永清。
五月六日，日军在台湾澳底开始登陆。同日，李电告伊藤，台湾已为自主岛国，中朝实难遥制，仅能照约交出，余均无从过问。
五月十日（6。2）李经方与日本桦山资纪会于基隆口外三貂湾，签订台湾交接文据。
五月十二日（6。4）唐景崧逃离台北赴沪尾，十四日，复走厦门。十五日，日军进占台北。
闰五月十四日（7。6）中俄在圣彼得堡订立借款合同，由俄法合借四亿法郎，即一亿两，年利四厘。用以偿付对日赔款。
七月九日（8。28）命李鸿章人阁办事，调王文韶为直隶总督兼北洋大臣。
七月廿九日（9。17）英教士李提摩太访晤李鸿章，请介绍往见恭亲王。李记李鸿章谈话要点如下：（一）帝听信师傅翁同翕之话；（二）大臣昧于外情，无人读过《泰西新史摄要》；（三）六部尚书均称西学为鬼子学。朝廷对明晓西学之士，未予重用；（四）上海出版之新闻报，可能得张之洞津贴，对李鸿章大肆攻击。
八月十九日（10。7）日本外相西园寺公望与俄、德、法三使商定交还辽东半岛，由中国增付赔款三千万两，交清后三个月内撤兵。
八月廿六日（10。14）清廷派李鸿章为全权大臣与日本使臣林董商交还辽东事宜。
九月二日（10。19）刘永福乘英轮自安平赴厦门。
九月四日，日军陷台南府及安平，台湾民主国亡。
九月廿二日（11。8）中日订立还辽条约七款。同日，李鸿章致函新疆巡抚陶模云：“……详察当路诸公仍是从前拱让委蛇之习，若不亟改，恐一蹶不能复振也。兄抚膺衰疾，蒿目艰虞，独居深念，仰屋窃叹，亦思竭囊底之智，以助局外之谈。然尔缕指陈，亦何以易君贤之所云邪！十年以来，文娱武嬉，酿成此变。平日讲求武备，辄以铺张糜费为疑，至以购械、购船，悬为厉禁。一旦有事，明知兵力不敌而淆于群哄，轻于一掷。遂至一发不可复收。战绌而后言和，且值都城危急，事机万紧，更非寻常交际可比。兵事甫解，谤书又腾，知我罪我，付之千载，固非口舌所能分析矣。……
十月三日（11。19）督办军务处恭亲王、李鸿藻、翁同翕、长麟等商定以胡燏棻督造铁路，袁世凯练新建陆军，荫昌选八旗兵人武备学堂。
十月十三日（11。29）中日互换交还辽南条约。