蔡锷的通电是发给讨袁各军的，他在电报中说，“诸公为手造民国之勋员，岂可以国家为孤注一掷，轻易诉诸武力。各军皆曰‘讨袁’，尤悖于理。按临时约法，大总统有谋叛行为，由参议院弹劾之，至政治上过失，由国务院代负其责。谓袁有谋叛行为耶？则应由国会弹劾，讨袁之名，断难成立。谓袁有政治罪过耶？则负责者在国务员，讨袁之事，更属悖谬。且临时政府已达末期，选举正式总统在即，届时袁不被选，若依其特别势力，悍不退职，以武力迫之尚可言也。今则临时政府未终结，正式政府未产生，以少数人之私意，竟敢据地称兵，且曰袁不辞职不罢兵，是不啻以国家为孤注，以人民为牺牲，谓为叛国罪，其又奚辞！以国家为儿戏，视革命为故常，此则恶风尤不可长。今日甲革乙，明日丙又革甲，革之不已，人将相食，外人起而代庖，且加以扰乱和平之恶名，则亡国犹有余辜已。”电文的最后，蔡锷表示了与兴兵作乱者决一死战的决心，“锷等岩疆孤寄，未知死所，然一息尚存，对于国家前途，唯有以保土安民，巩固统一为第一义。苟反于此意，力所能至，歼除不遗。”
黄兴虽然最初不愿付诸武力，但一旦做出决定则不再犹豫：“程都督，开弓没有回头箭，我们既然已经决计讨袁，则一心部署战事即可。我劝你也不要再反复，当心杀身之祸。”
程德全悻悻而去，已升任第一师师长兼黄兴的参谋长章梓怒道：“总司令，程德全与袁世凯渊源极深，此次反袁决非出自本意，对此人可加以软禁，或者快刀斩乱麻，万不可让他离去，否则后患无穷。”
“万不可出此下策。战事在即，我们应争取一切可团结的力量，内讧阋墙，足坏大计。”
到了快吃晚饭时，程德全请黄兴到他家里吃饭，饭后他道：“克强，我求你放我一家老小一条生路。”
“程都督，何出此言！”
“你们都出来吧。”从内间里出来七八个妇女孩子，全是程德全的家人，纷纷在黄兴面前跪下。黄兴连忙去拉，但他们都不起来。
程德全请求道：“克强，我知道你是君子，可其他人就不好说了。我知道有人觊觎我的都督之位，我把此位让出来，带老小到上海去避避，请你务必帮忙，让我们安全离开南京。”
黄兴叹了口气道：“好，既然你去意已决，我也不阻拦了。你放心，我派我的卫队带你们上今晚的车。”
“总司令真是菩萨心肠。民政长应季中是我的老友，也希望能一块去上海，请总司令成全。”应季中即民政长应德闳。
黄兴没做多想，也答应了。当天晚上，黄兴安排卫队长以自己亲戚的名义，把程德全、应德闳两家送上沪宁火车。第二天一早，他的卫队长假装来报告，说程德全和应德闳于夜里逃走了。
章梓跺脚道：“没杀了他真是可惜。”
黄兴却道：“道不同，不相为谋，他要走就走吧。反对我们的人很多，我们不可能都把他们消灭了。”
当天中午，黄兴主持召开会议，推荐章梓代理江苏都督。当天的会议还决定，第八师骑兵团北上，与第九师联合北伐。
江西、江苏宣布独立后，安徽柏文蔚也宣布独立并亲任讨袁军司令，上海则由陈其美出任讨袁军司令，开始进攻江南制造局。许崇智迫使福建都督孙道仁宣布讨袁，蒋翊武迫使湖南都督谭延闿讨袁，川军第五师师长熊克武在重庆举兵讨袁。七省宣布讨袁，看上去颇有声势。
此时，留在北京的国民党议员地位最为尴尬，有三百多党员乘火车到天津，打算乘轮船南下上海，结果大部分被冯国璋派军警“劝”回。国民党内的意见也颇不统一，一派认为，本党应当宣布将起事的党人除去党籍，布告全国，以示国民党不袒护乱党；但另一派则认为，应当静观其变。
对在京国民党议员的处理，袁世凯的幕僚也有两种意见，一种意见认为，既然国民党公然叛乱，应当直接宣布国民党非法，予以解散；另一派则认为，倡乱的只是少数人，应当只针对倡乱的国民党人采取行动，北京的国民党国会议员应区别对待，如果有证据证明参与叛乱，则应当处置，没有参与叛乱，则另当别论。袁世凯采纳后一种意见，不但未为难在京的国民党议员，反而下了一道命令著军警随时认真保护。同时下令夺去黄兴、李烈钧、柏文蔚、陈烔明等人的职务、荣衔，公开通缉，并要求国民党党部开除黄兴等人。
军政执法处的陆建章认为对国民党太客气，曾经私下对梁士诒发牢骚。梁士诒反问他道：“正式总统选举在即，你把国民党议员都抓起来，到时候投票的议员不过半数怎么办？”
“哦，”陆建章恍然大悟，“那就等总统选举结束，那时候非把他们一锅端不可。”
国民党人公开宣布独立并武力讨袁，对袁世凯来说求之不得。他是带兵出身，对军事是内行。他已经看清，讨袁军看上去势大，但并没有统一指挥，也没来得及集中。就是江苏、江西、安徽三省，总数不过四五万人，且也是分散行动。他决定快刀斩乱麻，派优势兵力南下平乱。在江苏宣布独立后，他立即在北京召开军事会议，任命段芝贵为江西宣抚使兼第一军军长，督率第二、第六两师进攻湖口和南昌。命令冯国璋为江淮宣抚使，自天津率第四师一半、第五师全部、奉天混成旅及直隶混成旅，立即沿津浦路南下。同时令张勋为江北宣抚使，率军从兖州南下。
这是武的方面。文的方面，政府发布了一份千余字的政府公告，盛陈一年来的治绩，责备国民党逆民心而动，“捏词诬蔑，称兵犯顺，视政府如仇敌，视国会如茸土，推翻共和，破坏民国，全国公敌，尤世罪人。独我之无辜良民，则奔走游离，不知所届！本大总统心实痛之，在任一日，即当牺牲一切，卫国卫民。各省都督等同心协助，毋视中华民国为一人一家之事，毋视人民代表为可有可无之人，我五大族之生灵，或不致断送于乱徒之手。”
同时，袁世凯又让外交部向各国驻京公使馆提交照会，说明政府依法平乱，对于各国商民财产，民国政府切实保护，负完全责任，并请各国不得与乱徒缔结任何契约。
袁世凯的举措得到了国内外舆论的大力支持，七省讨袁军都向商户募集军饷遇到了很大阻力，很少有商家像辛亥年那样踊跃捐资。英国是最支持袁世凯的，《泰晤士报》发表社论认为“二次革命是疑忌和贪婪的政客制造出来的暴乱，是中国由一个强有力的中央来统治，还是各省各自为政的决斗”。《泰晤士报》的记者莫里循几乎是处处向着袁世凯，他在接受记者采访时说：“把袁总统的施政形容为反动的独夫专制是不公正的。袁总统并不反对共和，也无意为自己的家族建立一个王朝。是年轻的革命党把事情搞得太过分了，企图一步就从最古老的专制体制跃进到全世界所知的最先进的政体，他们的冒进并不符合中国的实际，袁总统不得不出面干涉。”
美国的《纽约时报》也在社论中说，“二次革命与其说是人民对北京政府不满的起义，不如说是失意政客、干禄之徒要自行上台的一种努力。”而且对战争走向做出预言，“内战不可能持续很久，其结果，袁世凯作为中国的统治者，地位将更加巩固。这是世人应当引以为幸的事。”
美国人的预言很快得到验证，二次革命的军队的确不是袁世凯的对手。江西的革命军7月23日在湖口与段芝贵所辖的第二师、第六师展开激战。第六师统制李纯有意谋取江西都督一职，所以打起仗来很卖力。袁世凯又令海军第二舰队司令汤芗铭率五艘战舰协助，因此双方打了不到两天，湖口就被李纯攻克。这一仗北洋军伤亡只有百余人，而江西军伤亡在两千人左右。湖口一失，李烈钧立即退守吴镇，接着又退往南昌。8月18日，北洋军攻克南昌，李烈钧率二百余人退走，辗转到长沙乘日本船逃亡日本。江西从宣布独立到南昌被攻克，不过一个多月的时间。
江苏方面的革命军表现比江西也好不了多少。江苏奉命出战的第九师，第一次与张勋部对战就被击溃，随后又被山东下来的靳云鹏部第五师穷追。幸好第八师也就是陈之骥部的骑兵团赶到，才阻住了北军势如破竹的攻势，接应第九师退入蚌埠。随后冯国璋的两师人马赶到，全力攻打蚌埠，张勋部则攻打第一师、第七师。江苏军饷械不足，士气非常低落，逃兵越来越严重，结果两个方向的江苏军全部战败，第八师的骑兵团绕道回南京，第九师则派人向北洋军接洽投降。
黄兴听到前线溃败的消息，羞愤难当，要跳到总司令部前的水塘里自杀，被部下救起。拒敌无望，而北洋军已经抵达扬州、镇江，他与第一师师长章梓、第三师师长洪承典乘夜登上南京城外日本人的轮船，逃往上海。
这时候回到南京的第八师师长陈之骥联络新任第一师师长及新任要塞司令等人宣布取消江苏独立，发电请上海的程德全回任，程德全当然不愿只身赴险。这时候冯国璋的军队已经形成三路围困南京的局势，陈之骥趁夜过江，到浦口去见冯国璋，商讨江苏取消独立后如何解决军队的问题。还没商议出结果，得到旅长王孝缜急电，第八师二十九团发生哗变，打死了团长，重新宣布江苏独立，第八师军官大都已经逃出南京城。冯国璋又接到电报，陈之骥已经被列入通缉名单，便对女婿道：“如今你的部下已经星散，你连谈判的资格都没了。你快走吧，我不留你，也不拦你。”
于是陈之骥搭乘日本兵轮逃到上海，又由上海转轮逃亡日本。冯国璋、张勋部北洋军立即开到南京城外。南京被攻克，只是时间问题。
江苏战场，除了南京外，还有上海，由上海讨袁军总司令陈其美指挥，攻打江南制造局。上海的战斗更令革命军气短，七千余人进攻不足两千人防守的江南制造局，连攻五次竟然没有攻下来，伤亡近两千人，而守卫制造局的北洋军伤亡不到二百人。至于原因，一则革命军几乎是乌合之众，作战素质和装备都很差，而守卫制造局的北洋军坐拥制造局大批军火，仅机枪就有上百挺。二则停泊在黄浦江的舰队本来说好要帮助革命军的，却突然变卦，向革命军开炮，造成很大伤亡。此时，海军司令刘冠雄率四艘军舰赶到上海，烟台的北洋军四千余人也由海路运到上海。
陈其美与逃到上海的黄兴决定放弃进攻制造局，全力防守吴淞炮台。当时防守炮台的革命军大约三千余人，进攻炮台的北洋军陆军四千余人，海军则有七艘舰船。双方开炮互击一个上午，就由红十字会出面仲裁，革命军退出了吴淞炮台。陈其美、黄兴等革命党人逃亡日本。
孙中山是陈其美五次进攻失败、刘冠雄率军舰到上海前就乘船南下，说是要去广州亲自指挥作战。才到福建就得到消息，驻广东的第二十镇统制龙济光被袁世凯任命为广东镇抚使，正率军前往广州平叛，而且陈炯明手下的炮兵团长投靠了龙济光，调转炮口炮轰广州城，陈炯明已经弃城而走。孙中山无奈，转而乘船去台湾。到了台湾，得到消息福建、广东、江西、安徽、湖南、四川已宣布取消独立。到日本不久，听说南京已经被攻克。
二次革命从7月12日李烈钧在湖口宣布讨袁开始，到9月12日重庆熊克武被川、滇军所败为止，前后两个月时间，势及江西、江苏、安徽、湖南、广东、福建、四川七省的讨袁军便烟消云散。孙中山、黄兴、李烈钧、陈其美等国民党要人逃亡日本，原本属于国民党势力范围的江南数省，也尽为袁世凯的势力所掌握。倪嗣冲任安徽都督，李纯任江西都督，张勋任江苏都督，汤芗铭任湖南都督，龙济光任广东都督，刘冠雄任福建都督。《申报》评论，“凡南军所遗之地，悉以北军充之，于是，直东皖三省之白丁，人首其缨而腰其刀，走卒厮养皆为高官，皂隶舆台尽充末将。”