若称他意，尽情说了，真怕《六经》也倒了。以后黄震尝说：
朱子谓《易》本卜筮，谓《诗》非美刺，谓《春秋》初不以一字为褒贬，皆旷世未闻之高论，而实皆追复古始之正说。乍见骇然，熟輙心靡。卓识雄辩，万古莫俦。
那真推崇得一些也没过分。他对经学上意见，北宋诸儒中，只有欧阳修、王安石差可追步。连中期诸儒，莫不尊《易》、《春秋》，所见出熹下远甚。他一部《近思录》，一部《论孟集注》与《学庸章句》，算把儒家道统，在他手里重新整顿，重新奠定，那真是万古莫俦的大事业。孔子修《六经》，未必有此事，但他却真修了《四子书》与《近思录》，成为他手里的“六经”。
若我们说，周、张、邵的贡献在为当时儒家建立新的宇宙论，二程贡献在指导身心修养，则朱熹的贡献在开示读书方法。后人有搜集他讨论读书方法成为专书的，这也可说是他在当时学术界的一项大贡献。他弟子黄干说：
其于读书也，又必使之辨其音释，正其章句，玩其辞，求其义。研精覃思，以究其所难知。平心易气，以听其所自得。然为己务实，辨别义利，毋自欺，谨其独之戒，未尝不三致意焉。盖亦欲学者穷理反身，而持之以敬也。
这几句话精简，却把熹教人读书的几项重要方法都提及了。熹极推尊二程，但程颐所谓“格物穷理”，其实只是“致知集义”，而“致知”则只在“思”上用功。熹始会通之于周、邵、张三家，于是格物穷理有了新天地。又加进了“读书明理”，对穷理的途径与方法更圆密了。他读书的范围又极博，极广，他说：
熹旧时亦要无所不学，禅、道、文章、《楚辞》、诗、兵法，事事要学。一日，忽思之，曰：“且慢，我只一个浑身，如何兼得许多。”
他的学问范围，北宋诸儒无一能及。他晚年，注《楚辞》，校韩文，俨然是一文章家。甚至注《参同契》。
方伯谟劝先生少著书，答曰：“在世间吃了饭后，全不做得些子事，无道理。”
同时陈亮也讥笑他说：
广汉张敬夫，东莱吕伯恭，于天下之义理，自谓极其精微，世亦以是推之。其精深纡余，于物情无所不致其尽。而于阴阳卜筮，书画技术，及凡世间可动心娱目之事，皆斥去弗顾，若将浼我者。新安朱元晦论古圣贤之用心，平易简直，欲尽摆后世讲师相授，流俗相传，入于人心而未易解之说，以径趋圣贤心地而发挥其妙。其不得于世，则圣贤之命脉犹在，而人心终有时而开明也。抱大不满于秦汉以来诸君子。然而于阴阳卜筮，书画技术，皆存而信之。岂悦物而不留于物者，固若此乎？予因以见秦汉以来诸君子，犹烦新安之刮剔，而后圣贤之心事，可尽白也。跋晦庵送写照郭秀才序后。
其实这一批评，并不中肯。亮所讥讽于熹的，正是熹之更伟大所在。陈亮的意思好像说，你要做道学先生理学家，便不要再注意这些小玩艺。你要注意这些小玩艺，便不要摆道学先生的面孔。这是程颐“不吃茶不看画”的一套，也正是熹之更胜过程颐处。
熹不仅在心性修养、义理玩索上留心，也不仅在书册诵览、文字著作上努力。他对教育也极热忱。他知南康军，重兴白鹿洞书院，并为亲定教条，可与胡瑗《苏湖学规》媲美。他应接四方来学，也较二程规模遥为扩大精实。黄干说：
从游之士，迭诵所习，以质其疑。意有未偷，则委曲告之而未尝倦。问有未切，则反复诫之而未尝隐。务学笃则喜见于言，进道难则忧形于色。讲论经典，商略古今，率至夜半。虽疾病支离，至诸生问辨，则脱然沉疴之去体。一日不讲学，则惕然常以为忧。抠衣而来，远自川蜀。
干曾亲劝他且谢宾客，将息养病。他说：
天生一个人，便须着管天下事。若要不管，须是如杨氏为我方得。某却不曾去学得这般学。
他又说：
人每愿不见客，不知他是如何？若使某一月日不见客，必须大病一月。
他身后，门徒各记平日问答，分类纂辑成《语类》一百三十卷，共分五十目。其门类之广博，讨论之精详，也是至可惊人。
他在政治上，自筮仕以至属纩，五十年间，仕于外者仅九考，立朝才四十日。然较之周、邵、张、程，他所过的政治生命最长，而且政绩也比周敦颐、程颢为大。他上孝宗封事，力言对金有不共之仇，万无可和之理，为南宋第一篇大文字。他又曾创始了“社仓制”，又注意到吕大临的《乡约》。
他的私人生活，初居崇安五夫，筑书院于武夷之九曲，榜曰紫阳。后筑室建阳芦峰之巅，曰云谷，其草堂曰晦庵。自号云谷老人，亦曰晦庵或晦翁。晚居考亭，作精舍，曰沧州。自号沧州病叟。韩侂胄陷赵鼎，且创伪学之名，熹草疏万言斥之。诸生力谏，筮得《遁》之《同人》，因焚稿，号遁翁。今读其诗文集，有关庵亭建筑及日常起居诸题咏，却又活现一幅高人雅士相。
但他的学问，包罗得太广大了。同时江西陆九渊，即持异见，后世称为朱陆之异同，为中国下半期学术思想史上最大一争端。东莱吕祖谦，与熹为密友，亦不能无歧见。永康陈亮，永嘉薛季宣、叶适，瑞安陈傅良，都和他持异。明代王守仁，上承陆学，因熹《大学格物补传》重掀起学术思想史上之大辩论。明儒中，即最服膺熹的罗钦顺，也对他的理气论表示驳议。下及清儒，如颜元、戴震，更对熹有极激烈的攻击。在经学上，清儒亦隐然与熹作对垒。此因宋学乃中国下半期学术思想之总起点，而熹则为宋学中之集大成。自熹以后，学术思想便有分道扬镳之势，而无论走那一方向的，都会触及熹学之壁垒。无论如何，他是这一期间最伟大最主要的一个中心人物了。
此下再简要地叙述他思想之大体。
问：“理在气中，发见处如何？”曰：“如阴阳五行，错综不失条绪，便是理。若气不结聚时，理亦无所附着。”
这是他根据周敦颐《太极图》，又增入二程“理”的观念，而组织成的他自己的宇宙论。宇宙只是一“气”所充塞运行而形成，惟气之充塞运行中自有理。
或问：“理在先气在后？”曰：“理气本无先后之可言。但推上去时，却如理在先气在后相似。”
他既说“理在气之中”，又说“理气本无先后可言”，为何又偏要说“理在气先”呢？这在他的思想体系中，也有一番不得已，须看他下面话始知。他从宇宙原始的理气论，转落到宇宙实际事物上则说：
论万物之一原，则理同而气异。观万物之异体，则气犹相近，而理绝不同。
何以说“理同而气异”呢？
以其天命流行，只是一般，故理同。以其二五之气，有清浊纯昏，故气异。
此就先天禀赋与万物之初的一段说。何以说“气犹相近而理绝不同”呢？这就后天万物已得其所禀赋之后的一段说。
以其虽有清浊之不同，而同此二五之气，故气相近。以其昏明开塞之甚远，故理绝不同。
本来周敦颐《太极图说》，是主张动静互为其根的，现在熹加进了邵雍先天、后天的见解，便变成先天一“理”化成了后天的“气”之万变。程门本有“理一分殊”之说，熹讲学，则着重在“分殊”上，因此不得不更着重保持“理一”的观念。否则专讲分殊，便会把思想路径分散了，变成无头脑，无系统。此是熹必然要主张“理先于气”说之苦衷。但他所谓“理先于气”之理，虽近似于张载《正蒙》之“太和”，而亦微有不同。因熹所谓理，是主宰着气的；而张载之所谓太和，则只是气的一种理想的境界。这是熹运用二程观点，来融会周、邵、张三家所得的结论。他要教人注意在事物之实际分殊上，而同时莫忽忘其背后统一的最高原理之一境界。这是他思想体系中，最着精神与最费分疏处。所以他又说：