刘勃勃又派他哥哥的儿子、左将军罗提攻拔定阳，坑杀将士四千余人。后秦将领曹炽、曹云、王肆佛等各率部众数千家向内迁徙，姚兴将他们安置在湟山及陈仓。
刘勃勃入寇陇右，击破白崖堡，直指清水，略阳太守姚寿都弃城逃走，刘勃勃将当地百姓一万六千户迁徙到大城。姚兴从安定追击，一直到寿渠川也未能追上，还师。
9当初，南凉王秃发傉檀派左将军枯木等攻伐北凉沮渠蒙逊，掳掠临松百姓一千余户而还。沮渠蒙逊讨伐南凉，到了显美，又迁走数千户人家。南凉太尉秃发俱延再讨伐沮渠蒙逊，大败而归。
本月，秃发傉檀亲自率五万骑兵讨伐沮渠蒙逊，战于穷泉，秃发傉檀大败，单马奔还。沮渠蒙逊乘胜进兵，包围姑臧，姑臧人想起王钟案牵连诛杀之残酷（参见公元408年记载，杀五千人那次），都惊恐溃逃，夷人、汉人一万余户投降沮渠蒙逊。秃发傉檀惧，派司隶校尉敬归及其儿子敬佗做人质，向沮渠蒙逊请和，沮渠蒙逊同意。敬归到了胡这个地方，趁机逃回来，敬佗被追兵抓获，沮渠蒙逊迁徙其部众八千余户人家而去。
【华杉讲透】
统治者失败是因为不够凶狠
墙倒众人推，树倒猢狲散。战乱时代，暴力和军事胜利是政权合法性的唯一来源，一旦打败仗，就众叛亲离。司马光说姑臧人惊溃投降是因为想起王钟案的残酷，是史家的一种用心，希望以此为警诫，教导人仁义，不要凶残。但是，那并不是真因，真因是秃发傉檀打了败仗。我们倡导仁义，但历史并非总是邪不压正，也常常是正压不住邪，统治者的失败，往往不是因为他不够仁义，而是因为他不够凶狠。
在这样的时代，一步都不能退，只能靠坚强的意志，以必死之心，战斗到底。秃发傉檀撤出姑臧，他后脚刚出城门，城内就叛变了。他的退缩，进一步削弱了自己。
10刘裕到了下邳，以船载辎重，自己率精锐部队步行南归。到了山阳，听闻何无忌败死，担心京邑失守，于是卷起盔甲，昼夜兼行，与数十人先到了长江边，向行人打听朝廷消息，行人说：“贼军尚未抵达，如果刘公回来，便无所忧。”刘裕大喜。准备渡江，风高浪急，众人都感到为难。刘裕说：“若天命助国，风当自停；如果天不助国，我们翻船淹死也没多损失什么！”即刻下令上船，船刚刚开出，风就停了。刘裕过江，到了京口，人心大安。
夏，四月二日，刘裕抵达建康。因江州沦陷，上表承担责任，送还印信辞职，皇帝下诏不许。
【华杉讲透】
接着前面的话题，刘裕说：“若天命助国，风当自息；若其不然，覆溺何害！”这就是英雄的心态，始终把自己的生命安全放在第二位，而把事业放在第一位。不是说这样才能成功，因为死亡的概率要大得多，刘裕已经有很多次机会可能成为“先烈”了，他只是一个幸存者而已。这就是天命，所谓知天命，就是知道“我命由天不由我”，那么就只聚焦于目标，而不求保命了，因为不是你想要保命就能保得住的。
卢循击破刘毅，建康陷入危机
11青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜各自将兵入卫建康。刘藩是兖州刺史刘毅的堂弟。刘毅听闻卢循入寇，准备迎战，却突然生病；病好之后，准备出兵。刘裕写信给刘毅说：“我之前曾与卢循交战，知道他们的千变万化。贼军新获胜利，其兵锋不可轻视。等我修船完毕，与弟同时举兵。克平之日，长江上游之任，全部委托给你。”又派刘藩前往晓谕制止。刘毅怒，对刘藩说：“当初起义，只不过是以一时的功劳推举他为盟主而已，你还当我真不如刘裕吗！”把刘裕的信扔在地上，率水师二万人从姑孰出发。
五月七日，刘毅与卢循战于桑落洲，刘毅兵大败，弃船，与数百人步行逃走，余众全部被卢循俘虏，所抛弃的辎重堆积如山。
当初，卢循到了寻阳，听闻刘裕已回，还不信；击破刘毅之后，才从俘虏口中证实了这个消息，与其党相视失色。卢循想要退回寻阳，攻取江陵，占据二州以对抗朝廷。徐道覆说应该乘胜径进，并坚持自己的观点。卢循犹豫数日，还是听从了徐道覆的意见。
五月八日，晋国大赦。刘裕招募士兵，酬赏的规格与当年讨伐桓玄时相同。又征发民夫修治石头城。有人说应该分兵把守诸渡口和要塞，刘裕说：“贼众我寡，如果分兵屯守，容易被人看出虚实；而且一处失利，则三军沮心。如今我军集聚在石头城，哪里需要就往哪里去，既让贼军不知道我们人数有多少，又不会让兵力分散。如果各地勤王军都赶到，那又另当别论。”
朝廷听闻刘毅兵败，人情纷扰惊惧。当时北伐部队刚刚回来，将士多伤病，建康战士不过数千人。卢循既攻克江州、豫州两地，战士十余万，舟车绵延不绝一百里，楼船高十二丈，败退回来的士兵争言贼军强盛。孟昶、诸葛长民想要带着皇帝过江，刘裕不听。
当初，何无忌、刘毅向南讨伐卢循时，孟昶预言说他们必败，已而果然。这次，孟昶又说刘裕必定不能战胜卢循，众人颇为相信。唯有龙骧将军、东海人虞丘进在御前会议上当面驳斥孟昶等，以为不然。
中兵参军王仲德对刘裕说：“明公应上天之命，为帝国之辅佐，又新建大功，威震六合，妖贼本是乘虚入寇，收到您凯旋的消息，自当奔溃。如果明公自己遁逃，则势同匹夫，匹夫的号令，谁还会听呢！如果决定撤退，我现在就告辞。”刘裕听了，非常高兴。
孟昶还在坚持，刘裕说：“如今江州、豫州两大重镇倾覆于外，强寇逼到了家门口，人情危骇，没有坚固的意志；如果我们一旦迁动，便自然土崩瓦解，哪里还逃得到江北！就算能够逃到，也不过是苟延残喘而已。如今兵士虽少，也足以一战。如果成功，则君臣同安；如果厄运必至，我当横尸于宗庙之门，完成我以身许国之志，必定不能窜伏于草莽之间，苟且偷生。我计已决，你不要再说了！”孟昶愤恨他的建议不被接受，并且认为必败，于是请死。刘裕怒道：“你且看我打完这一仗，再死也不晚！”孟昶知道刘裕终究不用他的建议，于是抗表自陈说：“刘裕北伐，众臣并不赞同，唯有我赞成他去，致使强贼乘间来袭，社稷危逼，这是我之罪也。谨此引咎以谢天下！”封好奏表，服毒而死。
刘裕面临的是跟之前秃发傉檀一样的情况，他如果撤出建康，建康也可能像姑臧一样，马上就有人献城投降了。卢循再派兵追击，他们未必跑得掉。
有意思的是孟昶，居然自杀了。这是为什么？一是胜心，二是求名。
胜心，是一定要按他的意见办，如果不按他的意见办，他就认为自己输了。这种人，在各种会议上经常遇见，他不是求真理，不是求组织的成功，而是求执行自己的意志。如果他认为某个方案会失败，而组织最终采纳了那个方案，他就会希望组织失败，来证明他是对的。
当孟昶发现刘裕铁了心，他的意见不会被采纳之后，他为什么自杀呢？他是以死求名，以死来赌一个千古留名。如果刘裕真败了——他认为这是必然的，或者至少是大概率事件吧——他这抗表自杀，死谏，就千古留名了。
历史上以死求名的人多得很，我们不断会遇到。人并没有那么珍惜自己的生命，很多东西都愿意拿命去换。
12五月十四日，卢循到了淮口，建康城内外戒严。琅邪王司马德文都督宫城诸军事，屯驻中堂殿亭，刘裕屯驻石头城，诸将各有屯守任务。刘裕的儿子刘义隆才四岁，刘裕命咨议参军刘粹辅佐他，镇守京口。刘粹，是刘毅的族弟。
刘裕见百姓站在江边观望贼军，觉得奇怪，问参军张劭，张劭说：“如果您没回来，人民奔散逃亡还来不及，哪能观望？现在他们不再害怕。”（张劭哄刘裕开心，百姓不是害怕不害怕，围观看热闹，是百姓的本性。再说这争权夺利的战争，都打来打去好多回了，谁输谁赢，他们都是胜利者的战利品而已，看热闹是他们最好的选择。）
刘裕对将佐们说：“贼军如果从新亭直进，其锋不可当，应当回避，胜负还不可预测；如果他们回泊西岸，那就要被我擒了。”
徐道覆建议在从新亭到白石的路上焚毁舟舰，全军上岸，数道攻打刘裕。卢循却想要万无一失之计，对徐道覆说：“我大军未至，孟昶便望风自裁；以大势来看，几天之内，他们自己就会崩溃。如今决胜负于一朝，投机求利，既非必克之道，而且杀伤士卒，不如按兵不动，等待变化。”徐道覆见卢循多疑，不能决断，长叹说：“我终为卢公所误，事必无成；如果我能够为一位英雄所驱使，不担心不能平定天下。”
刘裕登石头城眺望卢循军，初见引向新亭，回顾左右，恐惧失色；既而见贼军回头停泊在蔡洲，才高兴起来。于是各路兵马向石头城集合。刘裕担心卢循突袭，用虞丘进的计策，砍伐树木，将石头城和淮口（秦淮河入长江口）全部用木栅封锁，修治越城，兴筑查浦、药园、廷尉三座堡垒，都派兵驻守。
13北魏长孙嵩讨伐柔然，挺进至漠北而还，柔然追击，在牛川将长孙嵩包围。五月二十一日，北魏主拓跋嗣北击柔然。柔然可汗郁久闾社仑听闻，逃走，死在路上；他的儿子郁久闾度拔年纪尚幼，部众立郁久闾社仑的弟弟郁久闾斛律，称蔼苦盖可汗。拓跋嗣引兵回参合陂。
14卢循伏兵南岸，使老弱乘舟向白石，声言全军从白石步行前进。刘裕留参军沈林子、徐赤特戍卫南岸，截断查浦道路，下令坚守勿动；刘裕及刘毅、诸葛长民率军北上拒战。沈林子说：“妖贼此言，未必是实，要严密防备。”刘裕说：“石头城地势险要，而且淮口工事坚固，留你在后，足以守卫。”沈林子，是沈穆夫的儿子。
五月二十九日，卢循纵火焚烧查浦，进军到张侯桥。徐赤特准备出击，沈林子说：“贼军声言要进攻白石，却屡次来我们这儿挑战，可以看出他们的用心。敌众我寡，不如守险以待大军。”徐赤特不听。于是出战，卢循伏兵发动，徐赤特大败，单船逃奔淮北。沈林子及将军刘钟据栅力战，朱龄石救援，贼军才撤退。卢循率大量精兵前进，到了丹阳郡。刘裕率诸军驰还石头城，斩徐赤特，解甲休整，得到充分休息后，出城在秦淮河南岸列阵。
15六月，朝廷任命刘裕为太尉、中书监、加黄钺；刘裕接受黄钺，其他官职坚决推辞。任命车骑中军司马庾悦为江州刺史。庾悦，是庾准的儿子。
16司马国璠及其弟弟司马叔璠、司马叔道投奔后秦（之前逃奔南燕，见公元406年记载，南燕亡，再奔后秦）。后秦王姚兴说：“刘裕刚刚诛杀桓玄，辅佐晋室，你们为什么到我这里来？”回答说：“刘裕削弱王室，臣宗族之中稍有才能的，刘裕就动手铲除。他是国患，甚于桓玄。”姚兴任命司马国璠为扬州刺史，司马叔道为交州刺史（都是虚职，因为扬州、交州都不在后秦治下）。
17卢循寇掠诸县，一无所得，对徐道覆说：“部队疲惫了，不如回寻阳，并力取荆州，据天下三分之二，再慢慢与建康争衡。”