1919年，结束了欧洲的工作，胡佛永久地回到美国。他在国外生活了20年，成了自己祖国的陌生人，但他名气太大，两大政党都对他大献殷勤，把他当成潜在的总统候选人。经常有人撰文说，胡佛离开美国太久，连自己是共和党人还是民主党人都搞不清，这其实不是真的，1909年时他就加入了共和党。但他的确对政治不太热心，也从来没参加过总统竞选。1921年3月，他加入了哈丁的内阁担任商务部部长，1923年哈丁突然去世，他又在卡尔文·柯立芝手下担任同一职位。
在两届政府任职时胡佛都特别勤奋认真，可他真的太欠缺讨人喜欢的品质了。他的态度冷漠、自负、挑剔而急躁。他从不感谢下属，不关心他们的幸福或健康，也看不出他有什么友好和热情的地方。他甚至不喜欢握手。柯立芝最喜欢开的玩笑就是一次性地敲响白宫所有的仆人传唤钟，接着藏在窗帘后面，为仆人们赶来后一脸困惑的表情窃窃私笑。可以说他的幽默感像是个发育迟缓的小学男生，但好歹还算是有。但胡佛从无幽默感，一星半点都没有。一位亲信表示，30年来他从没听过胡佛的笑声。
柯立芝对国家的管理一贯极有“节制”。用一位观察家的说法，柯立芝执掌着一届“力争无为”的政府。他的财政部长安德鲁·梅隆（AndrewMellon），做了大量工作，监督落实旨在提高自己个人财富的政策。梅隆用政府的公费让国内收入署派出最精干的人手为自己准备纳税申报表，好让自己尽量少缴税款。国税局的负责人贴心地呈上了纳税漏洞清单，好供梅隆钻空子。梅隆还非法利用职务之便，推进自己的商业利益——比方说，请国务卿给自己名下的一家公司帮忙揽下中国的工程承包合同。靠着不懈的钻营算计，在任期间，梅隆的个人资产净值增长了一倍多，超过了1。5亿美元，他一手监管的家庭的财富总值达到20亿美元。
反观柯立芝，他每天只工作4小时，其余大部分时间都用来打盹儿了。白宫接待员回忆说：“在我的印象中，没有哪位总统像他那么能睡。”不打盹儿的时候，他常常把脚搁在敞开的办公桌抽屉里（这是他一辈子的习惯），数着宾夕法尼亚大道上经过了多少辆车。
所有这一切让胡佛有了充分的理由把触角伸到所管辖的职权领域之外，没有什么比征服新的行政版图更叫他高兴的了。他事事插手——劳资纠纷、监管无线电、规定航空航线、监督国外贷款、缓解交通拥堵、主要河流沿岸水权分配、橡胶定价、落实儿童卫生法规，还有许许多多看上去与商业仅有只鳞片甲联系的事情。在同事们心目中，他成了“商务部长兼其他所有事务的副国务卿”。飞机执照制度推出时，由胡佛的部门负责颁发执照。百老汇一位不入流的剧团经理公开邀请高中女生试镜，抗议团体“美国妈妈们”找到胡佛求助，最终获得成功。美国电话电报公司（以下简称AT&T）希望展示一种名为“电视机”的新发明，也是胡佛出现在了摄像机面前。1927年春天，他甚至抽出时间为《大西洋月刊》写了一篇文章，论述如何改善美国的渔业孵化场。“我想说明事实、观察环境、引述实验、确定主张、进行反驳并阐明一切道理。”他在文章的第一段就这样写道。再琐碎的事情，他也忍不住要拿来自我夸耀一番。没为国家问题操劳的时候，他忙着到各地接受荣誉。他一生获得过500多个奖项，包括85所大学颁发的荣誉学位。
柯立芝不怎么喜欢胡佛，也不喜欢大多数人。但对胡佛似乎是特别不喜欢。“6年来，我都没问过，他却不请自来地向我提出意见，而且全都是糟糕的意见！”一听人提到胡佛，柯立芝就这样咆哮。1927年4月，柯立芝发出一份声明，让全世界都昏了头：他宣布绝不会任命胡佛当美国国务卿。1927年4月16日，《纽约时报》的头版标题写道：
总统对胡佛的看法令人感到困惑
白宫宣布：胡佛永远不会成为国务卿，哪怕凯洛格辞职
柯立芝为什么会发出这份声明，又为什么如此斩钉截铁成了困扰美国每一位政治评论员的难题。胡佛本人对这一职位并不垂涎，在任的弗兰克·凯洛格（FrankB。Kellogg）也没有离任打算，两位当事人也跟其他所有人一样摸不着头脑。
萎靡不振的柯立芝虽然百般轻蔑地把他不知疲倦的商务部长叫作“神奇小子”，但他其实也很乐意有人帮自己做了这么多工作。而眼下，密西西比河暴发了史无前例的大洪水，他也只好转身求助于胡佛。就在他发出绝不把胡佛提升为国务卿的声明一星期以后，柯立芝总统就指定胡佛领导救灾活动应对紧急情况。除此之外柯立芝什么也不做，他拒绝前往灾区，拒绝调拨联邦资金，也不召开国会特别会议。他拒绝上国家电台呼吁私人捐款，拒绝向作家威尔·罗杰斯（WillRogers）提供一条带着希望和善意的信息，以便罗杰斯在全国广播中宣读。他拒绝提供12张签名照，以便拍卖后救济灾民。
胡佛在名义上把总部设在孟菲斯，但接下来的3个月里全美各地都是他的身影——小石城、纳奇兹、新奥尔良、巴吞鲁日。每当需要一位尊贵的人物出面，胡佛就站在那里。为了履行商务部长的职责，他展现出了总统拒绝表现的政治家风范。是他，通过广播向全国致辞：“很难用言语来描绘密西西比河大洪水的威力。”胡佛在孟菲斯向全美通报：
就在离我只有两个街区的地方，此刻洪水正以超过尼亚加拉瀑布10倍的速度流过。可这么说似乎还不够让人留下深刻的印象。更骇人听闻的是，维克斯堡的洪水足有1800米宽15米高，而且正以每小时965千米的速度冲过来。洪峰过后，留下受难的20万人。上万民众仍坚守家园，许多人家里的地板都还没干。这就是一场败仗之后的悲惨处境。
更糟糕的情况即将到来。接下来的两个星期，无家可归者的人数飙升到了50万，可胡佛应对自如。他要解决一场巨大的危机，要指导相关权威机构，调派众多部门和单位的人手——红十字会、气象局、公共卫生局、海岸警卫队、退伍军人局、州际商务委员会等。还要直接干预四大政府部门的运作：农业部、财政部和海陆军。从没有过一个不是总统的人一次性地负责这么多事情。方方面面的实务运作都在他的掌控之中。他授权设立了154处难民营，每一处设在哪里、如何运作他都给予了严格的指导：帐篷应该为30平方米，沿街有序架设，街面宽7。5米，每两行帐篷之间留出3米的过道。实际上，出于跟地形相关的实际原因，如此完美的几何构思几乎无法实现。对于食品的数量、医疗保健的制度，以及营地生活的所有其他方面，他都做了类似的规定，只不过很多时候并未严格执行。相当有趣的是，胡佛把营地当成快乐的所在。对许多居住在难民营的灾民，他坚持认为：“这是他们这辈子经历过的第一个真正假期。”请记住，这些人才刚刚失去了一切。
和在欧洲一样胡佛并不喜欢自己救济的人，他特别不喜欢路易斯安那州那些身为法国移民的后裔的卡津人，认为他们“跟法国农民简直是一个模子刻出来的”。卡津人一再无视政府发出的通知拒绝迁往地势高的地方，胡佛特别生气，一位农民不得不被“解救”了6次。在路易斯安那州的梅尔维尔，一天晚上，阿查法拉亚河溃堤致使10人丧生，只因为他们不听政府的吩咐——9人来自同一家族：一名妇女，还有她的8个孩子。对胡佛而言，与其说这是悲剧，不如说是让他气愤的由头。“我的结论是，除非水都涌到床底下了，卡津人才肯搬家。”他写道。
反过来说，卡津人也不喜欢他。在路易斯安那州靠近卡那封镇的地方，一个男的带着来复枪，朝乘船途经此地的胡佛大军开了一枪，又趁着众人来不及抓他，消失在了树林里。这人的恨意之浓，或许可以理解。为了疏导洪水，让新奥尔良免遭一劫，大坝需要被炸毁。胡佛的队伍是来视察即将炸毁的大坝的。当时普遍的看法是大坝其实不必炸毁，北部上游溃堤的大坝已经削弱了洪峰，解除了对新奥尔良的直接或潜在威胁。但不管怎么说，炸毁大坝的命令还是下达了。为了让新奥尔良商人放心，新奥尔良市政府承诺全数补偿受影响的人，只可惜从未践言。
一如往常，胡佛是个不知疲倦的公关大师。他搭乘私人列车前往南方，专门划拨了一节车厢给媒体。源源不断的新闻稿流出来，大多专注于强调胡佛的远见卓识和辛苦工作。他还确保每一名共和党参议员都收到一本刊载了赞美自己文章的杂志。至于报纸，不管多小只要有声音质疑或批评他的努力，他就写信去反驳、斥责。有时候他的反驳文章会占据好几页的版面。
胡佛夸口说，自他接手以来最多只有3人死于洪水，“其中一人是个太好奇的观光客”。但事实上至少有150人，甚至可能更多。说到底，他的救灾工作远远谈不上成功。救灾资金经常被浪费或者用错地方，紧急救援物资通常交到最大的地主手里，再由他们分发给佃户。于是一些地主肆无忌惮地向佃户收费，或是把物资挪为己用。经费滥用报告经常提交给胡佛，希望引起他的注意，但他不屑一顾。难民营本身不是舒坦的地方，食物匮乏又不健康，许多居民都患上了糙皮病一类与饮食相关的疾病。毫无疑问，胡佛的新闻稿不会提及这些情况。从某种程度上说，密西西比河大洪水巩固了胡佛大善人的好名声，让他铁定能成为共和党的下一任总统候选人。“一定跑不了！”他挺干脆地对朋友说。
按照事情发展的正常过程，密西西比河大洪水本身并不会给林德伯格造成困扰，但一股强对流碰巧横在了他的飞行路线上。激烈的风暴卷得中西部和西南部一大块地方的天空暗淡无光，龙卷风像恶龙一样肆虐了从得克萨斯州到伊利诺伊州的8个州。在密苏里州的波普勒布拉夫，龙卷风撕裂了整条商业街，致使80人丧生350人受伤。在密苏里州的其他地方，龙卷风夺去了十多人的性命，据报告，得克萨斯州、阿肯色州、堪萨斯州、路易斯安那州和伊利诺伊州也有多人丧生。在圣路易斯，大风造成了极大的破坏，一人被飞起的碎片击中而死。“是个黑人。”《纽约时报》郑重指出。在怀俄明州，突如其来的暴风雪冻死了3个人。两天内，这场风暴总计造成228人死亡，925人受伤。林德伯格抵达圣路易斯的那天上午，大风有所缓和，但取而代之的是起了大雾。
当天布朗队和洋基队在运动员体育场打棒球比赛，球员们抱怨说连身前3米的地方都看不清。观众能看到些什么无人提及，因为比赛的是布朗队，反正也没太多人来观战[5]。即便大雾弥漫，贝比·鲁斯还是打出了一个二垒安打和一个本垒打（本赛季虽然刚开始不久，却已是他的第8个本垒打），没人怀疑到了夏天他的成绩会好成什么样。最终洋基队以4∶2打赢了比赛。
密苏里州东部横亘着略带寒意的潮湿雾气，芝加哥正逢热浪袭来，科罗拉多州和北部平原诸州还埋在深深的冰雪里。内布拉斯加州的情况有些怪异，该州部分地区出现降雪，西南角落却刮了两场闷热的龙卷风。天气从未像这样令人不安又奇怪过。林德伯格似乎幸运地一无所知。就算他在兰伯特机场因为大雾碰到过麻烦，他自己也从没说过。事实上，在他公布的所有回忆文章中，他都没怎么提到过恶劣的天气。相反，他对遇上大风暴还挺高兴的，因为风暴拖住了纽约的其他飞行员，直到他追赶上来。不管是当时还是后来，大家似乎都忘了一件事：在当时的天气条件下，大西洋东西两岸只有他一个人胆子够大，敢升空飞行。
在圣路易斯，林德伯格钻出飞机跟他的赞助者打了招呼，又睡了会儿觉，在机场附近的路易咖啡馆狼吞虎咽地吃了一盘牛排和4个鸡蛋，之后又上了天。这一回，他的目的地是纽约。到达圣路易斯时，他已经创下了令人惊叹的双重成就：他成了第一个夜晚飞过落基山脉的飞行员，创下了美国飞行员单独不间断飞行的最长时间纪录。如能按计划飞到纽约，他还将打破横跨东西两岸飞行用时最短的纪录。必须指出，正是东海岸的这场大雾让迁徙的候鸟都着了陆，也使得搜寻南杰瑟和科利的行动无功而返。美国东部的所有飞行员，全都没动静。皮内多希望换了飞机之后完成美国各州的巡回飞行，他尝试了3天想从费城飞往纽约，每次都因为降雨和云层太低被迫返回。