西人伦理学多与心理学相辅，心理学者，就思之作用而求其原理者也；伦理学者，论思之作用而使之守一定之轨范者也。[39]
还提及“日本人福泽谕吉以中国之礼为束缚身体之具”。[40]
《古学起原论》探究古代学术之发端，认为源于二端：宗教和实验。内中征引了《社会通诠》以及西人若柏黎等人的中国文化西来说，即：
若中国文字、文化之胚胎，则汉族东迁，已传播西方学术（近世以来，西儒若柏黎诸人谓中国文化咸导源加尔底亚、巴庇伦）。[41]
11月16日，《国粹学报》第10期开始连载刘师培《两汉学术发微论》。全文以中学比附西学，这从其子目即可看出（两汉政治学发微论、两汉种族学发微论、两汉伦理学发微论），虽未具体引证西书，但时见将两汉政治比附西政的说法，如“西汉之时，凡国有大政大狱，必下博士等官会议，此即上议院之制度也”[42]，并认为汉儒伦理学“与西洋伦理学其秩序大约相符”。[43]
1906年5月13日，《国粹学报》第16期开始连载刘师培《中国哲学起原考》。该文借用西方“哲学”概念纵论中国古代“哲学”之渊源，内中追溯西人最初之宇宙观念，征引布列氏、磨特氏、比多古罗氏、扬可拉兹氏之说，这些率多出自于井上圆了《哲学要领》、《哲学原理》（王学来译，闽学会1903年出版）诸书。另外文中还提及西儒“效实”、“储能”之义，显系采自严复译述《天演论》时所造之词。[44]
6月11日，《国粹学报》第17期发表刘师培《孔学真论》、《补古学出于史官论》。
《孔学真论》对孔子学说进行了公允的评价，认为：
周室既衰，史失其职，官守之学术一变而为师儒之学术，集大成者厥唯孔子。[45]
文中将孔子之学与古希腊梭格拉氏（即苏格拉底）之学进行比较，并提及柏拉图弟子亚里士多德，认为“今太西科学大抵出于亚氏”，还说：
太西当近世以来，培根主实验，笛卡儿主穷理，二派并行，而西人之学遂日以进步。[46]
这类议论，足以看出其对西学之了解及识见。
《补古学出于史官论》是对前已发表的《古学出于史官论》的补充，仍持“上古之时，学掌于史”的基本观点，[47]内中征引了弥儿《自由原理》（即《弥勒约翰自由原理》，马君武译，上海开明书局1903年出版）中的个别论点。
12月5日，《国粹学报》第23期开始连载刘师培《论孔子无改制之事》。该文主旨在反驳今文家的孔子改制说，认为：
以庶民而操改制之柄，始于汉儒言孔子改制。然孔子改制之说，自汉以来未有奉为定论者，奉汉儒之言为定论，则始于近人。夫以庶民而改制，事非不美，特考其时，度之于势，稽之于书，觉孔子改制之说，实有未可从者。[48]
文中再次征引拉克伯里的中国文化西来说，言明采自日本白河氏（白河次郎）《支那文明史》，还提及柏拉图、康德、赫胥黎之学，以证明学术与宗教不同，孔子之学非宗教。
1906年，刘师培完成并已出版之关涉西学的著作尚有《伦理教科书》、《经学教科书》、《中国历史教科书》等。
《伦理教科书》（二册）是刘师培以西方伦理学观念阐释中国伦理之作。书中开首即言：
西人之治伦理学者，析为五种，一曰对于己身之伦理，二曰对于家族之伦理，三曰对于社会之伦理，四曰对于国家之伦理，五曰对于万有之伦理，与中国《大学》所言相合。[49]
故第一册“所言皆伦理学之大纲及对于己身之伦理”，第二册所言为“家族伦理”和“社会伦理”。全书对西方伦理学、心理学、社会学成果有所借鉴，但明确提到的西方学者仅有笛卡尔和斯宾塞，还言及日本井上圆了将西方伦理学“析为二十余派”。[50]
《经学教科书》（二册）是刘师培阐述中国经学发展历程的著作，第一册述“经学源流”，第二册“发明易例”，专讲《易经》。第二册又引用拉克伯里《支那太古文明论》（即《支那太古文明西元论》）中“以易卦为古文”的说法，[51]同于《小学发微补》之所引，而且提及斯宾塞的《群学肄言》，并在《论易学与科学之关系》、《论易学与史学之关系》、《论易学与政治学之关系》、《论易学与社会学之关系》、《论易学与伦理学之关系》、《论易学与哲学之关系》诸子目下率多中西学比附之论。
《中国历史教科书》（二册）是刘师培概述中国从远古迄西周的历史发展进程的著作。他在“凡例”中便言明：
今日治史，不专赖中国典籍，西人作中国史者，详述太古事迹，颇足补中史之遗。今所编各课于征引中国典籍外，复参考西籍，兼及宗教、社会之书，庶人群进化之理可以稍明。[52]
以是之故，该书较重视征引西书，所征引者有白河次郎、国府种德《支那文明论》（即《支那文明史》）、拉克伯里《支那太古文明西元论》、甄克思《社会通诠》、威尔逊《历史哲学》等，其中对《支那太古文明西元论》、《社会通诠》皆反复征引，一再强调中国民族西来，“汉族初兴，肇基迦克底亚……厥后逾越昆仑，经过大夏，自西徂东，以卜居于中土”，且认为，“拉氏（拉克伯里）为法国考古大家，则所言必非无据，按以中国古籍，亦多相合，而人种西来之说，确证尤多”[53]，并多方论证《社会通诠》所言进化之理，合于中国历史实际。此外还认为“周代之制多与西政相符”，[54]故以西方三权分立之说比附周代政治。
1907和1908两年，刘师培基本生活在日本，所写作品以政论居多，尤以宣传无政府主义思想为主，但在这一过程中也涉及一些社会主义思想。这方面的论著主要为发表在《天义报》、《衡报》上的《人类均力说》、《论种族革命与无政府革命之得失》、《欧洲社会主义与无政府主义异同考》、《无政府主义之平等观》、《〈总同盟罢工论〉序》、《论新政为病民之根》、《亚洲现势论》、《苦鲁巴特金学术述略》、《〈共产党宣言〉序》、《议会之弊》、《共和之病》、《论共产制易行于中国》、《论中国资本阶级之发达》、《论中国宜组织劳民协会》、《无政府革命与农民革命》、《论农业与工业联合制可行于中国》等。其中征引了卢梭《民约论》、罗列《总同盟罢工论》、马尔克斯（马克思）、因格尔斯（恩格斯）《共产党宣言》、苦鲁巴特金（克鲁泡特金）《无政府主义之哲学》、《诉青年》、《互助》、《自由合意》、《面包掠夺》、《田野制造所及工场》、《代议政体》、达尔文《种源》、《物种由来》、因格尔斯《英国劳动阶级状态》（今译《英国工人阶级状况》）、马尔克斯《困贫之哲学》（今译《哲学的贫困》）、《万国劳民同盟宣言》（今译《国际工人协会成立宣言》）、杜尔斯特（托尔斯泰）《致中国人书》、斯密亚丹《原富》、布鲁东（蒲鲁东）《何谓私有财产》、母耶（莫尔）《无何有乡》（今译《乌托邦》）、科比耶（康帕内拉）《太阳之都》（今译《太阳城》）、哈林枯顿《太阳洲》、马尔克斯《由空想的科学的社会主义之发达》（按即恩格斯《社会主义从空想到科学的发展》，刘师培误为马克思所作）、拉萨尔《劳动与科学》等论著，并提及柏拉图、阿理斯多德（亚里士多德）、甄克斯、斯宾塞、霍布斯、康德、海克尔（黑格尔）、赫胥黎、伯伦知理、斯撒纳尔（施蒂纳）、巴枯宁、撒西门（圣西门）、布利奥（傅立叶）、拉美纳（拉梅耐）、康拜（卡贝）、握恩（欧文）、露易·佛兰（路易·勃朗）、们斯秃（蒙斯特）、维特林替（魏特林）等人的思想学说。此外，亦通过短篇序、跋及译作的方式介绍无政府主义、社会主义等西方思想。除上面提到的《〈总同盟罢工论〉序》、《〈共产党宣言〉序》，还为民鸣译恩格斯《〈共产党宣言〉1888年英文版序言》作跋文，为怪汉译《俄国第二议会提议之土地本法案及施行法案》作序，为周作人、吴弱男译马拉泰斯塔《无政府共产主义之工人问答》作序，翻译了克鲁泡特金的《快愉之劳动》、《未来社会生产之方法及手段》、《面包掠夺》等著作，并撰文简介托尔斯泰的《人道主义》一书。
除政论外，这两年刘师培涉及西学的学术著作比以往大为减少，仅有以下篇章：《中国古用石器考》、《荀子名学发微》、《论中土文字有益于世界》。
《中国古用石器考》发表于1907年4月2日出版的《国粹学报》第27期，文章开篇即言：
近世以来，西人言社会学者，考社会进化之次序，分为三级，一曰石器时代，二曰铜器时代，三曰铁器时代。[55]
全文通过考证中国古人用石器的情况，来证明中国古代也是先经历石器时代，再进入铜器时代，合于进化之秩序。
《荀子名学发微》发表于1907年8月28日出版的《国粹学报》第32期，该文以西方逻辑学概念释荀子名学，如篇首所言：
中邦古代学术，其确守秩序者，厥惟名学。言名学者不一端，而精析其理者，厥惟荀子。夫名学之大要，不外归纳、演绎二端，而《荀子·正名篇》早明斯义。[56]
《论中土文字有益于世界》发表于1908年10月14日出版的《国粹学报》第46期，文中言：
中土史编，记事述制，明晰便章。惟群治之进，礼俗之源，探赜索隐，鲜有专家。斯学之兴，肇端皙种。英人称为Sociology，迻以汉字，则为社会学，与Humanism之为群学者，所述略符。……皙种治斯术者，书籍浩博，以予所见，则斯宾塞尔氏、因格尔斯氏（即甄克思——引者）之书为最精。[57]
且认为“治小学者，必与社会学相证明”，“欲社会学之昌明，必以中土之文为左验”。[58]
1909年起，因思想、学术态度有所转变，刘师培基本不再致力于学术上的中西交融，而是专意于中国古典学术的研究。在这一时期的著述中，征引过西书的仅有《论中国古代财政国有之弊》一文，[59]文中亦仅提到欧人Laveleye著《原始时代之财产》，并未阐发其说。
三、所见西书的综合分析