于是曾国藩微调一下他的战略，在重点防堵的同时，加紧训练骑兵，作为机动追剿部队。曾国藩的骑兵由两部分组成，一是僧格林沁所部残存的骑兵，不过数百骑；再一部分则是他托鲍超从张家口外购来军马，招募骑勇进行训练。骑兵不同步兵，既要有熟练的驭使马匹的本领，也要掌握马上杀敌技巧，训练起来特别难。
曾国藩让僧王旧部任马队副统领，帮助训练新骑手，而统领他坚持让李昭庆来担任。李昭庆觉得担任这个骑兵统领必然要与捻军正面交锋，他自知根本不是捻军对手，因此写信给李鸿章，请他帮着说话辞掉这个危险的差使。李鸿章也不愿自己的弟弟去冒险，所以亲自给曾国藩写信。曾国藩坚持定见，他给李鸿章复信，从公义私情上做了一番论述——
以私事而论，君家昆仲开府，中外环目而视，必须有一人常在前敌，担惊受苦，乃足以折服远近之心。而幼泉之才力器局亦宜使之发愤自强，苦战立功，不必借诸兄之门荫以成名。以公事而论，目下湘淮诸将剿捻，颇似秀才考二二场，视之无关得失，潦草塞责。若非仆与阁下提起精神，认真督率，则贼匪之气日进日长，官兵之气日退日消。若淮勇不能平此贼，则天下更有何军可制此贼，大局岂复堪问？
总之，无论从天下大局讲，还是顾惜李家声名计，李昭庆都得当这个骑兵统领。于是李昭庆只好勉强出任，其积极性不高，自然谈不上战斗力。官军虽然打了几个小胜仗，但依然不能改变捻军纵横驰骋，如入无人之境的局面。
军饷也遇到问题，无论湘军还是淮军，主要由两江供应军饷，李鸿章东挪西借依然无法保证。时间已经到了年底，众军都盼着发几两银子寄回家过年，却迟迟不能到手。驻湖北麻城的湘军成大吉部有位哨官，有亲戚在赖文光、任化邦部捻军中当个小首领，两人约定里应外合，攻克麻城，抢点儿财物过年。湘军怨声载道，如烈火烹油，一呼百应，放火烧了湘军的军营，统领成大吉仓皇逃走，所部湘军纷纷加入捻军。
力量得到加强的捻军横扫鄂东数城，阵斩总兵、参将多人。豫西的张宗禹部捻军也从鄂北入鄂，武昌震动，朝廷大怒，将湖北巡抚郑敦谨革职，一面督促曾国藩派兵救援，一面调曾国藩的九弟曾国荃出任湖北巡抚。
僧格林沁阵亡后，朝廷想起能征善战的曾国荃来，数次下旨起用，但曾国荃痛恨当初朝廷卸磨杀驴，以病躯未康复为由坚辞不就，曾国藩也不主张九弟出山。这次情况不同了，曾国藩剿捻遇到麻烦，西线缺兵少将，由九弟出来坐镇湖北，西线他可以稍稍放心，所以鼓动九弟出山。曾国荃也是闲不住的人，而且这次出任湖北巡抚，其实依然是带兵打仗，这正是他的长项，又能为他老哥分忧，所以立即募起六千新勇，年后带到湖北。刘铭传的铭军奉曾国藩将令驰援湖北，连续打了几个胜仗。捻军看势不好，发挥机动性强的优势，绕开湘淮大军，重新杀回河南，在皖鲁边界纵横驰骋，聚集湖北的官军重兵又成摆设。
半年多的时间，刘铭传一军先是从江苏调到济宁，又从济宁驻镇周口，眼看着要过年了，却又从周口驰援湖北，结果在湖北也没打几个像样的仗，如今捻军又东去，铭军少不得又要回防，所以全军上下怨声载道。刘铭传本来对曾国藩的重镇防守就有看法，于是他向曾国藩再次提出河防策略。
刘铭传早在守周口的时候，就感到捻军在中原平旷之地纵横驰骋，官军无所依托，千里追踪，劳师费时。他所驻防的周口向北有贾鲁河，向南有沙河，如果沿着两条河岸筑起长墙，就断绝了捻军东来西往的通路。而北边有黄河，南边有淮河，东边有运河，都采用沿河驻守的办法，把捻军限制在鲁、豫、皖、苏四省的交界地段，重兵围剿，不愁灭不了捻匪。曾国藩觉得河防工程太大，而且他的重镇防守刚刚铺开，因此没有答应。如今，他的重镇防守漏洞百出，朝野多有怨言，不能不考虑刘铭传的建议。此时赖文光、任化邦的捻军已经到了鲁西南，沿着运河多处突袭，显然是想越过运河，到山东、苏北去。胶东半岛十几年来未曾受到大的战事影响，是难得的完善之区。如果捻军去了胶东，真是遗患无穷。所以他赶到泰安与直隶总督刘长佑、山东巡抚丁宝桢会面，商定分段扼守运河，布置初定，才回驻徐州老营。
这时候，张宗禹部捻军也从河南进入山东，与赖文光部会合，刘铭传再次提出防守贾鲁河、沙河，将捻军围困于贾鲁河、沙河与运河之间，聚而歼之。曾国藩立即与河南巡抚吴昌寿、安徽巡抚乔松年会商，确定以周家口为重镇，往北至朱仙镇扼守贾鲁河，由张树珊等军防守；从朱仙镇北四十里至开封，又北三十里至黄河南岸，由吴昌寿率豫军防守。周家口以南一直至淮河，则由刘铭传部铭军、乔松年部皖军及湘军水师防守。这样，利用运河、黄河、沙河、贾鲁河、淮河的天然屏障，构成横跨豫、皖、鲁、苏四省的三角形防线。同时，又派鲍超、刘秉障、刘松山、张诗日等湘、淮军组成“追剿之师”，跟踪追击捻军。
然而，贾鲁河、沙河河防遇到很大阻力，沙河淤沙严重，地基松软，筑墙困难重重；从朱仙镇一直到黄河边，无河可守，需要挖壕筑墙，工程量太大，而且筑好墙后还要防守，一旦被突破就要负咎。而且无论河南还是安徽的地方官，觉得沿河防守无异于把捻军固定在自己的地盘上，遭罪的是自己，不如还是让捻军来去纵横，那样至少还能稍可喘息。尤其是负责防守开封到黄河边的豫军，挖壕筑墙一再倒塌，后来干脆应付了事，糊弄着只要不倒就成。
会师于鲁豫交界的捻军向运河防线发起猛烈进攻，他们的意图非常明显，要突破运河防线，进入山东半岛。然而此时正是雨季，运河水涨，湘军水师、天津英法军舰、漕运衙门的兵船都来助战，沿运河、黄河炮击捻军，因此苦战十几天而无力突破官军防线。眼看官军正向运河沿线集中，捻军决定回师河南。此时贾鲁河、沙河防线刚刚勉强建好，捻军已经摸清从开封往北到黄河段最为薄弱，因此决定从此处突破。时间选在八月十五，这天是中秋节，是中国人十分重视的团圆之日。每逢佳节倍思亲，豫军都本是当地人，离家稍近的都开小差回了家，而勉强守在防线上的也是思乡心切，无心坚守。
十六日夜里丑正寅初，也就是凌晨三点左右，人睡得最熟的时候，开封以南二十多里的黄河故道上，突然火把通明，战马嘶吼，捻军如从天而降的洪水，向着豫军的防线冲过去。豫军根本无力抵抗，松软的沙墙经不住战马三踢两踩，就被夷为平地。数万捻军如入无人之境，一直向西而去，一直到中牟才停下脚步，早把官军远远地抛在脑后。
朝廷震怒，曾国藩也是又恨又愧。自从他剿捻以来，地方大员阳奉阴违，协饷一拖再拖，河防也是应付了事。他一怒之下参掉了安徽巡抚乔松年、河南巡抚吴昌寿，朝廷根据曾国藩的建议，安徽由布政使英翰实授，河南由署理湖北巡抚李鹤年实授，他钦差的权威总算得到了巩固。
捻军首领聚集中牟，商讨下一步的进军方向。一年多来，曾国藩先是重兵防守、查圩清源，然后实行河防之策，虽然没有捆住捻军的手脚，依然在数省间纵横驰骋，但捻军的日子却越来越难过。曾国藩的战略虽然看上去笨拙，但无疑击中了捻军的要害。捻军失去了后方基地，粮食等后勤保障越来越困难，与百姓越来越隔绝。从前捻军以淮北为根基，流窜他省，抢掠粮食、财物——称为打捎——回乡享用，然而如今淮北根据地已经被连根拔起，如果继续这样东奔西走，自己同样也是疲惫不堪。因此，赖文光提议应当分出一军西进陕甘，联络陕甘起义军，建立长久立足之地。大家也都同意这一建议。
捻军中，其实一直分成两大派系，一派是以张宗禹为首，他是捻军盟主张乐行的侄子，雉河集人，他的兄弟张宗道、张宗先，侄子张正江等跟随他，组成他最得力的助手；另一派是以任化邦为首领，他小名任柱，安徽蒙城人，他的叔父是捻军蓝旗首领，他的堂兄弟任定、任文、任虎、任大牛、任三厌都是捻军中的虎将，也是任化邦的得力助手。
这两派人马，从心理上双方都不服气。而两人性格也相差很大。张宗禹出身地主家庭，自幼喜欢读书，虽然对科举不感兴趣，但文化底子很厚实，曾经给他族叔大盟主张乐行当过文墨师爷，几乎是手不释卷，打仗间隙骑在马上还要看书，以足智多谋著称；而任化邦出身赤贫人家，十几岁父母双亡，是真正没人管没人疼的野孩子，从小好勇斗狠，打起仗来以勇猛著称，尤其善于指挥骑兵作战，刘铭传等淮军名将也都惧他三分，望见他的旗帜就不敢轻动。
李鸿章称任化邦：“称雄十年，用骑万匹，东三省及蒙古马队俱为战尽，实为当代第一等骑将好汉！”曾国藩也说：“任化邦骁勇善战，项羽之俦，人中怪杰也！”还有一个更为重要的原因，张乐行当年曾经以违抗军令为由，斩杀蓝旗统领，而蓝旗一直认为那是挟私报复，因此，任化邦与张宗禹面和心不和，捻军实际上始终分为两部分，虽然有时并肩作战，但总体上聚少分多。这次决定分为东西两路，张宗禹自告奋勇带所部人马西去陕甘，联络陕甘回军，是为西捻军；出身太平军的赖文光与任化邦相识最早，因此他与任化邦一起留在中原，坚持斗争，是为东捻军。东捻军名义上赖文光为首领，但实际赖文光所部太平军只有几千人，因此任化邦的实际影响力和作用，远远超过他。
朝廷根据捻军战略的改变，迅速调整围剿部署，令鲍超、杨鼎勋、刘松山、刘秉璋四提督统军追剿西捻。刘铭传、潘鼎新、张树珊所部负责追剿东捻。
东捻军像对付僧格林沁一样，从河南东进山东，又由山东进了江苏，官军追到赣榆，东捻军又进了安徽，而后重新回到河南，牵着剿捻大军，围着曾国藩的徐州大营，转了一个大圈。曾国藩的河防没能防住东捻军，不待朝廷指责，他自己心怀愧疚，又不断受到御史攻击，参劾他“查圩清源”中滥杀百姓。新任的安徽巡抚英翰，河南巡抚李鹤年，比前任略好些，但不过是五十步与百步的关系，“驱贼出境”的策略依然如故。曾国藩忧愤交加，身体更差，除了眼睛看不清外，又增加腹泻的毛病，还有好几次忽然头晕，要睡一觉才能减轻。朝廷赏他一个月的假期，让他在营调理。
此时，曾国藩心里已经萌生卸任节制三省钦差大臣的念头，他心中的接手人就是高足李鸿章。但他还是有些不甘心，觉得官军的实力在不断加强，尤其湖北有他九弟主持，新募的六千新湘勇经过半年多的训练，战斗力已经大大提高。捻军像没头苍蝇一样东奔西走，估计还会重新闯进他河防的圈子里，河防再牢固一些，也许就能把捻子彻底剿平。所以，到了十月十三日，他上奏请开缺的折子，流露出他矛盾、酸涩而又恋栈的真实心态——
臣病势日重，惮于见客，即见亦不能多言，岂复能殷勤教诲？不以亲笔信函答诸将者已年余矣，近则代拟之信稿，亦难核改，稍长之公犊，皆难细阅，臣昔日之长者今已尽失。而用兵拙钝，剿粤匪或尚可幸胜，剿捻实大不相宜。昔之短者，今则愈形其短，明知必误大局，而犹贪恋权位，讳饰而不肯直陈，是欺君也；明知湘、淮各军相依颇深，而必求离营，不顾君心涣款，是负恩也。臣不敢欺饰于大廷，亦不忍负疚于隐微，唯有吁恳天恩，准开协办大学士、两江总督实缺，并另简钦差大臣接办军务。臣以道员留营，不主调度赏罚之权，但以维系将士之心，庶于军国大事毫无所损，而臣之寸心稍安。
“臣以道员留营”的请求，实际是曾国藩恋栈心态的反映，他心底隐隐希望的是朝廷能够挽留他。他虽然已经有卸任的打算，但不想在此河防失效、一片质疑声中灰溜溜下堂，他希望在证明他的策略正确后体面地退居幕后，他的脸上也好看些。然而，朝廷很快下旨：“着再赏曾国藩病假一月，在营安心调理，钦差大臣关防着李鸿章暂行署理，并着立即赴徐州部署防剿事宜。曾回藩调理就痊，即行来京陛见，以慰廑系。”
接到上谕的李鸿章，心里十分激动，彻夜难眠，他知道自己的机会来了。曾国藩在前线剿捻，他在两江筹措粮饷，却时刻在盯着江北的战局，也一直在关注老师的剿捻策略。他坚持认为无论重镇布防还是河防之策，都是对付捻军的治本之策，之所以不能马上奏效，是因为官军派系太杂，不能全力以赴。他认为捻军迟早要被剿灭，只是需要时间而已，如果要他前来剿捻，淮军的指挥肯定要更加灵便，再加强机动追剿的力量，一定能够把捻子剿平。他其实一直在等待机会，一直跃跃欲试，只盼老师撑不住后由他走马上任。如今接到上谕，他立即起行，经过二十天的航行到达徐州，立即重新调整淮军布防。他命六弟李昭庆率所部四营驻守徐州城，并立即扩充马队，至少要达到十五营；王永胜统十一营进驻皖徐交界，刘士奇统七营进扎运河西岸，刘铭传、潘鼎新部回师东援，淮军士气为之大振。此时朝野言官纷纷上折，蜂起弹劾曾国藩师老无功，希望走马换将的呼声非常高。于是朝廷下定决心，让曾国藩回任两江，让李鸿章出任剿捻统帅。
李鸿章是个大孝子，但凡遇到重大事情，无论军情还是政情，或者个人升迁，都要亲笔给母亲写信报告。他在接到上谕的当天，写信给母亲——
曾夫子自谓剿捻无功，精力太衰，不能当此大任，屡请罢斥，当蒙圣上照准，命曾夫子回两江总督任，授男钦差大臣，专办剿捻事宜。男已拜表谢恩，一俟曾夫子到署，当即交代北上。设或路出临淮，阅军进剿，一得肤功，拟驰抵家园，以慰数年来白云亲舍之情。
虽然极力低调，学生超过老师的那份得意，在字里行间表露无遗。
当时赖文光、任化邦的东捻军还在鲁豫间活动，又数次突破贾鲁河防线去攻打运河防线。李鸿章想调兵遣将，来个扼地大兜剿，但钦差大臣关防未到手，他就没法放开手脚大干。而曾国藩好像没有交出关防的意思，于是他派专差到周口曾国藩行辕，表面上是请示何时把两江总督关防交给老师，实际是催要钦差大臣关防。曾国藩气得当时头晕，一直到下午才好。
赵烈文自然知道曾国藩烦恼的原因，劝慰道：“老师其实不必烦恼，李少荃就是红得发紫，也还是老师的学生。他越受朝廷倚重，老师脸上越有光。他无论登得多高，脚下的台阶也是老师一步步为他搭就的。这一点他比谁都清楚。”
在赵烈文面前，曾国藩不必掩饰自己的真实心态，苦笑道：“李少荃拼命做官，俞夫子拼命著书，真是一点不假。”
曾国藩口中的俞夫子，名俞樾（1821—1907年），字荫甫，浙江德清人。道光三十年他参加殿试，时任礼部侍郎、殿事执事的曾国藩对他的诗文非常赞赏，在他的坚持下，俞樾得中殿试第一，恩荣及第，因此两人有师生之谊。他后来辞官不就，埋头研究学问，经学、诸子学、史学、训诂学，乃至戏曲、诗词、小说、书法等，可谓博大精深，被尊为朴学大师，赫赫有名的章炳麟、徐琪、吴昌硕等辈都出自他的门下。曾国藩对他的学识非常佩服，对他淡泊名利的心性十分欣赏。俞樾与李鸿章是曾国藩最看重的弟子，两人年龄相近，性情迥异，“李少荃拼命做官，俞夫子拼命著书”是对两人的准确概括，也看出曾国藩对李鸿章最为不满意处。
老师可以批评学生，但外人却未必能附和。赵烈文点明道：“李少荃热衷于做官，但也能以官成事。”
这也是很中肯的评价，曾国藩不能不承认，李鸿章办事的能力无人可比，机变能力也无人可比。他捻着胡须道：“少荃缺的不是办事能力，缺的是……”缺德这样的话没法出口的，但他的确担心李鸿章将来会有亏德之处。
“李少荃已经崛起，老师只有善加扶持，不然白白开罪这位高足，何苦来哉！”赵烈文还是老调重弹。