大久保利通听了美国领事的报告，觉得再见李鸿章没有意义，不如直接去与总理衙门谈，因为最终的决策权在他们手里。
大久保利通到总理衙门去，既不认错，也不退兵。他咬定生番之地非中国版图，日本是保民义举。而总理衙门则希望日本承认侵略台湾是错误的，应当先退兵。双方要求相差甚远，僵持下来。
这时英法等国都坐不住了，因为中日一旦起冲突，势必影响商务，也就直接影响各国的利益，因此主动出面调停。他们觉得能影响总理衙门的只有李鸿章，因此跑到天津来见他。先是法国领事愿意做中间人调停，而且信誓旦旦说可以不许日本“占地、赔款”的前提下，想办法让日本体面下台。李鸿章给总理衙门去信，建议如果与大久保利通谈不出结果，可以请各国公使主持公道，评论事实。可是后来法国公使又表示，如果不给赔款恐怕日本很难退兵。英国公使威妥玛也来见李鸿章，同样表示中国不给日本兵费恐怕难以了结。
李鸿章正失望的时候，新任美国公使也到天津来见他详谈台事。他认为日本进兵台湾是错误的，美国可以发表声明，承认台湾是中国领土，日本若用兵，美国绝不坐视。而且建议李鸿章应当把历次与日本交涉的照会以及生番之地本属中国领土的证据一一向各国公使照会，揭穿日本的狡辩。若由美国调停，可以做到不给日本一分钱，日本在台湾不留一兵。
日本侵略台湾，最大的支持者就是美国，美国此时怎么态度来了个大转变？美国公使告诉李鸿章，美国政策之所以调整，认为加强与中国的关系更为重要，美国在中国商务远逊于英法俄等国，美国希望借此得到中国信任，能在中国获得更多的商务机会。
然而，大久保利通却不肯让美国来调停，因为美国的方案不符合日本的利益。他抓住英国公使威妥玛，频频与他商议。
这天他到了总理衙门，恭亲王亲自出面与他谈判。
大久保利通道：“日本为了保民派兵去征伐生番，已经花了二百多万两军费，贵国应贴补给日本此数。”
“赔偿军费关系国家体制，万万办不到。”恭亲王一口回绝。
大久保利通毫不退让：“日本不便空手而回，不赔偿军费，以抚恤难民的名义给二百万两也可。”
大家谈不出结果，不欢而散。
美国的调停方案令威妥玛大为不满，他专门找美国公使说明美国的方案不利于尽快取得中日和平。美国公使觉得得罪英国并不符合美国的利益，因此转而再见李鸿章，劝说他要想尽快了结此事，多少出点钱也无不可。不然，又要备防，又要调兵，花费何止几十万？
李鸿章不得不考虑美国公使的意见，要是中日开战，恐怕一年半载也不能了局，那时所费真就是个无底洞。尤其是他这直隶总督，天津炮台尚未建起，北洋一条兵舰也没有，那时候如果日本兵舰开到天津来，京师震动，最麻烦的就是他了。所以他亲笔起草了《论台湾归宿》，建议多少给日本点钱，尽快了事。
这时，周馥到行辕谈完正事，又扯到中日交涉，李鸿章把《论台湾归宿》递给他道：“兰溪，我昨天见了美国公使，他的一席话我觉得不无道理。看事情还要两面看，有时你从另一个角度考虑，就会有所收益。”
“中堂，这不合适。明明是日本侵略我台湾，杀我番民，毁我番舍，我们凭什么给他兵费？”周馥一边看，一边皱眉头。李鸿章在给总理衙门的函中有这样的话——平心而论，琉球难民之案已阅三年，闽省并未认真查办。无论如何辩驳，大清亦小有不是。万不得已，或就彼因为人命起见，酌议抚恤琉球被难之人，并念该国士兵远道艰苦，略示犒赏，不拘多寡，不作兵费，俾得踊跃回国。又出自我意，不由彼讨价还价，或稍得体，而非城下之盟可比，内不失圣朝包荒之度，外以示羁縻勿绝之心。
李鸿章解释道：“这不是兵费，是抚恤，是大清的犒赏。”
“这更不成！他们侵略大清，大清反而给他犒赏，这是什么道理？就好比有贼入室抢劫，被抓住了，主人反而给他赏钱，这不是鼓励盗贼吗？”
“兰溪，你怎么像二十出头的毛小子，一句话不对心思就大呼小叫，这成何体统？你也是三十七八的人了，最近是怎么回事，脾气见长啊？”李鸿章看周馥激动的样子，像有些不认识他。
“中堂，你给总理衙门出这样的主意，会招清流骂啊！这事你就是让一个白丁来论一论，也没有向日本赔钱的道理。咱不向日本人要赔偿，已经是便宜他们了，怎么反过头来给他们兵费？当然，你说那不叫兵费，叫犒赏，叫抚恤，可是不管你叫什么，都是给日本人钱。老百姓不懂这些耍笔头子的事，他们只会说，日本人侵犯咱台湾，杀了大清的人，咱还给他钱。”周馥仍坚持己见。
“你说得不错，老百姓都会这么认为。可是你我都不是普通老百姓。我问你，如果和日本人开战，那要花多少钱？如今北洋手里一条兵舰也没有，你让我赤手空拳去挡日本人的兵舰？兰溪，你知道不知道，日本人已经有两条铁甲舰，咱们一条也没有！沈幼丹要买两条铁甲舰，开始朝廷答应给六百万两，后来改成四百万，最近听了福建将军文煜的说辞，说中日最终要和，所以连二百万两也不给了。如果朝廷要是给了日本赔偿，结果必是为清议所不容，那时候我就说，主要是有海无防，我就可以堂皇地上折，要求筹建北洋海军，那时，就是清流也都帮着我说话。”
“中堂，你的意思是，让人骂是为了建北洋海军？”周馥听出点意思来了。
“也不能那么说。兰溪，有时候我觉得大清从上到下都像一头皮糙肉厚的猪，你踢他一脚，他根本不动弹。你只有拿锥子把他扎得嗷嗷叫，他才能醒过来一点点。”李鸿章翘起小拇指，用大拇指掐着，让周馥看那“一点点”。
“中堂，我没想到你是这样的心思，可我觉得还是不值。就像小孩子打架，你第一次被人欺下了，以后就没胆子还手了。倭寇并不比咱大清强多少，就欺负上门来了，咱应该痛打他一顿，让他长点记性，以后就不敢小看咱。这次让他得逞，他从此起了小瞧大清的念头，后患无穷。”周馥觉得不值得这么做。
“放手一搏，我也想。当初咱带兵去上海，就敢放手一搏，虹桥一战哪里有取胜的把握？咱冒险一搏，以一万人大胜十万长毛。可是，当你肩上担子重了之后，你就不敢轻易一搏了。比如中日之间，如果放手一搏，打成了平手，迄无了期，那该怎么办？是割地，还是赔款？要说恨小日本，我比你们都恨，而且我说过，将来日本必是大清的巨患！早晚要教训他，可是总要等咱的拳头硬了。”
周馥这几年一直在帮着李鸿章治理直隶水患，真正是脚踏实地，任劳任怨，所以李鸿章最近起草了一份密折，密保他出任永定河道。然而，自去年以来，大约他是久在河工，经常与粗蠢百姓混在一起，周馥心性好像变了不少，人不像从前沉稳，眼里揉不得沙子。天下人人尽知，河道衙门都是贪墨成习，治河银子连一半也不能用到正项上。朝野上下，官员过境，都可以到河道衙门打秋风，已是见怪不怪，周馥这种脾气如何能够胜任？他若太过较真，到时弄得上下左右都不谐，反而会害了他。所以李鸿章权衡再三，又把这道密折锁到了抽屉中。
京城里的恭亲王也被日本人弄得焦头烂额。昨天会谈，大久保利通说要给一百五十万两银子，恭亲王当然没有答应。
大久保利通最后威胁道：“本使抱着和平友好的目的前来，迄今已经一个多月，贵国却没有一点诚意和让步。谈判决裂，贵国应负全部责任。”
回去后，大久保利通下午就让柳原前光送来一份正式照会，说由于中国没有和谈诚意，他将下旗回国，将来是否增兵台湾，一切后果概与日本无关。
李鸿章的《论台湾归宿》递到恭亲王手里时，恭亲王“坚决不给钱”的底线也有些动摇了。因为慈禧万寿节日渐逼近，当初他大包大揽说一定在万寿节前了结，如今双方都僵在这里总也不是办法。而且威妥玛也多次见恭亲王，劝说给日本一个台阶，尽快有个了断。
“王爷，如今不但是日本人，英吉利国也掺和进来了，如果一味硬顶，把英国人惹恼了，如果英日联手，那真就是大患了。”文祥以谋事周全深沉得恭亲王倚重，他的话令恭亲王不得不仔细掂量。
第二天威妥玛到了总理衙门，一进门就说道：“听说日本为台湾之事已花费六百多万元，向中国索要二百万两并不过分，非如此恐怕不能了局。”
与威妥玛会谈的是文祥，几经讨价还价，最后在五十万两上达成一致。威妥玛表示说服日本接受这个数目，文祥则要求不得以兵费的名目，而且要待日本撤兵后才能付全额。恭亲王看到这个结果后，只好答应了。
同治十三年九月二十二日，离慈禧万寿节还有二十余天，中日签订《北京专条》（又称《台事专条》）——
（一）日本国此次所办，原为保民义举，中国不指以为不是。
（二）前次所有遇害难民之家，中国定给抚恤银两。日本所有在该处修道建房等件，先行筹补银两，另有议办之据。
（三）所有此事，两国一切来往公文，彼此撤回注销，永作罢论。至于该处生番，中国自宜设法，妥为约束，以期永保航客，不能再受凶害。