《汉学商兑》本止一卷，因篇页较多，分为三卷：“首溯其畔道罔说之源；次辨其依附经义，似是而非者；次为总论，辨其诋诬唐宋儒先，而非事实者。”（《序例》）上卷有一段说：
顾（炎武）、黄（宗羲）诸君虽崇尚实学，尚未专标汉帜。专标汉帜则自惠氏始。惠氏虽标汉帜，尚未厉禁言理。厉禁言理则自戴氏始。自是宗旨祖述，邪诐大肆，遂举唐宋诸儒已定不易之案，至精不易之论，必欲一一尽翻之，以张其门户。（朱氏《槐庐丛书》本）
这段话有是有非。惠氏专标汉帜，但惠氏的家学是要“六经尊服郑，百行法程朱”的，所以惠氏不是有力的反理学派。戴氏明目张胆地攻击理学，尤其攻击朱子。但戴氏并不是像方氏说的“厉禁言理”；戴氏攻击那“得于天而具于心”的理，而主张那在事物之中的条理；这是厉禁言理吗？方东树论汉学有六蔽：
其一，力破“理”字，首以穷理为厉禁，此最悖道害教。
其二，考之不实，谓程朱空言穷理，启后学空疏之陋。
其三，则由于忌程朱“理学”之名，及《宋史》“道学”之传。
其四，则畏程朱检身，动绳以理法；不若汉儒不修小节，不矜细行，得以宽便其私。故曰，“宋儒以理杀人，如商韩之用法。浸浸乎舍法而论理。死矣！更无可救矣！”所谓不欲明镜之见疵也。
其五，则奈何不下腹中数卷书，及其新知小辨。不知是为驳杂细碎，迂晦不安，乃大懦所弃余而不屑有之者也。
其六，则见世科举俗士空疏者众，贪于难能可贵之名，欲以加少为多，临深为高也。
关于治经的方法，方氏在《汉学商兑》“卷中之下”里说的最详细。他引钱大昕、戴震的话，自下驳论道：
夫谓义理即存乎训诂，是也。然训诂多有不得真者，非义理何以审之？……
信乎朱子有言：解经一在以其左证之异同而证之，一在以其义理之是非而衷之。二者相须，不可缺，庶几得之。今汉学者全舍义理而求之左验，以专门训诂为尽得圣道之传，所以蔽也。
这是方氏的主旨。戴震曾说：“夫使义理可以舍经而求，将人人凿空得之，奚取于经乎？……古今县隔，遗文垂绝，然后求之训诂。训诂明则古经明，古经明而我心同然之义理乃因之以明。”方东树痛驳这段话，其大意如下：
1。古今学问，大抵二端；一小学，一大学。训诂名物制度只是小学内事。《大学》直从明新说起，《中庸》从性道说起，此程朱之教所主，为其已成就向上，非初学之比。……汉学家昧于小学大学之分，混小学于大学，以为不当歧而二之，非也。
2。“本训诂以求古经，古经明而我心同然之义理以明”，此确论也。然训诂不得义理之真，致误解古经，实多有之。若不以义理为之主，则彼所谓训诂者安可恃以无差谬也？……即以郑氏、许氏言之，其乖违失真者已多矣，而况其下焉者乎？
总而言之，主义理者断无有舍经废训诂之事。主训诂者实不能皆当于义理。何以明之？盖义理有时实有在语言文字之外者。故孟子曰以意逆志，不以文害辞，辞害意也。
汉学家专泥训诂，如高子说《诗》，所以多不可通。……故义理原不出训诂之外（适按，此言与上文“义理有时实有在语言文字之外者”一句正相矛盾），而必非汉学家所守之训诂能尽得义理之真也。
方氏的话也不是完全不能成立的。小学大学之分自是误从朱子，李塨的《大学辨业》与《圣门学规纂》已有很明快的驳论了。汉儒说经实多谬误；但此言只可用来打倒惠氏一派的真正汉学，而不能打倒戴氏以下的清学。
戴学本不拘守汉儒；他的大弟子王念孙、段玉裁等都能打破汉儒的束缚。方东树也曾说高邮王氏《经义述闻》“实足令郑朱俯首，自汉唐以来未有其比也”。
清学的大师重在方法的精密；他们的训诂考证固然未必“能尽得义理之真”，但治古书终不能不用这种方法。若因为汉儒有谬误，而就完全抹杀清儒采用的方法，而就妄想求古书的义理于语言文字之外，那就是根本上错误了。
清儒治经确有太拘泥汉儒之弊，也确有过信《说文》之弊。方东树指出迷信《说文》的十五谬都是不错的。但这也不足以攻诋戴学。
搜集古训诂来作治古书的根据，这是清儒的一个基本方法。迷信《说文》固是可笑；但轻视古训诂而空谈义理，更是可笑了。方东树最爱谈义理，但他自己实在不曾明白他所谓“义理”是什么东西。义理应该分两层说：一是古经的意义，一是后人的见解。
清代学者略有点历史的眼光，故能指出宋儒用主观见解来说古经的毛病。我们也应该认清楚：治古书是要依据古训诂的；古训诂有不完全之处，我们应该用精密的归纳比较，求出古书的意义。
我们不可认后人的主观见解为古书的义理。方东树的根本毛病即在于误认宋儒的义理为“直与孔曾思孟无二”。这种完全缺乏历史眼光的成见是不配批评清儒的方法的。
其实，方东树最痛恨的还是清儒（尤其是戴学）对于理学的态度。清学反抗宋明的“心学”“理学”；顾炎武在《日知录》里屡引戴震的话，排斥传心之学；阎若璩在《古文尚书疏证》里指出“人心惟危道心惟微”的话是出于“道经”，更动摇了心学的根据与权威。方东树大抱不平，发为驳论道：
夫所恶于禅学即心是道者，谓其专事明心，断知见，绝义理，用心如墙壁，以徼幸于一旦之洒然证悟。若夫圣人之教，兢业以持心，又精择明善以要于执中，尚有何病？……愚尝反复究思之，无论伪古文足信与否，……只此二语即出于巷说里谚，亦当平心审谛，断然信其精粹无疵，不诡于道，足以质古圣而无疑。
这是何等坚强的信仰！这样盲目的信仰往往能阻碍他对于反对派的了解。例如他说：
大抵考证家用心尚粗粗，故不喜言心，言性，言理，言道。又会有禅学心学之歧，为其藉口。此中是非杂糅，如油著面，本不易明。戴氏（震）、顾氏（炎武）以言心为堕禅，论虽灭裂，犹实有其害。近汉学家以致知穷理为堕禅，则直是乱道。不知禅之失政在不求心穷理，而禅之妙亦政在不许求心穷理。才一求心穷理，便非禅。……今汉学家咎程朱以言心言理堕禅，岂知程朱是深知禅之害在不致知穷理，故以致知穷理破彼学而正吾学之趋耶？
说考证家“用心尚粗粗，故不喜言心”，这真是冤枉。考证家最肯用心而不高兴言心；普通的理学家却是天天言心而不肯用心。方氏又说汉学家以致知穷理为堕禅，这话也有点冤枉。
汉学家不但不反对致知穷理，并且正是实行致知穷理。不过他们要致的不是那不学而知的良知，要穷的也不是那得于天而具于心的理。
按程朱以己之意见不出于私乃为合乎天理，其义至精至正至明；何谓以意见杀人？如戴氏所申，当体民之情，遂民之欲，则彼民之情，彼民之欲，非彼之意见乎？
夫以在我之意见不出于私合乎天理者不可信，而信彼民之情、之欲，当一切体之、遂之，是为得理；罔气乱道，但取与程朱为难而不顾，此为大乱之道也。
戴震根本上反对天理与人欲的分别，所以说“情之至于纤悉无遗憾，是为理”，方东树根本上不能了解此说，所以驳道：
程朱所严辨理欲，指人主及学人之心术邪正言之，乃最吃紧本务，与民情同然好恶之欲迥别。今移此混彼，妄援立说，谓当遂其欲，不当绳之以理。言理则为以意见杀人。此亘古未有之异端邪说！
我们看这两段，便可知方氏全不懂得戴学的宗旨。戴氏说理只是事物的条理；而穷理只是扩充心知之明，至于辨察事情，纤悉无遗憾。为要做到这种求理的本领，我们不能不打破那相传的理说，不能不推翻那个“得于天而具于心”的囫囵的理。
因为人若误认理得于天而具于心，便容易误认自己的私见为天理。所以戴学要人放弃那笼统的，现成的理，去求那区别的，不易寻求的条理。戴学的第一要义在于教人知道“理”是难知的，不是人人可以随便乱说的。
至于理欲之辨，诚如方氏之言，本意是指君主的心术。但古来儒者并不是人人能都像方氏这样认的清楚；他们都只泛指一切人的私欲。
理欲之辨的结果遂使一般儒者偏重动机（心术），而忽略效果；自负无私，遂不恤苛责人，自信无欲，遂不顾牺牲别人；背着“天理”的招牌，行的往往是“吃人”的事业。
所以戴学的第二要义在于指出“己之意见不出于私”未必即是天理；必须要用那训练了的心知去体察“情之至于纤悉无遗憾”，那才是得理。方氏不细心研究戴氏说理的主旨，只能摭拾几句不重要的话，谩骂一场而已。