正在此时，只听一人飞马于阵前喊叫，向明军招降。原来此人正是替清军做向导的孙可望帐前带刀侍卫头目康国臣，与李定国帐下不少将领认识。李定国军中孙可望旧将很多，经他这么一嚷嚷，果然有人阵前反戈。
军心既散，全线俱溃。李定国手下将领叛走十多名，战死三十多名，连李定国的家眷也被卓布泰掠去挟为人质，欲迫使李定国投降。遭拒后，将其全部斩杀于阵前。李定国下令全军后撤，随他断后的两位总兵李春铭、陈玺，副将李远成，尽皆战死。是役，李定国部兵民死难者不下二三十万人，多年精锐，毁于一旦。
三路清军成功在曲靖会师，紧跟着便向昆明杀来。明军全线遭败，昆明危如累卵。9日，李定国派人日夜兼程赶到昆明，夜半宫门报急，吓得永历皇帝彻夜未能安寝。
天亮后，城内一片哗嘈之声，得知明军战败，清军很快就要进入昆明的商贩纷纷罢市。担任御前侍卫的邓凯率禁军上街，砍了几颗人头，才把秩序稳定下来。
到了午时，李定国所派的又一使者飞骑入城，报警如前，催促皇上快走，以避清兵刀锋。文武百官全涌到朝堂上，议论纷纷。
逃是肯定的，可往哪里逃，却一时难以做出决断。12月13日，李定国回到昆明，军民人心稍定。此时朝中战守之议，相持未下。
李定国对朝官说：“我自立国以来，遇难则徙，故虽危急频仍，仍犹延至今日。若是一味死守，极有可能一跌不复、悔不可追，不如暂且移跸，为上上之策。”
曾任四川巡按的左都御史（兼掌抚云南）钱邦芑提议先奔四川的西昌、乐山，依靠那里丰足的粮草，暂时养锐。如果清军势猛，可以乘船直下重庆，与李自成余部李来亨、郝摇旗的夔东十三家会师，凭借蜀地，可直捣荆襄。
李定国授意自己的主要幕僚金维新出面，极言入蜀不利。
时文臣武将，滇人居多，金也系滇人，皆思保妻小家宅，也群起反对去四川发展。
而有能量影响永历帝的马吉翔与勋臣沐天波等，则坚决主张退守滇西，因为退守滇西有退路，事急可以轻易逃入缅甸。
马吉翔与其弟马雄飞、女婿杨在皆打自己的小算盘。让他们心怀忐忑的是，怕入蜀后控制不了永历帝，会遭到清算。故而他们的真实想法是，清军追击不紧，可在滇西落脚；万一事急，则可就近逃入缅甸避难。
对移跸滇西，黔国公沐天波也表示支持，因为他觉得自己完全有威望和能力掌控滇西各地的土司武装。
李定国则主张往南入交趾（笔者注：交趾、安南皆为越南的古称）。他说：“保山太小，哪里承受得起数十万军民这副重担？不如入湖南之峒。乌车里、里角蛮彼此不服统摄，我今临之，必无所拒。安跸峒内后，诸将设御于峒口。胜则六诏复为我有，败则入交趾。召针罗诸船，航海至厦门，与延平王郑成功合师进讨。”
争议未决，警报迭至。监沅、广南、河西俱陷，沾益已被清军前锋马成所屠，进逼宜良、嵩明、通海、昆阳一带，各地难民扶父母，携妻子奔赴昆明，省城哭声震天，道为之堵。
沐天波仍力争前往滇西，李定国见势无可挽，气愤地对沐天波说：“但愿今后不要后悔，当初没有听我的意见。”
撤出昆明之际，李定国出示晓谕百姓，云：“本王在滇多年，与人民情如父子。今国事颠危，尔等宜乘本王未行之前，各速远遁，毋自误也！”
屈大均《安龙逸史》载：“时已征贮秋粮，李定国通知大小营镇不得焚毁，恐清军来后索食不得，重累百姓也。”
李定国妇人之仁，没能采取坚壁清野的手段。如此一来，清军如虎添翼，日后再无缺粮之虞。
徐鼒《小缅纪年》载：“十五日发滇都，百官扈从，男妇马步数十万人，日不过三十里。国势既摇，人心思变，兵士乏食，取之民间，庶僚贫病，离次不前，沿途逃散，极为狼狈。”
大难来时各自飞。出昆明后，随驾官员闻知永历皇帝这是带着大家往蛮荒绝地逃跑，不少朝臣大感失望，连吏部尚书、兵部尚书等官员皆中途不辞而别，另寻生路去也。
身处天崩地裂的历史大背景，面对国破家亡的人生大变故，在永历皇帝离开昆明逃往滇西之际，南明之士大夫叛降如云，比比皆是。士林之耻，莫此为甚！
屈大均在《安龙逸史》中道：“其未扈从者，如东阁大学士雷跃龙、吏部尚书张佐宸、户部尚书龚彝、兵部尚书孙顺、刑部尚书尹三聘、左都御史钱邦芑等皆辅弼大臣，或扶病投清，或潜踪苟活，或祝发沽名。”
年老体衰的钱邦芑，于逃亡路上君臣相失，从此换上僧袍，终老于鸡足山禅寺。
李定国调动军队，各赴指定位置阻滞清军，然后亲率重兵殿后，并收抚难民同行。
“烈士”艾能奇长子艾承业反对李定国屈从沐天波意见随驾西行，率兵数百埋伏于路边一座寺庙中，打算劫持李定国北行入川，到西昌、乐山一带抗清。
李定国事前得到密报，届时亲率精兵严队而行。艾承业一看李定国已有准备，不敢拿着鸡蛋往石头上碰，只得放弃行动。
冯双礼主动要求留下守昆明，对李定国说：“公辅帝西行，图谋再举，为其难者；某愿死守滇都，与之共存亡！”李定国与冯双礼涕泣而别。未几，清兵陷昆明，冯双礼被擒，不久降清。
1659年（永历十三年）1月，永历帝离开昆明后，向西一路狂奔，终于逃到了滇西保山，身边官员已经不多了。李定国忙于组织磨盘山战役，未能随驾。分手时，他派已获封平阳侯的靳统武，前去担任圣驾护卫官。
担任永历皇帝老师的翰林刘茞与吏部给事胡显、随驾总兵邓凯等人力主坚守保山，反对逃往缅甸，与坚持逃缅的马吉翔和大太监李国泰等争论不下。
跟随永历帝逃往缅甸的文臣刘茞与武将邓凯，历尽千难万险，于九死一生后终于活了下来。刘茞后来撰写的《狩缅纪事》与邓凯撰写的《求野录》，均成为后人研究南明史的第一手资料。
永历帝在这里刚刚下了一道“罪己诏”，守卫玉龙关的白文选兵败消息传来，清兵再度迫近。永历帝只能率众又逃，于15日放弃保山，慌不迭地向着腾冲逃去。21日出腾冲继续西行，25日逃到盏达，第二天抵达布岭。布岭距离中缅边境，已是咫尺之遥了。
1659年（顺治十六年）1月3日，清军多尼、吴三桂、卓布泰三路兵马，会师昆明。2月2日，吴三桂自罗次出师；多尼驻省城统揽全局，平郡王多罗贝勒尚善代领其部出征；卓布泰部自昆明出。三路进兵，9日陷镇南州。李定国部总兵陈济国战死普朋，李定国布下的各路阻击之师，均遭失利。
白文选原奉李定国之命断后，力战不支，被迫率张光翠、陈盛、潘正龙、秦斗金、张斗麟、吕三贵西走。距玉龙关20里，被清军追上，战败，“失总兵吕三贵及巩昌王（白文选）金印一，孔雀尾伞、绿销金龙扇各一，象三，马一百四十匹”。
白文选由保山东北沙木河走右甸，再由耿马、孟定进入木邦。偃师侯郑文雄率骁将劲卒逆战阻敌，千人战死，无一幸存。郑文雄重伤死，妻妾俱自刎。