他在《孟子论仁论》里说：
孟子论仁无二道：君治天下之仁，充本心之仁，无异也。……孟子论仁，至显明，至诚实，未尝有一毫流弊贻误后人也。一介之士，仁具于心。然具心者，仁之端也；必扩而充之，著于行事，始可称仁。……孟子又曰：“仁之实，是亲是也。”是充此心始足以事亲，保四海也。若齐王但以羊易牛而不推恩，孝子但颡有泚而不掩父母，乍见孺子将入井而不拯救，是皆失其仁之本心，不能充仁之实事，不得谓之为仁也。
孟子论良能，良知。良知，即心端也；良能，实事也。舍事实而专言心，非孟子本旨也。
这里他对于良知学派下攻击了。他论“良知”道：
按“良能，良知”，良字与“赵孟之所贵，非良贵也”良字同。良，实也（见《汉书注》）；无奥旨也。此良知二字，不过孟子偶然及之，与“良贵”同，殊非七篇中最关紧要之言。……不解王文成何所取而以为圣贤传心之秘也？阳明谓：
学不资于外求，但当反观反省。圣人致知之功，至诚无息。其良知之体，皦如明镜。妍媸之来，随物见形，而明镜曾无留染。所谓“情顺万事而无情”也（此程颢之言）。“无所住而生其心”，佛氏曾有是言，未为非也。明镜之应，一照皆真，是“生其心”处。妍者妍，媸者媸。一过而不留，即“无所住”处。
阳明之言如此。学者试举以求之孟子七篇中，有此境否？此境可以论孩提爱亲之仁否？
这是用“良”字的古义来破坏良知学派的根据，也是一种剥皮的手段。
阮元不常提及“理”字；但我们看他的《书学蔀通辨后》（《研经室续集》），可以知道他若作理字说，大概近于焦循与凌廷堪，而不很近于戴震。他说：
……理必出于礼也。古今所以治天下者，礼也。五伦皆礼，故宜忠宜孝即理也。然三代文质损益甚多。且如殷尚白，周尚赤，礼也。使居周而有尚白者，若以非礼折之，则人不能争；以非理折之，则不能无争矣。故理必附乎礼以行。空言理，则可彼可此之邪说起矣。
这一段全不是戴学的精神，与凌廷堪最相近。若依此说，则制度礼法一定之后，便要人绝对服从；不讲有理无理，只问是礼不是礼。有否认礼制的，便都成了“可彼可此之邪说”了！戴学只说：“事物之理，必就事物剖析至微，而后理得。”（《疏证》四一）又说：“人伦日用，圣人以通天下之情，遂天下之欲，权之而分理不爽，是谓理。”戴氏最恨“执理无权”的武断；若如阮元之说，那就是于“执理无权”之外，又添一种“执礼无权”的武断了。
凌廷堪、焦循、阮元很可以代表这个倾向。他们的学说虽然都不算是戴学的真传，然而他们都想在经学上建立他们的哲学思想，这一点不能不说是戴学的影响。
戴震在那个“襞绩补苴”的时代里，独白发愤要建立一种成系统的哲学，——一种建筑在新经学之上的新理学。他的弟子王念孙、段玉裁诸人不能肩此重担子，只向那训诂、名物、制度上去用力，只继续发展了戴学的考证的方面。
然而几个私淑戴学的学者，焦循、凌廷堪、阮元一班人，便不甘心专做这种“襞绩补苴”的工力了，便要从“通核”的方面去谋发展了。各人的才力有限，见解有偏，没有一个人能像戴震那样彻底地朝着理智主义方面走。
然而他们的努力至少发展了戴学的片面；他们的缺陷也都可以供我们后人的参考，使我们格外了解戴学的真意义与真价值。他们努力的新方面更使我们明了戴学确然有建立新理学，恢复中国学者的哲学兴趣的大功。
所以我们可以说：从戴震到阮元是清朝思想史上的一个新时期；这个时期，我们可以叫做“新理学时期”。
但是，激烈的反动不久就起来了。阮元是清代朴学的大护法：他从经学起家，做了几十年的总督，门生故吏遍于国中；他又在浙江设诂经精舍、在广州设学海堂，汇刻清代经师的经解，造成了一种伟大的学风。
故这个时期可算是清学最时髦的时期。清学是反理学的；从颜元到阮元，都是反理学的。理学家本来早已愤怒，要谋大举反抗了；程晋芳、姚鼐等早已提起抗议了。
到阮元得意的时候，“汉学”越得势，“宋学”也就更妒忌，更愤恨。于是姚鼐的同乡弟子方东树愤愤地起来提出最激烈的反革命。
方东树，桐城人，字植之，生于1772，死于1851。他是一个老秀才，曾跟着姚鼐学古文；读书很勤苦，著有《书林扬觯》《昭昧詹言》《仪卫轩文集》《汉学商兑》等书。他家贫，在外面客游五十年，做过许多处的书院山长，死在祁门的东山书院。他的门人苏惇元作他的传，说：
乾嘉间学者崇尚考证，专求训诂名物之微，名曰汉学；穿凿破碎，有害大道；名为治经，实足以乱经；又复肆言攻诋朱子。道光初，其焰尤炽。先生忧之，乃著《汉学商兑》，辨析其非。书出，遂渐熄。（《仪卫轩文集》附录）
“道光初，其焰尤炽”，正是阮元最得志的时代。朴学的声势到了此时确有风靡全国的样子。《汉学商兑》即出于此时。此书原序作于道光六年（1826）。
方东树搜集材料颇勤，列举各人的议论，逐条驳辩；他这种方法颇能引起人家的注意，又颇能使一般无学识的人赞叹他的博学与雄辩。他的态度是很诚恳的，他的卫道的热心也是很明显的。
所以他的《汉学商兑》至少可算是理学末流对于“汉学”的一种最激烈的反动。阮元死于1849，方东树死于1851；方东树死的一年，即是洪秀全称太平天国天王的一年。
从此以后，十几年之中，东南的财富之区，学校的中心，都遭兵燹，公私的藏书多被烧毁；学者奔走避兵，学问之事遂衰歇了。乱平之后，曾国藩一班人也颇想提倡朴学。但残破困穷的基础之上已建立不起学术文化的盛业了。故咸丰以后“汉学”之焰确然“渐熄”；但此中的功和罪，与其归到方东树的《汉学商兑》，不如归到洪秀全和杨秀清的长发军了。
《汉学商兑》共有三篇自序。第一篇序说：
近世有为汉学考证者，著书以辟宋儒，攻朱子为本，首以言心、言性、言理为厉禁。……驰骋笔舌，贯穿百家。……上援通贤，下詟流俗。众口一舌，不出于训诂小学，名物制度。弃本逐末，违戾诋诬；于圣人躬行求仁，修齐治平之教，一切抹杀。名为治经，实足乱经；名为卫道，实则畔道。
这是他心目中的“汉学”。他为什么深恶汉学呢？因为汉学诋毁宋儒，而宋儒是万不可诋毁的。他说：
窃以孔子没后千五百余岁，经义学脉，至宋儒讲辨，始得圣人之真。……今诸人边见颠倒，利本之颠，必欲寻汉人纷歧旧说，复汩乱而晦蚀之，致使人失其是非之心。其有害于世教学术，百倍于禅与心学。
他在第二篇序里说：
经者，良苗也。汉儒者，农夫之勤苗畬者也，耕而耘之，以殖其禾稼。宋儒者，获而舂之，蒸而食之，以资其性命，养其躯体，益其精神也。非汉儒耕之，则宋儒不得食；宋儒不舂而食，则禾稼蔽亩，弃于无用，而群生无以资其性命。今之为汉学者，则取其遗秉滞穗而复殖之，因此笑舂食者之非，日夜不息，曰：“吾将以助农夫之耕耘也。”卒其所殖不能用以置五升之饭；先生不得饱，弟子长饥。以此教人，导之为愚也；以此自力，固不获益。……其生也勤，其死也虚；其求在外；使人狂，使人昏，**天下之心而不得其所本。
他说宋儒“得圣人之真”，这是他的一种成见。他又不了解清学除了惠氏一派之外并非“汉学”。他说宋儒是“舂而食之”，殊不知清儒如颜元、戴震、阮元一班人，也正是要“舂而食之”，不过舂食的方法与宋儒不同罢了。
他承认程朱为“天下诸侯所莫敢犯”，这是何等盲目的成见！要明白他的成见的来源，我们须读他的第三序（他的第三序不载于本书，仅见于他的《书林扬觯》的末卷）。他说：
余平生观书，不喜异说。少时亦尝泛滥百家；惟于朱子之言有独契。觉其言言当于人心，无毫发不合，直与孔曾思孟无二。以观他家，则皆不能无疑滞焉。故见后人著书凡与朱子为难者，辄恚恨，以为人性何以若是其蔽也。……
周栎园《书影》言：
昔有鹦武飞集陀山。乃山中大火。鹦武遥见，入水濡羽，飞而洒之。天神言：“尔虽有志意，何足云也？”对曰：“尝侨居是山，不忍见耳。”天神嘉感，即为灭火。
余著此书，亦鹦武翼间水耳。（《书林扬觯》，下，4四七）
他觉得朱子的话“言言当于人心，无毫发不合，直与孔曾思孟无二”，所以他那样崇拜朱子，所以他“不忍见”朱子受人攻击。懂得了这段故事，
我们方可完全了解他的《汉学商兑》。