次日上朝，两宫太后不提其他事情，只是一把鼻涕一把眼泪控诉肃顺等人欺负她们孤儿寡母，然后问大臣们怎么办。
周祖培第一个跳出来说：“先解任，再拿问。”
慈禧点头，拿出写好的罪状，下旨捉拿八大臣。
载垣、端华进宫向两宫太后请安，准备商议皇上灵柩回京事宜。刚进宫门，即被事先埋伏好的御前侍卫就地逮捕。慈禧将头天晚上准备好的圣旨让安德海前往宣读，宣布八大臣罪状，然后将两人押往大牢。
北京东城史家胡同55号院，是一个完整的三进四合院，大门坐北朝南，门口有一对抱鼓石，门上带铜活，大门内的照壁上有诗曰——
桂殿与山连，兰汤涌自然。
阴崖含秀色，温谷吐潺湲。
绩为能邪者，功因养正宣。
顾立将亿兆，同此世昌延。
此处深宅大院曾是焦佑瀛的宅子。焦佑瀛没有防范，正准备出门。瑞麟带领一队人马将他的住宅包围了，不由分说，将他押往大牢。
景寿、穆荫等四人被分别缉拿归案，步军统领、上虞备用处、向导处等几个职位全部易手。
慈禧见一切进展顺利，命令睿亲王仁寿、醇亲王奕譞到半路上捉拿肃顺。
十一月三日，仁寿、奕譞赶到密云驿站。此时，肃顺对宫廷政变毫无察觉，当他正在密云驿站休息时，两位亲王带兵闯入，将蒙在鼓里的肃顺擒住，然后五花大绑，用囚车押解回京。
慈禧逮捕了八大臣，在朝廷上当着王公大臣，文武百官的面痛斥肃顺等人的罪状，说：“先帝并没有让肃顺等八人辅佐幼主，总理朝政，他们是趁君父有难，矫旨夺权。”
慈安也在一边帮腔，说：“大行皇帝秋狩时，八大臣不管两宫太后和皇上死活，每天连干饭都吃不上一口。从北京到承德，八天八夜，天天如此。自己借机大吃大喝，对饿得奄奄一息的两宫太后和皇上不屑一顾。我要求肃顺给我们改善伙食，肃顺把我们两宫的话当作耳边风，以食物储备不足为由拒绝供给，大家说可恶不可恶？我们还可以忍饥挨饿，皇上年幼，这一路颠簸，又不吃不喝的，落下个什么毛病，我们怎么向先帝交代？怎么向天下臣民交代？”慈安说到这里，也是一把鼻涕一把眼泪。
皇帝看到两位母后痛苦之状，便按照慈禧事先教好的话说：“肃顺实在可恶，忘恩负义的东西应该杀头。”
圣旨下，肃顺等人非杀不可，然而用什么罪名杀，慈禧可谓挖空了心思。皇上说肃顺是个奸臣，事实上肃顺对先帝爷还是非常忠心的。
众大臣无可奈何，拟了三条罪名：
一是矫传遗诏，自封顾命大臣；
二是未经先帝同意，擅坐御座；
三是不能按时给两宫太后和皇上提供膳食。
慈禧一看，这三条罪名只有第三条证据确凿，第一条、第二条不太靠谱，肃顺是自己的头号政敌，皇上都说他是一个大奸臣。这奸臣不死，自己以后的日子肯定不好过。处置几个主犯就算了，也不要打击面太广，八个人要分别对待。
慈禧主意已定，令安德海传下懿旨：宣布肃顺、载垣、端华三人十大罪状，判处死刑，载垣、端华罪大恶极，令其自尽；肃顺凌迟处死，念其是先帝重臣，加恩改为斩首示众；穆荫、景寿、匡源、杜翰、焦佑瀛五人革去军机大臣职务。
圣旨一下，朝廷内外一片喝彩声，不少旗人奔走相告，高呼太后、皇上圣明。
怡亲王载垣、郑亲王端华被慈禧三尺白绫打发了。
肃顺被押往刑场途中，愤怒而狂喜的旗人一边走一边喊：“肃老六，你也有今天。”
旗人将鸡蛋、菜叶、烂泥巴砸向囚车，不一会儿，肃顺面目模糊不清，悲愤万分。他后悔当初没有接受王闿运建议，在避暑山庄诛杀那拉氏。
肃顺引颈就戮，从容而死。
慈安皇太后钮祜禄氏住钟粹宫，为东六宫第一宫，此宫南邻承乾宫，北接御花园，故称东宫。
慈禧住储秀宫，在后宫西部与钟粹宫相对，称西宫。
两宫择日在太和殿举行皇帝登基大典，改年号祺祥为同治，垂帘听政。
慈禧加封在这场宫廷政变的一批功臣：恭亲王奕訢封为议政王大臣，安德海升为五品总管太监，负责内务府大大小小事务。
奕訢是道光皇帝特封的恭亲王，地位特殊，是那拉氏的小叔子，同治皇帝的亲叔叔，既亲又贵。军机大臣桂良、文祥、宝鋆也得以留任，他们与奕訢都沾亲带故，不是岳父，便是亲信、死党，唯奕訢马首是瞻。
但慈禧又发布圣旨，说尔等均受大行皇帝恩德，留职任用，如果有谁胆敢以权谋私，贪污受贿，载垣、端华、肃顺等人就是前车之鉴。倘若有人玩弄权术，各位王公大臣，司道官员都可以上折弹劾。
散朝后，奕訢赶紧回家，连夜写了一份奏折，向太后表忠心。双方一较量，奕訢马上俯首称臣。
奕訢内靠桂良、文祥、宝鋆，外靠胜保，故能在对付八辅政大臣过程中，与太后联手险胜。这一点，慈禧也非常清楚。但她不满武将干政，尤其是胜保手握重兵，她早就起了杀心，决定拿胜保开刀，除掉恭亲王身边的党羽。