在二次革命中，进步党一直拥护袁世凯平乱，其势力也日渐强大，国民党中分化出来的部分党员也加入到进步党中。袁世凯投桃报李，以军事事务繁忙为由，免去了段祺瑞的代理总理之职，让他一心指挥战事，代理总理由热河都统熊希龄出任。熊希龄内阁中，司法总长梁启超、工商总长张謇、教育总长王大燮、交通总长周自齐都是社会名流，因此这届内阁被称为“第一流人才内阁”。
国民党的日子就不那么好过了。先是二次革命开始后，以探亲为由回到江西的参议长张继发通电指责袁世凯，不久被免去参议长资格，而新选出的参议长为进步党人。继而多名参议员、众议员因被查出与南方讨袁军有联系被捕，有的被枪决。随着军事上的胜利，袁世凯对国民党议员的态度也日趋强硬，以协助南方倡乱为名，一次逮捕了八名国民党议员。
主持国民党总部工作的吴景濂亲自拜访梁启超，希望他能出面保释被捕议员：“梁先生，我知道你与宋先生都主张政党政治。你也说过，政党政治的正则是两大党形成均势，才能互相监督，竞争执政。如今敝党屡遭打压，还请先生出面相保。国民党如果被以倡乱为借口解散了，两大党势均的局面被打破事小，兔死狗烹，政党政治不复存在，共和被践踏，我辈则罪莫大焉。”
袁世凯接到梁启超的信是在次日下午，他睡午觉后刚到办公室，同时送来的还有当天的《大共和日报》。梁启超在信中说，“古之成大业者，挟天子以令诸侯，今欲戡乱图治，唯当挟国会以号召天下，名正言顺，然后所向莫与敌也。启超之意，以为彼党中与闻逆谋之人，诚不能不绳以法律，然与闻之人，实十不得一二，其余大率供阴谋者之机械而已。今最要者，乘此时机，使内阁通过，宪法制定，总统选出，然后国本始固，而欲达此目的，则以维持议员三分之二以上为第一义。今吾党目的，设法维持议员，使此辈不散至四方，使留京者在总额三分之二以上。超与彼辈约言，苟非有附逆实据，政府必不妄逮捕，若有误捕，本党愿为保结，借此以安其心，勿使鸟兽散。”梁启超提出，希望能将被捕的八名国民党议员释放。
进步党机关报《大共和日报》上则刊发了东荪的一篇文章，题目是“我的两党提携观”。他的观点与梁启超一样，认为危害中国的旧官僚势力和革命党势力，都是进步党所反对的，“进步党所以应时而组织者，以确见此二派之势力一日不消灭则政治一日不能改良。此二派势力多存一分，即国家元气则多丧一分。若不谋以排除之，则必至陷国家于灭亡而止。然吾党不能同时与二派战，以一人缚二虎，天下至难至危之事也。审时度势，不得不权其轻重，度其缓急。暴民政治已灭，吾党则巩固国会为己任，以纳中国政治入政党政治之正轨。”而要做到这一点，进步党必须与国民党互相提携。
袁世凯派人把梁士诒叫来，指指桌上的一信一报，东荪的那篇文章题目，他用红笔标出，梁士诒读罢后道：“大总统，简而言之，梁任公让大总统挟国会而令诸侯；而东荪的文章，说白了，就是政党以国会而令大总统。”
袁世凯一拍桌子道：“一语中的。燕孙，政党政治搞了一年多，你也看到了，简直是乌烟瘴气！这一年多，政党政治给国家带来一点好处了吗？我看没有。国民党给国家带来一点儿建设性的建议了吗？我没看到，只看到他们就是一意与政府作对，与我这大总统作对。”
“可目前大总统还必得忍着，政党政治的架子已经搭起来了，不能不敷衍。”
袁世凯点头道：“政党政治的实质，就是权力归之于政党。大总统想有权，也必须加入政党。国民党和进步党还有别的种种党，都曾经拉我入他们的党，我没入。现在看，总统身后没有政党支持，就是个傀儡总统。我不当傀儡，也不入政党，燕孙，你来组个党如何？”
“现在必须想了。你看进步党的意思，要与国民党互相提携，也就是说，将来他们不高兴了，也未必肯帮我这大总统。现在进步党实力大增，内阁要职均为进步党所据，将来难免挟国会而令总统，那时候我又该怎么办？所以，必须有自己人来组个党，将来对国民党和进步党，能够有所牵制。”
“现在的小党又冒出来了不少，进步党分裂出去了一部分，又建了共和党，国民党分裂出来的，也建了五六个小党。”
“是拉几个小党合并新建，还是另起炉灶，你看着办，关键是要拉议员进来，我看有几个方向你要下些功夫。一是你的广东同乡，是议员的，要多下番功夫。二是铁路协会里，你交通系的人不少，不妨把他们全拉进来壮壮声势。至于北洋的将领、疆吏，到时候只要有人一呼，无不响应。再有你这财神作后盾，不愁吸引不了党员。”
梁士诒深知袁世凯的期望，道：“中国目前最大的危机，在于政治权力不能统一，正式总统未能选出，国际社会没有承认。如果组党成功，本党将以国家权力实行政治统一为目标，以先选举正式总统为政策的第一步。”
国会正式成立后，第一件要务就是起草宪法，选举正式总统。可是国会成立以来，先是为两院议长人选争执不休，而后又为刺宋案、借款案争执，宪法起草和选举大总统的正事反而久无结果，以致国会声誉大受影响。
梁士诒又道：“国会开幕时近半年，竟然连宪法也未起草出来，正式总统选举一拖再拖，各国何曾出现这种局面？中国目前形势，又如何能够久无正式总统？我看这事应该让黎宋卿出来说话。”
“你捎话给宋卿，让他听听各省都督、民政长的意见。梁任公那里，你也给他捎话，我给他面子，经甄别后可以释放部分国民党议员。”
不过几十天工夫，梁士诒组建公民党已大见成效。他自任党魁，叶恭绰等交通系要员、直隶军政要人纷纷加入，从国民党分化出来的超然社、政友会、政友俱乐部、癸丑同志会等政团有不少人加入，其中两院议员有一百余人，成为继国民党、进步党后的第三大党。正式成立这天，到会者三四千人。交通系及直隶军政要员都在会上演讲，梁士诒在介绍完公民党筹备情况后发布政党政见，“乱事甫平，国基未定，制定宪法，及友邦承认问题均未解决，同人等恫危亡之日迫，应时势之要求，发起公民党，以图救济。吾党以国家权力实行政治统一，增进人民福利。吾党两院议员全体议决，以选举正式总统为政策的第一步，若正式选举不速举行，无论何种政策皆难设法，实为至大危险。”
进步党和公民党都支持袁世凯，国民党已经难以扭转大局，10月4日，国会以651票通过大总统选举法，定于后天即10月6日举行大总统选举。至于选举的办法，规定由国会两院议员无记名投票选举，选举时要有三分之二的议员参加投票方为有效，得票满四分之三者方能当选总统。两次投票仍无人达到四分之三的票数，则从第二次得票数多的两人中票决选定。总统的任期为五年，如再次被选，可连任一届。副总统选举与大总统办法一样，同时举行。
10月6日，正式选举大总统，地点就在众议院的议场。当时到现场的有外国驻京使馆人员、有附近前来看热闹的，还有袁世凯亲信们收买的“公民团”三四千人，当然还有大批军警，整个议场附近，人头攒动，摩肩接踵。
参众两院议员到会759人，按得票需超过四分之三的标准，袁世凯至少需要570票方能当选。当时公民党和进步党议员共400人左右，即便这两党一票不失，仍需国民党议员170人投票支持，袁世凯第一轮投票当选可能性不大。
第一轮投票9点开始，检点人数、发票、投票、唱票、计票，到出结果，耗去4个多小时。结果出来了，袁世凯得471票，离当选还差100票；黎元洪得154票；得票最少的是孙中山和伍廷芳，各得1票。此时已经快下午1点，国会备了面包点心，匆匆吃完后，进行第二轮投票。结果第二轮投票袁世凯得491票，仍然不能当选。
按照国会的安排，如果两轮不能选出，第三次投票推到次日进行。但袁世凯担心夜长梦多，强令当天举行第三次投票。当然不用他出面，外面三四千人的“公民团”，其实是收买的洪帮及地痞，他们干这种事最合适。他们把议场大门堵了个水泄不通，大声嚷嚷道：“不选出大总统，休想吃饭！”
国会参众两院的议长都出面通融，但是“民意”迫切希望尽快选出正式大总统，不允许议员离场。议员们有想跨出半步者，就被推搡回去。国会并没有准备晚饭，于是各党自想办法。进步党派人送来两担面包点心，“公民团”不让进，送点心的人说是给支持袁总统的议员送的，进步党的议员又到门**涉，这才允许进去，公民党也援例送来面包点心。但国民党的面包点心被拦在了门外，无论如何不让进。“公民”们喊：“饿死他们活该，选不出总统就饿着。”
当天晚上，英法德日俄等十三国宣布正式承认中华民国。第二天，黎元洪当选副总统。
10月10日是武昌起义的日子，定为开国纪念日。袁世凯就任大总统典礼也在这一天举行，地点选在太和殿，是他亲自定的。太和殿是皇帝登基、大婚、册立皇后、命将出征以及元旦、春节等重要节日接受文武官员朝贺的地方。参加典礼的人有参众两院的议长、议员，文官简任以上，武官上校以上，各国公使，清皇室代表、蒙藏代表、在野官僚、名流士绅以及金融界、报界人物。按照请柬上通知的时间，参加典礼的人8点开始由西华门进入紫禁城，到太和殿入席。文官一律着燕尾服，武官一律着军礼服。太和殿内，北面设主席台，是袁世凯宣誓的席位。与主席台相对，居于殿中偏南设议长席和议员席，这是参议院议长王家襄力争来的。按照最初的安排，两院议长和议员席分列东西两侧。王家襄知道后道：“民国以民为主，总统就职原系向代表全国国民的议长议员宣誓，议长议员座席非居中不可，不然侧居客位，贻笑世界。”内务部报告给袁世凯，这才做了如今的安排。殿内东侧是文武官员，国务总理、国务员座席。西侧则是各国公使、清皇室、蒙藏代表及名流士绅席。
9点左右，来宾大致入席。到了10点，头戴金线军盔、着蓝色制服、佩带军刀的卫士三百三十名排队走入大殿，分两排站在东西席次前，形成一个警卫胡同。随后来了四人抬的彩舆，从上面走下来的，文武各两人，文官是总统府秘书长梁士诒，秘书夏寿田，皆着燕尾服；武官是侍从武官长荫昌，军事处代理处长唐在礼，皆着钻蓝色军礼服，戴叠羽帽，佩带参谋带。最后袁世凯乘八抬彩轿到来，身穿钻蓝色陆海军大元帅礼服，下轿后由梁士诒等四人拥护前行，登主席台面南而坐。
诸事齐备，赞礼官宣布典礼开始，袁世凯应声而起，面向议长议员席宣誓：“余誓以至诚，谨守宪法，执行中华民国大总统之职务。”誓毕，鞠躬。文武官员都高呼“万岁”。然后赞礼官呈上长篇宣言书，袁世凯重新站立宣读。典礼告成，袁世凯在梁士诒的陪同下接见各国公使及清皇室代表，其他人员则到武英殿喝茶。
下午还有阅兵式。袁世凯午睡后约三点钟，由段祺瑞、王士珍、荫昌、段芝贵、唐在礼陪同，登上天安门城楼，受阅部队的将官随后结队登上城楼，谒见袁大总统，并汇报受检军队情况，然后由袁世凯训话。将官列队走下城楼，回到各自部队，传达袁世凯训辞。受检阅部队共两万余人，都要列队走过天安门城楼，无奈天公不作美，下起小雨，检阅不到半小时，袁世凯在众人劝说下走下城楼。
袁世凯问道：“燕孙，今天累得不轻吧？”
梁士诒回道：“大总统大喜日子，不累。”
“不累是假的，我都累得够呛。燕孙，你知道我今天感受最深的是什么？”
“都是高兴的事，我实在说不好。”
“是我面南向国会议长宣誓的时候，我想不通，堂堂大总统不是国家的元首吗？为什么要向他们宣誓。我当时就想，这些讨厌的人，什么时候才能从我眼皮底下走开？”