潘汉年唯有奉命行事。他和董慧登上老战友李克农安排好的军调部的飞机，飞返延安复命。然而他和董慧都感到事出有点突然，都禁不住地自问：
“中央为什么要调自己重回延安呢？……”
潘汉年和董慧回到延安，住在枣园，就近向有关的中央领导汇报了沈阳之行的始末，并请示今后的工作。三天之后，中情部正式通知：要潘汉年立即飞回北平，然后南下，到中共驻南京办事处接受新的任务。这意味着：潘汉年和董慧不仅又回到了自己长年战斗过的南京与上海，而且还是在周恩来同志的直接领导下进行工作，他们真是高兴极了二
诚如前文所述：潘汉年远在北伐的前夕，他就听到过周恩来协助蒋介石创办黄埔，东征叛逆陈炯明的业绩。待到他应郭沫若之邀西下南昌从军办报，听到有关周恩来的丰功伟业就更多了起来。遗憾的是，截至南昌起义，他从未和周恩来晤面。党的六大以后，潘汉年终于和周恩来相见，并在周恩来的帮助下学习做情报工作。福建事变之后，潘汉年奉毛泽东、周恩来之命进驻福州，作为中共代表协调双方的行动；长征前夕，潘汉年又奉周恩来之命，与何长工同志一道和陈济棠秘密谈判，为红军长征起步以缓解南厢之围。长征途中‘，潘汉年这位宣传部长接受周恩来这位总政委的直接领导，进行了卓有成效的宣传工作。在促成第二次国共合作的过程中，在艰苦卓绝的八年抗战之中，潘汉年又是在周恩来同志的直接或间接的领导下进行工作，为党、为人民立下了难以估量的勋劳……总而言之一句话：播汉年敬重周恩来同志，并真心地愿意在周恩来同志的领导下工作。
是谁调潘汉年飞赴南京、上海工作的呢？是周恩来同志。事情的原委是这样的：就在潘汉年和董慧在北平待命期间，时任中共中央书记、上海局负责人的周恩来同志获知了这一消息，他知人善任，立即通知中情部调潘汉年到南京，参加南方党的工作。因为这才是潘汉年和董慧的真正用武之地1
潘汉年和董慧又由延安飞返北平，转乘“军调部”的美国飞机直飞南京，在梅园新村见到了可敬的领导周恩来同志，以及可亲的战友廖承志等人。不久，潘汉年和董慧又根据周恩来同志的指示，去海见华岗同志，等待分配他具体的工作。这样，他们又乘车东去上海，住进了马思南路“周公馆”。
马思南路一百零七号是中共代表团在上海的办事处，由于国民党当局的无理刁难，我们没法挂上这个有正式名称的牌子，只好称为“周公馆”。住在“周公馆”工作的同志，组成党的“上海工作委员会”。书记为华岗同志，副书记是章汉夫和刘少文同志。“上海工委”的委员有刘宁一、夏衍、潘汉年、许涤新、乔冠华、龚彭和陈家康等人。从这些名单可知，这里集纳了中共知识层次很高的一批优秀干部。同时，又都是潘汉年在不同时期共过事的战友和部属。周恩来等领导同志每周轮流从南京来上海“周公馆”指导工作，时间并不固定。“以恩来同志说，他的时间几乎是一半在南京，一半在上海”。”
未过几日，周恩来同志自南京来到上海“周公馆”，立即找潘汉年谈话，“决定让他以指导党的秘密工作为主，一般不进行公开活动，但同党的各方面的公开工作都要保持密切的联系，以便随时给予支援和帮助。无论是就其资历来说，还是就其能力来说，潘汉年被挑选担任这一角色都是很适宜的。”
周恩来同志对潘汉年的工作安排，是从全国一触即发的内战考虑的。一旦大规模的内战再起，我党在敌占区必须要有自己的耳目，而负责这一工作最佳人选是潘汉年，因而时下潘的工作“一般不进行公开活动”；由于潘汉年对上海方方面面比较了解，又有临机处置重大疑难间题的工作能力，所以周恩来同志指示他：“同党的各方面的公开工作都要保持密切的联系，以便随时给予支援和帮助。”
潘汉年就像是一位不管部长或是一位无任所大使，在周恩来同志的指导下，立即投入了新的紧张的工作。他在情报、新闻、文化、统战等几条战线上同时开展活动，取得了惊人的成就。仅就情报工作为例，他给予指导的秘密工作点与情报关系的线索有：
“由张唯一、刘人寿等所主持的情报点。这一摊子原是太平洋战争爆发前由潘汉年亲自建立起来的。潘汉年离开华中局之后、曾由华中局的徐雪寒、于毅夫等先后负责指导。抗战胜利后，改由上海地下党的负责人沙文汉负责指导，给予帮助．
“依托在军统‘国际问题研究所’的徐明诚的情报点。徐这时已和张唯一、刘人寿之间建立密切联系，共同开展情报工作。原在香港工作的情报干部陈曼云这时也已来上海，担任徐和张之间的联络工作。陈曼云己与蔡楚生结婚，在电影界由蔡作掩护。
“刘少文，龚钦冰的情报系统。抗战期间，刘、龚一直在南方局领导下在大后方负责情报工作。这时也已来到上海建立了新的工作点。根据周恩来的指示，潘汉年和刘少文见了面，建立了新的联系，并约定以后在香港开展工作的联系渠道。
“根据陈曼云的建议，仍在香港工作的简竹坚应约来到，仁海和潘汉年见了面。潘汉年、陈曼云和简竹坚一起研究了港、沪之间的交通联络渠道，并让简竹坚回香港后利用其父亲的企业扩展社会关系，为以后的工作发展做准备。
“潘汉年还会见了金仲华、李剑华等一些受党的情报系统领导而进入国民党上层机构工作的同志，听取他们的情况介绍并和他们建立了联系。
“潘汉年又找了经营《时事新报》的旧情报关系胡鄂公、钱铁如（钱纳水）。他们二人虽早已投靠了孔祥熙系统，但仍表示愿意与潘汉年保持私人之间的友好合作关系，互通信息……
“潘汉年还和部分情报．工作人员专门开了一次会：一面总结过去的作，一而对今后的工作做了认真的研究和部署……
“经过短时期的活动。潘汉年便将在上海的情报工作网络整理出了一个头绪，开始抓起来厂。”
潘汉年在董慧的协助下工作是紧张的，也极富有成效。他们在华中局、延安期间的抑郁情绪一扫而光，真可谓是“如鱼得水”。正当他们紧张而又愉快地推进各方面的工作的时候，‘收到厂华中局发来的一份电文，大意谓：抗战胜利后，原在上海从事情报工作的部分同志撤到根据地，－一接受组织的审查。其中关露同志在长达半年的审查中精神分裂，请潘汉年为之出据证明。潘汉年阅毕电文之后，心情十分沉重。他不仅为这些同志的遭遇不平，而民还为自己未来的命运担忧。他由此想了许多许多，最后，他想起厂诸葛亮的《前出师表》，情不由己地低声吟道：“鞠躬尽瘁，死而后己！”旋即，他又怀着勺陇表涕泣，不知所云”的悲枪心情，为关露等同志写了详尽的证明材料。
对此，敦厚的董慧也变得复杂起来，因为她的政治命运完全系在潘汉年的身上了！
自打潘汉年奉调到上海之前，他就清楚地知道：国共和谈是暂时的。或者说和谈只不过是国共两党用武力争天下的序幕，履行传统的“先礼后兵”的一种必要的程序。待到潘汉年于1946年6月到达上海不久，美蒋双方认为准备已经充分，全面内战的条件业已成熟，遂口吐狂言：在三个月到半年内消灭解放军。旋即在6月26日大举围攻中原的解放区，成为全面大打内战的起点。
毛泽东同志于7月20日号召全党全军，“以自卫战粉碎蒋介石的进攻。”周恩来同志根据中央的决定，分别在南京和上海举行记者招待会，揭露蒋介石破坏停战协定，挑起全面内战的阴谋。文坛宗师郭沫若曾愤慨而幽默地说道：“马歇尔这个马，是特别的马，因为骗字的半边就是马。”
国民党制造卜关惨案不久，义于7月11H晚间用美制无声手枪暗杀了民主人士李公朴；越五日，国民党又用同一卑鄙的手段杀害了闻一多教授。白色恐怖弥漫着中国的上空，民盟秘书长梁漱溟惊呼：“一觉醒来，和平已经死了！”并在记者招待会上大声说：“特务们！你们有第三颗子弹吗？我在这里等着他。”周恩来同志在记者招待会上无比愤慨地讲了如下这段话：
“在内战的战场上，双方都有武器杀伤对方。而在国民党统治区内，统治者有的是军队、宪兵、警察、法庭以及监狱等镇压人民的工作，却还要用特务暗杀来镇压人民，来屠杀手无寸铁的进步学者。当局口口声声要人民遵守它的法律，而自己却明目张胆地在破坏法律，这真是无耻之至”
是年9月―国共和谈破灭的前夕，周恩来同志召来了潘汉年，要他和董慧同志与夏衍同志等人先行撤退，地点是香港；任务是“加强在香港的情报活动；对各民主党派在香港的上层人士进行统一战线工作；参加香港地方党的有关工作方针、政策研讨会议和情况汇报工作。”
潘汉年和董慧怀着极度愤想的心情告别了上海，与夏衍等人一道飞往久违的香港。