阮元的性论的重要贡献还在他的方法，而不靠他的结论。他用举例的方法，搜罗论性的话，略依时代的先后，排列比较，使我们容易看出字义的变迁沿革。他的《节性斋主人小像跋》有云：
《虞、夏书》内无性字。性字始见于《书·西伯戡黎、召诰》，《诗·卷阿》。古性字之义包于命字之中。其字乃商周孳生之字，非仓颉所造。从“心”则包仁义等事，从“生”则包食色等事。
我们看告子“生之谓性”的话，便知古人说性字确没有什么深奥的意义。这个字越到后来越说的玄妙了。孔子论性相近，只是取一个常用的字，随口说出来，毫不感觉这个字有解说或界说的必要。到了孟子、告子、荀子的时期，这个字便有界说的必要了。
“生之谓性”大概是这个字的本义，荀卿与董仲舒等都用此意。孟子把仁义礼智的种子（四端）都装到性字里去，那就是一种新界说了。老庄一派著重自然，故《庄子》书中论性有“缮性于俗学以求复其初，谓之蒙蔽之民”的话。但《庄子》书中的“性”仍是一种天生自然之物，近于“生之谓性”的普通定义，其实没有什么玄义。性字的玄学化其实起于孟子的性善说；然而孟子还有“食色，性也”的见解，又承认味臭声色安佚为性，所以孟子的性说还不算过于玄妙。
所以戴震、阮元皆崇拜孟子，而皆能承认宋儒所否认的气质之性。阮元指出性字从生，又从心；从生是指食色等，从心是包括仁义礼智等。这句话是告子、孟子的合璧，已不是原始的性说了。
阮元又有《塔性说》，说明性字受的佛书的影响。他用“塔”字作引子。佛教有多层的建筑，名窣堵波，在中文没有相当的名词；若译为“台”，台却没有那样高妙；于是翻译者别造“塔”字以当之，绝不与台相混。“塔自高其为塔，而台亦不失其为台。”但是
至于翻译“性”字则不然。浮屠家说：有物焉，具于人未生之初，虚灵圆净，光明寂照，人受之以生；或为嗜欲所昏，则必静身、养心，而后复见其为父母未生时本来面目。此何名耶？无得而称也。……晋宋姚秦人翻译者执此物求之于中国经典内，有一“性”
字，似乎相近。彼时经中“性”字纵不近，彼时典中（《经典释文》所谓“典”者，《老》、《庄》也），“性”字已相近（《庄子》性字本是天生自然之物，骈拇马蹄之喻最为明显）。于是取以当彼无得而称之物。此譬如执台字以当窣堵波而不别造塔字也。……然而与儒经尚无涉也。唐李习之以为不然，曰，“吾儒家自有性道，不可入于二氏”，于是作《复性书》。其下笔之字，明是《召诏》、《卷阿》、《论语》、《孟子》内从心从生之性字，其悟于心而著于书者，仍是浮屠家无得而称之物。……呜呼！是直以塔为台，口崇古台，而心炫西塔；外用台名，内用塔实也。是故翻译者但以典中性字当佛经无得而称之物，而唐人更以经中性字当之也。
这种见解虽然浅近，却是古人最容易忽略的。唐宋人论性，确是受了佛书的影响，不知不觉地把佛家所谓性和古书中所谓性混作了一件东西。
所以李翱要“弗虑弗思，情则不生”以复其性；所以朱熹承认那“方寸之间，虚灵洞澈，万理咸备”的是性，而要人“明善以复其初”。阮元是有历史眼光的，所以指出古经中的性字，与《庄子》的性字不同，更与佛书中的性字不同。
这种方法用到哲学史上去，可以做到一种“剥皮”功夫。剥皮的意思，就是拿一个观念，一层一层地剥去后世随时渲染上去的颜色，如剥芭蕉一样。越剥进去，越到中心。
试举一个浅近的例。我们试取北京中等人家的出丧，也用这个剥皮的方法去研究他。
最初，剥去那些花圈和纸扎的汽车、马车等；那是最近加上的。其次，剥去那拖辫子，拿长杆烟袋的纸人等等；那是民国以前加上去的。其次，剥去那些挽联挽幛以及仪仗等等。其次，剥去喇嘛；再其次，剥去和尚道士。……如此剥进去，直剥到那“孝子”和棺材，那是丧礼的原来分子。
我们对于一切哲学观念也应该常常试用这种剥皮手段。阮元论“性”，至少能指出古今“性”字的意义不同，至少能教我们明白哲学观念是常常随着时代变迁的，单是这一点已可算是很重要的贡献了。
这个剥皮主义也可说是戴学的一种主要的精神。《孟子字义疏证》的宗旨只是取哲学上的重要观念，逐个剥去后人加上去的颜色，而回到原来的朴素的意义。
戴震又有《答彭进士书》作于临死一个月之前；书中指斥彭绍升“所主者老庄佛陆王之道；而所称引，尽六经孔孟程朱之言”。这篇长书也是一种剥皮主义；所以段玉裁论此书道：
先生答此书，以六经孔孟之旨还之六经孔孟；以程朱之旨还之程朱；以陆王佛氏之旨还之陆王佛氏；俾陆王不得冒程朱，释氏不得冒孔孟。（《戴氏年谱》三四）
这就是剥皮主义了。
阮元是一个剥皮的好手。他论性，论仁，都只是要把一个时代的思想归还给那一个时代；都只是要剥去后代涂抹上去的色彩，显出古代的本色。
我们现在要看阮元如何剥去“仁”字的皮。“仁”字的旧解最多，有许多种说法显然是后世加入的意义；例如宋儒程颢说“仁者浑然与物同体”，又说“仁者以天地万物为一体”。这明明是后世儒者受了佛老的影响，竟不知不觉地把庄子和孔子拉成一家了（现代中国学者也有犯此病的）。
阮元用归纳的方法，把《论语》《孟子》两书里论“仁”的话都收集在一处排列比较，作成《论语论仁论》及《孟子论仁论》两篇（《研经室》一集）。他的结论是：
元窃谓诠解“仁”字不必烦称远引，但举《曾子·制言篇》，“人之相与也，譬如舟车然，相济达也。人非人不济，马非马不走，水非水不流”；及《中庸篇》，“仁者人也”，郑康成注“读如相人偶之人”数语，足以明之矣。春秋时，孔门所谓“仁”也者，以此一人与彼一人相人偶，而尽其敬礼忠恕等事之谓也。“相人偶”者，谓人之偶之也。凡仁必于身所行者验之而始见；亦必有二人而仁乃见。
若一人闭户斋居，暝目静坐，虽有德理在心，终不得指为圣门所谓之仁矣。
盖士庶人之仁见于宗族乡党，天子诸侯之仁见于国家臣民，同一相人偶之道；是必人与人相偶而仁乃见也。郑君“相人偶”之注，即曾子“人非人不济”，《中庸》“仁者人也”，《论语》，“己立立人，己达达人”之旨。……
孔子答司马牛曰，“仁者其言也讱。”夫言讱于仁何涉？不知浮薄之人语易侵暴，侵暴则不能与人相人偶，是不讱即不仁矣。所以木讷近仁也。
仲弓问仁，孔子答以见大宾，承大祭诸语。似言敬恕之道，于仁无涉。不知天子诸侯不体群臣，不恤民时，则为政不仁；极之视臣草芥，使民糜烂，家国怨而畔之，亦不过不能与人相人偶而已。
其余圣门论仁，以类推之，五十八章之旨有相合而无相戾者，即推之诸经之旨，亦莫不相合而无相戾者。自博爱谓仁立说以来，歧中歧矣。吾固曰孔子之道当于实者、近者、庸者论之，则春秋时学问之道显然大明于世，而不入于二氏之涂。
阮氏用郑玄“相人偶”之说，此说他在后文说的较详细：
《说文解字》，“仁，亲也，从人二。”段若膺大令注曰：见部曰，“亲者，密至也，会意。”《中庸》曰，“仁者，人也”，注：“人也读如‘相人偶’之人，以人意相存问之言。”《大射仪》，“揖以耦”，注：“言以者，耦之事成于此，意相人耦也。”《聘礼》，“每曲揖”，注：“以人相人耦为敬也。”《公食大夫礼》，“宾人三揖”，注：“相人偶。”《诗·匪风》笺云：“人偶能烹鱼者，……人偶能辅周道治民者。”……
元谓，贾谊《新书·匈奴篇》曰，“胡婴儿得近侍侧，胡贵人更进，得佐酒。前上……时人偶之。”
以上诸义，是古所谓“人耦”犹言尔我亲爱之辞。独则无耦，耦则相亲，故其字从人二。
“相人耦”一句话大概是汉人的常语；当时的意义，现在不容易确定了。但依《新书·匈奴篇》，“时人偶之”的话看来，这“人偶”两字是一个动词，有“亲爱”之意。阮元说“相人偶者，谓人之偶之也。”这是把一个动词分开来讲，似是小误。
阮元此说虽不是他的创说（《新书》一条是用卢文弨的校语），然而前人都不曾懂得此说的哲学意义，直到阮氏方才用此说作为儒家对于仁字的定说。这种说法有两个重要之点。
第一，阮氏说仁为“以此一人与彼一人相人偶”“必有二人而仁乃见”：这就是说，仁是一种社会性的道德，不是个人的道德。从前那些说法，如“仁者浑然与物同体”，都只是“一人闭户斋居，瞑目静坐”的玄想，不是儒家说仁的本义。
第二，这样说法把从前那些玄妙深刻的说法都抹煞了，回到一种很平常浅近的意义。他说：“孔子之道，当于实者、近者、庸者论之。”这是颜学的精神，也是清儒用归纳方法与历史眼光的效果。只有用历史眼光与归纳方法，能使人大胆地把这样一个抽象的观念剥皮到那样朴素的本义。
阮元的论仁两篇，大意不过如此。他在《论语论仁论》里讨论“克己复礼为仁”，解“克己”即是“四勿”，反对宋儒解“己”为私欲之说。
这是和颜元、毛奇龄、李塨、凌廷堪一致的。阮元也承认“克己”是“收向内言”，但他指出“向内”到视、听、言、动，是很够的了；再进一步就要出毛病了。他说：
视，听，言，动，专就己身而言。若克己而能非礼勿视、勿听、勿言、勿动，断无不爱人，断无与人不相人偶者；人必与己并为仁矣。俚言之，若曰：“我先自己好，自然要人好；我要人好，人自与我同作好人也。”……
孔子恐学者为仁专待人而后并为之，故收向内言。孟子曰：“仁，内也”，即此说也。然收至视、听、言、动，亦内之至矣。一部《论语》，孔子绝未尝于不视、不听、不言、不动处言仁也。