然而，毛泽东并没有沉醉于这些胜利中，他在北方也取得了胜利进展。1949年9月21日至28日，中国共产党、民主党派及其他反对国民党的党派在北平召开了“中国人民政治协商会议”。
从那时起取消了“北平”这个名字，因为“北平”是1928年国民党命名的，被认为是堕落的象征。作为中华人民共和国的首都，这个伟大的城市恢复了原名“北京”。
10月1日，毛泽东宣告新的共和国成立，那天和他一起庆况这个伟大胜利的人不仅有他的战友，还有孙中山的夫人宋庆龄和一些内战期间改变了立场的国民党将领——傅作义、程潜及“基督将军”冯玉祥的遗孀，还有一些来自上海和新加坡的名人。
这样，重庆又成了“中华民国”的“首都”。8月24日，蒋介石来到重庆，担任国民党“中央非常委员会”主席。他的追随者于9月3日举行反共游行。
蒋介石把退守台湾作为最后一步棋，同时也在其他地方寻找其他的退路。位于四川省和西藏之间的西康，是片进不去的山区，这个地方对蒋介石是最有吸引力的，但他很快发现关键时刻这个地方的武装力量不一定会站在他的一边。
蒋介石在与印度支那接壤的云南省也发现了类似的情况。他于9月底回到广州。与李宗仁及他的广西同僚白崇禧讨论了多次。
10月4日，当蒋介石想起毛泽东在北京宣布的令其不快的消息时，他飞回了台湾。2日，苏联就承认了毛泽东的中华人民共和国。3日，仍在广州的国民政府与莫斯科断交。现在，蒋介石失去了一切权力，他所能做的只是表现他的反抗情绪。事实上，在以后直至他去世的近26年里，他一直就是这么做的。
1949年10月10日，蒋介石在台湾发表了“双十通告”，指责苏联“侵略中国”，声称他要和共产党“斗争到底”。为了不在台北坐视重庆被攻破，他于11月4日又飞回了摇摇欲坠的重庆。
使蒋介石大为不悦的是，他发现李宗仁前天已离开重庆到他的广西老据点南宁去了。
李宗仁再也没有打下去的心情了。他的肠胃一直有毛病，疼痛难忍，使他受了不少折磨，于是他对人们说要去做手术。蒋介石要他回来，他不予理睬。
他去找踌躇不决的云南省主席卢汉，命令他释放约1000名共产党及国民党革命委员会成员，这些人都是这位省主席于9月10日逮捕的。
11月19日，白崇禧飞到南宁。李代总统告诉白崇禧说，他想公开声讨委员长，然后再到美国看病。经过一场激烈的争论之后，白崇禧劝李宗仁不要发表反蒋宣言，但没有劝他不要去美国。
于是，李宗仁致函蒋介石，说他很抱歉不能回重庆，他很疲乏，需要全面检查一下，很有可能去美国动手术。他又说，他同时要探听一下美国政府对中国的态度。
在这种危急形势下，他一定会早点回来担负起他的责任。他委托阎锡山院长替他处理国家大事。11月20日，李宗仁去了香港，并踏上了去美国的路途。
第二天，以蒋介石为主席的“中央非常委员会”要求李宗仁或马上回到这个暂时的“首都”，或辞去代总统职务。
蒋介石派了一个四人代表团到香港向李宗仁保证，如果他回来了，他在“国民政府”的权威一点不受影响，并建议他带回一名医生及必需的医疗设施。
这四位代表一无所获地回来了，根本没有李宗仁的影子。
于是，蒋介石周围的人发生了激烈的争论。一方是以陈立夫为代表，坚持要求蒋介石复职，另一方是以蒋经国为代表，坚决不让蒋介石复职。
蒋介石听从了儿子的劝说，事实上或许他已下定了决心。蒋经国说，复职就是为李宗仁提供方便。李宗仁在美国谋求资金和支持这一事上的任何失败，都将会归责于蒋介石所扮演的这个角色。
国民党中央执行委员会常委会不顾蒋介石父子的想法，又把代表团派往香港，坚决要求李宗仁马上返回，即使有病也不得停留，“如果李宗仁病得厉害，回不来，那就得考虑蒋介石复职之事了”。
李宗仁踌躇不决，后来他说要以“代总统”的身份去华盛顿寻求美国的经济援助，无论他能否得到，一个月之内他就返回中国。李宗仁于1949年12月5日离开香港，但却再也没有回来。
蒋介石冒着危险，从重庆飞到成都，而此时共产党的3万军队已进入了成都。他还能往哪里去呢？昆明可能差不多，但是蒋介石不信任云南省主席卢汉。
12月7日，他派了他信任的朋友张群去昆明，询问卢汉自己的行署是否能搬到他的省会。卢汉没有进行合作，但却说委员长应该来看看他。
蒋介石意识到这是个陷阱，又派张群去昆明商谈具体事宜。但是，共产党先到了一步，蒋介石的密使一到就被捕了。
蒋介石还不知道，两个四川军首领都是民主同盟的领导，他们已转向了共产党那边，其中包括张澜。他们把共产党的密使和西南其他军事首领联系起来，其中最主要的就是云南的卢汉和西康的刘文辉。共产党已向他们解释清楚，允许他们拥有自己的地盘，他们的军队也可得到完整的保留。
后来，卢汉被任命为中华人民共和国国家体委副主任，刘文辉则在全国人大常委会任职。
这么多将领倒戈，蒋介石试图把四川、西康、云南、贵州等西南各省搞成最后据点的计划成了泡影。
张群在昆明被捕三天后，国民党窃听到一封电报，说卢汉想投靠毛泽东，计划逮捕蒋介石。
但是，他们得到这个情报时蒋介石已乘飞机飞往台北了。
蒋介石在中国大陆的统治彻底结束。