沈葆桢把臬司衙门的人晾在码头，气咻咻回到衙门，立即亲自起草奏折，“奏为船政创始需才，宜固人心以全大局，恭折沥陈，仰祈圣鉴事”。
先说人才的重要。“窃惟为政在人，古有明训，事关创始，尤藉群策群力，况驽钝如臣，若非广益集思，何以上承朝廷付畀之重！”接下来直陈吴棠到任后，对船政人员的打击，“讵意周开锡为匿名揭帖所牵涉者，督臣吴棠明知其诬，以业经病痊之员，谕令续假，另委藩司。叶文澜为讼棍陈永禄所翻控，督臣吴棠明知其诬，以业经咨结之案，任听狡展，致滋拖累。李庆霖以咸丰年间入通商局，至今已十有余年，是以左宗棠与臣会商，委为总稽查，督臣吴棠却以著名巧猾，专事趋承，着即革职，勒令回籍。”
接下来简叙船政进展情形，尤其是日意格到来后，殚精竭思，孜孜如治其家事，如能和衷共济，船政必将有成。如果人人自危，船政半途而废，将令外人嗤笑，且事关自强大业，为臣者宜激发天良，以副宵旰勤求之望。
最后沈葆桢表明自己的态度，“船政系臣专责，死生以之，与其终误国家、百身莫赎，何如倾竭愚憨，自明于君父之前？合无仰恳天恩，谆谕周开锡终始其事、专意从公，毋畏浮言辄萌退志，饬督、抚臣将叶文澜被控之案秉公断结，并准将李庆霖留局差遣，饬下浙江巡抚催胡光墉即日前来，俾臣获收指臂之助”。
然而，彻查竹枝词案毕竟是奉有上谕，如果不能证明竹枝词多系诬陷，则朝廷也无法转圜。但竹枝词牵涉甚广，要一件件证明其诬，则根本不可能。李庆霖送婢女给周开锡一事已经查清，并无其事，沈葆桢决定以点带面，予以辩驳。于是又专上《李庆霖留局差遣片》，以送婢女一事为突破口，为他开脱罪名。
这一折一片，次日一早便放炮拜发。
令沈葆桢欣慰的是，在日意格带来的洋匠指挥下，第一个船台开始搭建。工人们先搭起高高的云梯，数十人奋力拽动七八百斤的铁锤，将一根根长达五六米甚至十余米的木桩一锤锤砸入地下，直到与地平为止，星罗棋布，以固其基。船台地基夯实后，又在上面交叉叠放巨大的枕木，枕木间用长一米多的铁钉钉连，架成一个长达七十余米的枕木船台。船台一头高，一头低，便于船体建后，自动滑入江中。
中外匠作日夜赶工，马江之滨，数里之内都可以听到船政厂区传出的打桩声、工人的喊号，在沈葆桢听来，比家乡的闽剧还要动听。
这一阵，慈禧感到有点累，主要是看的折子太多了，而且每份折子都是长篇大论。
当年签订中英《天津条约》时约定，“此次新定税则并通商各款，日后两国再欲重修，以十年为限，期满须于六个月之前先行知照，酌量更改”。中法约定是二十年一修，中美、中俄没有约定修约日期，但根据利益均沾的条款，少不了也会提出要求。明年就要到期了，恭亲王给将军督抚们打了预防针，提醒他们不要寄望于通过修约倒退回闭关的老路去，目前已经开埠通商十余年，想不与洋人打交道已经不可能，开放的大方向不能变。他预计英法等国可能提出的要求是请求觐见皇上、互相派遣使臣、开办电报、开通铁路、内河通轮船、机器采矿、扩大传教等等，让大家就这些事项各抒已见。
各地的折子陆续上来了，真正是议论纷歧。湖广总督官文主张绝对不能再扩大开放，而应借修约收回利权；其他人主张在原来的基础上适当扩大开放，但主张开放的项目各不相同，而理由也是五花八门。李鸿章胆子最大，除了扩大传教外，一概支持，他认为引进外国技术，只要“权自我操”就行。
对慈禧太后来说，洋务并不陌生，但都是纸上读来，并未亲见。该办或不该办的理由，公说公有理，婆说婆有理，要下个判断实在很难。但偏偏她又是要强的性子，不愿让别人左右。所以她要费好大的功夫，每晚都要看到很晚。
这天晚上慈禧看的是左宗棠的折子，出乎意料的简短，而且一开始不谈修约，谈的却是船政。“臣于海疆只历闽浙两省，仅与海口领事、税务司交涉，事务简少，未睹其全。西行以后，距闽、浙太远。又吴棠到任后，务求反臣所为，专听劣员怂恿，凡臣所进之人，所用之将弁，无不纷纷求去；所筹之饷需，所练之水陆兵勇，窃拟为一日之备者，皆不可复按矣。船局一事，蒙皇上天恩，交沈葆桢经理，事有专司。专就船政而言之，沈葆桢自能体察情形，据实具奏，臣亦无庸渎陈。”
这哪里是议修约，完全是告了吴棠的状！前几天收到了沈葆桢的一折一片，也是告了吴棠的状。当时慈禧做了留中的处理，想保全吴棠的体面，等他办完竹枝词案再说。没想到左宗棠也告了吴棠的状，“务求反臣所为，专听劣员怂恿”，话虽不多，分量却极重！于是她改了主意，把沈葆桢的折子发下去，明天见起的时候议。
第二天见起，第一件事就是议沈葆桢和左宗棠的折子。
慈禧太后说：“老六，吴棠是怎么弄的，和沈葆桢、左宗棠都僵到这种地步。英桂对他评价如何？”
恭亲王如实回答说：“听英桂的语气，也颇不以为然。”
“沈葆桢、左宗棠因为同办船政，声气相通，他们态度一致可想而知。连英桂也不说吴棠的好话，那就说明吴棠办事确实有不是的地方。”慈禧并没有因为吴棠当年有恩于她，特意护短，“他们闹到目前局面，都是源于竹枝词。沈葆桢言之凿凿，周开锡等人都是受了不白之冤，那这竹枝词的可信度到底有多少？”
恭亲王明白，吴棠与沈葆桢过不去，并不是因竹枝词才开始，而是借竹枝词大做文章罢了。如今见慈禧对吴棠已经流露出不满，他也不必再为吴棠弥缝。
“这竹枝词的可信度，实在无从揣测，只能等吴棠审理清楚。”恭亲王说，“不过，就其来历而言，已经是疑窦重重。”
“怎么说？”
“这册竹枝词，是福建署理盐法道呈给藩台衙门的，而盐法道又是从一名叫丁杰的候补道手里拿到的。这位候补道说，是他坐轿过街，有人扔进轿子里的，到底撰者何人，无法查核。”恭亲王说，“这与半夜城门粘揭帖无异。”
“原来是这样的来历，你们怎么没早查清楚？”慈禧一脸愠色。
恭亲王说：“这是后来英桂在给臣的信中报告的，当初没说到这一层。”
“吴棠也是糊涂，对这样的东西也值得兴师动众。”慈禧说，“左宗棠的意思，他所用的人才，都被吴棠排挤掉了，这又是怎么回事？”
恭亲王说：“竹枝词牵连到的人，大部分是左宗棠在浙江所重用的人，尤其是湖南人居多。”
左宗棠任用私人，这是肯定的。可是如今的封疆大吏，哪一个又不任用私人？而且湘军淮军能够打胜仗，就是因为多用老乡、亲戚，上了战场才能拼命相救。真是利害相生，这也就带来了近十余年来湘淮官遍天下的局面。关键是如今左宗棠正在前线督师，后方不安，事涉船政，他的情绪不能不特别照顾。
“还有一层意思，左宗棠没在折子里说。吴棠借竹枝词案，变革闽浙抽收厘税的办法，商人负担减轻了，都称赞吴棠是好官。可是厘税减少，闽浙的西北协饷无法保证，这才是左宗棠最担忧的事情。”恭亲王说，“左宗棠十分生气，在给臣的信中说，平生志事，百无一就，一腔热血，将付东流。”
“闽浙的厘税办法，当初左宗棠都是奏报过的吧？吴棠这样弄，几近沽名钧誉！不必再查，吴棠急于在福建树口碑，而福建官场的人想把左宗棠的人挤走，双方这才不拍自合。吴棠也真是糊涂，被人当枪使却不自知。”慈禧当即下了决断，“这件案子必须尽快了结，不能再拖下去。船政不能误，沈葆桢的要求都准了。他点名的那些人先复了职，将来查有实据，再办不迟。”
这样一来，吴棠与沈葆桢之争，无疑一败涂地。
“吴棠在福建混到这样，他怕是没法再混下去了。”慈禧也想到了，“等有合适的机会，立即把他调走。老六，你们也都想着点。”
一下朝回到军机处，恭亲王立即安排人写旨，对竹枝词中涉及周开锡、李庆霖、叶文澜等人的罪名“均着无庸置议”，对相关人员严厉警告——
按察使衔候选道丁杰所呈竹枝词，查系不知姓名人投入轿中，惟于例应销毁之件，不行毁弃，辄复送入官司，实属不合。着交部照例议处，饬令回藉听候部议。左宗棠前在闽省，办理军需厘捐等事，均系地方要务，岂可任令无知之人，信口雌黄，所有编造竹枝词之人，仍着英桂等严拏究办，以儆刁顽。