这时候，会办福建海疆事务的张佩纶给总理衙门发电，报告法国有六艘战船进驻马尾，请示该怎么办。总理衙门从万国公法上找到有关说法一外国军舰到某国港口停驻，最多只允两艘，最多只能停两周，否则便可驱逐出口，不肯出口者立即驱赶。
但驱赶的话谁也不敢说，只得请示醇亲王。醇亲王认为现在正在谈判，当然不能驱赶法国舰船，此事也不必拿到军机处讨论，更不能让左宗棠知道了一他的心思不用想也知道，肯定会主张把法国人赶出去。所以总理衙门直接回电：“仍宜持以镇静，不得稍涉张皇。”
张佩纶接到朝廷的电旨，请何璟召集何如璋、张兆栋及福州将军、提督商议对策。
“现在法国进驻马尾的军舰已达六艘，看来还有增加的趋势，而朝廷又不许驱逐法舰，那我们只有设法阻止更多的军舰到马尾来了。”张佩纶首先说道。
何如璋闻此也建议在闽江人海口沉船数艘，使法舰进不来。但穆图善反对这样做，他认为福州是通商口岸，如果堵塞海口，各国商船就不能到福州来。最后大家议定，岸上要增设炮台，募勇防守，张佩纶自告奋勇到马尾去，与何如璋一起商议如何对付法舰，保护船政局。
张佩纶到达马尾，看见泊在江中的法国军舰和福建水师的扬武号，仅从个头上看，福建水师已明显处于下风。可他是清流健将，素以主战闻名，虽然心里紧张，但在何如璋和水师诸将面前，脸上始终挂着对法舰不屑一顾的神情，他指着江中的法舰问道：“我们的军舰为什么离法舰那么远？”
扬武号管带陈英回道：“回大人话，法舰炮火射程比我们远，我舰远泊，是为了防备法舰突然进攻。”
“法舰射程比我们远，我舰远泊，岂不是也不能击中敌舰？”张佩纶反问道。
“的确如此。”
“这没有道理，正因为我舰射程不远，所以应该泊在法舰附近，到时候开炮才能击中它。而且远离法舰驻泊，明显是示弱，有失我大清水师的体面！”
那时在马尾附近的福建水师舰船共有七艘，四艘在法舰上游，三艘在福建海关附近。张佩纶要求把七艘军舰集中起来，与法舰针锋相对，就近驻泊，以示大清的盛威。
陈英见此解释道：“如果离法舰太近，就成了法舰的靶子，七艘军舰都集中泊在一起，到时候根本无法摆开阵势，难以互相照应。”
但张佩纶不听，甚至拿出他会办福建海疆事务的身份压制陈英，不让他说话。
福建水师七艘战船突然集中过来，让法国远征舰队司令孤拔大为紧张，只怕中国舰队会突然发起攻击，所以他命令各舰亮起探照灯，把马尾附近照得亮如白昼。
次日一早，他又打发副官前来责问陈英为什么舰船突然集中起来，这是明显的挑衅。陈英回道：“这里是大清的江面，大清的舰船怎么行动，概与法舰无关。”
张佩纶得知此消息，便让陈英派人去告诉孤拔，让他放心：“大清乃堂堂大国，贵提督不必多疑，如果真要开战，大清也会预先约期。”
“既然大清有礼，我也退两船到下游去，以示友好之意。”孤拔见此也回道。
张佩纶得到这样的回应，大为得意，他对何如璋道：“法人也不过是外强中干，只要我大义凜然，不向他示弱，法人必定气馁。”因此他建议把福建水师所有的船只都调过来与敌舰混泊，法人必气沮而去。
何如璋也同意这个办法，但陈英却不同意，他坚持认为军舰集中驻泊已是失策，再把所有军舰集中过来更有全军覆没的危险。
“这我就不明白了，”张佩纶见陈英如此不给他面子，便十分生气因为我舰不及法舰，所以才调更多的舰船来。敌舰多，敌胜，我舰多，我胜，这有什么好说的？”
“话不能这么说，冶陈英见张佩纶是外行，不得不详细解释，“舰队作战不同于陆上，并非谁多谁就能打胜，关键是双方舰只的强弱。舰强，则可以一敌众，舰弱则众难敌一。弱舰是不能与强舰直接对阵的，更不能集中起来，那就是当了靶子，想跑也跑不了。”
张佩纶打断他的话道：“尚未作战，就打了跑的主意，管带畏敌如此，如何带全舰将士奋战？你这样的贪生怕死之辈，就应当革职！”
“革职末将也要说。”陈英倔强得很，一梗脖子道，“末将并非贪生怕死之辈。福建经营多年，才有了这样一支水师，怎能白白葬送？末将不是不敢与法舰作战，而是要扬长避短，巧妙与敌周旋。”
张佩纶已拿定主意要杀鸡儆猴，扭转水师畏敌的情绪，同时也树立他会办的权威，于是厉声说道：“你这全是花言巧语，我们怎会白白送死？我看你是畏敌如虎，不思杀敌报国。来呀，摘去他的顶戴！”
福星号管带张成挺身而出，支持张佩纶的主张：“末将支持张大人的主张。我舰与敌舰近距离驻泊，到时候纵使炮火不能奈何，就是去撞，也能把法舰撞沉。”
张佩纶见他一表人才，满脸正气，当即做了决定：“福星号管带张成，即日起接任旗舰扬武号管带，陈英听候处置！”
实际上张成是俗话说的空心大萝卜，他根本没什么真本事，只因是前任船政大臣的表弟，所以才得以到福星舰上当管带，平时他一发话，众人看他表哥的面子都是“喳喳”连声，他也自以为有统带千军万马的本事。得此任命，张成十分得意，拱手道：“谢大人栽培，末将定率全舰官兵，拼力杀敌。”陈英平日人缘极好，现在大家见他被张大人撤了差，都为之求情。张成怕犯了众怒，也帮腔道：“陈管带胆略稍欠，但对管驾兵舰还是内行，请大人开恩，可否就令陈管带去福星号？”
众人也都如此请求，张佩纶与何如璋商议决定，给陈英降两级记录在案，前去管带福星号。他还再次奏请朝廷，请派南北洋及浙江、两广的军舰支援福建。可他盼了六七天，总理衙门回电说，南洋兵轮不敷守口，实难分拨；北洋以现有兵轮较法人铁甲大船相去远甚，尾蹑无济，且津门要地，防守更不敢稍疏；浙省亦以船少尚难自顾电复，唯粤省同意拨去两船。
张佩纶看到这样的结果，大骂南洋、浙江是混蛋，只顾自己，不顾大局。但他没有骂李鸿章，他与李鸿章的交情已非同一般，宁愿相信他有难处。随后李鸿章就来电报，解释说“他前在烟台，曾上法铁舰看操，其船坚炮巨，实非南北各船所能敌。今法两铁甲驻闽港口以堵外援，我船铁板厚仅五分，易被轰沉，若开衅，彼必在海面寻战，倘坐失，徒自损威，于事何济？”而且建议张佩纶，与其将舰集中在马尾与强敌对峙，不如立即将各舰调走，将船政局的机器掩埋地下，留给法国人一个空厂，那时他们无从要挟，便只好撤走。
李鸿章竟也说军舰不宜汇集一处，张佩纶不得不重新思考自己的对策，但想了一夜，他觉得如果把军舰撤走，未免太向法人示弱，而且也说明处分陈英错了，到那时京中清流同僚会怎么看自己？张佩纶自负得很，他认为李鸿章毕竟没见过福建的实情，现在说胜负还为时尚早。而自己倘若一战胜之，从此中外刮目，开府封疆便指日可望。他又找张成悄悄商议，他也是如此意见。
于是张佩纶再次给张之洞发报，请他快派军舰前来。两人都是清流干将，私谊极深，张之洞复电两舰已自广州起程，不日可到。何如璋也发报命令到上海去公干的两舰立即返回马尾。七八天后，四舰陆续赶来，马尾山下福建水师舰船达到十一艘。
张佩纶认为现在己方舰船已明显多于法方，孤拔肯定被吓住，就是不被吓跑，也不敢轻举妄动，待时机到来，他亲自面见孤拔，劝他撤出闽江。但孤拔并没有害怕，也没有撤走，反而陆续增加舰船。原来十几天前，法国远东舰队副司令利士比率舰三艘前去攻打基隆，没想到刘铭传防守严密，又善于扬长避短，结果登陆的法军中了埋伏，死伤数十人。眼看基隆一时拿不下来，利士比便奉命率舰来支援了。
现在，福建水师战船共十一艘，它们是木质兵轮“扬武”“福星”“伏波”“振威”“飞云”“济安”“艺新冶，木质商轮“永保”“琛航”“建胜”“福胜冶，总吨位约一万吨，装备大小各种炮五十尊。
法舰也是十一艘，其中“凯旋”号为装甲战列舰野猫”号为铁甲炮舰，“德斯丹”号、“杜居土路因”号、“费勒斯”号为一级巡洋舰窝尔达”号为轻巡洋舰，“益士弼”号、“蝮蛇”号为炮舰，“南台”号为运输舰，还有四十五号和四十六号鱼雷艇以及四艘小汽艇。这些舰船总排水量将近一万五千吨，除“南台”号和两艘鱼雷艇不计外，其他八舰的总炮数为七十二门，各舰艇还配备了每分钟可发射六十发子弹的机关枪。
停泊于法舰巨炮之下，福建水师的管带们都发现情况不妙，他们先是找到张成，希望他能改变部署，疏散诸舰，但张成不肯答应。于是这些管带们一起到福星号与陈英商量，大家一齐去见张佩纶，请他改变敌我连舰的作战部署。见到张佩纶后，由陈英代表众管带劝说张佩纶，理由很简单一现在十一艘舰船集中泊在一起，船多江窄，难以转动，一旦开战，肯定要吃亏。军舰应该与艇船、木哨船相间，首尾分列，胜则可截可追，败则相援相救；尤其是朝廷一再指示不能衅自我开，必须法舰先开炮我才能还击，这就更不应该集中在一起当人家的活靶子。
张佩纶不但不听他们的意见，反而指责他们道：“你们为什么没有广东水师将士勇敢？人家也是在法舰的炮口下，他们都镇定自若，毫无惧色。”