染色体微阵列分析（CMA）等较新的分子细胞基因组技术的出现带来了更高诊断分辨率的前景。CMA可以检测数千碱基范围内的不平衡，很容易证明其优于标准核型分析，标准核型分析仅限于700万~1000万碱基的不平衡。在先天性异常、发育迟缓或智力残疾儿童的出生后研究中，CMA对临床相关亚染色体异常的诊断率为12%~15%。2013年，ner及其同事发表了一项由NICHD赞助的大型多中心研究，证明了CMA在产前诊断中的临床应用价值。另一个前瞻性队列研究表明，在胎儿结构异常且核型正常的妊娠中，诊断率比核型检测结果高出约6%。对于其他临床指征，其诊断率约为1。7%。
A拷贝数的不平衡来实现的。这些不平衡被称为拷贝数变异（V），其本身并不意味着异常或致病表型。事实上，相当数量的V在临**并不重要，并且在明显正常的个体中发现。这些“良性”V中的大多数体积非常小（小于50kb），属于没有临床意义的非编码区。V通常被称为微缺失（亚显微丢失）或微复制（亚显微增益），常规核型无法检测到。V的医学相关性与微缺失复制的功能影响有关，当关键基因或重要调控区出现不平衡区域时，这类微缺失复制更有可能产生表型效应。
仅根据V片段大小不能确定其致病性。例如，一个大小为1。6MB但位于基因组“沙漠”中的缺失可能只会导致极少数的基因缺失，其临床风险可能不如位于基因丰富区域内的较小缺失（大小为600KB）。与核型分析相比，CMA有可能揭示结构重排断裂点周围的微小缺失或重复，从而更好地指导临床结局。
美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）和由美国国立卫生研究院专门资助的跨国个体化医疗数据中心项目（）共同发布了胚系DNA拷贝数解读和报告标准，该标准将V分为了五类：致病性、可能致病、临床意义不明确、可能良性、良性。V分类的主要依据包括以下几个方面：第一，评估是否包含蛋白编码基因或者已知的重要功能元件；第二，评估是否已知或预测的单倍剂量不足三倍剂量敏感基因或区域重合，或与已知良性基因、区域重合；第三，评估V区域包含的蛋白编码基因数目（分为全部包含或部分包含）；第四，需要查询已发表文献、公共数据库或实验室内部数据库对V包含内容的详细评估，已经报道过的与本次观察到V片段或包含基因相似的病例的表型、遗传模式、家系共分离和病例—对照研究；第五，评估本次检测研究的病例在其家系中的遗传模式、表型和共分离情况。
（一）致病性V
多篇文献已明确其致病性，即使该V存在外显不全和表现度有差异也应判定为致病性。该类别还包括以下情况：
1。一段缺失或重复与一个已报道的微缺失／微重复综合征致病区域在位置和大小上匹配；
2。缺失区域包含因单倍剂量不足敏感基因，重复区域包含三倍剂量敏感基因（剂量敏感分数3分）；
3。按V综合评分体系（vie。vcalc）得分≥0。99分。
（二）可能致病V
有较强证据表明其致病的可能性非常大，但目前的证据尚不足以完全确定其致病性，包括以下情况。
1。涉及已知单倍剂量不足敏感基因5’端（及其他编码序列）的缺失（在已知不存在其他转录起始位点的情况下）；
2。涉及已知单倍剂量不足敏感基因包括3’端在内的多个外显子的缺失；
3。涉及多篇病例报道的基因缺失或重复，表型一致且高度特异或者按V综合评分体系得分0。90~0。98分。
（三）可能良性V
有较强证据表明该V很可能与孟德尔遗传疾病不相关，但目前还没有达到“良性”分类的充分证据。该类变异包括：
1。普通人群中多次被观察到，但频率＜1%；
2。在病例组和对照组中无统计学差异；
3。按V综合评分体系得分-0。98~-0。90分。
（四）良性V
多篇文献已证实或权威数据库报道为良性变异，特别是良性特性已经非常明确或是常见的多态性片段，包括：
1。涉及的omAD数据库的频率≥1%；
2。按V综合评分体系得分≤-0。99分。
需要强调的是，对良性V的剂量效应要仔细分析，例如，某些片段的重复可能是良性的，而相同区段的缺失则可能具有临床意义。
（五）临床意义不明确V
不符合以上任何一类的V，是一个范围广泛的分类，其中一些可能在以后通过额外的证据将被证实为致病性或良性的V。主要包括以下情况。
1。V片段大小超过实验室制定的报告阈值；
2。V在普通人群中可检出，但频率＜1%，不足以被认为是多态性；
3。V包含少量基因，但尚不清楚基因是否对剂量敏感；
4。文献或数据库对此V的分类存在争议；
5。单个基因内的V，其是否对转录阅读框有影响尚不清楚；
6。按V综合评分体系得分-0。89~0。89分。
（六）基因组病数据分析采用的数据库包括但不限于以下数据，并且拷贝数变异的分类可能因科学研究的进展或数据库更新而改变。