秋，七月十日，卢循从蔡洲南归寻阳，留其党羽范崇民率五千人据守南陵。
七月十四日，刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵人蒯恩、中军咨议参军孟怀玉等率众追卢循。
18七月十五日，北魏主拓跋嗣回到平城。
19西秦王乞伏乾归讨伐越质屈机等十几个部落，降其众二万五千人，迁徙到苑川。八月，乞伏乾归再次定都苑川。
21刘裕回到东府（京口），大治水军，派建威将军会稽人孙处、振武将军沈田子率众三千人从海道袭击番禺。沈田子，是沈林子的哥哥。众人都认为：“海道艰远，不一定能安全抵达，况且分散兵力去打番禺，并不是现在的急务。”刘裕不听，对孙处说：“大军十二月初必破妖虏，你到了番禺，先捣了他的巢穴，让他走无所归。”
22谯纵派侍中谯良等入见于后秦，请兵以伐晋。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率众二万入寇荆州；后秦王姚兴派前将军苟林率骑兵前往会师。
江陵自从卢循东下之后，就得不到建康消息，群盗互起。荆州刺史刘道规派司马王镇之率天门太守檀道济、广武将军彭城人到彦之入援建康。檀道济，是檀祗的弟弟。
王镇之到了寻阳，被苟林击破。卢循接到消息，任命苟林为南蛮校尉，配属给他一部分军队，让他乘胜攻伐江陵，声言徐道覆已攻克建康。桓谦在路上招募过去恩义相结的旧部，士民投奔他的有二万人。桓谦屯驻枝江，苟林屯驻江津，二寇交逼，江陵士民多怀异心。刘道规于是集合将士，宣告说：“桓谦就在附近，我听说诸长者颇有去投奔他的意思，我们东边来的文武官员，也足以应付，如有想去投桓谦的，我不禁止。”于是夜里打开城门，通宵不闭。众人都畏服，没有离开的。
雍州刺史鲁宗之率众数千从襄阳奔赴江陵。有人说不知道鲁宗之到底站在哪一边，刘道规单马前往迎接，鲁宗之感动喜悦。刘道规命鲁宗之镇守江陵，委以腹心，自己率诸军出城，攻打桓谦。诸将佐都说：“如今远出讨伐桓谦，未必能胜。苟林近在江津，观察城中动静，如果来攻城，鲁宗之未必守得住；一旦有什么差错，大事去矣。”刘道规说：“苟林愚蠢懦弱，没有什么奇计，认为我离城并不远，必定不敢来攻城。我现在去攻取桓谦，大军一到，马上就取得胜利；苟林还在犹疑之间，我已经回来了。桓谦败，则苟林破胆，他哪里敢来！况且鲁宗之独自守城，就撑几天还撑不住吗！”于是驰往攻桓谦，水陆齐进。桓谦等大陈舟师，兼以步骑兵，双方战于枝江。檀道济一马当先，冲锋陷阵，桓谦等大败。桓谦单船逃奔苟林，被刘道规追上，斩首。转头回来，到了涌口，讨伐苟林，苟林逃走，刘道规派咨议参军、临淮人刘遵率众追击。
当初，桓谦到了枝江，江陵士民都写信给桓谦，通报城内虚实，主动要做内应；这回在桓谦大营缴获了这些信件，刘道规一封也不看，全部焚毁，于是人心大安。
桓石绥乘着卢循入寇，在洛口起兵，自号为荆州刺史，微阳县令王天恩自号为梁州刺史，袭据西城。梁州刺史傅韶派他的儿子、魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等，全部斩首，桓氏于是灭族。傅韶，是傅畅的孙子。
24西秦王乞伏乾归攻打后秦略阳、南安、陇西诸郡，全部攻克，迁徙人民二万五千户于苑川及枹罕。
25九月五日，北魏葬拓跋珪于盛乐金陵，谥号为宣武，庙号烈祖。
26刘毅坚决请求去追讨卢循，长史王诞对刘裕密言说：“刘毅既已丧败，不宜再给他机会立功。”刘裕听从。冬，十月，刘裕率兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等南击卢循，任命刘毅为监太尉留府，后方的事都委托给他。十月十四日，刘裕从建康出发。
27徐道覆率众三万人直奔江陵，突然出现在破冢。当时鲁宗之已经回襄阳，追他回来，已来不及，人情大震。又有传言说卢循已平定建康，派徐道覆来做刺史，江、汉士民感激刘道规之前焚毁他们与桓谦通信的恩德，不再有二心。刘道规派刘遵出城，另成一支机动部队，自己率军到豫章口迎战徐道覆，前锋作战失利；刘遵从外拦腰横击，大破徐道覆军，斩首一万余级，剩余的投水淹死殆尽。徐道覆单船逃回湓口。当初，刘道规派刘遵为游军，众人都认为强敌在前，就怕兵少，不应该再分散兵力，并且置之于无用之地。等到击破刘道覆，全靠游军之力，众人这才心服。
【华杉讲透】
关键时刻要出奇制胜
这是兵法的标准战术，叫分战法，无论兵多兵少，都要分兵，不能并在一处。《孙子兵法》说“以正合，以奇胜”，“奇”不念qí，念jī，正兵合战，最后靠奇兵取胜。正兵、奇兵如何定义呢？曹操说：“先出为正，后出为奇。”先出战的是正兵，后出战的是奇兵。奇兵，就是机动部队、预备队。豫章口之战，就是教科书式地完美演绎了这句话。刘道规先出战，为正兵；刘遵在旁边埋伏等候，为奇兵。开始时，以正合，正兵合战；到了关键时候，以奇胜，刘遵奇兵出击，取胜。
28鲜卑仆浑、羌句岂、输报、邓若等部落率二万户人家投降西秦。
29晋国辅国将军王仲德等听闻刘裕大军将至，进攻叛军将领范崇民于南陵，范崇民将战舰分别屯驻长江两岸。十一月，广川太守刘钟亲自前行侦察敌情，天降大雾，贼军用铁钩钩住了他的战船。刘钟乘势率左右攻打敌舰，贼军于是关闭水寨户拒挡。刘钟于是徐徐退还，与王仲德合兵攻打范崇民，范崇民退走。
31卢循的广州守兵完全想不到晋军会从海路进攻，毫无防备。十一月二日，孙处等人率兵从海路坐船突然抵达，正好天降大雾，四面攻城，当天就攻下番禺。对外安抚居民，对内屠戮卢循亲党，勒兵驻守，分派沈田子等攻打岭南诸郡。
刘裕与卢循决战雷池
32刘裕驻军在雷池，卢循声言不攻雷池，当径直东下。刘裕知道他想决战了。
十二月一日，刘裕进军大雷。
十二月二日，卢循、徐道覆率众数万，舰船塞满江面，顺江而下，前不见头，后不见尾。刘裕出动所有轻量级船舰，率众军齐力攻击；又分步骑兵屯于西岸，岸上军投火焚烧叛军舰船，烟炎涨天。卢循兵大败，退走寻阳；准备往豫章移动，于是全力在左里构筑栅栏，截断航道。
十二月十八日，刘裕军到了左里，不得前进。刘裕麾兵将战，所执指挥旗的旗杆突然折断，指挥旗沉入水中，众人都惊骇恐惧。刘裕笑道：“当年覆舟之战（讨伐桓玄时，在覆舟打败桓谦），旗杆也是折断，今天又是，必能击破贼军。”即刻攻栅而进。卢循兵虽然殊死战斗，也不能抵挡。卢循单船逃走，所杀及投水淹死者一万余人。刘裕接纳投降的人，宽恕被逼迫裹挟参加的变民，派刘藩、孟怀玉轻军追击。
卢循收集散卒，尚有数千人，直接回番禺；徐道覆则逃回始兴。
刘裕任命建威将军褚裕之代理广州刺史。褚裕之，是褚裒的曾孙。
刘裕回到建康。刘毅厌恶刘穆之，每每从容与刘裕说刘穆之权太重，刘裕则更加亲信任用刘穆之。
【华杉讲透】
不要把一个人的决策，搞成两个人的摇摆决策
卢循之败，败在没有一以贯之的决心和战略，其背后的原因是出兵建康不是他的本意，而是在徐道覆的坚持下，顺从了徐道覆的意见。但是，在顺从之后，他并没有放弃自己的想法。所以，卢循起事，并没有一个坚强领导的主心骨，而是他和徐道覆两个人的意见在纠结。再碰上一个对手是刘裕，就败了。
第一次，徐道覆建议出兵建康。卢循不愿意，徐道覆说你不去我自己去！我带始兴的部队去。卢循就顺从了姐夫徐道覆的意见。
第二次，听说刘裕已经赶回，卢循吓得马上要撤退。徐道覆认为要乘胜前进，卢循犹豫了几天，也就是耽误了几天时间，最后还是顺从了徐道覆。
第三次，徐道覆要求焚毁船舰，全军登陆决战。这一回，为什么就无法说服卢循了呢？因为这是破釜沉舟，背水一战，断了退路。卢循的顺从是有前提的，就是始终留有退路——或者说，他以为还有退路。
我们从这里要学到的是，决策者可以乾纲独断，自己拿主意，也可以舍己从人，听别人的。但是，一定不要把一个人决策，搞成两个人摇摆决策。卢循这种容易顺从他人意见，又不能把自己彻底交出去的毛病，是很典型的。
33北燕广川公冯万泥、上谷公冯乳陈，自以为是宗室，又有大功，应当入朝为公辅。北燕王冯跋认为他们所镇守的藩国责任重大，很久都没有征召他们，二人皆有怨愤。这一年，冯乳陈秘密派人对冯万泥说：“我有重大计谋，愿与叔父商量。”冯万泥于是直奔白狼，与冯乳陈一起叛变。冯跋派汲郡公冯弘与张兴将步骑兵二万人讨伐。冯弘先派使者，晓谕祸福；冯万泥想要投降，冯乳陈认为不可。张兴对冯弘说：“贼明日出战，今夜必来惊我营，应该防备。”冯弘于是秘密安排人捆扎干草十束，准备火种，伏兵以待。当夜，冯乳陈果然派壮士一千余人来劫营，霎时间火把俱燃，伏兵邀击，俘虏斩杀，一个不留。冯万泥、冯乳陈惧而出降，冯弘将他们都斩首。冯跋任命范阳公冯素弗为大司马，改封辽西公；冯弘为骠骑大将军，改封中山公。