董平编校：《邹守益集》，南京：凤凰出版社，2007。
方祖猷等编校：《罗汝芳集》，南京：凤凰出版社，2007。
黄宗羲、全祖望：《宋元学案》，陈金生、梁运华点校，北京：中华书局，1986。
黄宗羲：《明儒学案》，沈芝盈点校，北京：中华书局，2008。
沈善洪、吴光编：《黄宗羲全集》，杭州：浙江古籍出版社，2005。
顾炎武：《日知录校释》，张京华校释，长沙：岳麓书社，2011。
王夫之：《船山全书》，长沙：岳麓书社，1996。
颜元：《颜元集》，王星贤等点校，北京：中华书局，1987。
吴光主编：《刘宗周全集》，杭州：浙江古籍出版社，2007。
施闰章：《施愚山集》，合肥：黄山书社，1992。
玄奘译，韩廷杰校释：《成唯识论校释》，北京：中华书局，1998。
慧能著，郭朋校释：《坛经校释》，北京：中华书局，1983。
法藏著，方立天校释：《华严金师子章校释》，北京：中华书局，1983。
真谛译，高振农校释：《大乘起信论校释》，北京：中华书局，1992。
实叉难陀译：《大方广佛华严经》（卷36），载《大正藏》（第10册）。
二、研究方以智的著作及论文
（按姓首字母顺序排序）
（一）著作
蒋国保：《方以智哲学思想研究》，合肥：安徽人民出版社，1987。
蒋国保：《方以智与明清哲学》，合肥：黄山书社，2009。
罗炽：《方以智评传》，南京：南京大学出版社，2001。
彭迎喜：《方以智与〈周易时论合编〉考》，广州：中山大学出版社，2007。
彭战果：《无执与圆融：方以智三教会通观研究》，北京：民族出版社，2012。
钱王刚：《方以智传》，合肥：安徽人民出版社，2008。
任道斌：《方以智年谱》，合肥：安徽教育出版社，1983。
任道斌：《方以智、茅元仪著述知见录》，北京：书目文献出版社，1985。
邢益海编：《冬炼三时传旧火：港台学人论方以智》，北京：华夏出版社，2012。
余英时：《方以智晚节考》（增订版），北京：生活·读书·新知三联书店，2004。
张永堂：《方以智》，载《中国历代思想家》第37册，台北：台湾商务印书馆，1978。
（二）期刊论文
陈卫平：《方以智对中西文化的比较》，《江淮论坛》1993年第2期。
陈卫平：《论明清之际“由数达理”的思维方法》，《哲学研究》1989年第7期。
陈增辉：《对方以智“合二而一”论的再评价》，《光明日报》1979年6月10日。
方晓珍：《方以智对儒释道三教之批评与会通思想论析》，《江淮论坛》2013年第3期。
高中庆：《〈东西均〉始探——与马数鸣同志商榷》，《江淮论坛》1983年第1期。
侯外庐：《方以智——中国的百科全书派大哲学家》，《历史研究》1957年67期。