六月初八日（7。4）黄翼升率淮阳水师抵沪。
六月十五日（7。11）京师同文馆成立，延英人包尔腾（Burdon）为教习，选八旗子弟数人学习。然而，“同文馆之设，谣言甚多。有对联云：‘鬼计本多端，使小朝廷设同文之馆；军机无远略，诱佳子弟拜异类为师。’”（翁文恭公日记）
六月廿一日（7。17）淮军潘鼎新、刘铭传等营会同华尔所率常胜军克复金山卫城，浦东全境肃清。
七月初七日（8。2）李秀成亲率三千人西援南京。
七月初八，常胜军、常捷军等攻占浙江余姚。十五日（8。10）淮军会同常胜军克复青浦县城。十九日至廿五等日，太平军慕王谭绍光部两万余人，反攻青浦，不成。
八月初一日（8。25）各路（苏州、昆山、嘉兴等地）太平军环攻清军北新径营盘，距上海仅十余里。李鸿章督刘铭传、程学启、华尔、李鹤章、郭松林等各路兵勇救援，与太平军谭绍光、蔡元隆等剧战。太平军败走嘉定，北新泾解围。
八月廿七日（9。20）华尔率常胜军攻克浙江慈溪。但华尔被击伤，次日死于宁波。常胜军后交美国人白齐文接管。
九月二日（10。24）淮军会同常胜军、英法兵再克嘉定。
九月三日，太平军侍王李世贤自浙江援救天京，合李秀成军，号八十万，重重围困曾国荃之湘军。初五，曾国荃发万人出壁击杀太平军八千余人。
九月廿二日（11。13）李鸿章亲临前线调度，督官军与太平军慕王、听王、朝王等会战，歼擒太平军一万四千余人，为李东征以来第一次大捷。
十月初五（11。26）曾国荃引军出击，大败李秀成、李世贤连营环攻天京城外雨花台之军。二李撤围而去。
十月十二日（12。3）实授李鸿章为江苏巡抚。
十一月十五日（1863。1。4）白齐文自松江抵沪，索饷不遂，痛打杨坊，抢去洋银四万余元。李鸿章即将白斥革，商请英提督士迪佛立弹压调解。廿五日，李与士迪佛立订统带常胜军章程十六条，暂交英军参谋奥伦管带，以后交由戈登统领。
是年，李鸿章因四十无子，乃以幼弟昭庆之子经方为嗣。
同治二年（1863），癸亥，四十一岁。
正月廿二日（3。11）李鸿章奏请于上海、广州、添设外国语言文字学馆，于中国自强之道，似有裨助。后于二月十日奉旨准就上海敬业书院改设，即广方言馆。
本月，李鸿章之亲兵护卫营（即张遇春之“春”字营）成立炮队（二百人），为中国炮兵制度之发轫。
二月七日（3。25）戈登正式接统常胜军。十八日（4。5）淮军、常胜军合力攻克福山，次日，常熟、昭文围解。
三月初九（4。26）守太仓的太平军会王蔡元隆诈降，击伤淮军统领李鹤章。戈登带常胜军增援，于本月十五日攻入太仓，大肆杀戮太平军。
四月初四（5。21），李在致曾国藩信中，论及洋务最难着手，希望速平“贼氛”，讲求洋器。并谓中国但有开花大炮、轮船两样，西人即可敛手。日本即是证明。
四月十四日（5。31）清军攻克昆山、新阳县城，斩获太平军二三万人。廿二日（6。8），黄翼升、刘铭传等攻克江阴县属杨库汛城。
五月十一日（6。26），李鸿章奏上“分路规取苏州折”。十五日（6。30）湘军水陆攻克九洑洲，长江水路大通。
六月十四日（7。29）程学启、戈登等克复吴江、震泽，切断苏、浙太平军联络。廿二日（8。6）太平天国翼王石达开被害于成都，年三十三。
七月十三日（8。26）淮军攻克枫径。廿九日（9。11）李鸿章亲督各军，攻克**口镇，追太平军纳王郜永宽败众至苏州城外。
八月初一（9。13）李鹤章、刘铭传等攻克江阴，太平军广王李恺顺败走常州。十一日（9。23）忠王李秀成偕侍王李世贤自天京返苏州，谋解城围。十六日（9。28）淮军、常胜军攻占苏州东南水陆要区宝带桥。八月三十日（10。12）至九月二日，淮军进攻无锡，分路击败李秀成部。
九月十二日（10。24）清军攻占苏州盘门外五龙桥。十五日，程学启、戈登移军吴江攻击浙江太平军，获胜。二十日，又攻克苏州齐门外蠡口的太平军营。
九月廿七日（11。8）李鸿章函复徐树铭，谓“目前之患在内寇，长久之患在西人，堂堂华夏，积弱至此，岂一人一时所致，抚髀太息而已”。是月，无锡官军攻击后安、安镇、梅村、西仓、茅塘桥等地太平军，获胜，活捉李秀成军师、户部尚书李生香。
十月五日（11。15）曾国荃部尽占南京城东南要隘。十五日，进屯金陵城东孝陵卫。
十一月二日（12。12）李鹤章、郭松林、刘铭传等攻克无锡、金匮，生擒潮王黄子漋父子。
十一月十日（12。10）李秀成自丹阳返天京，劝洪秀全放弃天京，进取西北，与陈得才相会，被洪严词拒绝。
十一月廿八日（1864。1。7），清总兵程学启、道员吴毓芬等攻克浙江嘉兴，郛王陈占榜等投降。
十二月廿日（1。28），曾国藩在安庆试航蔡国祥、徐寿等自造之轮船“黄鹄”号。
同治三年（1864），甲子，四十二岁。
正月廿二日（2。29），曾国荃军合围金陵。
二月一日（3。8）溧阳太平军守将投降清军，侍王李世贤往湖州。十八日（3。25）淮军程学启部攻克浙江嘉兴。廿四日（3。31），左宗棠军、浙江布政使蒋益澧会同洋将德克碑攻克杭州，道员唐国器克余杭。
三月初七日（4。12）淮军大破太平军于江阴、常熟间，太平军退回常州、丹阳。初十日（4。15）李鸿章抵常州，布置攻城军事。廿二日（4。27），刘铭传、戈登等开炮猛攻常州，太平军英勇抵抗，淮军与常胜军伤亡达一千五六百人。
四月六日（5。11）李鸿章督淮军各部及戈登等攻入常州，生擒护王陈坤书、佐王黄和锦，大肆杀戮太平军。常州之克，清廷赏李鸿章骑都尉世职。