康有为又向光绪推荐了几名年轻人，他们是江苏南京候补知府谭嗣同，刑部候补主事刘光第，内阁候补侍读杨锐，内阁候补主事杨深秀。这四个人都被光绪赏四品卿衔，让他们担任军机章京，协助主持变法事宜。
光绪在颐和园仁寿殿召见了康有为，还多次单独召见谭嗣同，梁启超则被光绪安排负责京师大学堂和译书局的事务，康有为的弟弟康广仁也安排在总理衙门协助康有为。
光绪根据杨深秀、徐致清、康有为等人的奏折和主张决定变法，这年是农历戊戌年，史称“戊戌变法”。
变法以前，光绪曾请示过慈禧，慈禧也表示赞同，说：“变法不能危害满人利益，不能坏了祖宗规矩，否则就不要变法。”
光绪也认为太后说的没错，慈禧表情严肃地说道：“翁同龢这个人做事不行，你要将他罢免才行。”光绪心里不愿意，但还是无可奈何地答应了，慈禧这才让光绪去变法。
光绪在这些人的支持下，连续下诏，颁布五十六项变法条款，主要有以下内容：
政治上广开言路，允许百姓上书言事，裁汰绿营，编练新军，设厂制造军火，同时修订法律，精简机构，裁撤多余人员。
经济上设立银行，设立农工商局，铁矿总局，提倡开办实业，修筑铁路，开采矿藏，组织商会，改革财政。
文化上废除八股文，兴西学，创办京师大学堂，兼学中西两科，鼓励新著作、新发明制造，设译书局，奖励官方民间办报刊，公派留学生，办理邮政，奖励科学著作和发明。
教育上将民间不在册的祠庙，由地方官改成学堂，县试、乡试、会试不用《四书》《五经》，改为《策论》，不用五言八韵诗，不以楷书论高低。
各省为了响应朝廷号召，相继创办了许多民间团体，如“不缠足会”“戒鸦片烟会”“延年会”等，这些民间团体移风易俗，起了积极作用。
颐和园十七孔桥西接南湖岛，东连廊如亭，横跨在南湖岛与东堤之间，仿北京卢沟桥和苏州宝带桥所建。桥上望柱128根，每根望柱上雕有惟妙惟肖的石狮子544只，有的母子相抱，有的嬉戏打闹，凝神观景，精美之极。桥上栏板洁白如云，桥下湖水映出蓝天，前面是琼楼玉，这里群山如黛。
慈禧居颐和园时，经常从乐寿堂去德和园看戏，要对园内一对石墩儿多看几眼。这对石墩儿名叫露陈座，俗称“露陈墩儿”。每次见那墩儿，她都会不经意间露出微笑，众人不解，只有李莲英明白老佛爷的心思。
原来这乐寿堂院落内东侧穿堂门外左右的墩儿大有来头，这墩中间有一只鸾凤昂首站立在山石上，其羽毛、尾巴、趾爪雕刻得非常逼真，鸾凤双眼凝视，双腿屈膝，在看一朵含苞待放的牡丹。牡丹是花中之魁，凤凰为百鸟之王，凤戏牡丹向众人传达了院落主人的身份，那主人一定是权倾天下，大富大贵的人了。再一看，其腰束其余六面的题材寓意都很好，如“麒麟送子”“多子多福”“双鹿临门”“路路连科”“长寿高洁”“代代封侯”。这墩儿是颐和园中所有石墩中最精美的一对，难怪慈禧对它情有独钟了。
大臣英年、孙毓汶趁机挑拨慈禧说：“醇亲王死后，坟前有一棵高大的白果树为其庇荫。据术士李尧民讲，王上加白是皇字，这棵白果树可将皇帝风水吸为一身，庇护醇亲王一脉。”
慈禧一听恼火了，说：“这棵树害人，应当砍了。”
毕竟是在皇上的生父坟前动土，慈禧事先征求光绪意见。光绪仿佛知道这个秘密似的，死活不同意，厉声说道：“谁敢砍了那棵白果树，先砍了朕的脑袋。”
慈禧一看不行，不动声色地走了。
这天，光绪退朝回到寝宫，一个贴身太监前来报告，说太后一大早带一大群人去了西山醇亲王陵寝，还拿了斧头刀锯。
光绪一听急了，太后这是要去断了自家的风水，立即吩咐太监备轿。刚走到红山头，光绪掀开窗帘一看，那棵风水树不见了，马上号啕大哭。待赶到墓地时，只见太后已经离开，树身倒地。
次年，枯树又长出新枝，慈禧闻讯，再命人将树根全部刨出，用几匹马拉出坑外数十米，然后灌入石灰填平，让白果树断子绝孙。
从此以后，醇亲王坟上再无生气。
这天，慈禧的表弟礼部尚书怀塔布去颐和园，哭哭啼啼地给慈禧告状，说：“奴才与许应骙及其礼部四名侍郎都被皇上撤了职。”
正说着，许应骙也来了，怀、许两人都是慈禧跟前的大红人，太后每年一次的万寿节都由礼部操办，这年若少了礼部这些官员，她的大寿还怎么过。慈禧问：“你们干得好好的，皇上为什么要撤你们职务。”
许应骙哭丧着脸说道：“皇上颁布的变法条款，按程序都应该报礼部核议。太后亲口讲过，变法也不是一件要紧的事，尤其是祖宗定的规矩不能变。皇上那边，自六月十一日开始，天天都有朱批过来，要我们马上办，稍微慢了一点就遭到呵斥。比如废科举，那是沿袭了一千年的制度，皇上说废就废，我总得给太后请示一下吧！还有开采矿山，训练新式军队，撤销闲散机构，裁减多余的官员等，还有修铁路，山东曲阜孔洐圣公的状子都递到礼部来了。”
怀塔布跪下磕头，言道：“再不能让皇上这么没完没了地折腾下去了，否则会天下大乱。”
慈禧皱了一下眉头说：“也不能让他们上脸，想怎么做就怎么做。”
李莲英瞅了慈禧一眼，也跟着跪下。
慈禧问：“小李子，你也跟着凑什么热闹啊？”
李莲英磕头说：“奴才听说，皇上还要剪辫子，穿洋服，不让女子缠足。”
慈禧闻言大怒，挥手让他们退下。
光绪二十四年七月八日，江苏常熟虞山西麓，一位六十九岁的白发玄衣老者双手接地，花白的长须在胸前索索颤抖，跪在翁心存坟前失声痛哭：“父亲大人啊！儿子不孝，对不起你呀！”
此时唢呐吹起，纸钱随风飘散，长长的招魂幡随着坟前的青烟扬起又落下，这位老者就是帝师翁同龢。