气相近，如知寒暖，识饥饱，好生恶死，趋利避害，人与物都一般。理不同，如蜂蚁之君臣，只是他义上有一点子明。虎狼之父子，只是他仁上有一点子明。其他更推不去。
这明是程颐“理一分殊”说之再发挥，从此上才有他广大精微的开展。他本此观念再转落到性的问题上。他说：
性是许多理散在处为性。
天下无性外之物，因行街，云阶砖便有阶砖之理。因坐，云竹椅便有竹椅之理。枯槁之物，谓之无生意则可，谓之无生理则不可。
他又说：
生之理为性。
他此处所谓“生之理”，并不专指生命之理言，而指一切物之生成之理言。此即程颐“性即理也”一语之发挥。从此他把有生之理与无生之理也一线绾合了。他又说：
人物性本同，只气禀异。如水，无有不清。倾放白捥中，是一般色。及放黑椀中，又是一般色。放青梡中，又是一般色。
性如日光，人物所受之不同，如隙窍之受光有大小。人物被形质局定了，也是难得开广。
这是他“气犹相近而理绝不同”的一语之实际的例证。因此我们可以说：朱熹的宇宙论，是“理气混合一元论”，亦可说是“理性一元论”，乃从先秦儒之“德性一元论”演进而来。德性一元，较偏重在德。理性一元，则较偏重在理，其分别殆仅此而已。
于是他又转落到“气质之性”与“义理之性”之分别上。他说：
气质是阴阳五行所为，性即是太极之全体。但论气质之性，则此全体堕在此质之中尔，非别有一性。
这一说，他的意见较近于张载，而稍远于周敦颐。《太极图说》中之太极，只是一阴阳，只是一气。张载《正蒙》始说：太和堕在气质中。所以要如此说，则为他更注意在既堕气质后之理之绝不同处。换言之，则是他注重后天更重于先天。这是他之学统之所以更近二程处。因此他又说：
孟子之论，尽是说性善，至有不善，说是陷溺。若如此，却似论性不论气，有些不备。却得程氏说出气质来接一接，便接得有首尾，一齐圆满了。
他又说：
性非气质则无所寄，气非天性则无所成。
这一说法，似与孟子性善论宗旨有违。因照他说，人生一落到气质，他的性早已有不善，不是陷溺于人生以后之一切环境而始有不善。这一说，遂引起后人许多的诤议。其实孔子已说：“十室之邑，必有忠信如丘者焉，不如丘之好学也。”《中庸》亦说：“择善而固执之。”善虽是性，亦待学而尽。且如性急佩韦，性缓佩弦，急与缓是“气质之性”。佩韦求缓，佩弦求急，此即变化气质。其所求则为“义理之性”。就程朱的思想系统讲，他自有一条贯，似较孟子说更详备了。朱熹又说：
孟子论性似乎不如二程。
这里我们可以看出他思想之细密与大胆处。他又从性转落到心与情，他说：
性者心之理，情者性之动，心者性情之主。
又说：
合如此是性，动处是情，主宰是心。
合如此是理，理则是静的。若照孟子意，应说人心自要如此的始是性。性便有个动向。此刻熹则要把宇宙间有生无生全绾合在一线上，便说成“性即理”，而把这一动向归之情。如此说，可以避免儒家之专侧重在人生论，也可避免老氏之自然观与佛家之虚无观的宇宙论。至于后人疑熹所主乃理气二元，而要改成理气一元论，则不免陷入唯物论一边，实不如熹之圆密。
上面说的是熹在本体论方面的话。说到方法论，工夫论，这便是人生问题了，熹在此方面则全侧重在心。他说：
人多说性方说心，看来当先说心。
他在宇宙论上提出“理绝不同”的一观点，他在人生论上又提出“先说心后说性”的一观点，这全是他思想系统中显大力量有大贡献所在。他又说：
凡学先要明得一个心，然后方可学。譬如烧火相似，先吹发了火，然后加薪，则火明矣。若先加薪而后吹火，则火灭矣。某这里须是事事从心上理会起。
从二程学统讲，先吹火是居敬，再加薪是穷理。这是熹之所以为程门之嫡传。但照熹意见说，他的穷理，要穷到天地间一切万物之理，却不如程颐的穷理，只偏重在集义上。换言之，程颐穷理，还偏重在人生界，在人心义理上，熹则要推扩到宇宙界，穷到宇宙中原始的统一的最高原理之所在。于是才有他有名的《大学格物补传》。他说：
所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理。惟于理有未穷，故其知有不尽也。是以《大学》始教，必使学者即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之，以求至乎其极。至于用力之久，而一旦豁然贯通焉，则众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣。此谓物格，此谓知之至也。
若照他意见，性是心之体，而理则是性之全。所以说：
理者天之体，命者理之用。性是人之所受，情是性之用。
照此所谓的“穷理”，应该直穷到宇宙之大全体。天命流行，落到人身便见性，性之作用发露便是情。这是顺推下来的话。若逆推上去，则他釆用了张载“心统性情”的一语。所以一切工夫与方法，全要偏主在心上。所以他还竭力注重“涵养须用敬”一语。但他不认有所谓心体，他总认为一说心体便落空渺茫了。体只属性与理，如是便注重到外面的事物，便一切着实，不落空。心则是工夫的把柄，但又说心统了性情，便不致把工夫与本体划分了。这是他由二程会通到周、邵、张诸家而始有的他在宋学中一种更广大更圆备的思想体系之完成。
他的说话太多了，而且都有极大胆的创辟话，上面只最粗略地描写他思想体系之一个大轮廓。已在胡宏、张栻两章互详了他的许多话，此下叙述各家思想牵涉到他的，将陆续再有所补充。