离京时，左宗棠就给次子孝宽去信，要他到江宁来，然后随他去福建。孝宽接到信后就安排好家事，这时已赶到江宁，休息一天后就随父亲起程南下。曾国荃特意把督标右营官兵拨给左宗棠，护送他人闽。
旱路水路换了几次，有时坐轿，有时乘船，有时又要骑马，大家都担心左宗棠的身体，但是劝不住他。走了二十余天，大家终于到了福建境内的水口。水口离福州尚有三百余里，是闽江上游的一个小镇，福建团练大臣带领福州首县及水口所在的德化县令前来迎接。团练大臣已须发皆白，年七十六岁，比左宗棠还长，叫林寿图，字颖叔。
左宗棠很是感动，觉得此人有些耳熟，于是悄悄把福州首县叫到一边问道：“这位团练大臣有些面熟，他是否在陕西做过官？”
首县回答道：“左大人好记性，他在陕西任过布政使。”
“哦，对了，这个人被我参过，都这么大年纪了，还跑这么远来接我，实在难得！”
林寿图是福州闽侯人，做过十几年京官，在户部当过主事，在都察院任过御史，还任过一年多的顺天府尹。他少有才名，文笔极好，为人聪明诙谐，又有点孤傲。左宗棠刚人陕时，驻军潼关，林寿图执礼甚恭，并献诗以赞，有“卧龙腾渭水”及“羽扇风流绝世无”的句子，让自诩诸葛的左宗棠大为陶醉。他对林也颇为赏识，以至于到了几乎熟不拘礼的程度。左宗棠西征乏饷，令林寿图筹饷五十万两。林寿图自觉与左宗棠关系密切，上疏辩解，请求暂缓。左宗棠十分生气，于是弹劾他“怀存私见，不解协饷，不视急需冶，林寿图因此被革职。
在德化县吃饭之时，左宗棠把林寿图拉到身边感慨道：“你们都不知道，颖叔当年就是被我参劾罢职，他不计前嫌来迎我，所谓路遥知马力。一个七十六岁的老人不远数百里来迎接一个七十三岁的人，也是古今皆无。”
林寿图抚须颔首，语惊四座：“其实，我也不想来的。”
等大家惊骇地瞪大眼睛，他语气一转道：“可福州百姓盼左大人如孤儿盼父母，我是代福建百姓来的。自从马尾惨败后，福州百姓日夜提心吊胆，经常传言说法夷某日要来攻打福州。曾有一户人家院内的木头倒地，疑为炮响，一家人裸足而奔，引得周围也是惶惶不可终日。朝廷明发上谕，左大人前来督办福建防务，福州人奔走相告，都在打听左大人何日可到。左大人之威，可抵十万精兵，可震敌胆，可安民心。因私情，寿图衔当年左大人参劾之恨，以公义，寿图却诚盼左大人驾临。”
左宗棠乐得哈哈大笑：“颖叔还是像当年一样伶牙俐齿。”
“雕虫小技，自作聪明。”林寿图对自己毫不客气，“那时候年轻，以为自己这点小聪明可傲王侯，现在想来实在可笑。能不避镑议，大刀阔斧办成几件大事，像左大人这样让千万民众赖之为长城，才真正可傲王侯！”
“那时候我们都年轻，当时我参你，的确有些恨你自以为是之意。人老了，回过头来看就觉得有些事实在无谓。人一生就与人争，为情争，为利争，为名争，自以为聪明一等，到头来不过是占了小便宜吃大亏。枉费聪明，不成大器。看开了，一切都是过眼云烟，扎扎实实办成几件事才可以自安。”左宗棠道。
德化县令连连点头：“听左大人一席话，真是胜读十年书。卑职所在德化，乃福建穷县，卑职与大县之令相见，有叫花子见富亲戚的窘迫。如今听了左大人一席话，终能心安理得了。卑职在德化这七年，开荒、治水、修路，实实在在为百姓办了几件事，自己宦囊未丰，而百姓盘中有餐；官未升半品，而得百姓交口谬赞。夜深扪心自问，有时也觉得自己很傻，现在想来，卑职没占便宜，却未必就是吃亏。”
这番话令左宗棠大为赞赏，要德化县令报上姓名。德化县令有备而来，忙把手本呈上。他叫刘倬云，十四年前的进士，翰林院散馆后分发福建。左宗棠把手本递给身边侍候的戈什哈感慨道：“做官不要图舒服，要图舒服就去当八旗子弟，提笼遛鸟。做官不要怕苦，西北苦不苦？我在西北……”话头一开便是半个时辰，大家只有洗耳恭听，任他侃侃而谈。
德化县令安排好行馆，盛请左宗棠驻留几日。左宗棠不肯，次日就起程顺流而下。十天后一行人到达福州，福州真是万人空巷，新任闽浙总督杨昌濬、福州将军穆图善以及司道府县翎顶辉煌聚集在洪山桥接官亭迎候，福州有名望的士绅则在浙绍会馆设宴等待。
左宗棠不肯坐轿，他端坐在马上道：“我是来打法夷的，我要让福州百姓看看左某还能上马杀敌。娃子们，打起精神来，跟我进城。”所过之处，路两边聚满了百姓，街坊店铺都摆下香案，放炮燃香，纷纷磕头。
左宗棠的行辕设在福州北门华皇馆，厅内有一副楹联：
数千程**节复临，水复山重，半壁东南资保障亿万姓轺车争拥，风清霜肃，十闽上下仰声威。
左宗棠十分欣赏这副对联，不免又讲当年他书联迎陶澍的往事。杨昌濬、穆图善、福州首府、首县都呈手本求见，左宗棠一概挡驾。
第二天，他回访诸人，大家都不敢受，拦驾请回。他并不回去，请杨昌濬、穆图善陪他沿江巡视，一直到闽江出海口。在长门炮台巡视时，守军报告有一艘法舰正向人海口过来，请示怎么办。
左宗棠回道：“不要管，放它进来。”
法舰试探着往里走，当它到了长门山下，左宗棠一声令下：“娃子们，拿出你们的本事来给我狠狠地揍它。”
大炮轰鸣，法舰猝不及防，立即掉头仓皇而走。
“娃子们，告诉你们，本大人到福建来了，你们不要怕法夷，他们也不是三头六臂，见了要打！阿古柏不怕我，被我打怕了；俄国人也不怕我，也被我打怕了。怕是打出来的，你敢打，他就怕你。你不打，他就欺你。”左宗棠指着江上逃走的法舰道，“只要我在福州，一旦有法舰前来，你们开炮就是，不要怕有人追究责任，一切有我担待。”
左宗棠转了一圈就布置了一圈，恪靖军及福建提督所部分营驻扎长门、金牌、连江、东岱、梅花江各要口。长门、金牌是福州门户，当然要严防死守，他特意把德化县刘倬云调过来，给福建按察使裴荫森当助手，日夜督工加修炮台。他对裴荫森道：“我看刘倬云是可造之才，让他跟着你长长见识。”
刘倬云果然上心，在他的建议下，裴荫森雇请善水者潜人江中，拆下“建胜”号上的大炮安装到长门炮台上。闽江口上竖立铁桩，用铁索拦江联结，没人水中，用机器拖带，只许本国船只通过，法舰一来即提起铁索拦截，穆图善在此坐镇指挥。又布置在林浦、魁崎及闽安右路梅花江口，用垒石填塞，仅容小舟通过。以上各处均建炮台，安放火炮，派兵驻守。经过此番布置，福州人心大安。
在赶赴福州的途中，左宗棠因长途跋涉，又兼天气太热，本来有些中暑，现在又奔波数十天，头晕恶心的毛病又犯了。在众人的劝说下，他在署中静养。说是静养，其实根本静不下来，因为基隆被法军占领，他一直在生刘铭传的气。
其实刘铭传也是逼不得已，他到台湾后，发现防务十分薄弱，台湾总共四十营官兵，号称两万多人，却要守卫长达两千余里的海疆。而且各军装备极差，名为水师，却无船只，守岸火炮又少得可怜。
时任台湾兵备道的刘撤不知是出于怎样的考虑，所部四十营竟有三十一营部署在台南，台北只部署了九营。这一弱点为法国侵略者所窥知和利用，法国舰队副司令利士比率兵舰五艘逼近基隆。当时基隆守军仅八百人，只有五门固定方向的大炮。还没等守军部署完毕，法国舰队已发起攻击，炮台连同火药库很快就被摧毁，守军陷人被动挨打的局面。当天夜里，刘铭传通过查看地形，决定采取诱敌深人的战术。
第二天，他下令除少数人固守海岸制高点外，其余部队全部撤到后山隐蔽。法军以为清军大败，肯定早已逃之夭夭，便大摇大摆地拥上岸来，一面修筑滩头阵地，一面攻打坚守岸边的清军。眼看敌人上岸，刘铭传立即下令后山部队从两侧迂回包抄，三面夹攻敌人。这出乎意料的围攻使法军不知所措，顾不上还击，便纷纷丢盔弃甲抱头鼠窜。刘铭传首战告捷，大挫敌锋，野生擒法人一名，死伤不下百余，抢来座旗一面，乘势破其山头炮台，得炮四尊，帐房数十架，洋衣帽甚多”。
趁法军暂无力进攻的间隙，他亲自拜访台湾兵备道刘撤。刘撤为台湾湘军之首，在台湾兵多势众，因湘淮积怨，对刘铭传深怀戒心，不愿受其节制。刘铭传不想以督办之名来压服他，所以主动拜访，想尽量缓和内部矛盾，以期两军协力共同抗敌。
刘铭传特意说明赴台前与左宗棠见面情形，刘撤是左的老部下，他的面子当然要给，但这事的真假无从得知，他对刘铭传的戒心无法消除，表示自己还要守台南、台中，因为法夷有兵舰可依，随时可以进攻台湾的任何地方，如果让他们占据台南，同样是件麻烦事。至于台北的孙开华、曹志忠所部，可完全听凭刘铭传指挥。也就是说，湘军归刘铭传指挥的也就九个营。
回到台北，刘铭传与孙开华、曹志忠商讨防守台北事宜，两人表示一切听从调遣。刘铭传却表示两人都是久经战阵的统领，自己绝不遥制。台北、沪尾（淡水）就交给两人防守，他则率部死守基隆，到时候要互为救援。两人见刘铭传屈尊来访，而且诚心抛弃成见，所以也是坦诚相对。刘铭传较为放心，一心去守基隆。
法国人不甘心挫败，数天后再战基隆，刘铭传防守严密，法军仍未得逞。孤拔恼羞成怒，他决定兵分两路，向基隆、沪尾同时进攻。基隆在台北的东北，有良港和煤矿，距台北一百公里，中间为丘陵所隔。沪尾在台北的西北，相距仅三十余里，有淡水河相通，是台北的门户。
法军攻基隆，意在占有良港和煤矿；攻沪尾则意在攻占台北府。刘铭传两处受敌，处境十分艰难。放弃基隆，无异于以良港资敌；放弃沪尾则无异于放弃台北，而台北一丢，便是失去根本，所以两边都要死守。
开始之时，法军主攻基隆，几千名士兵轮番进攻清军滩头阵地，战斗进行得十分激烈，关键时候刘铭传跃马当先，冲人敌阵，法军开炮轰炸，他的马突然弯腿躺在地上，子弹从他头顶飞过，差一点儿被打中。他换了战马，仍然不顾命地猛冲猛打。无论淮军、湘军还是台湾土著勇丁，见主帅如此奋勇，也都大受感染，人人用命，所以法军终究无法得手。