第三年，敌我力量发生了根本地转化，我军已经成为左右战场的武装集团，而敌人业已变成只有被动挨打，基本上失去还手之力的队。这时，我们就要主动发起大的战役，占领大域市，解放全中国。
王昆仑听了周恩来同志这一番宏论，大有茅塞顿开之感。他于兴奋、激动之余又禁不住地问道：
“我想，你对形势的总体估计是对的。只是在时间的预测上。”
“你认为是快了，还是慢了？”邓颖超反问道。
“我认为这种估计会不会太快？”
“不算太快。”周恩来看着依然有些疑虑的王昆仑，“你是馎古通今的秀才，自然知道人心向背决定胜利的含义。我们党对形势的估计，是包括国统区人民的觉醒的。换句话说，这也是对在国统区工作的一切同志的要求。”
王昆仑微微地点了点头。接着又问道：
“你是不是就要走了？”
周恩来深沉地点点头。
“我今后怎么办？”
“我走后留下董老，他会来找你的。”
王昆仑有些欣慰地点了点头。
“昆仑，”邓颖超从旁安慰，“一定要乐观，千万别着急。”王昆仑什么话也说不出，只有感激地点点头。
“你的安全有问题吗？”周恩来关切地问。
王昆仑有些沉重地摇了摇头。接着，他又告诉周恩来和邓颖超同志：为了避免意外事件的发生，他已经决定搬到医院中去住。并说明这个医院是潘公展先生开的公济医院，其中有一个姓沈的大夫和他很熟，人品和医术都特别好。
周恩来听后表示同意。在和王昆仑告别的时候，又紧紧地握住王昆仑的手说：
“要有信心，我们会很怏见面的！”
王昆仑返回上海之后，很快就以身体健康为由，搬进公济医院，在接受大夫治疗的过程中静观内战风云。
不久，蒋介石桿然下令进攻解放区，并于10月11日攻克张家口。接着，他又不顾共产党和各民主党派的强烈反对，公然宣布召开沩国大。对此，周恩来同志于11月16日举行记者招待会，发表《对国民党召开“国大”的严正声明》和讲话。他指出国民党一手包办的“国大”“最后破坏了政协以来一切决议及停战协定与整军方案，隔断了政协以来和平商谈的道路”。中共“愿同中国人民及一切真正为民主而努力的党派，为真和平真民主奋斗到底”。并宣布在两三天内中共代表团将回延安。京沪两地办事处仍将保留，由董必武及钱之光主持。越三日——11月19日，周恩来亲率中共代表团李维汉、邓颖超等十余人飞返延安，受到朱德等同志的欢迎。
王昆仑住在医院中，当获悉上述消息之后，他真想撰文大骂蒋介石是独夫，是民贼。但是，他的身份不允许，唯有按照周恩来的指示：静候董老的到来。
未过几天，董老以探望病人为名，专程来公济医院看望翘首以待的王昆仑。据王生前回忆，董老此行的目的是：“让我继续利用其特殊身份做工作。”这次谈话的内容有三点：
1由于蒋介石利用召开伪国大之机，把自己捧上最高独裁者的地位，加剧了和国民党中其它派系的矛盾，尤其是和太子派领袖孙科的矛盾。所以希望王昆仑继续做孙科的工作；
2党在东北的工作相对薄弱一些，希望能利用关系做派往东北打内战的军队的工作；
3注意安全，保重身体。
董老走后，王昆仑为了便利工作——同时也为了自身的安全，在公济医院不能长住，因为国民党的特务已经在此设哨，随时可闯进医院，干出不测事件。在这种持定的历史时期，个人的安危事小，贻误党的工作事大。为此，他决定转到顾毓琦开的同德医院去住。
王昆仑虽然被蒋介石一笔划掉了国民党中夬候补委员，但他依然是立法委员，并借立法院幵会之名，堂而皇之地去南京。自然，无论是以立法委员之名去拜见立法院长，还是太子派骨干去看望当代太子，都是合情合理的。另外，蒋介石向来视孙科为阿斗，一是碍于孙中山先生的在天之灵——或日面子，再是他从未把太子派的实力放在心上，故王昆仑拜访孙科，他及其手下的持务、打手都是不设防的。因此，王昆仑做孙科的工作是比较容易的。经过几次接触，王生前回忆说：“发生作用了！”但是，发生作用的实质内容是什么？因当时的历史条件所限，未能——也不可能说出来，是为憾事！
与此同时，白崇禧的高参刘仲容衔命来找王昆仑，说：“东北有两个人找白崇禧，想在东北搞军队（其中一个是搞政治的，以后留在了南京。一个是蒋介石培养的，是用来对付苏军的）。那个部队有六个师，其中有一个师他是能起作用的。白崇禧为怕引起蒋桂之间的矛盾主张不搞这件事。刘问我怎么办？我答说我干。他就叫这两个人来找我。”
王昆仑为什么要做策反军队的事呢？他认为可以完成董老交给他的做派往东北打内战的国民党军队的工作。对此，他作了如下回忆不久，这两个入来找我，问我能否如此做？我问他：“你能调动这个师的部队吗？”他答说可以。我当时考虑他的部队在东蒙一带驻军，我要他往北调，接近哈尔滨。他问我到时候会有人联系吗？我告之有，但没有说是谁，我知道高崇民和阎宝航都回到了东北，并担任很高的职务。后来，他们二人还想找点关系，并希望通过我找孙科。
他们回南京不久，董老第二次来到上海，我向董老汇报了这个情况，董老叫我抓紧这个工作。接着，我又向董老汇报孙科的情况。董老说：“现在孙科不像以前，但对局势的看法有动摇，让孙介入这样的事要慎重。”不久，我去南京见孙科，问他那个人来没夹拜见他？他说已见过了，我给了他一个名义，到东北去筹备一个什么单位。我回到上海，给那个人买了船票，是从海上回东北的。
之后，我向董老做了报告。
随着形势的不断恶化，那个人的情况也发生了变化。刘仲容来告诉我他间接听说，这个人回到东北以后去活动，他的那个师同意北调过江，从吉林到哈尔滨，其它的师不干。不
知什么原因，这次兵变的计划泄露了，那个搞政治的只好带一个师往北走，很困难，得不到支持。那个搞军事的被逮捕了，在牢中给孙科和我写信，希望我们能救他。不久，蒋介石给卫立煌下令，把他给杀了。
就在王昆仑等策动兵变未获成功之际，蒋介石被所谓暂时胜利的假象冲昏头脑，有消息说，蒋氏要下令全面进攻解放区。王昆仑清楚：董老在南京和上海的日子也不长了。正当他暗自思索自己下一步棋该如何走的时候，董老来到了同德医院向他辞行，说近期就要撤回延安。王昆仑不安地问：
“恐怕和你的联系要相对地中断一个时期。”
王昆仑沉吟相当时间，问了董老这句史有所据的话：
“到一定的时候，我到远处去，好不好？”
董老自然清楚王昆仑所说去远处的意思，他想了想，遂有些沉重地点了点头。
王昆仑所说到远处去，是泛指到异国它乡避居一段时间。实事求是地说，这时的王昆仑向董老提出这一要求仅仅是个想法而已。或者说是一种万不得已的退路。但是，随着国内局势的发展，他这种想法逐渐地变成了现实。
1947年春天，蒋介石向解放区发动的全面进攻迭遭失利之后，遂将战略方针改为重点进攻。主要进攻方向是陕北和山东。是年3月3日，胡宗南七个整编师二十个整编旅，大举进攻陕北解放区，首要目标是攻占延安。我军采用诱敌深入、在运动中消灭敌人的战略方针，于3月18日主动放弃延安，在毛泽东同志的亲自领导下，开始了历时一年的转战陕北。胡宗南所部被牵制在西北隅，损失惨重。对此，蒋介石不得不承认：“我主力始终被匪牵制干陕北，一无所为，殊为惋惜。”