《邗故拾遗》，连载于本期和第25、33期《国粹学报》，出版时间从本日至1907年9月27日，署名刘光汉（第33期署名刘师培）；收入《遗书》之《左盦外集》卷二十。
诗《书怀》、《题风洞山传奇》（三首）、《观物吟》、《多能》，署名光汉；收入《遗书》之《左盦诗录》卷四《左盦诗别录》。
12月15日，在《复报》第7期上发表《运河诗》，署名申叔。
本年所作之诗文尚有《芜湖赭山秋望》、《汉代古文学辨诬》、《答章太炎论左传书》。
诗《芜湖赭山秋望》，收入《遗书》之《左盦诗录》卷二《左盦诗》，诗题下标“丙午”，可见为本年之作。
《汉代古文学辨诬》，连载于《国粹学报》第24至30期，出版时间从1907年1月4日至6月30日，第24、25期署名刘光汉，第26至30期署名刘师培；收入《遗书》之《左盦外集》卷四，目录下标“前六年”，即1906年作。
《答章太炎论左传书》，发表于1907年2月2日出版的《国粹学报》第25期，题为《某君复某书》；收入《遗书》之《左盦外集》卷十六，目录下标“前六年”即1906年，并附《章君来书》、《章君答书》。
本年，所编之《伦理教科书》、《经学教科书》、《中国历史教科书》、《中国地理教科书》全部完成，由上海国学保存会出版。
《伦理教科书》二册，第一册序发表于1906年1月9日出版的《政艺通报》乙巳第23号，署名刘光汉；该序又见于1906年3月4日出版的《广益丛报》第98号；收入《遗书》，总目下标“前七年、前六年”，即1905年至1906年。
《经学教科书》二册，第一册序发表于1906年1月9日出版的《政艺通报》乙巳第23号，署名刘光汉；该序又见于1906年3月4日出版的《广益丛报》第98号；收入《遗书》，总目下标“前七年、前六年”即1905年至1906年；民国年间北京资研社以《经学传授考》名义再版。
《中国历史教科书》二册，收入《遗书》，总目下标“前七年、前六年”即1905年至1906年。
《中国地理教科书》二册，第一册序发表于1906年1月9日出版的《政艺通报》乙巳第23号，署名刘光汉；该序又见于1906年5月13日出版的《广益丛报》第105号；收入《遗书》，总目下标“前七年、前六年”即1905年至1906年。
本年，继续在安徽公学、皖江中学任教，教历史、伦理课。因在校内公开宣传反清革命，引起清廷东南疆吏的注意。据说两江总督端方曾告知蒯光典，打算拿办安徽公学革命党人，经蒯婉言解释，端方才没有下令实行。[63]
除请苏曼殊任教外，又邀敖嘉熊、徐慕达在安徽公学教技击，[64]还时与蔡元培、陈去病书信往还，介绍芜湖学界情况，[65]在陈去病前往徽州府中学校就职道经芜湖时，介绍他加入中国同盟会，[66]并与陈独秀发行一白话报。[67]另外，还一直帮助上海同道筹办国粹学堂，[68]但终因经费无着而作罢。
本年，章太炎数次致书刘师培，除前述与刘论《左传》书外，还有两信存世，主要内容是建议《国粹学报》当专主古文，不取公羊家言；认为刘应发扬家学，昌大《左传》之学；并寄其以厚望，“国粹日微，赖子提倡”。两信均刊于1907年1月4日出版的《国粹学报》第24期上，题为《某君与某书》；钱玄同将两信收入《遗书》，题为《与刘光汉书三》、《与刘光汉书四》，题目下标“前六年丙午”，即1906年。另，刘师培赠章太炎明人黄生所著《字诂》与《义府》，章在《说林》（下）中提及此事，钱玄同将此文收入《遗书》，题为《说林下一则》。
本年，清政府颁诏“仿行宪政”，预备立宪开始。
章太炎主编《民报》，主讲于国学讲习会。
康有为通知各地保皇会，次年元旦改称“国民宪政会”。
严复在上海讲演政治学，成《政治讲义》一书，并译孟德斯鸠《法意》。
蔡元培在北京译学馆任教，讲授并编印《国文学讲义》。
鲁迅（26岁）在日本，从仙台医专回到东京，弃医从文。
光绪三十三年丁未（1907年） 24岁
1月28日，在《政艺通报》丙午第25号上发表诗《滴翠轩》、《留别》（二首）、《赠李诚庵》（二首）、《留别邓绳侯先生》、《偶成》（二首）、《杂赋》，署名少甫，因此时化名金少甫；收入《遗书》之《左盦诗录》卷四《左盦诗别录》。收入《遗书》时，文字据手稿作了校正。[69]
本月，所编之《江苏乡土历史教科书》、《江苏乡土地理教科书》、《安徽乡土地理教科书》、《江宁乡土历史教科书》、《江宁乡土地理教科书》第一册由上海国学保存会出版。原拟编历史各4册、地理各5册，但因其在各书第一册出版后即赴日本，故未及续编以下诸册。《遗书》未收。钱玄同解释道：“此类书系供初等小学之用，内容浅易，无甚精义，非国学教科书之比，故不收入，但将序文六篇编入《左盦外集》卷十七。”[70]
2月13日（农历元旦），携妻何震及姻亲汪公权与苏曼殊启程东渡日本。[71]
此时端方正声言要捉拿刘师培和马君武等人，[72]刘在国内很难立足；加之章太炎已不满足于与刘之间仅是“神交”，“子漱江流，我迎日出，相距一苇，竟无遇期，方之前哲，又益悲矣”，[73]遂向其发出东渡邀请。行前，黄节、马君武等人为之送行，黄节赋诗一首《除夕有怀广州故人兼送刘申叔元日东渡》。[74]刘到东京后，与章太炎、苏曼殊同住在牛込区新小川町《民报》社，得以朝夕晤谈。[75]
2月25日，面见孙中山，随即正式加入同盟会，并成为《民报》撰稿人。
此前，清廷要求日本政府逮捕并引渡孙中山，日本西园寺内阁对此采取了两面政策，一面向清廷表示，同意驱逐孙中山出境，一面又力争不得罪中国革命党人。日本政府通过内田良平、宫崎寅藏等对孙中山表示：清廷要求日本逮捕孙，日本政府考虑不抓，但孙必须速离日，否则不能保证安全。同时，日本政府资助五千元，日本商人铃木久五郎资助一万元，作为孙离日的经费。孙接受了这两笔资助，以便用此去中国南方发动革命。日本政府还通过内田良平出面为孙饯行。本日，刘师培便是在这次送行宴会上首次面见孙中山。受邀者除刘外，还有章太炎、宋教仁、胡汉民、汪东、宫崎寅藏、清藤幸七郎、和田三郎等人。[76]
3月4日，在《国粹学报》第26期上发表《王学释疑》、《物名溯源》、《古今画学变迁论》、《论近世文学之变迁》等文。
《王学释疑》（未完），署名刘师培；又见于1907年5月31日出版的《广益丛报》第135号；收入《遗书》之《左盦外集》卷九。
《物名溯源》，署名刘师培；收入《遗书》之《左盦外集》卷七。
《古今画学变迁论》，署名刘师培；收入《遗书》之《左盦外集》卷十三。
《论近世文学之变迁》署名刘师培；又见于1907年6月20日出版的《广益丛报》第137号；收入《遗书》之《左盦外集》卷十三。
3月5日，孙中山偕胡汉民及日本人萱野长知等离日南下。行前，孙从铃木久五郎资助的一万元中提取两千元交章太炎作为《民报》经费，章嫌少，认为一万元应全部留下。章并不知日本政府资助五千元一事，孙离日后，这一情况为参加同盟会的日本人平山周、北一辉、和田三郎等探悉，很快章太炎、张继、刘师培、谭人凤、田桐等也得知了此事，并传闻孙临行时之宴会，是“一去不返之保证”。[77]他们认为孙的行为是受贿，被收买，有损同盟会的威信，遂要求罢免孙的同盟会总理职务。5、6月间，孙领导的黄冈、七女湖起义失败，更使反对他的人增多。张继等催逼同盟会庶务干事刘揆一召集大会，罢免孙中山，改选黄兴为总理，遭到刘揆一的拒绝，黄兴亦来函要求维护孙的地位。[78]刘师培则要求改组同盟会本部，除自己进入本部外，还想援引北一辉、和田三郎为本部干事，这也遭到刘揆一的反对。[79]由于黄兴拒绝出任总理，倒孙风潮渐次平息下来。
3月14日，在《政艺通报》丁未第2号上发表《江苏乡土历史教科书叙》，署名刘师培；收入《遗书》之《左盦外集》卷十七。
3月20日，宋教仁来访，将明人云友公之诗集《腹笥草》交其代寄至《国粹学报》社。[80]时《国粹学报》社正搜求明人遗籍以刊刻之。
3月27日，与何震、张继、章太炎拜访了日本社会党“硬派”代表幸德秋水。此前一天，章太炎和张继专为这次拜访向幸德秋水递了明信片。[81]