孙可望乃野心勃勃之人，定策联明抗清之前就已打好了自己的算盘，请封秦王并非信口开河，而是他战略上的一步厉害杀着。一方面，得到永历朝廷授予的王爵有助于在内部建立起高于李定国和刘文秀的领袖地位；另一方面，也为自己将来成为南明政权的继承者张本。秦王一爵看似无关紧要的荣誉性爵位，实际上意义异常重大。
孙可望乃乱世之枭雄，并非墨守成规的三家村老夫子，请封一事闹了个自讨没趣仍然志不稍减。他知道当时清军在两广连败明军，已成囊括天下之势，若再与永历朝廷讨价还价，只是贻误战机罢了，于是干脆利用陈邦傅的伪诏自称监国秦王，发布命令“出滇抗清”。他要求四川、贵州和湖广明军一概受其节制。也就是借此将残存的大明王朝的军事指挥大权，全部揽到他的手中。
在孙可望部署下，白文选部入贵州、刘文秀部入四川，先将拒不遵命的各部南明军阀扫除干净。
历史就是如此之吊诡。
这些大小军阀打着抗清保土的旗号，实则横征暴敛为害地方。如今被打着“中央军”旗号的大西军扫**一空，可望也算替老百姓做了一件大好事。
已经在云南休养生息了三年的大西军，一出手果然是气势如虹，锐不可当！
在不到一个月的时间内，这支永历帝麾下的南明军队，就活捉同为永历帝赐封的匡国公皮熊，击败忠国公王祥，攻占了贵阳和遵义。
接着，刘文秀、王自奇率领一支偏师分两路入川，打败袁韬、武大定、李占春、于大海等南明大小军阀，收编其残余武装，占领了川南及部分川东地区。
在孙可望的整顿下，贵州、川南大力推行云南的治理经验，一时竟气象一新，成为日后抗清的重要后方基地。
公元1649年农历正月，永历帝朱由榔率内阁大学士吴贞毓等君臣共59人从广西南宁乘船数百里，沿左江逃至黔桂滇边界一个叫赖湍的小地方，因水浅难以行舟，永历帝下令弃舟上岸步行。
此时南明疆土从蒙古到四川、广西已全被清军占去，而云、贵两省以及四川南部，又被张献忠遗下的大西军占据。除乘坐的那只漂在水面上的木船外，身为大明皇帝的朱由榔，实在是头上无片瓦，脚下无寸土。
正当孙可望在贵州、云南自行其是欣欣向荣之际，永历小朝廷却越搞越糟。1649年，在清军孔有德、尚可喜等会攻下，广东广西先后陷落。两广土崩瓦解，官员如鸟兽散。清兵南进的脚步，越来越近。尚可喜留驻广东，孔有德大破桂林，杀督师瞿式耜。
已经逃到梧州的永历帝闻讯后肝胆俱裂，慌忙登船向南宁方向逃奔。途经桂平时，南明的庆国公陈邦傅见大势不好，居然动了劫持永历帝为奇货而降清的念头。逃跑中的永历帝第六感觉高度发达，趁大雨滂沱之际，果断命令船工冒雨划船，冲险而过。
由于害怕南宁方向高一功和李过、李来亨的忠贞营，陈邦傅没敢尾追永历帝。挑来选去，他就佯装议事，带兵奇袭近在永安的明朝宣国公焦琏，亲自杀掉毫无防备的老同事，手捧焦将军的脑袋当作见面礼向孔有德投降。
只可惜焦琏将军血战无数，竟然死于无耻小人之手。
然后陈邦傅自告奋勇，主动请缨做先锋，要为清军当向导，去夺占南宁。
孔有德心中对陈邦傅很轻蔑，他看中的是陈邦傅手中的“平蛮将军”大印，因为这个大印在广西境内对那些少数民族土司十分管用。得到大印后，孔有德派人把这个叛将软禁在桂林，连官帽也没有赏他一顶。
永历帝的想法原本是逃往贵州寻求孙可望的保护，被大学士吴贞毓劝止：“孙可望跋扈无礼，如果入黔则满朝俱为其所制，国事危矣！”
永历帝的随行宠臣、文安侯马吉翔却暗中通款孙可望，在恳请永历帝入黔的同时，他与提掌禁卫军的司礼署总管太监庞天寿私下说：“今天下大势，已归秦王，吾辈应早早与秦王结纳，以为退身之地。”
二人一拍即合，很快便成为行宫中的“孙党”魁首。
马吉翔在南明历史上是个有名人物，他所以有名，一非文韬，二非武略，而是因为拍马有术。
马吉翔系北京大兴人，市棍出身，本性狡黠，是个知书识字的高级地痞。他年青时代在北京给宫内太监家中当仆人，勤奋好学，能写一手好字好文章，后升为主子文字秘书，在太监圈子里人缘很好。后来，他跟随大太监高起潜出外监军，混入锦衣卫籍，开始有了政治发迹的本钱，送银送物之下，被外派为锦衣卫广东都司。所以，北京甲申之变，马吉翔本人正在广东，逃过一劫。隆武帝在福建继位，马吉翔自陈原本是锦衣卫世家出身，获授锦衣卫指挥，冒升为皇帝身边的禁卫军高级首领。他奉命到湖南等地巡视时，玩命笼络当地诸将，只要有鸡毛蒜皮的功劳，就要在奏表中添上他的名字，于是连连升官，很快做到总兵。
永历帝继位，马吉翔给新皇身边的人广送厚礼，得封文安侯，调到内阁办事。
马吉翔自小行走于太监门下，深知巴结皇帝身边宦官的重要性。成日小恩小惠，刻意交结打点，使得宦官们心甘情愿为他当耳目。所以，永历帝的一举一动，他无不预知。由于善于迎合、十分乖巧，永历帝与其母特别喜欢这位马侯爷，认定他忠勤无比，让他操持朝廷戎政大权。
马吉翔找到孙可望派到永历帝身边护驾的二位军将曹延生和胡正国，告知说要与朝臣一起劝永历帝把皇位“禅让”给孙可望。
曹、胡二将虽是孙可望手下，颇知礼仪，大惊：“此等事岂可轻议，我二人仅被派来护驾，只向秦王传报军情，不敢私议国家大事。”
由于有李定国、刘文秀、白文选等将领在，孙可望暂时不敢乱来。唯恐人心不服，他便先表示要迎永历帝入贵州，打算走一步看一步。
曹、胡二将素有忠心，忙把马吉翔与孙可望之间的阴谋告之阁臣吴贞毓，希望永历帝不要轻易入黔，暂驻广西边境以维系人心，号召远近。
但是，清军大军步步逼近，永历帝再不移驾就会成为俘虏。抓住这次机会，孙可望立刻派狄三品、高文贵、黑邦俊三位大将率重兵“迎接”永历帝入黔。
大敌压境下永历帝束手无策，为保住性命，唯有向西一路狂奔。
永历帝在广南下船上岸，恰巧碰到孙可望派来接驾的狄三品与高文贵、黑邦俊三位将军。
狄三品等将这一情况飞报孙可望，孙可望多了个心眼，派总兵王爱秀赴广南府，把永历君臣接到贵州安隆居住。
在云南最东边的一个叫皈朝的村子里度过一个冷冷清清、凄凄惨惨的春节后，在孙可望的特别关照下，永历帝率着他仅存的文武官员五十余人，兵丁、随从、家属二千九百余人，移幸贵州安隆千户所。
千户所，如果望文生义的话，应该是一个拥有一千户左右的卫所。
实际上，这里的人口户数，连一百户都不到。
孙可望上表言道：“臣以行在孤露，再次迎请，未奉允行。然预虑圣驾必有移幸之日，故遣兵肃清道路。广南界临交趾，夷情叵测，唯安隆为滇、黔、粤三省会区，城郭坚固，行宫完整，粮储完备，朝发夕至，莫此为宜。”
把永历帝既不安排到地处大后方的昆明，也不安排到行政中心的贵阳，而放在一个地狭人稀的小村庄里，紧跟着又以加强行宫保卫为名，派兵士筑起一道城墙，这究竟是为了加强对永历帝的保护，还是用这道城墙将永历帝隔离在一方小小的天地里？
已经没有任何话语权的永历帝，面对孙可望独出心裁的安排，唯有一声叹息！他非常明白，他已经成了孙可望的一只笼中之鸟，从此以后不得不事事仰孙鼻息行事了。