陈独秀到石墙院后不久便舍玉米缨而每日改为用胡豆花泡水喝了。胡豆花泡水喝可治高血压，是附近双石场上一个土郎中告诉他的单方。陈独秀喝过一段时间的玉米缨水，效果不大，如今是病急乱投医，反正胡豆花也不需要钱。
拖到五月下旬的一天上午，陈独秀终于在写作时突然昏倒在地。潘兰珍吓得大叫，乱了方寸。
杨庆馀赶忙喊来滑竿，将陈独秀抬进了县城。邓仲纯也紧张了，当天的下水轮船已过，他立即跑到江边，雇了一条“双飞燕”，将陈独秀抬上船去，由他和潘兰珍陪护，连夜漂到了重庆，送进了宽仁医院。
经周纶、曾定天两位名医全力治疗，数日后，陈独秀的病情方得缓解。
重庆时为陪都，报纸众多，记者遍地，陈独秀到渝治病，马上被数家报纸透露出去。这一下，宽仁医院便闹热了。国共两方张继、朱家骅、郑学稼、张国焘、董必武、朱蕴山等纷纷前来探望，柳亚子、张澜、黄炎培、鲜英也来了。陈独秀与他们交谈时，依然不失大家风度，对流亡之中遭受的屈辱以及生活上窘迫，不仅只字不提，反而有意加以美化渲染，以此维护自己的形象。
知识分子的禀性如此，奈何？
抗战已进入了最艰苦的岁月，作为国民党中央政府所在地的重庆，更是遭到了日寇长达数年的轮番轰炸。重庆城区，早已被炸得来面目全非，到处是废墟。
地处上清寺的宽仁医院是一所设备条件尚可，主要是供政府机关人员诊治的医院，与其他的机关一样，医院里也有自己修建的防空洞。陈独秀在这次住院期间，就跑过几次警报，尝到了躲在阴暗潮湿的防空洞里听飞机尖啸，炸弹爆炸的恐怖滋味。而刚进六月这一次躲警报，医院没出事，重庆市中区却发生了一场惨绝人寰的大悲剧！
陈独秀、潘兰珍是六月二日晚间听见警报响起后才随着医院的人员躲进防空洞的，直到六月六日清晨警报解除后才出来。不一会儿，就传来了较场口大防空洞闷死上万市民的噩耗。
周纶医师也奉紧急命令率领一个医疗救护队赶往现场去了。两日后回来，陈独秀总算从他口中了解到一些真实的情况。
周纶一进病房，便将门关上，向着陈独秀连声道：“惨！惨我周纶行医几十年，对死人可说是见惯不惊，可这次也不忍多看。”
周纶说，较场口防空洞是市政府工务局和防空管理委员会集资修建的，历时近两年才完工，今年初刚交付使用。因主要是提供给市中区各条街道居民躲避空袭之用，所以施工技术粗糙，装备极为间陋，不仅没有气孔与通风设备，甚至连水管，两旁的坐凳也没有，人称“进洞受罪，出洞没命”。二日晚间警报一响，就从十八梯、演武厅、石灰市三个洞口拥进去一万多人。惨案发生的时候，实际上已是敌机空袭，尚未解除警报的第三天晚上了。敌机连续轮番轰炸，迫使防空当局摸不清虚实，不敢发解除警报的信号。时值初夏，久晴不雨，天气极其闷热，上万男女挤在洞子里长达三天两夜，水米不进，许多人难忍其苦，争相涌到洞门口，渴望呼吸一下新鲜空气。有的人甚以不顾死活，大声呼喊管理防空洞的守备队打开大门，让里面的人出去透透气。三处洞门，统一是用极粗大的木料做成的木栅栏，只能向内开启。平时洞口人少，尚有开启余地，而此时洞口已是人山人海，根本无法打开。于是人重人，人压人，堆积如山，叫喊哭嚎之声不绝。不久，被压在下面的人多已毙命，堆积在上面的人相互纠缠，声嘶力竭，亦也奄奄一息。至此，洞门既被人山堵塞，洞内通风受阻，空气更加稀薄，缺氧更加严重，老弱妇孺无力向洞口处挤近，纷纷窒息而亡，反而有极少数匍匐于洞内深处者，靠洞壁上的滴水浸润而幸存了下来。
陈独秀问：“外间传闻死者上万，你亲到了现场，可知究竟有多少？”
周纶道：“实在数字，我也说不上来，我奉命带人到十八梯洞口处参加救护，实际上能救而护之的已属极少数。当局为封锁现场，出动大批警察、国民兵团团员和汽车搬运尸体。他们手持斧头、钉耙、锄头，砍烂木栅栏，进洞搬运尸体。起初是一个一个地挖运，一个一个往外抬，继而见窒息死亡者周身绵软，如一大盆死鱼鳅，万头如瓜铺地，一挖即烂，一拖即断。加之洞中屎尿内脏遍地，恶臭难闻，遂改用长麻绳穿入群尸，一捆一捆地将死者往外拖出洞外，扔上车厢运走。车辆络绎不绝，往复不停，足足运了一天，经民权路、民族路、小十字、朝天门，再过河运往江北黑石子沙滩上掩埋。据我观察了解，仅十八梯洞口一处，死者就不下三千人”
接下来的日子里，“六·五惨案”遂成为轰动陪都的头号新闻。
但陈独秀注意到了一个现象，此新闻仅是老百姓众口相传，政府报纸，均讳莫如深。《中央日报》羞答答承认死了一千多人，而周钦岳主办的民间报纸《新蜀报》登了一首辛亥元老，前蜀军政府首脑杨沧白写的诗，《六月五日敌机夜袭时，重庆城内大隧道窒息死万余人，闻知悲愤作此歌以纪之》，不仅标题表明“恨余人”，正文亦有“愁月云阴黯淡明，天公忍泪不能倾，孰意修罗在尘界，万人一夕如秦坑”句，透露出死者逾万。但诗歌毕竟属于文艺作品，有渲染、夸张的可能。
数日后《新蜀报》周钦岳与《新民报》张恨水来院探望，陈独秀方从他们口中，进一步清楚了事情的原委。
周钦岳说：“那一天的死者，都是平民百姓，附近的机关法团，多自行投资雇工修建了专用的防空洞，除供本单位职工使用外，多余的位置，就高价出售入洞许可证，平民百姓买不起，敌机来了都往大洞子里跑。惨案发生后，新闻管理处处长彭革陈就电话通知我，要《新蜀报》控制舆论，缩小事态，万不可做火上浇油之事。杨沧白的诗稿来后，我大着胆子签发了。第二天一见报，彭革陈就怒气冲冲地跑到报社来训斥我。我请他坐，给他泡茶，然后拿出一大沓稿子，说：‘你看看，这么多言辞激烈的稿子我都压下了，就发了沧白老一首小诗而已。连沧白老的诗也压下不发，恐怕就太难为我了吧，彭处座，你说呢？’弄得他无言以对，只好悻悻离去。
张恨水说：“《新蜀报》好歹还发了一首诗，我辛辛苦苦到处奔波，文章写出来最终还是没能发。惨案一发生，社长张友鸾就把报馆所有走得动的人员都派出去了。我正在南泉家中写连载小说，友鸾兄也派报丁来通知我，要我利用军政界朋友联系，搞清楚到底死了多少人。我马上赶进城里，到了十八梯、演武厅、石灰市三个洞口，通过警界朋友，大致弄清了死亡人数：十八梯三千多人，别两处各有二千多人。我立即又跑到江北黑石子沙滩，证实这数字与掩埋的尸体大体相符。所以，死亡人数应在七八千人。《中央日报》公布死了一千多人，那是蒋介石允许公布的数字。这内幕还是警察局长唐毅告诉我的。我去找唐毅，想从他嘴里掏点儿情况，唐毅平时待我十分客气，因他老母亲，他太太都是我的小说迷，这次却显得极谨慎，一见我就说：‘你待在家里写你的小说罢了，莫跑出来给我添乱。’他经不住我软磨硬缠，还是给我透了点风，说蒋介石把卫戍总司令刘峙、市长吴国桢狠狠训斥了一顿，并说：‘就在报上公布死了一千多人算了，口径一定要统一。’蒋介石前天还带着宋美龄亲往十八梯现场视察，痛心疾首，还流了眼泪，让记者们拍了照，都已在报上登了。”
“六·五惨案”，对陈独秀刺激极大，病情稍微好转后，他坚决地谢绝了诸多朋友的挽留，应邓氏叔侄的邀请，前往白沙小住。邓氏叔侄考虑得很周到，还特地邀请了高语罕夫妇也一同前往白沙，陪陪陈独秀。
两月后，一艘小客轮，清晨时分离开了重庆望龙门码头，逆流而上，中午时分，已将江津县城抛到了身后。
这是军统局首脑戴笠与国民党第八战区副司令长官胡宗南乘坐的专轮。此行，他俩是专程前往白沙拜望陈独秀的。
虽说已进入流火铄金的炎夏季节，船行江上，河风阵阵，倒也凉爽宜人。前甲板上，戴笠与胡宗南仰躺在两张竹椅上，一边观赏沿途江景，一边叙谈。警卫们特意在他们头顶上张开一张篷布，遮挡住灼人的阳光。
作为黄埔一期的老大哥，胡宗南与这位连黄埔六期都未毕业的小老弟，算得上莫逆之交。
“校长怎么突然想起打陈独秀这张牌？”胡宗南问。
此次他上黄山官邸见蒋介石，是戴笠将他叫去的，有些谜底，他还猜不透，需戴笠为他解惑。
“这是张国焘向校长建的议。”戴笠眯缝着眼睛，慢吞吞说，“他认为由我党重要官员公开访问陈独秀，将陈有关抗战与不满中共的言论编辑成册，扩大对延安的宣传，是很有力的武器，比叶青那帮人写的反共文章分量会重很多。我们今日前去，是先试探试探陈独秀的态度，究竟派谁去公开访问，还得等我们回去向校长汇报后再定。”
“张国焘刚跑过来时，校长如获至宝，以为靠张在共产党里的地位和影响，能够把延安狠狠地搞一下。嘿嘿，看来校长当初也是高兴过头了。”对张国焘过来后令人失望的表现，胡宗南还是有耳闻的。
戴笠不屑道；“对张国焘这样的角色，校长从来就没有信任过。前不久，我保举我手下的谢立公，也就是当初在上海告发陈独秀的那个谢德盘担任一个比较重要的公开职务，谁知校长在报告上批了四个字：不可重用。稍后又亲口指示我：‘凡是背叛共产党的人，也会随时背叛我们，对此类人，只可利用而绝不可以重用。你要记住，这是使用叛变人员的一条重要原则。’”
胡宗南道：“张国焘想在洛川搞一个针对延安的特别策反站，曾经专门跑来找我帮忙，还带着个断了条胳膊的人，名字我忘了。”
“那断了条胳膊的人叫何畏，是张国焘的老部下，过去在他手下当过军长，后来在延安当抗大政委时，共产党搞批张运动，一帮张国焘的老部下不服，准备拖枪逃出延安，蹿回大巴山另树大旗，事发后被抓。风波过后，这个姓何的就带着警卫员跑过来了，他比张国焘过来得还早。”说到此，戴笠摇了摇头，鼻孔哼哼道，“劳而无功，久之则令人生厌了。张国焘现在已经感觉到了我对他的冷淡，和那个姓何的跑到歌乐山上租了所农家小院，养了几百只鸭子，赚几个小钱。”
说话间，船已到了白沙朝天嘴码头。戴笠与胡宗南便衣素衫下了船，由人带着，径往下松林而去。秘书警卫，也都身着便装，前后保持一定距离。有的还提着送给陈独秀的礼物，那是几瓶茅台酒，几条华福香烟，还有水果。
到得下松林，二人按照船上商定的主意，先派随员前去请出陪伴陈独秀的高语罕。高语罕曾是黄埔军校政治教官，与戴、胡有师生之谊。二人也清楚陈独秀对蒋介石有杀子之仇，这老头脾气又大，倘若对他们来个闭门不纳，岂不让人难堪？而且，也没法回重庆交差。
高语罕是个深度近视眼，一出大门，便见两位身穿布衣素衫的人口尊老师，向他鞠了一躬。待看清是戴笠与胡宗南两位要员时，不禁很是惊讶。
高语罕答应通融，两人遂放了心。果然，不一会儿，高语罕便出来叫他们进去。