《易》曰：“穷理尽性。”即穷吾性之理也。阳明说致良知，才是真穷理。
慎行又继此致辨到理义与气数上，从人生界推进到宇宙界。他说：
今人言天命，多以理义气数并言。“维天之命，于穆不已”，夫所谓不已者何也？理义立，则古今旦暮，相推相**其间而莫之壅阏者气也。理义行，而高下长短，日乘日除其间而莫之淆混者数也。故曰：“至诚无息”，谓理义之纯而无息，而气数为之用也。
又说：
世说天命者，若除理义外，别有一种气运之命杂揉不齐者然。因是则有理义之性，气质之性。又因是则有理义之心，形气之心。三者异名而同病。总之，不过为为不善者推解。以是有变化气质之说。夫气质善，人顺之使善，是以人合天，何极易简？若气质本有不善，而人欲变化之使善，是以人胜天，何极艰难？且使天而可胜，则荀子矫性为善，其言不谬矣。孟子曰：“天之高也，星辰之远也，苟求其故，千岁之日至，可坐而致也。”是天之气运之行，无不齐也，而独命人于气运之际，顾有不齐乎哉？
又曰：
万有不齐之内，终有一定不移之天。天无不赏善，无不罚恶，人无不好善恶恶，故曰：“天命之谓性。”
又曰：
天理之流行即气数。善降祥，不善降殃，正莫之为而为，莫之致而致者。常人不知祸福，正为见善不明。
黄宗羲说之曰：
一气之流行往来，必有过不及，故寒暑不能不错杂，治乱不能不循环。以人世畔援歆羡之心，当死生得丧之际，无可奈何而归之运命，宁有可齐之理？然天惟福善祸**，其所以福善祸**，全是一段至善。一息如是，终古如是，否则生理灭息矣。
通观慎行前后诸说，他是一位彻头彻尾主张性善论的人。宋明六百年理学，主要精神，自在排佛申儒上；但他们却摆脱不掉佛学思想里，把一切分成本体与现象作双层看法的那一点。这一种分别本体与现象的看法，即西方自希腊以至近代欧洲的哲学思想大体亦如是。只中国先秦传统则不然。但宋明理学，却永远陷在这双层看法的圈套里，周、张、程、朱都如此，王守仁晚年，也不免陷入此格套。只有陆九渊，最能避免这一点。但他论心不论性，思想体系未圆密，所以高攀龙要说他粗。慎行却把这一格套全部纠正过，义理与气数之合一，便不是理气二元了。“义理之性”与“气质之性”之合一，那便是天人合一了。道心与人心之合一，便没有心本体的麻烦了。中和已发未发的新解释，便不再要“主静立人极”，来向里寻找一本体了。到他手里，才把宋明再挽到先秦。他所用一切论题，则全是宋明的，但他的观点，却全是先秦的。因此我们可以说，他的思想体系，告诉了我们宋明理学最后的归宿，而同时却是此后新思想新体系之新开端。
钱一本字国端，武进人，学者称启新先生。他曾以敢言朝政，招致廷杖与削籍。他与顾宪成分主东林讲席，所讲有许多与孙慎行相通。他曾说：
告子曰：“生之谓性”，全不消为，故曰：“以人性为仁义，犹以杞柳为桮棬。”此即禅宗无修证之说。不知性固天生，亦由人成，故曰“成之者性”。又曰“成性存存”。世儒有专谈本体而不说工夫者，其误原于告子。
他又说：
有性无教，有天无人，如谷不苗，如苗不秀，如秀不实。不是有一般天道，又有一般人道。有一般不勉而中不思而得从容中道之圣人，又有一般择善固执之贤人。如无人道之择执，其所中所得，只如电光石火之消息，天道且茫如，而唯圣罔念亦狂矣。
这一说，为后来王夫之所力持。黄宗羲曾说：一本之学，多得力于王时槐，而夫之则以之会通于张载。张载有“为天地立心，为生民立命”的主张，似乎太偏重在人道上，为二程所不契。一本之说，黄宗羲亦加以驳议，谓：
性为自然之生理，人力丝毫不得而与，故但有知性，而无为性。圣不能成，愚不能亏，以成亏论性，失之矣。
自然生理，有为而非知，故说无为，但却有“成亏”，黄说非真能了解一本的见解。一本说：
圣贤教人下手，树艺五谷，五谷熟而民人育。异端教人下手，芟柞荑稗，谓了妄即真，恐天下并无荑稗去就有五谷熟之理。
所以他又说：
圣学率性，禅学除情，此毫厘千里之辨。
大概一本与宗羲两家歧见，还是一偏在本体上，一偏在工夫上。陆、王讲学，往往说只要减，不要添，即程颢也如此。若照一本意见，则此种说法仍会有毛病。故他又说：
把阴阳五行全抹杀，光光要寻得太极出来，天下无如此学问。徒遏欲，非所以存理。长存理，乃所以遏欲。
他又说：
唯圣人然后可以践形，学不在践履处求，悉空谈。
他又说：
周子《太极图说》，于孔子“易有太极”之旨，微差一线。程、张“气质之性”之说，于孟子“性善”之旨，亦差一线。韩子谓：“柯之死，不得其传”，亦千古眼也。
他又说：
朱子于《四书集注》，悔其误己误人不小，又欲更定《本义》而未能。后人以信守朱说为崇事朱子，此徒以小人之心事朱子耳。
这是明说周、程、张、朱没有得孔、孟之真传，这可谓是东林诸贤中最大胆的伟论。此下明遗民都有此倾向，王夫之、颜元，全沿这一路。惟颜元较偏激。于此一本又特提一“才”字。他说：
孟子据才以论性，人所为才，既兼三才，又灵万物。人无有不才，才无有不善。以体谓之才性，以用谓之才情，以各尽其才，各成其才。其全谓之才德、才贤、才品、才能，其偏亦谓之才质、才气、才智、才技、才调，并无有不可为善之才。告子不知有所谓才，故其论性，或等之梗直之杞柳，或比之无定之湍水，或以为不过食色而夷之物欲之中，或并欲扫除仁义而空之天理之外。但知生之为性而不知成之为性，即同人道于犬牛而有所弗顾。孟子辞而辟之，与孔子继善成性之旨，线不移。宋儒小异，或认才禀于气，又另认有一个气质之性，安知不堕必为尧舜之志？此忧世君子不容不辨。
这里一本特提一“才”字，惟其才善，所以说性善。宋儒言性以天理，于是有人欲与天理相对立。一本言性以才，则人无有不才，只有大小之别，这亦如王守仁黄金成色与分量的譬喻。但守仁不免太看重在成色上，好像把成色与分量分开了。其实离开分量，又那里见成色？