另外，为了使贪渎犯罪案件能顺利诉追，证人保护法也将参与此程序的证人纳入适用的范围。
六、贪渎案件之诉追机关
（一）高层及重大贪渎犯罪案件的侦查机关——“最高检察署特别侦查组”
1。特别侦查组的组织
特别侦查组是“最高法院检察署”底下的单位，特侦组的成员为6至15位检察官、检察事务官以及其他人员（§63-1Ⅱ法组法）。到特侦组，是属于调动办事的性质，特侦组的检察官并不会因此成为“最高检”的检察官[10]，在任务结束之后仍将归建原所属单位。另外，总长有权自特侦组检察官当中指定一人担任特侦组主任（§63-1Ⅱ法组法）。至于特侦组的检察事务官以及其他人员，特侦组有权从相关机关借调公务员来担任。[11]观察特侦组的运作模式，其为一个特别的任务编组，强调的是团队合作，相对于一般辖区检察机关的单兵作战方式，面对贪渎犯罪日趋专业化以及复杂化的发展特性，特侦组的人员编制以及成员的专业经验是具有人数上以及素质上的优势，透过团队合作所发挥的分工以及集思广益的效果，拟定正确有效的诉追策略。
2。特别侦查组的性质及其功能
关于特侦组的性质与功能，想透过底下几点的描述来加以说明。
（1）特别侦查组的管辖以及管辖的竞合。按照“法组法”第63条之1第1项第1款和第3款，特侦组对于高层的贪渎犯罪和经总长指定的重大贪渎犯罪，实行检察官的事务（§60第1款法组法）。只不过，其不受限于既定检察机关辖区的限制，而有权依“刑诉法”第228条第1项开始侦查，以及按照刑诉法实行接下来的检察官事务（提起公诉、实行公诉）（§251Ⅰ刑诉法＋§60Ⅰ第1款法组法）。但是，地方法院检察署，按照“刑诉法”第4条仍可对上述贪渎案件实行检察官事务[12]，或是，“军事法院检察署”，根据“军事审判法”第31条，依旧可以对涉嫌贪渎犯罪案件的军职人员实行军事检察官的事务（§53第1款军事审判法）。如果对于特定的贪渎案件，特侦组与一般的辖区检察署或者军事检察署都展开侦查，这里会产生一个检察机关间管辖权的竞合，即管辖权的积极冲突（DiePositiveKompetenzkonflikte）。[13]对于这个冲突的解决，将案件向上移转给特侦组是解决的标准。所以，特侦组享有管辖上的优先权。[14]
（2）重大贪渎案件的范围。“法组法”第63条之1第1项第3款的重大贪渎案件，经过“检察总长”指定后，特侦组也可以展开侦查程序。就这一点，相当容易和一般辖区地检署或是军事检察署产生管辖权的冲突，有必要加以厘清。
对于这个重大性，在判断上，应该是指观察贪渎犯罪的情节，例如，牵涉层面的广度或层级、不法利益的金额或个人法益的侵害程度，造成了事实调查或是法律适用上的复杂性与高难度。“重大性”应该是根据这样的考虑之后所得出：一般辖区检察官或是军事检察官，在人员或资源的配置上恐将无法胜任的结论。
不过，根据特侦组内部取得共识的看法，似乎仍然只是局限在贪渎犯罪行为人的层级上面打转。
（3）总长应国会邀请报告高层贪渎案件侦查结果的义务。这与特侦组的性质是比较没有直接关系的地方。“法组法”第63条之1第5项规定，同条第1项第1款的高层贪渎案件侦查终结后，应“立法院”决议邀请，“检察总长”有到“立法院”出席以及报告前述案件侦查结果的义务。
（二）贪渎犯罪案件的调查机关
1。“法务部廉政署”
2011年7月成立的“法务部廉政署”，是中国台湾地区贪污犯罪的专责机关（§§1，2第4款“法务部廉政署”组织法[15]）。其正、副首长应由具司法官身份之公务员担任（§7Ⅰ廉政署法）。内部分工上，由肃贪组负责贪渎犯罪的调查（§7“法务部廉政署”处务规程）。此外，在北、中、南设立三个辖区调查组，对区内的贪渎犯罪案件进行就地的调查（§12“法务部廉政署”处务规程）。
肃贪组和三个辖区调查组负责贪渎犯罪案件调查的公务员，按职等具有担任司法警察的资格（§2Ⅱ廉政署法＋§§229，2301，2311刑诉法）。在获知有贪渎犯罪发生及其嫌疑人时，应依“刑诉法”第230条第2项或第231条第2项，展开贪渎犯罪案件的调查程序。
2。“法务部调查局”
在中国台湾地区，长久以来，“法务部调查局”一直是单一的贪渎犯罪案件的专责调查机关（§2第4款“法务部调查局”组织法[16]）。在内部分工，由“廉政处及调查局”的辖区调查站负责贪渎犯罪案件的调查（§6第1、2“法务部调查局”处务规程）。
隶属于“法务部调查局”负责犯罪调查任务的公务员具有司法警察的资格（§14调查局法＋§§229，230Ⅰ，231Ⅰ刑诉法）。所以，一旦获知有贪渎犯罪发生及其嫌疑人，调查局应依“刑诉法”第230条第2项或第231条第2项，展开调查的程序。
3。管辖权竞合的问题
如前所述，在台湾地区，“法务部廉政署和调查局”，是对于贪渎犯罪案件有权依据“刑诉法”第230条第2项或第231条第2项，展开调查程序的机关。不过，从这两个机关的内部分工，实在很难看出他们的工作到底有什么不一样。这也埋下了管辖权冲突的危机，例如，积极的管辖权冲突（抢着调查），或是消极的管辖权冲突（推卸调查）[17]。
还有，隶属“内政部的警政署、行政院的海岸巡防署、以及宪兵”，依据“刑诉法”第230条第2项或第231条第2项也可以司法警察的身份展开调查程序，如果就特定的贪渎犯罪案件，“廉政署和调查局”也来参一脚，这样将是一个多方的管辖权冲突情况，如果可以接受将案件移送调查局或廉政署作为解决的标准，还是会回到本段一开始的问题：要移送给谁？
七、通信监察
（一）通信监察措施的命令
1。实质要件
命令通信监察措施的实质要件是指，在决定是否要命令通信监察措施时，需要考虑的条件。“通信保障及监察法”[18]第5条规定了通信监察命令的实质要件。在贪渎犯罪案件的情形，以下是命令通信监察措施实质要件的组成要素。
（1）嫌疑保留。通保法第5条第1项第2、3款规定，可以对有实行公务员不违背职务的收贿罪（§121Ⅰ刑法）、违背职务的行贿罪（§122Ⅲ刑法）、公务员图利罪（§131Ⅰ刑法）、违背职务的行贿罪（§11Ⅰ贪污条例）以及不违背职务的行贿罪（§11Ⅱ贪污条例）嫌疑的被告或犯罪嫌疑人命令通信监察措施。这个嫌疑必须根据具体的事实来认定。
（2）通信监察措施。通保法第5条并没有描述通信监察措施。在通保法当中，仅第3条对于监察的标的——通信，有立法定义[19]。根据通保法第5条第1项和同法第3条可推得，通信监察措施是指任何造成在媒介所形成的秘密管道当中（例如电子媒介、邮递方式）所进行的、意见交换的内容公开的方法。
（3）注意比例原则。通保法第5条第1项有相当理由可信其通信内容与本案有关，这描述的是通信监察措施的命令必须是为了调查事实或证据的目的所必要。而且，应选择最温和的方式（§2II通保法）。
（4）命令通信监察措施的限制——补充性原则。补充性原则讲的是通信监察措施与其他程序措施在适用上的关系；即在命令通信监察的实质要件实现时，同时其他程序措施的实质要件也被实现，这个时候应该优先考虑其他的程序措施。[20]按照通保法第5条第1项，允许使用通信监察措施系因为不能或难以其他方法搜集或调查证据而作为最后的手段。
2。形式要件
命令通信监察措施的形式要件涉及的是这样内容的条件：如何形成通信监察命令。
（1）通信监察书。通信监察命令决定的公开方式系根据令状原则，即应该以书面的方式作成——通信监察书（§5Ⅰ通保法）。其应记载的内容规定在第11条和第12条[21]。
（2）声请机关。在侦查阶段，检察官是命令通信监察措施的有权声请机关（§5Ⅱ第1句通保法）。在调查阶段，检察官也是命令通信监察措施的有权声请机关[22]。
（3）决定机关。通信监察命令的决定机关，采取法官保留的设计（§5Ⅱ第1，2句通保法）。在调查阶段和审判阶段，法院是因为检察官的声请而命令通信监察。在审判阶段，法院是依职权命令通信监察。
（4）命令的程序。通信监察命令的程序，在调查阶段，司法警察应对检察官提出声请，检察官在收到声请后必须于2小时内（审）核（回）复是否同意，检察官同意时会对法院提出声请。如果案情复杂，经检察长同意，前述的检察官决定时间可以延长2小时（§5Ⅱ第1句通保法）。在侦查阶段，由检察官对法院提出通信监察命令的声请。以上的声请都要以书面方式并记载通信监察书应该记载的事项（§§5Ⅱ＋11Ⅰ通保法）。
在审判阶段，法院认为有必要使用通信监察措施时，可依职权命令通信监察（§5Ⅱ第2句通保法）。相反地，法院应驳回声请，对于法院驳回通信监察声请的决定，声请机关不得声明不服（§5Ⅲ通保法）。
（二）通信监察命令的执行
1。参与程序机关
（1）指挥机关。依据通保法第16条第2项，在侦查阶段和调查阶段，检察官是通信监察命令的指挥监督机关。在审判阶段，法院自行指挥监督通信监察命令的执行。