这一仗最让张献忠痛心的是，十八寨老人、左军府都督马元利在城西南马尿溪战死。
张献忠踏火入城，抢出粮食人口甚微，愤然大骂：“看这城内积粮不少，被他烧成焦土。若能生擒史觐宸，咱老子定要将他剥皮碎尸，烧骨扬灰，方解心中之恨！”
汪兆龄劝道：“军队连夺堡寨，已掠得稻谷千石以上，缚来男女数万，够我军一月之需。此城区区‘人粮’，何足恋哉。”
张献忠遂命狄三品挑选十营水军上山伐木大造船筏，准备顺江而下去攻合川、重庆。又命王尚礼派出探马，四处侦查各地堡寨人烟粮食多寡情形，然后引导各营前去攻打劫掠。
几路探马很快陆续来报，当前情况大致如下：
西充直到阆中，一路人烟稠密，粮食不缺。唯人皆依山结寨而居，无警才下到平原沃野种地，一有风吹草动立即上山进寨，森严壁垒。
1644年（大西大顺元年）10月19日，也就是张献忠在成都开元建国，登上大西皇帝宝座的第三天，摄政大臣多尔衮命自己的哥哥，刚刚加封和硕英亲王的阿济格为靖远大将军，统领将士西征李自成的大顺军，并让顺治皇帝颁赐敕书，说明西征的理由，曰：“朕以流寇李自成诸贼肆掠，生灵涂炭，陕西居民鑫覆荼毒，天人共愤。今命王（阿济格）充靖远大将军，率兵前征，一切机宜必与诸将同心协谋而行。”
24日，多尔衮又檄谕南明诸将，列举福王政权三大罪责，为清军扫平南方制造理论根据。其文曰：
朕以福王及南方文武诸臣，当明国崇祯皇帝遭流寇之难，陵阙焚毁，国破家亡，不遣一兵，不发一矢，如鼠藏穴，其罪一也；及我兵进剿，流冠西奔，尔南方尚未知京师确信，又无遗诏，擅立福王，其罪二也；流寇为尔大仇，不思征讨，尔诸将各自拥众，扰害良民，自生反侧，以启兵端，其罪三也。唯此三罪，天下共愤，因命王（多铎）充定国大将军，统师声罪，征讨江南。王今承命，一切机宜，当与诸将同心协谋而行，毋谓自知，不听人言。钦哉。（笔者注：摘引自《清世祖实录》卷一）
檄文发布的第二天，即令多铎统领将士进讨南明。至此，西征南明的准备一切就绪，清王朝统一全中国的行动正式拉开序幕。
以上史料清楚表明，多尔衮当时派出两路大军：一路是命豫亲王多铎南下，直捣南明王朝首都南京；一路是派英亲王阿济格，追剿李自成的大顺军。
被多尔衮派来征讨贺珍与李自成残部的，是肃亲王豪格。
豪格率领十万铁骑由西安向陕川边境杀来，各地将官迎风而降。
爱新觉罗?豪格系皇太极长子。头一年八月初九，皇太极突然病逝，未立储君。按照太祖努尔哈赤所规定的皇位继承原则，须由满州贵族共议君嗣君。其时，亲王、郡王共七人。皇太极一死，“诸王兄弟，争相为乱，窥伺神器”。但实际上有能力争夺皇位者只有34岁的肃亲王豪格与32岁的睿亲王多尔衮。皇太极生前自领的两黄旗大臣和多尔衮、多铎自领的两白旗大臣彼此互不相让。前者拥戴豪格，后者拥戴多尔衮，事态发展到双方剑拔弩张的程度。
豪格一生戎马倥偬，17岁封贝勒，24岁进和硕大贝勒，28岁封和硕肃亲王，青云直上位极人臣。而且豪格为人勇武，力大无比，有“神力王”之美誉。多尔衮更非等闲之辈，他系清太祖努尔哈赤第14子，清太宗皇太极之弟。随皇太极进军蒙古察哈尔部，首次跃马张弓披甲杀入敌阵，就表现出无比神武。皇太极赐给他“墨尔根戴青”（笔者注：蒙古语，意为聪明的战将）的美号。这一年，多尔衮才16岁。皇太极在位期间，多尔衮参加了所有的重大战役，逐渐成为杰出的军事统帅。
作为侄子的豪格和比他大两岁的亲叔叔多尔衮的拥立者彼此相持不下，大有兵戎相见之势。最后，为避免流血，多尔衮提出一个折中方案，立皇太极第九子、六岁的福临为帝，改元顺治。由两位叔叔多尔衮和济尔哈朗左右辅政，等福临年长后，当即归政。
这个方案，打破了僵局，为双方所接受。
但是，多尔衮也不是善茬，大权刚刚到手，他便对支持豪格继位者进行毫不留情的打击。豪格的心腹固山额真莫克图、伊成格、罗硕等，均以“附王为乱”的罪名被处死。
连豪格本人也差一点送命，被刀斧手推出斩首时，只是由于幼帝福临啼泣不食，才得以免死。最后被夺所属七牛录人员，罚银5000两，废为庶人。
豪格因此与多尔衮结下难以化解的深仇大恨。
一直到顺治帝定鼎北京，大封诸王，这才恢复豪格肃亲王爵位，但仍遭多尔衮冷遇，不予重任。阿济格与多铎各率大军向着南明与李自军的大顺军杀去，而豪格却只能前去河北、山东清剿镇压被清朝统治者称为“土寇”的民众自发聚集的抗清据点，“攻破十余处，杀贼无算，以土石堙塞二百五十余洞，守军尽死洞中。”（笔者注：摘引自《清世祖实录》卷十三）
1646年（顺治三年）正月，李自成以前派往汉中的守将马科与贺珍见清军铁骑杀来，自忖不敌又不愿投降异族，双双向王应熊请降。却因马科原系投降李自成的大明将军，王应熊只接受了贺珍的输诚，却将马科拒之门外，马科一怒之下，索性率部降了肃亲王豪格。
贺珍奉南明为正朔后，即联合同样降了南明，刚刚窜到兴安一带的李自成麾下的“两只虎”刘体纯与孙守法，还有李自成的亲侄子李锦，自汉中前去攻打西安。陕西总督孟乔芳无兵抵抗，赶紧向北京的顺治皇帝告急。摄政王多尔衮这才急命正在山东清剿土寇的和硕亲王豪格，率十万大军火速救援西安，大败贺珍、刘体纯、孙守法、李锦于鸡头关，并趁势将汉中夺占。
大难来时各自飞。“两只虎”与李锦率本部兵马奔鄂西神农架一带去了，清军趁机将贺珍的汉中夺去。贺珍则退往阳平关，与奉豪格之命紧追而来的昔日战友马科捉对厮杀起来。
又一路探马报上的消息，惹得张献忠拍案大怒：原在巴中自称新天王的刘进忠已经向南明输诚，受王应熊节制。刘进忠和摇黄遵天王袁滔部联合起来，抢在大西军之前夺去了阆中。
张献忠说：“刘进忠这厮叛朕而去，投靠无门困在阆中，朕正要拿他碎尸万段。朕现在就要御驾亲征，前去阆中捉拿刘进忠问罪。顺便掠些粮食，待狄三品把船造齐便去攻打重庆。”
汪兆龄说：“刘进忠作战历来老谋深算，行兵诡谲。加之摇黄遵天王袁滔又与他合流，陛下统帅全军责任重大，不宜涉险亲征。”
张献忠怒道：“咱老子往日3000兵马可以纵横天下，现有30万人马，还怕不能踏平他一座阆中城！即便他刘进忠逃到天上，咱老子也要取他首级！”
艾能奇说：“刘贼不过一小丑罢了，哪里需得父王前去亲征？儿臣只消带一万人马便可将他马到擒来。”
张献忠说：“你去也好，需要轻装疾进，千万不要让他逃走。”当即拨出一万精骑，交艾能奇率领而去。又命李定国率军往西充一带打粮，策应艾能奇之军。
刘进忠与袁滔夺了阆中与贺珍联为一气。此番贺珍兵败，袁滔率本部前去阳平关增援，与马科在广元与苍溪之间接连打了几仗。这时阆中、广元也苦于无粮，马科有汉中运粮接济未曾扰民，残余百姓认他是仁义之师，争相前去投附。贺珍与袁滔就地抢粮，被百姓呼为土匪，纷纷起来抗争，因而他俩被马科所败。贺珍由巴中蹿过巫山，依附李锦与“两只虎”去了。
袁滔部将权寅也叛逃而去降了南明，袁滔也打算去神农架投奔李锦。刘进忠当初降附南明时处处遭拒，早就死了这条心。他劝袁滔说：“二十年来，天下纷争，人民涂炭，当下到了极致。今南明、满清与大西三朝鼎立，鹿死谁手虽未可知。但能安民心者必昌，残民以逞者必亡乃是定理。张献忠为残民之尤者，入川三年未满便使繁华蜀土变成荒漠，他是万万成不了气候的；大明仍是正统，但政乱已久、民心尽失，而今各路义师尚无能力给人民带来安定者；满洲虽系胡虏，能用汉人安百姓，师行所至不容扰民，军民施政皆有矩度，较之明室诸臣优劣明显。其将得天下显属必然。你我与其随残明奔走终无了局，不如干脆献出阆中降了满清，说不定倒还有个远大前程。”
袁滔被他说动，同意将阆中献给肃王豪格。
刘、袁二将打开城门，将马科迎入城中。刘进忠看到过去的老对手已经剃发留辫，换了马蹄袖满服。
刘、袁设宴款待，席间，马科对二将说：“大清肃王西征已到汉中，你二人最好前往晋谒讨王爷一个欢喜，便可资给你等钱粮器械、封官拜爵，与我等同定四川，建立不朽功绩。”
刘进忠与袁滔商议后毕竟对豪格放心不下，决定先派自己的副将吴之茂前去汉中晋谒，并呈上降表。